ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54402

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 5, 11, 18, 10, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.021, 0.054, 0.087, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.054 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.068, 0.127, 0.187, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.127 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.063, 0.124, 0.186, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.124 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.093, 0.173, 0.253, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.173 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.097, 0.180, 0.263, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.180 std_dev=0.083
O3' A 0, 0.066, 0.159, 0.252, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.159 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.115, 0.210, 0.304, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.210 std_dev=0.095
O2 B 0, 0.153, 0.271, 0.389, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.271 std_dev=0.118
C1' B 0, 0.142, 0.264, 0.385, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.264 std_dev=0.121
C2' B 0, 0.127, 0.248, 0.370, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.248 std_dev=0.122
C2 B 0, 0.171, 0.296, 0.421, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.296 std_dev=0.125
N1 B 0, 0.166, 0.293, 0.419, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.293 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.098, 0.225, 0.352, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.225 std_dev=0.127
OP2 A 0, 0.103, 0.231, 0.359, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.231 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.142, 0.273, 0.404, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.273 std_dev=0.131
O4' B 0, 0.148, 0.292, 0.435, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.292 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.126, 0.272, 0.419, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.272 std_dev=0.146
P A 0, 0.103, 0.250, 0.398, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.250 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.139, 0.287, 0.435, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.287 std_dev=0.148
C6 B 0, 0.189, 0.337, 0.486, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.337 std_dev=0.149
N3 B 0, 0.198, 0.350, 0.502, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.350 std_dev=0.152
C4' B 0, 0.137, 0.293, 0.449, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.293 std_dev=0.156
O5' B 0, 0.155, 0.324, 0.492, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.324 std_dev=0.169
O3' B 0, 0.140, 0.309, 0.478, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.309 std_dev=0.169
C5 B 0, 0.218, 0.387, 0.557, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.387 std_dev=0.169
C5' B 0, 0.157, 0.333, 0.508, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.333 std_dev=0.175
C4 B 0, 0.224, 0.401, 0.577, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.401 std_dev=0.176
OP1 A 0, 0.188, 0.376, 0.563, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.376 std_dev=0.187
P B 0, 0.200, 0.394, 0.588, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.394 std_dev=0.194
OP2 B 0, 0.246, 0.447, 0.648, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.447 std_dev=0.201
OP1 B 0, 0.186, 0.403, 0.621, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.403 std_dev=0.217
O4 B 0, 0.260, 0.490, 0.720, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.490 std_dev=0.230

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.07 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.08 0.00 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.08 0.00 0.07 0.09 0.06
N2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.08 0.01 0.08 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.10 0.09 0.07
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.08 0.00 0.07 0.10 0.07
OP1 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.07 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.06 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.05 0.12 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.12 0.12 0.05 0.06 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06
C2 0.08 0.13 0.06 0.05 0.14 0.05 0.11 0.06 0.10 0.10 0.14 0.15 0.05 0.06 0.15 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06
C2' 0.06 0.10 0.05 0.05 0.12 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.12 0.12 0.06 0.06 0.13 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06
C3' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.12 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.12 0.12 0.06 0.07 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06
C4 0.06 0.11 0.05 0.05 0.12 0.05 0.10 0.06 0.08 0.08 0.12 0.11 0.05 0.06 0.14 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
C4' 0.08 0.11 0.07 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.13 0.12 0.07 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07
C5 0.06 0.09 0.06 0.06 0.12 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.12 0.10 0.07 0.07 0.14 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
C5' 0.08 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.12 0.12 0.08 0.09 0.13 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08
C6 0.07 0.09 0.07 0.07 0.12 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.12 0.09 0.10 0.08 0.14 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06
C8 0.06 0.09 0.05 0.05 0.11 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.10 0.06 0.06 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
N1 0.06 0.12 0.05 0.05 0.13 0.06 0.11 0.06 0.09 0.08 0.14 0.13 0.08 0.07 0.15 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
N2 0.11 0.15 0.09 0.07 0.15 0.06 0.13 0.06 0.12 0.13 0.16 0.17 0.07 0.07 0.16 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08
N3 0.08 0.12 0.06 0.05 0.13 0.05 0.11 0.06 0.09 0.10 0.14 0.14 0.05 0.06 0.14 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07
N7 0.07 0.09 0.06 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06
N9 0.06 0.10 0.05 0.05 0.12 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.12 0.11 0.05 0.06 0.13 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.13 0.07 0.11 0.08 0.09 0.09 0.13 0.13 0.08 0.08 0.14 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08
O3' 0.08 0.11 0.07 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.13 0.13 0.08 0.09 0.13 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07
O4' 0.08 0.11 0.08 0.07 0.12 0.07 0.10 0.08 0.09 0.10 0.13 0.12 0.07 0.08 0.14 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.09 0.12 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.12 0.10 0.11 0.14 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09
O6 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.13 0.11 0.15 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08
OP1 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09
OP2 0.09 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.08 0.09 0.13 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08
P 0.08 0.10 0.07 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.07 0.08 0.13 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.08 0.06 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
O5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.06 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00