ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54398

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C2 B 0, 0.165, 0.346, 0.528, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.346 std_dev=0.181
C6 B 0, 0.115, 0.302, 0.490, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.302 std_dev=0.188
P A 0, 0.182, 0.392, 0.602, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.392 std_dev=0.210
OP1 A 0, 0.203, 0.415, 0.627, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.415 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.258, 0.538, 0.817, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.538 std_dev=0.279
C2' A 0, 0.278, 0.587, 0.897, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.587 std_dev=0.309
O5' A 0, 0.297, 0.609, 0.920, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.609 std_dev=0.311
OP2 A 0, 0.322, 0.659, 0.996, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.659 std_dev=0.337
N1 B 0, 0.261, 0.613, 0.966, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.613 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.349, 0.702, 1.055, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.702 std_dev=0.353
O2 B 0, 0.442, 0.897, 1.352, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.897 std_dev=0.455
C4' A 0, 0.483, 0.976, 1.469, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.976 std_dev=0.493
C5' A 0, 0.452, 0.946, 1.440, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.946 std_dev=0.494
C5 B 0, 0.484, 1.034, 1.584, 1.575 max_d=1.575 avg_d=1.034 std_dev=0.550
O2' A 0, 0.590, 1.192, 1.795, 1.651 max_d=1.651 avg_d=1.192 std_dev=0.602
C3' A 0, 0.619, 1.237, 1.856, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.237 std_dev=0.619
C4 B 0, 0.655, 1.314, 1.974, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.314 std_dev=0.660
C3' B 0, 0.503, 1.178, 1.853, 1.860 max_d=1.860 avg_d=1.178 std_dev=0.675
C1' B 0, 0.770, 1.615, 2.460, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.615 std_dev=0.845
C2' B 0, 0.836, 1.684, 2.531, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.684 std_dev=0.847
O3' B 0, 0.881, 1.983, 3.085, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.983 std_dev=1.102
N4 B 0, 1.112, 2.225, 3.338, 2.823 max_d=2.823 avg_d=2.225 std_dev=1.113
O3' A 0, 1.110, 2.224, 3.339, 2.868 max_d=2.868 avg_d=2.224 std_dev=1.115
O4' B 0, 1.063, 2.179, 3.296, 2.988 max_d=2.988 avg_d=2.179 std_dev=1.117
C4' B 0, 1.078, 2.230, 3.382, 3.060 max_d=3.060 avg_d=2.230 std_dev=1.152
O5' B 0, 1.366, 2.749, 4.132, 3.643 max_d=3.643 avg_d=2.749 std_dev=1.383
C5' B 0, 1.468, 2.952, 4.436, 3.860 max_d=3.860 avg_d=2.952 std_dev=1.484
O2' B 0, 1.870, 3.749, 5.629, 4.882 max_d=4.882 avg_d=3.749 std_dev=1.880
OP2 B 0, 1.954, 3.935, 5.916, 5.241 max_d=5.241 avg_d=3.935 std_dev=1.981
P B 0, 1.971, 3.964, 5.957, 5.151 max_d=5.151 avg_d=3.964 std_dev=1.993
OP1 B 0, 2.221, 4.493, 6.765, 5.977 max_d=5.977 avg_d=4.493 std_dev=2.272

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.01 0.05 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.07 0.08 0.00 0.13 0.20 0.14
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.09 0.04 0.06 0.06 0.11 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.03 0.18 0.25 0.18
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.15 0.09 0.05 0.04 0.15 0.09 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.03 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04 0.07 0.00 0.11 0.19 0.12
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.11 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.02 0.02 0.08 0.00 0.14 0.20 0.14
C5' 0.03 0.07 0.09 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.03 0.09 0.00 0.16 0.21 0.15
C8 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.08 0.04 0.07 0.00 0.10 0.17 0.10
N1 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.06 0.08 0.00 0.15 0.21 0.15
N2 0.01 0.00 0.11 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.19 0.09 0.08 0.00 0.12 0.20 0.14
N3 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.07 0.07 0.00 0.11 0.19 0.12
N7 0.00 0.00 0.04 0.15 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.02 0.09 0.00 0.14 0.19 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.16 0.10
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.11 0.12 0.02 0.11 0.14 0.10 0.12 0.09 0.15 0.08 0.00 0.01 0.07 0.14 0.13 0.13 0.27 0.15
O3' 0.12 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.19 0.15 0.09 0.03 0.01 0.00 0.10 0.07 0.04 0.12 0.07 0.07
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04
O5' 0.07 0.08 0.18 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.14 0.07 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.04 0.02 0.10 0.00 0.17 0.21 0.16
OP1 0.05 0.13 0.18 0.03 0.11 0.04 0.14 0.05 0.16 0.10 0.15 0.12 0.11 0.14 0.09 0.13 0.12 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.20 0.25 0.04 0.19 0.03 0.20 0.01 0.21 0.17 0.21 0.20 0.19 0.19 0.16 0.27 0.07 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.18 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.10 0.15 0.14 0.12 0.12 0.10 0.15 0.07 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.06 0.36 0.06 0.09 0.25 0.08 0.52 0.07 0.09 0.05 0.15 0.13 0.73 0.10 0.21 0.46 0.81 0.78 0.79
C2 0.11 0.04 0.33 0.15 0.07 0.35 0.04 0.50 0.04 0.05 0.07 0.09 0.05 0.58 0.18 0.35 0.38 0.58 0.64 0.64
C2' 0.33 0.16 0.48 0.20 0.04 0.08 0.06 0.36 0.13 0.20 0.03 0.12 0.25 0.86 0.22 0.05 0.35 0.75 0.70 0.70
C3' 0.29 0.18 0.41 0.11 0.06 0.15 0.09 0.45 0.14 0.20 0.10 0.07 0.26 0.79 0.12 0.07 0.43 0.83 0.73 0.76
C4 0.14 0.06 0.33 0.12 0.06 0.28 0.04 0.48 0.04 0.07 0.04 0.10 0.11 0.62 0.15 0.27 0.38 0.67 0.70 0.69
C4' 0.19 0.09 0.34 0.03 0.07 0.25 0.07 0.53 0.08 0.12 0.05 0.11 0.15 0.73 0.09 0.18 0.48 0.83 0.77 0.79
C5 0.15 0.07 0.32 0.15 0.04 0.28 0.03 0.42 0.05 0.09 0.02 0.09 0.13 0.53 0.20 0.27 0.31 0.61 0.64 0.62
C5' 0.17 0.09 0.33 0.04 0.08 0.26 0.08 0.53 0.08 0.11 0.05 0.12 0.14 0.69 0.11 0.20 0.47 0.83 0.77 0.79
C6 0.16 0.08 0.30 0.19 0.04 0.31 0.03 0.39 0.07 0.10 0.03 0.08 0.13 0.44 0.24 0.31 0.27 0.52 0.57 0.54
C8 0.17 0.07 0.33 0.12 0.07 0.24 0.05 0.44 0.05 0.09 0.02 0.13 0.15 0.61 0.15 0.22 0.35 0.71 0.70 0.69
N1 0.15 0.05 0.30 0.20 0.06 0.35 0.04 0.43 0.06 0.09 0.06 0.10 0.07 0.45 0.24 0.36 0.31 0.51 0.58 0.56
N2 0.07 0.06 0.33 0.16 0.08 0.41 0.06 0.55 0.04 0.03 0.10 0.10 0.09 0.59 0.17 0.41 0.42 0.55 0.62 0.63
N3 0.12 0.05 0.34 0.10 0.07 0.31 0.05 0.52 0.04 0.06 0.06 0.10 0.09 0.66 0.13 0.30 0.42 0.67 0.70 0.71
N7 0.16 0.08 0.32 0.15 0.05 0.25 0.03 0.40 0.05 0.10 0.02 0.10 0.15 0.54 0.19 0.24 0.30 0.63 0.65 0.63
N9 0.16 0.06 0.34 0.09 0.08 0.25 0.06 0.48 0.05 0.08 0.04 0.13 0.13 0.66 0.13 0.23 0.40 0.74 0.73 0.73
O2' 0.21 0.06 0.37 0.13 0.25 0.16 0.19 0.47 0.06 0.04 0.18 0.36 0.11 0.79 0.19 0.14 0.50 0.93 0.90 0.88
O3' 0.14 0.04 0.22 0.10 0.10 0.31 0.09 0.63 0.05 0.06 0.04 0.15 0.12 0.62 0.14 0.20 0.61 1.00 0.89 0.92
O4' 0.12 0.06 0.30 0.05 0.11 0.32 0.10 0.58 0.08 0.07 0.07 0.15 0.09 0.67 0.13 0.28 0.51 0.83 0.79 0.82
O5' 0.17 0.10 0.32 0.06 0.08 0.26 0.08 0.50 0.08 0.11 0.06 0.13 0.16 0.65 0.13 0.21 0.44 0.83 0.77 0.78
O6 0.19 0.11 0.29 0.22 0.05 0.30 0.06 0.35 0.10 0.13 0.05 0.09 0.16 0.37 0.28 0.32 0.23 0.45 0.51 0.47
OP1 0.17 0.11 0.31 0.08 0.14 0.27 0.13 0.51 0.11 0.12 0.12 0.19 0.15 0.63 0.16 0.24 0.44 0.84 0.78 0.79
OP2 0.15 0.15 0.24 0.14 0.19 0.35 0.19 0.54 0.16 0.15 0.17 0.23 0.16 0.50 0.24 0.33 0.45 0.84 0.80 0.80
P 0.17 0.12 0.31 0.10 0.13 0.29 0.13 0.51 0.12 0.13 0.12 0.17 0.16 0.61 0.19 0.26 0.43 0.81 0.76 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.04 0.13 0.40 0.22
C2 0.00 0.00 0.09 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.12 0.06 0.26 0.44 0.30
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.08 0.07 0.02 0.08 0.03 0.14 0.00 0.01 0.01 0.17 0.18 0.45 0.29
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.16 0.09 0.11 0.17 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.15 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.01 0.16 0.19 0.27 0.15
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.16 0.04 0.03 0.07 0.16 0.11 0.02 0.00 0.00 0.07 0.18 0.07
C5 0.00 0.00 0.05 0.18 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.08 0.09 0.25 0.07 0.16 0.05
C5' 0.02 0.09 0.08 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.20 0.04 0.06 0.10 0.20 0.03 0.08 0.00 0.00 0.11 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.16 0.00 0.16 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.06 0.12 0.23 0.04 0.23 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.06 0.15 0.39 0.20
N3 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.09 0.07 0.27 0.39 0.27
N4 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.06 0.02 0.18 0.20 0.21 0.14
O2 0.00 0.00 0.14 0.02 0.00 0.16 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.15 0.21 0.13 0.33 0.50 0.38
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.13 0.11 0.24 0.03 0.24 0.08 0.04 0.14 0.18 0.00 0.01 0.07 0.14 0.15 0.49 0.27
O3' 0.14 0.08 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.15 0.01 0.00 0.09 0.08 0.28 0.08 0.08
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.09 0.02 0.21 0.07 0.09 0.00 0.02 0.06 0.30 0.16
O5' 0.04 0.06 0.17 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.23 0.06 0.07 0.18 0.13 0.14 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.13 0.26 0.18 0.09 0.19 0.07 0.07 0.11 0.04 0.15 0.27 0.20 0.33 0.15 0.28 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.40 0.44 0.45 0.15 0.27 0.18 0.16 0.06 0.23 0.39 0.39 0.21 0.50 0.49 0.08 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.30 0.29 0.05 0.15 0.07 0.05 0.01 0.03 0.20 0.27 0.14 0.38 0.27 0.08 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00