ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54401

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 20, 23, 7, 12, 5, 6, 6, 4, 2, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.016, 0.031, 0.045, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.021, 0.036, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.024, 0.041, 0.059, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.041 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.032, 0.052, 0.072, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.052 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.043, 0.068, 0.094, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.068 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.012, 0.042, 0.071, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.042 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.054, 0.087, 0.120, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.087 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.061, 0.098, 0.135, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.098 std_dev=0.037
C2 B 0, 0.090, 0.303, 0.517, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.303 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.108, 0.336, 0.564, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.336 std_dev=0.228
O2 B 0, 0.068, 0.320, 0.572, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.320 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.101, 0.371, 0.641, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.371 std_dev=0.270
C4 B 0, 0.151, 0.421, 0.691, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.421 std_dev=0.270
O4 B 0, 0.129, 0.448, 0.768, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.448 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.040, 0.381, 0.722, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.381 std_dev=0.341
C5 B 0, 0.176, 0.528, 0.880, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.528 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.146, 0.507, 0.867, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.507 std_dev=0.361
C2' B 0, 0.079, 0.502, 0.925, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.502 std_dev=0.423
O4' B 0, 0.039, 0.489, 0.940, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.489 std_dev=0.450
O2' B 0, 0.218, 0.689, 1.160, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.689 std_dev=0.471
C4' B 0, 0.046, 0.614, 1.183, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.614 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.082, 0.669, 1.256, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.669 std_dev=0.587
C5' B 0, 0.086, 0.761, 1.436, 3.067 max_d=3.067 avg_d=0.761 std_dev=0.675
O5' B 0, 0.153, 0.891, 1.628, 3.201 max_d=3.201 avg_d=0.891 std_dev=0.738
P B 0, 0.184, 0.989, 1.794, 3.813 max_d=3.813 avg_d=0.989 std_dev=0.805
O3' B 0, 0.092, 0.926, 1.760, 2.921 max_d=2.921 avg_d=0.926 std_dev=0.834
OP2 B 0, 0.323, 1.189, 2.056, 3.762 max_d=3.762 avg_d=1.189 std_dev=0.866
OP1 B 0, 0.075, 0.999, 1.922, 4.688 max_d=4.688 avg_d=0.999 std_dev=0.923
O4' A 0, -0.031, 1.040, 2.111, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.040 std_dev=1.071
C2' A 0, -0.056, 1.120, 2.295, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.120 std_dev=1.175
C4' A 0, -0.038, 1.442, 2.922, 3.338 max_d=3.338 avg_d=1.442 std_dev=1.480
C3' A 0, -0.060, 1.543, 3.146, 3.561 max_d=3.561 avg_d=1.543 std_dev=1.603
O2' A 0, 0.089, 1.791, 3.493, 3.989 max_d=3.989 avg_d=1.791 std_dev=1.702
O3' A 0, 0.048, 1.762, 3.477, 3.970 max_d=3.970 avg_d=1.762 std_dev=1.714
C5' A 0, -0.126, 2.730, 5.587, 6.247 max_d=6.247 avg_d=2.730 std_dev=2.856
O5' A 0, -0.129, 3.523, 7.175, 7.867 max_d=7.867 avg_d=3.523 std_dev=3.652
P A 0, -0.343, 4.795, 9.933, 10.854 max_d=10.854 avg_d=4.795 std_dev=5.138
OP2 A 0, -0.400, 4.970, 10.341, 11.432 max_d=11.432 avg_d=4.970 std_dev=5.371
OP1 A 0, -0.401, 5.557, 11.515, 12.651 max_d=12.651 avg_d=5.557 std_dev=5.958

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.39 0.01 0.28 0.02 0.27 0.23 0.18
C2 0.04 0.00 0.13 0.27 0.01 0.79 0.01 1.72 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.55 1.26 0.02 1.73 2.24 1.85
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.32 0.06 0.11 0.08 0.17 0.14 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01 0.25 0.07 0.29 0.72 0.38
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.10 0.01 0.32 0.02 0.24 0.60 0.10 0.47 0.30 0.58 0.27 0.02 0.01 0.01 0.14 0.34 0.16 0.30 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.32 0.01 0.83 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.29 0.25 0.02 0.34 0.66 0.42
C4' 0.01 0.79 0.01 0.01 0.32 0.00 0.10 0.01 0.27 0.48 0.57 1.02 0.76 0.32 0.07 0.33 0.04 0.00 0.02 0.17 0.22 0.28 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.32 0.01 0.10 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.14 0.49 0.02 0.35 0.23 0.28
C5' 0.17 1.72 0.32 0.02 0.83 0.01 0.46 0.00 0.79 0.55 1.34 2.15 1.59 0.30 0.17 0.06 0.25 0.03 0.01 0.61 0.40 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.27 0.01 0.79 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.20 0.15 0.26 0.26 0.01 0.26 0.46 0.31
C8 0.02 0.01 0.11 0.60 0.01 0.48 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.34 0.14 0.28 1.50 0.02 1.50 1.40 1.49
N1 0.03 0.01 0.08 0.10 0.01 0.57 0.01 1.34 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.11 0.43 0.73 0.02 1.13 1.51 1.22
N2 0.06 0.01 0.17 0.47 0.01 1.02 0.01 2.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.26 0.65 1.90 0.03 2.64 3.26 2.74
N3 0.04 0.01 0.14 0.30 0.01 0.76 0.01 1.59 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.24 0.53 1.11 0.02 1.40 1.90 1.55
N7 0.02 0.01 0.10 0.58 0.01 0.32 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.21 0.13 1.32 0.03 1.34 1.31 1.31
N9 0.01 0.02 0.04 0.27 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.01 0.59 0.02 0.50 0.28 0.43
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.13 0.33 0.23 0.06 0.20 0.34 0.13 0.25 0.14 0.34 0.19 0.00 0.06 0.23 0.15 0.25 0.23 0.76 0.30
O3' 0.39 0.18 0.03 0.01 0.11 0.04 0.12 0.25 0.15 0.14 0.11 0.26 0.24 0.21 0.11 0.06 0.00 0.34 0.15 0.22 0.43 0.15 0.19
O4' 0.01 0.55 0.01 0.01 0.29 0.00 0.14 0.03 0.26 0.28 0.43 0.65 0.53 0.13 0.01 0.23 0.34 0.00 0.42 0.20 0.48 0.24 0.37
O5' 0.28 1.26 0.25 0.14 0.25 0.02 0.49 0.01 0.26 1.50 0.73 1.90 1.11 1.32 0.59 0.15 0.15 0.42 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.34 0.02 0.17 0.02 0.61 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.25 0.22 0.20 0.42 0.00 0.26 0.24 0.21
OP1 0.27 1.73 0.29 0.16 0.34 0.22 0.35 0.40 0.26 1.50 1.13 2.64 1.40 1.34 0.50 0.23 0.43 0.48 0.02 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 2.24 0.72 0.30 0.66 0.28 0.23 0.39 0.46 1.40 1.51 3.26 1.90 1.31 0.28 0.76 0.15 0.24 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.18 1.85 0.38 0.12 0.42 0.03 0.28 0.02 0.31 1.49 1.22 2.74 1.55 1.31 0.43 0.30 0.19 0.37 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.15 0.33 0.39 0.13 0.36 0.16 0.37 0.21 0.21 0.12 0.14 0.41 0.56 0.13 0.32 0.28 0.44 0.28 0.32
C2 0.21 0.13 0.29 0.33 0.11 0.28 0.14 0.28 0.17 0.17 0.11 0.12 0.38 0.45 0.11 0.24 0.22 0.36 0.24 0.25
C2' 0.29 0.16 0.18 0.22 0.14 0.33 0.20 0.36 0.25 0.23 0.13 0.16 0.26 0.30 0.13 0.39 0.25 0.41 0.21 0.28
C3' 0.25 0.13 0.26 0.26 0.15 0.26 0.16 0.26 0.19 0.17 0.15 0.16 0.29 0.33 0.18 0.33 0.25 0.42 0.26 0.21
C4 0.23 0.14 0.29 0.32 0.13 0.29 0.15 0.30 0.19 0.19 0.13 0.14 0.38 0.45 0.14 0.27 0.22 0.35 0.23 0.23
C4' 0.89 0.71 0.80 0.77 0.60 0.87 0.67 0.86 0.75 0.78 0.63 0.74 0.82 0.71 0.54 0.96 0.86 0.90 0.84 0.81
C5 0.22 0.16 0.27 0.28 0.16 0.26 0.17 0.27 0.19 0.19 0.16 0.17 0.37 0.38 0.18 0.26 0.20 0.30 0.23 0.19
C5' 2.09 1.70 2.02 2.03 1.47 2.16 1.64 2.16 1.82 1.87 1.49 1.74 2.10 1.98 1.31 2.20 2.12 2.15 2.02 2.05
C6 0.22 0.18 0.26 0.26 0.17 0.25 0.18 0.25 0.19 0.20 0.17 0.19 0.36 0.33 0.18 0.24 0.21 0.28 0.24 0.18
C8 0.23 0.16 0.28 0.30 0.16 0.29 0.17 0.29 0.19 0.19 0.16 0.16 0.38 0.43 0.19 0.28 0.20 0.32 0.23 0.21
N1 0.20 0.14 0.27 0.27 0.12 0.25 0.14 0.25 0.17 0.18 0.12 0.15 0.36 0.36 0.13 0.23 0.20 0.29 0.22 0.19
N2 0.20 0.15 0.31 0.36 0.14 0.28 0.16 0.29 0.18 0.18 0.14 0.15 0.38 0.49 0.13 0.22 0.26 0.40 0.28 0.29
N3 0.23 0.13 0.30 0.36 0.11 0.30 0.15 0.31 0.19 0.18 0.11 0.12 0.39 0.50 0.12 0.27 0.25 0.39 0.26 0.28
N7 0.23 0.18 0.27 0.27 0.18 0.26 0.18 0.27 0.20 0.20 0.18 0.18 0.37 0.38 0.21 0.26 0.20 0.29 0.24 0.19
N9 0.24 0.14 0.29 0.34 0.14 0.31 0.16 0.31 0.19 0.19 0.13 0.14 0.39 0.48 0.15 0.29 0.23 0.37 0.24 0.25
O2' 0.57 0.27 0.47 0.55 0.19 0.72 0.29 0.75 0.41 0.41 0.18 0.27 0.64 0.65 0.20 0.70 0.57 0.70 0.42 0.61
O3' 0.34 0.25 0.20 0.23 0.27 0.39 0.33 0.44 0.36 0.31 0.25 0.23 0.24 0.28 0.26 0.47 0.33 0.47 0.27 0.37
O4' 0.56 0.50 0.37 0.33 0.46 0.45 0.47 0.45 0.50 0.52 0.47 0.52 0.35 0.29 0.44 0.62 0.48 0.50 0.50 0.43
O5' 1.90 1.23 1.96 2.05 0.89 2.19 1.16 2.19 1.44 1.52 0.91 1.27 2.17 2.14 0.66 2.08 2.05 2.17 1.85 1.98
O6 0.23 0.22 0.26 0.24 0.22 0.24 0.22 0.26 0.23 0.23 0.22 0.23 0.34 0.29 0.23 0.25 0.25 0.27 0.29 0.21
OP1 3.07 2.04 3.24 3.47 1.58 3.67 2.03 3.71 2.45 2.51 1.57 2.02 3.55 3.71 1.22 3.38 3.46 3.73 3.17 3.42
OP2 3.33 2.30 3.57 3.71 1.73 3.82 2.18 3.78 2.63 2.75 1.78 2.36 3.93 3.94 1.34 3.54 3.56 3.76 3.25 3.47
P 2.99 2.04 3.10 3.25 1.56 3.45 1.98 3.46 2.38 2.47 1.58 2.06 3.40 3.40 1.21 3.25 3.24 3.42 2.95 3.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.12 0.18 0.20 0.10
C2 0.03 0.00 0.04 0.09 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.03 0.24 0.26 0.26 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.09 0.01 0.10 0.03 0.09 0.04 0.06 0.09 0.01 0.02 0.11 0.01 0.12 0.37 0.13 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.19 0.01 0.22 0.02 0.19 0.10 0.14 0.09 0.03 0.01 0.22 0.02 0.14 0.43 0.14 0.18
C4 0.03 0.02 0.09 0.19 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.21 0.01 0.05 0.37 0.33 0.41 0.28
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.09 0.04 0.05 0.02 0.15 0.01 0.02 0.19 0.15 0.08
C5 0.03 0.01 0.10 0.22 0.01 0.16 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.25 0.01 0.06 0.41 0.33 0.44 0.31
C5' 0.04 0.15 0.03 0.02 0.27 0.01 0.30 0.00 0.25 0.16 0.21 0.11 0.05 0.05 0.30 0.02 0.01 0.16 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.14 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.21 0.02 0.06 0.36 0.27 0.35 0.24
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03 0.02 0.24 0.22 0.25 0.14
N3 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.02 0.03 0.30 0.29 0.33 0.20
O2 0.05 0.01 0.09 0.09 0.02 0.04 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.11 0.03 0.06 0.19 0.28 0.22 0.10
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.15 0.00 0.06 0.08 0.05 0.07 0.38 0.14 0.13
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.21 0.02 0.25 0.05 0.21 0.09 0.13 0.11 0.06 0.00 0.26 0.03 0.15 0.60 0.22 0.30
O4 0.03 0.03 0.11 0.22 0.01 0.15 0.01 0.30 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.26 0.00 0.06 0.40 0.37 0.47 0.33
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03 0.06 0.00 0.13 0.13 0.26 0.19
O5' 0.12 0.24 0.12 0.14 0.37 0.02 0.41 0.01 0.36 0.24 0.30 0.19 0.07 0.15 0.40 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.18 0.26 0.37 0.43 0.33 0.19 0.33 0.16 0.27 0.22 0.29 0.28 0.38 0.60 0.37 0.13 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.20 0.26 0.13 0.14 0.41 0.15 0.44 0.15 0.35 0.25 0.33 0.22 0.14 0.22 0.47 0.26 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.11 0.18 0.28 0.08 0.31 0.02 0.24 0.14 0.20 0.10 0.13 0.30 0.33 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00