ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54396

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 17, 13, 7, 6, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.004, 0.011, 0.026, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.011 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.010, 0.007, 0.024, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.007 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.007, 0.011, 0.028, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.011 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.006, 0.025, 0.043, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N2 A 0, -0.013, 0.018, 0.048, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.018 std_dev=0.030
N3 B 0, 0.298, 0.461, 0.624, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.461 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.235, 0.403, 0.571, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.403 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.312, 0.484, 0.656, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.484 std_dev=0.172
O2 B 0, 0.270, 0.443, 0.615, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.443 std_dev=0.173
C5 B 0, 0.327, 0.524, 0.722, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.524 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.217, 0.415, 0.613, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.415 std_dev=0.198
N4 B 0, 0.366, 0.569, 0.772, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.569 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.303, 0.514, 0.726, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.514 std_dev=0.211
C2' A 0, -0.111, 0.117, 0.344, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.117 std_dev=0.227
O4' A 0, -0.129, 0.101, 0.330, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.101 std_dev=0.229
C1' B 0, 0.163, 0.428, 0.694, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.428 std_dev=0.266
O4' B 0, 0.149, 0.442, 0.735, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.442 std_dev=0.293
O5' B 0, 0.276, 0.570, 0.864, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.570 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.123, 0.417, 0.712, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.417 std_dev=0.294
O2' A 0, -0.104, 0.193, 0.489, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.193 std_dev=0.296
C5' B 0, 0.147, 0.476, 0.805, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.476 std_dev=0.329
C4' B 0, 0.113, 0.446, 0.778, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.446 std_dev=0.333
O2' B 0, 0.144, 0.481, 0.818, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.481 std_dev=0.337
C3' A 0, -0.130, 0.210, 0.551, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.210 std_dev=0.341
C4' A 0, -0.171, 0.174, 0.520, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.174 std_dev=0.346
P B 0, 0.240, 0.595, 0.950, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.595 std_dev=0.355
C3' B 0, 0.106, 0.469, 0.832, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.469 std_dev=0.363
OP1 B 0, 0.282, 0.689, 1.097, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.689 std_dev=0.408
O3' A 0, -0.119, 0.324, 0.767, 2.980 max_d=2.980 avg_d=0.324 std_dev=0.443
OP2 B 0, 0.041, 0.546, 1.051, 3.192 max_d=3.192 avg_d=0.546 std_dev=0.505
C5' A 0, -0.245, 0.265, 0.775, 3.216 max_d=3.216 avg_d=0.265 std_dev=0.510
O3' B 0, -0.026, 0.530, 1.087, 3.318 max_d=3.318 avg_d=0.530 std_dev=0.557
O5' A 0, -0.440, 0.357, 1.153, 4.247 max_d=4.247 avg_d=0.357 std_dev=0.797
P A 0, -0.471, 0.470, 1.411, 5.548 max_d=5.548 avg_d=0.470 std_dev=0.941
OP2 A 0, -0.608, 0.550, 1.707, 6.802 max_d=6.802 avg_d=0.550 std_dev=1.158
OP1 A 0, -0.624, 0.571, 1.767, 7.834 max_d=7.834 avg_d=0.571 std_dev=1.195

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.27 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.15 0.15 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.11 0.10 0.14 0.01 0.37 0.31 0.17
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.06 0.07 0.08 0.12 0.18 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.29 0.16 0.13
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.15 0.09 0.16 0.15 0.13 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.16 0.17 0.10
C4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.16 0.01 0.34 0.31 0.16
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.22 0.01 0.35 0.40 0.19
C5' 0.03 0.06 0.06 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.11 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.06 0.22 0.00 0.36 0.43 0.21
C8 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.05 0.24 0.02 0.35 0.35 0.18
N1 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.12 0.09 0.18 0.00 0.37 0.38 0.19
N2 0.04 0.00 0.18 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.12 0.12 0.01 0.38 0.29 0.17
N3 0.03 0.00 0.15 0.13 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.10 0.12 0.01 0.35 0.26 0.15
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.03 0.27 0.02 0.36 0.44 0.22
N9 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.16 0.01 0.32 0.26 0.13
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.09 0.06 0.04 0.05 0.12 0.05 0.13 0.09 0.12 0.05 0.00 0.03 0.07 0.05 0.07 0.26 0.08 0.09
O3' 0.09 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.11 0.07 0.12 0.13 0.09 0.08 0.03 0.03 0.00 0.07 0.15 0.12 0.23 0.19 0.15
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.12 0.10 0.03 0.01 0.07 0.07 0.00 0.05 0.05 0.21 0.10 0.09
O5' 0.08 0.14 0.10 0.15 0.16 0.01 0.22 0.01 0.22 0.24 0.18 0.12 0.12 0.27 0.16 0.05 0.15 0.05 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.05 0.25 0.00 0.37 0.48 0.24
OP1 0.27 0.37 0.29 0.16 0.34 0.08 0.35 0.11 0.36 0.35 0.37 0.38 0.35 0.36 0.32 0.26 0.23 0.21 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.31 0.16 0.17 0.31 0.02 0.40 0.05 0.43 0.35 0.38 0.29 0.26 0.44 0.26 0.08 0.19 0.10 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.13 0.10 0.16 0.03 0.19 0.01 0.21 0.18 0.19 0.17 0.15 0.22 0.13 0.09 0.15 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.18 0.19 0.19 0.19 0.23 0.21 0.23 0.22 0.21 0.18 0.20 0.17 0.22 0.24 0.25 0.26 0.29 0.35 0.32
C2 0.19 0.15 0.14 0.14 0.16 0.18 0.17 0.19 0.17 0.17 0.15 0.16 0.14 0.17 0.22 0.21 0.22 0.30 0.32 0.29
C2' 0.19 0.16 0.20 0.11 0.15 0.18 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.18 0.14 0.10 0.21 0.11 0.11 0.25 0.16
C3' 0.16 0.15 0.14 0.08 0.14 0.14 0.13 0.10 0.13 0.14 0.15 0.16 0.18 0.09 0.15 0.17 0.12 0.15 0.25 0.18
C4 0.20 0.17 0.16 0.16 0.18 0.19 0.19 0.20 0.20 0.19 0.17 0.19 0.16 0.19 0.24 0.22 0.23 0.31 0.34 0.30
C4' 0.20 0.18 0.18 0.21 0.23 0.20 0.25 0.23 0.23 0.20 0.19 0.25 0.15 0.22 0.25 0.21 0.29 0.34 0.38 0.37
C5 0.20 0.18 0.17 0.17 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.19 0.19 0.21 0.18 0.18 0.24 0.21 0.22 0.33 0.35 0.30
C5' 0.22 0.20 0.21 0.24 0.27 0.22 0.29 0.25 0.27 0.23 0.23 0.30 0.16 0.25 0.30 0.22 0.31 0.40 0.41 0.40
C6 0.20 0.19 0.17 0.17 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.19 0.19 0.21 0.18 0.18 0.24 0.21 0.22 0.35 0.36 0.30
C8 0.21 0.18 0.17 0.17 0.20 0.20 0.21 0.20 0.21 0.19 0.19 0.22 0.17 0.19 0.25 0.22 0.23 0.32 0.34 0.31
N1 0.19 0.17 0.16 0.16 0.17 0.18 0.18 0.19 0.18 0.18 0.16 0.18 0.16 0.17 0.23 0.21 0.21 0.33 0.35 0.29
N2 0.18 0.13 0.11 0.13 0.15 0.17 0.16 0.18 0.16 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.21 0.21 0.22 0.27 0.31 0.28
N3 0.20 0.15 0.14 0.15 0.16 0.18 0.18 0.19 0.18 0.17 0.15 0.17 0.14 0.18 0.22 0.21 0.23 0.28 0.32 0.29
N7 0.20 0.19 0.17 0.17 0.21 0.19 0.21 0.20 0.21 0.20 0.20 0.23 0.18 0.19 0.25 0.21 0.22 0.34 0.35 0.30
N9 0.21 0.18 0.17 0.17 0.19 0.20 0.20 0.21 0.20 0.19 0.18 0.20 0.16 0.20 0.24 0.22 0.23 0.30 0.34 0.31
O2' 0.16 0.14 0.17 0.09 0.15 0.16 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.16 0.14 0.14 0.13 0.19 0.13 0.12 0.24 0.16
O3' 0.09 0.11 0.10 0.16 0.14 0.08 0.13 0.10 0.11 0.09 0.13 0.16 0.12 0.12 0.27 0.10 0.20 0.23 0.26 0.25
O4' 0.30 0.25 0.28 0.31 0.29 0.31 0.32 0.34 0.32 0.29 0.25 0.29 0.21 0.34 0.35 0.32 0.38 0.44 0.45 0.46
O5' 0.15 0.15 0.18 0.23 0.25 0.18 0.26 0.22 0.23 0.18 0.20 0.29 0.11 0.25 0.31 0.15 0.30 0.43 0.36 0.39
O6 0.21 0.20 0.19 0.18 0.22 0.20 0.21 0.21 0.21 0.20 0.21 0.23 0.20 0.18 0.24 0.22 0.22 0.36 0.39 0.31
OP1 0.55 0.54 0.60 0.66 0.65 0.58 0.68 0.62 0.65 0.58 0.58 0.68 0.46 0.61 0.77 0.53 0.65 0.79 0.80 0.77
OP2 0.21 0.29 0.21 0.24 0.39 0.20 0.37 0.25 0.32 0.27 0.35 0.44 0.26 0.30 0.35 0.20 0.37 0.55 0.32 0.43
P 0.28 0.27 0.32 0.37 0.38 0.31 0.40 0.35 0.37 0.31 0.32 0.41 0.20 0.37 0.47 0.27 0.40 0.56 0.50 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.00 0.09 0.20 0.21 0.14
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.03 0.10 0.28 0.27 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.21 0.18
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.11 0.16 0.06 0.02 0.01 0.01 0.09 0.11 0.15 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.14 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.10 0.03 0.16 0.35 0.35 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.03 0.10 0.02 0.01 0.01 0.07 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.03 0.18 0.36 0.35 0.19
C5' 0.04 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.12 0.05 0.04 0.07 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.14 0.32 0.28 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.09 0.27 0.25 0.15
N3 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.03 0.12 0.32 0.31 0.18
N4 0.02 0.01 0.04 0.16 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.03 0.18 0.37 0.40 0.21
O2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.05 0.09 0.26 0.25 0.17
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.12 0.10 0.11 0.04 0.09 0.07 0.11 0.13 0.10 0.00 0.03 0.07 0.13 0.16 0.21 0.17
O3' 0.11 0.08 0.01 0.01 0.10 0.02 0.14 0.07 0.12 0.05 0.07 0.12 0.16 0.03 0.00 0.09 0.15 0.27 0.17 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.09 0.00 0.08 0.15 0.20 0.11
O5' 0.09 0.10 0.17 0.09 0.16 0.01 0.18 0.01 0.14 0.09 0.12 0.18 0.09 0.13 0.15 0.08 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.20 0.28 0.19 0.11 0.35 0.07 0.36 0.08 0.32 0.27 0.32 0.37 0.26 0.16 0.27 0.15 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.27 0.21 0.15 0.35 0.16 0.35 0.17 0.28 0.25 0.31 0.40 0.25 0.21 0.17 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.17 0.18 0.04 0.19 0.04 0.19 0.02 0.16 0.15 0.18 0.21 0.17 0.17 0.14 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00