ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54397

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.016, 0.048, 0.081, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.072, 0.183, 0.295, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.183 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.101, 0.215, 0.329, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.215 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.197, 0.361, 0.524, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.361 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.055, 0.220, 0.386, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.220 std_dev=0.166
C3' A 0, 0.233, 0.400, 0.567, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.400 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.241, 0.458, 0.675, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.458 std_dev=0.217
O3' A 0, 0.342, 0.573, 0.803, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.573 std_dev=0.230
O2 B 0, 0.277, 0.527, 0.777, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.527 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.382, 0.667, 0.952, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.667 std_dev=0.285
C5' A 0, 0.300, 0.608, 0.917, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.608 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.473, 0.790, 1.108, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.790 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.355, 0.696, 1.036, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.696 std_dev=0.340
N4 B 0, 0.527, 0.976, 1.425, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.976 std_dev=0.449
C1' B 0, 0.440, 0.893, 1.346, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.893 std_dev=0.453
C5 B 0, 0.517, 1.002, 1.487, 1.612 max_d=1.612 avg_d=1.002 std_dev=0.485
OP2 A 0, 0.705, 1.210, 1.714, 1.746 max_d=1.746 avg_d=1.210 std_dev=0.504
O5' A 0, 0.738, 1.272, 1.806, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.272 std_dev=0.534
O2' B 0, 0.442, 0.980, 1.518, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.980 std_dev=0.538
C2' B 0, 0.483, 1.023, 1.564, 1.685 max_d=1.685 avg_d=1.023 std_dev=0.540
C6 B 0, 0.475, 1.024, 1.573, 1.747 max_d=1.747 avg_d=1.024 std_dev=0.549
P A 0, 0.466, 1.055, 1.643, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.055 std_dev=0.588
OP1 A 0, 0.506, 1.162, 1.818, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.162 std_dev=0.656
O4' B 0, 0.551, 1.272, 1.993, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.272 std_dev=0.721
C3' B 0, 0.711, 1.769, 2.827, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.769 std_dev=1.058
C4' B 0, 0.744, 1.865, 2.985, 3.103 max_d=3.103 avg_d=1.865 std_dev=1.120
C5' B 0, 0.911, 2.339, 3.767, 3.886 max_d=3.886 avg_d=2.339 std_dev=1.428
O3' B 0, 0.839, 2.303, 3.767, 3.818 max_d=3.818 avg_d=2.303 std_dev=1.464
O5' B 0, 1.545, 3.878, 6.212, 6.168 max_d=6.168 avg_d=3.878 std_dev=2.334
P B 0, 1.598, 4.868, 8.138, 7.981 max_d=7.981 avg_d=4.868 std_dev=3.270
OP2 B 0, 1.641, 5.289, 8.937, 8.686 max_d=8.686 avg_d=5.289 std_dev=3.648
OP1 B 0, 1.921, 5.740, 9.558, 9.193 max_d=9.193 avg_d=5.740 std_dev=3.818

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.03 0.14 0.35 0.21
C2 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.09 0.04 0.18 0.02 0.19 0.38 0.24
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.10 0.06 0.10 0.38 0.22
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.13 0.15 0.10 0.08 0.06 0.15 0.09 0.02 0.01 0.01 0.20 0.15 0.14 0.34 0.23
C4 0.03 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.21 0.01 0.22 0.39 0.26
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.09 0.13 0.21 0.10
C5 0.02 0.02 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.27 0.01 0.27 0.39 0.27
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.13 0.09 0.05 0.05 0.14 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.14 0.18 0.12 0.02
C6 0.03 0.02 0.05 0.13 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.02 0.27 0.00 0.28 0.37 0.27
C8 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.16 0.04 0.31 0.02 0.30 0.41 0.29
N1 0.03 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.22 0.02 0.23 0.37 0.25
N2 0.05 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.10 0.05 0.15 0.04 0.17 0.38 0.24
N3 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.04 0.15 0.01 0.18 0.39 0.24
N7 0.01 0.02 0.07 0.15 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.18 0.03 0.33 0.02 0.32 0.40 0.29
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.21 0.02 0.22 0.39 0.26
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.11 0.08 0.04 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06 0.13 0.32 0.14
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.10 0.03 0.14 0.04 0.15 0.16 0.11 0.10 0.07 0.18 0.09 0.05 0.00 0.03 0.28 0.18 0.24 0.33 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.17 0.02 0.18 0.29 0.19
O5' 0.11 0.18 0.10 0.20 0.21 0.02 0.27 0.01 0.27 0.31 0.22 0.15 0.15 0.33 0.21 0.05 0.28 0.17 0.00 0.31 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.15 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.18 0.02 0.31 0.00 0.32 0.36 0.28
OP1 0.14 0.19 0.10 0.14 0.22 0.13 0.27 0.18 0.28 0.30 0.23 0.17 0.18 0.32 0.22 0.13 0.24 0.18 0.02 0.32 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.38 0.38 0.34 0.39 0.21 0.39 0.12 0.37 0.41 0.37 0.38 0.39 0.40 0.39 0.32 0.33 0.29 0.02 0.36 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.24 0.22 0.23 0.26 0.10 0.27 0.02 0.27 0.29 0.25 0.24 0.24 0.29 0.26 0.14 0.25 0.19 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.12 0.18 0.26 0.23 0.39 0.15 0.39 0.07 0.05 0.22 0.31 0.09 0.37 0.50 0.21 0.46 0.85 0.39 0.44
C2 0.10 0.11 0.17 0.20 0.17 0.27 0.11 0.23 0.06 0.05 0.18 0.21 0.09 0.37 0.38 0.13 0.25 0.48 0.45 0.17
C2' 0.22 0.12 0.23 0.39 0.21 0.55 0.13 0.58 0.11 0.11 0.21 0.29 0.10 0.43 0.66 0.33 0.74 1.23 0.57 0.80
C3' 0.29 0.11 0.27 0.43 0.19 0.62 0.15 0.65 0.17 0.17 0.18 0.27 0.09 0.47 0.69 0.42 0.83 1.32 0.61 0.88
C4 0.08 0.12 0.18 0.19 0.24 0.27 0.17 0.23 0.09 0.06 0.23 0.31 0.08 0.35 0.36 0.14 0.27 0.50 0.48 0.16
C4' 0.19 0.09 0.20 0.31 0.20 0.49 0.12 0.50 0.08 0.08 0.20 0.30 0.07 0.39 0.56 0.30 0.62 1.09 0.43 0.65
C5 0.07 0.14 0.17 0.16 0.29 0.18 0.22 0.13 0.14 0.09 0.27 0.36 0.07 0.32 0.24 0.10 0.24 0.29 0.68 0.20
C5' 0.21 0.07 0.22 0.31 0.19 0.48 0.11 0.48 0.08 0.09 0.17 0.28 0.06 0.41 0.54 0.32 0.59 1.02 0.36 0.57
C6 0.07 0.15 0.16 0.15 0.29 0.12 0.23 0.10 0.15 0.11 0.27 0.36 0.08 0.29 0.17 0.08 0.32 0.25 0.82 0.36
C8 0.07 0.14 0.18 0.17 0.30 0.24 0.23 0.19 0.14 0.09 0.27 0.39 0.07 0.33 0.31 0.13 0.25 0.42 0.59 0.12
N1 0.06 0.12 0.13 0.12 0.21 0.16 0.16 0.11 0.10 0.07 0.22 0.26 0.07 0.32 0.21 0.08 0.24 0.26 0.67 0.24
N2 0.13 0.11 0.22 0.29 0.13 0.32 0.10 0.29 0.09 0.09 0.15 0.15 0.13 0.41 0.49 0.13 0.31 0.59 0.39 0.26
N3 0.11 0.11 0.19 0.25 0.18 0.33 0.12 0.30 0.06 0.05 0.19 0.24 0.09 0.38 0.46 0.16 0.34 0.64 0.39 0.28
N7 0.07 0.15 0.19 0.17 0.32 0.17 0.26 0.13 0.16 0.11 0.29 0.42 0.08 0.31 0.24 0.10 0.26 0.27 0.75 0.22
N9 0.09 0.13 0.18 0.20 0.26 0.30 0.18 0.27 0.10 0.06 0.24 0.34 0.08 0.35 0.39 0.15 0.31 0.60 0.45 0.22
O2' 0.16 0.18 0.16 0.36 0.25 0.52 0.17 0.58 0.12 0.12 0.26 0.32 0.17 0.33 0.65 0.28 0.79 1.35 0.67 0.90
O3' 0.35 0.15 0.33 0.53 0.21 0.74 0.21 0.80 0.25 0.23 0.20 0.28 0.12 0.50 0.82 0.50 1.06 1.64 0.86 1.17
O4' 0.10 0.12 0.17 0.24 0.26 0.36 0.18 0.35 0.09 0.06 0.24 0.35 0.08 0.35 0.46 0.19 0.41 0.79 0.38 0.37
O5' 0.26 0.17 0.32 0.37 0.22 0.48 0.18 0.45 0.17 0.18 0.21 0.29 0.18 0.50 0.58 0.30 0.54 0.83 0.41 0.43
O6 0.11 0.19 0.19 0.23 0.35 0.10 0.29 0.18 0.22 0.16 0.31 0.42 0.12 0.25 0.15 0.10 0.50 0.42 1.07 0.61
OP1 0.19 0.31 0.14 0.19 0.50 0.40 0.42 0.36 0.31 0.25 0.45 0.63 0.24 0.36 0.39 0.25 0.35 0.78 0.68 0.46
OP2 0.33 0.45 0.29 0.28 0.59 0.38 0.53 0.35 0.45 0.41 0.56 0.68 0.39 0.36 0.28 0.35 0.23 0.56 0.95 0.51
P 0.20 0.33 0.16 0.16 0.48 0.34 0.42 0.30 0.32 0.27 0.45 0.58 0.27 0.33 0.30 0.25 0.22 0.61 0.76 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.24 0.25 0.52 0.30
C2 0.02 0.00 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.06 0.04 0.61 0.55 0.96 0.71
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.31 0.30 0.45 0.30
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.25 0.01 0.29 0.03 0.26 0.16 0.18 0.27 0.06 0.02 0.01 0.03 0.37 0.34 0.36 0.30
C4 0.03 0.01 0.04 0.25 0.00 0.20 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.24 0.07 1.05 1.12 1.51 1.24
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.20 0.00 0.25 0.01 0.24 0.11 0.12 0.22 0.04 0.11 0.04 0.01 0.02 0.29 0.35 0.11
C5 0.03 0.01 0.05 0.29 0.01 0.25 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.31 0.08 1.16 1.25 1.54 1.35
C5' 0.03 0.19 0.02 0.03 0.41 0.01 0.47 0.00 0.40 0.22 0.29 0.46 0.08 0.10 0.05 0.01 0.01 0.25 0.43 0.04
C6 0.03 0.01 0.06 0.26 0.01 0.24 0.00 0.40 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.27 0.07 1.00 0.98 1.18 1.08
N1 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.11 0.04 0.65 0.58 0.88 0.70
N3 0.02 0.01 0.03 0.18 0.00 0.12 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.13 0.05 0.82 0.82 1.25 0.97
N4 0.03 0.01 0.04 0.27 0.01 0.22 0.02 0.46 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.28 0.08 1.14 1.31 1.72 1.41
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.11 0.04 0.39 0.31 0.77 0.47
O2' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.15 0.11 0.08 0.10 0.04 0.08 0.21 0.16 0.26 0.00 0.08 0.12 0.18 0.33 0.39 0.19
O3' 0.05 0.06 0.03 0.01 0.24 0.04 0.31 0.05 0.27 0.11 0.13 0.28 0.11 0.08 0.00 0.04 0.26 0.37 0.26 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.12 0.04 0.00 0.12 0.23 0.47 0.23
O5' 0.24 0.61 0.31 0.37 1.05 0.02 1.16 0.01 1.00 0.65 0.82 1.14 0.39 0.18 0.26 0.12 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.25 0.55 0.30 0.34 1.12 0.29 1.25 0.25 0.98 0.58 0.82 1.31 0.31 0.33 0.37 0.23 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.96 0.45 0.36 1.51 0.35 1.54 0.43 1.18 0.88 1.25 1.72 0.77 0.39 0.26 0.47 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.71 0.30 0.30 1.24 0.11 1.35 0.04 1.08 0.70 0.97 1.41 0.47 0.19 0.15 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00