ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54403

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 6, 14, 4, 10, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.011, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.015, 0.024, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.015, 0.024, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.019, 0.029, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.031, 0.045, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.045 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.033, 0.053, 0.073, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.053 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.035, 0.057, 0.078, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.057 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.018, 0.109, 0.200, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.109 std_dev=0.091
O2' A 0, 0.079, 0.176, 0.272, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.176 std_dev=0.096
O4' A 0, -0.022, 0.084, 0.190, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.084 std_dev=0.106
C3' A 0, -0.028, 0.139, 0.307, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.139 std_dev=0.168
C4' A 0, -0.045, 0.132, 0.308, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.132 std_dev=0.176
C2' B 0, 0.095, 0.293, 0.490, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.293 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.103, 0.303, 0.503, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.303 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.123, 0.329, 0.535, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.329 std_dev=0.206
O3' A 0, -0.021, 0.191, 0.403, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.191 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.247, 0.461, 0.674, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.461 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.153, 0.367, 0.581, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.367 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.217, 0.433, 0.650, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.433 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.068, 0.287, 0.505, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.287 std_dev=0.219
C3' B 0, 0.158, 0.382, 0.607, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.382 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.148, 0.381, 0.615, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.381 std_dev=0.234
O4 B 0, 0.297, 0.535, 0.773, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.535 std_dev=0.238
C5 B 0, 0.197, 0.438, 0.678, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.438 std_dev=0.241
O3' B 0, 0.194, 0.436, 0.679, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.436 std_dev=0.243
O2 B 0, 0.136, 0.384, 0.632, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.384 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.097, 0.354, 0.610, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.354 std_dev=0.256
C4' B 0, 0.137, 0.404, 0.670, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.404 std_dev=0.267
O5' A 0, -0.042, 0.244, 0.529, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.244 std_dev=0.286
O5' B 0, 0.259, 0.561, 0.862, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.561 std_dev=0.302
C5' B 0, 0.214, 0.542, 0.871, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.542 std_dev=0.329
C5' A 0, -0.101, 0.238, 0.577, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.238 std_dev=0.339
P B 0, 0.243, 0.584, 0.925, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.584 std_dev=0.341
OP2 B 0, 0.235, 0.598, 0.960, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.598 std_dev=0.362
P A 0, -0.067, 0.323, 0.714, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.323 std_dev=0.391
OP1 B 0, 0.212, 0.634, 1.056, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.634 std_dev=0.422
OP2 A 0, -0.080, 0.396, 0.871, 2.253 max_d=2.253 avg_d=0.396 std_dev=0.476
OP1 A 0, -0.110, 0.403, 0.916, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.403 std_dev=0.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.17 0.01 0.18 0.27 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.04 0.22 0.07 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.10 0.06 0.10 0.12 0.09 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.17 0.10 0.28 0.10 0.17
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.18 0.01 0.18 0.26 0.19
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.11 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.22 0.01 0.24 0.33 0.25
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.12 0.14 0.10 0.09 0.15 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.17 0.08 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.24 0.00 0.27 0.36 0.28
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.21 0.01 0.22 0.28 0.23
N1 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.21 0.01 0.24 0.32 0.24
N2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.16 0.01 0.17 0.26 0.18
N3 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.15 0.01 0.15 0.23 0.16
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.24 0.01 0.28 0.35 0.28
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.01 0.15 0.21 0.16
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.21 0.06 0.08
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.10 0.07 0.11 0.14 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.18 0.11 0.38 0.20 0.25
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.05 0.18 0.10
O5' 0.08 0.17 0.12 0.17 0.18 0.01 0.22 0.01 0.24 0.21 0.21 0.16 0.15 0.24 0.16 0.06 0.18 0.07 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.26 0.00 0.32 0.40 0.31
OP1 0.10 0.18 0.22 0.28 0.18 0.11 0.24 0.08 0.27 0.22 0.24 0.17 0.15 0.28 0.15 0.21 0.38 0.05 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.27 0.07 0.10 0.26 0.11 0.33 0.18 0.36 0.28 0.32 0.26 0.23 0.35 0.21 0.06 0.20 0.18 0.01 0.40 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.19 0.11 0.17 0.19 0.01 0.25 0.01 0.28 0.23 0.24 0.18 0.16 0.28 0.16 0.08 0.25 0.10 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.07 0.12 0.12 0.09 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09 0.09 0.07 0.14 0.11 0.11 0.14 0.16 0.17 0.17 0.13
C2 0.15 0.07 0.15 0.15 0.10 0.16 0.09 0.15 0.10 0.10 0.10 0.08 0.18 0.15 0.13 0.16 0.17 0.17 0.20 0.14
C2' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.13 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.13 0.11 0.08 0.07 0.16 0.09 0.10 0.12 0.16 0.07
C3' 0.08 0.14 0.07 0.07 0.17 0.07 0.14 0.07 0.11 0.10 0.17 0.14 0.07 0.07 0.21 0.09 0.10 0.11 0.17 0.08
C4 0.15 0.08 0.14 0.14 0.09 0.15 0.09 0.14 0.11 0.11 0.09 0.08 0.16 0.13 0.12 0.16 0.17 0.16 0.20 0.14
C4' 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.09 0.11 0.11 0.15 0.11 0.14 0.16 0.16 0.10
C5 0.18 0.11 0.17 0.17 0.11 0.17 0.12 0.17 0.13 0.14 0.10 0.12 0.18 0.16 0.12 0.18 0.19 0.18 0.23 0.17
C5' 0.08 0.14 0.07 0.08 0.18 0.07 0.14 0.06 0.11 0.10 0.18 0.14 0.08 0.09 0.23 0.09 0.11 0.13 0.17 0.08
C6 0.20 0.14 0.19 0.19 0.12 0.20 0.13 0.20 0.15 0.16 0.11 0.16 0.20 0.19 0.13 0.20 0.21 0.20 0.26 0.19
C8 0.16 0.10 0.15 0.14 0.11 0.15 0.11 0.15 0.13 0.13 0.10 0.10 0.16 0.13 0.13 0.17 0.18 0.17 0.22 0.15
N1 0.19 0.10 0.19 0.19 0.10 0.19 0.10 0.19 0.13 0.14 0.09 0.11 0.20 0.18 0.12 0.19 0.20 0.19 0.24 0.17
N2 0.13 0.10 0.14 0.14 0.12 0.15 0.09 0.15 0.10 0.08 0.14 0.14 0.18 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.18 0.13
N3 0.13 0.07 0.13 0.13 0.09 0.14 0.09 0.13 0.10 0.09 0.10 0.08 0.15 0.13 0.12 0.15 0.16 0.16 0.18 0.13
N7 0.18 0.13 0.17 0.16 0.12 0.17 0.13 0.17 0.14 0.15 0.12 0.13 0.18 0.16 0.14 0.19 0.19 0.18 0.24 0.17
N9 0.14 0.08 0.13 0.13 0.09 0.14 0.10 0.13 0.11 0.10 0.09 0.08 0.15 0.12 0.12 0.15 0.16 0.16 0.19 0.13
O2' 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.13 0.14 0.17 0.15 0.11
O3' 0.10 0.16 0.09 0.08 0.20 0.10 0.17 0.10 0.14 0.13 0.20 0.16 0.09 0.10 0.23 0.11 0.10 0.12 0.18 0.10
O4' 0.14 0.07 0.14 0.14 0.09 0.15 0.10 0.14 0.12 0.11 0.09 0.08 0.16 0.14 0.11 0.15 0.19 0.20 0.18 0.15
O5' 0.22 0.22 0.16 0.13 0.24 0.19 0.23 0.17 0.22 0.21 0.24 0.22 0.20 0.12 0.26 0.23 0.22 0.20 0.16 0.18
O6 0.23 0.19 0.22 0.22 0.15 0.22 0.16 0.23 0.18 0.20 0.16 0.21 0.21 0.21 0.15 0.23 0.24 0.23 0.30 0.23
OP1 0.24 0.25 0.18 0.15 0.30 0.22 0.27 0.19 0.24 0.24 0.29 0.24 0.23 0.15 0.35 0.25 0.24 0.21 0.16 0.19
OP2 0.24 0.32 0.19 0.18 0.40 0.21 0.36 0.20 0.31 0.29 0.38 0.29 0.20 0.18 0.45 0.24 0.24 0.21 0.29 0.24
P 0.20 0.24 0.14 0.11 0.30 0.17 0.27 0.15 0.23 0.22 0.29 0.23 0.18 0.11 0.34 0.21 0.20 0.16 0.19 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.18 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.09 0.09 0.21 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.07 0.12 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.11 0.05 0.07 0.10 0.01 0.01 0.09 0.01 0.12 0.11 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.01 0.15 0.16 0.25 0.15
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.02 0.16 0.17 0.25 0.15
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.09 0.05 0.03 0.02 0.13 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.03 0.14 0.12 0.22 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.09 0.08 0.20 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.12 0.12 0.23 0.12
O2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.12 0.01 0.03 0.08 0.08 0.20 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.12 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.13 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.12 0.04 0.07 0.12 0.04 0.00 0.11 0.01 0.12 0.17 0.10 0.11
O4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.00 0.02 0.16 0.19 0.26 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.19 0.09
O5' 0.04 0.09 0.08 0.12 0.15 0.01 0.16 0.01 0.14 0.09 0.12 0.08 0.05 0.12 0.16 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.07 0.11 0.16 0.05 0.17 0.06 0.12 0.08 0.12 0.08 0.08 0.17 0.19 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.21 0.12 0.09 0.25 0.13 0.25 0.12 0.22 0.20 0.23 0.20 0.13 0.10 0.26 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.04 0.07 0.15 0.02 0.15 0.01 0.12 0.09 0.12 0.08 0.04 0.11 0.16 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00