ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54406

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 2, 3, 5, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.001, 0.014, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.025 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.024, 0.057, 0.090, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.057 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.011, 0.051, 0.091, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.051 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.068, 0.151, 0.234, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.151 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.051, 0.137, 0.223, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.137 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.074, 0.204, 0.335, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.204 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.042, 0.181, 0.320, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.181 std_dev=0.139
O2' A 0, 0.066, 0.233, 0.399, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.233 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.109, 0.291, 0.473, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.291 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.194, 0.405, 0.617, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.405 std_dev=0.212
O2 B 0, 0.181, 0.395, 0.608, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.395 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.168, 0.390, 0.611, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.390 std_dev=0.222
C5' A 0, 0.139, 0.364, 0.590, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.364 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.194, 0.446, 0.698, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.446 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.189, 0.446, 0.704, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.446 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.178, 0.436, 0.694, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.436 std_dev=0.258
N4 B 0, 0.223, 0.485, 0.747, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.485 std_dev=0.262
C1' B 0, 0.192, 0.457, 0.721, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.457 std_dev=0.265
O5' A 0, 0.174, 0.457, 0.740, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.457 std_dev=0.283
OP2 A 0, 0.178, 0.465, 0.752, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.465 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.269, 0.556, 0.844, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.556 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.272, 0.574, 0.877, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.574 std_dev=0.303
O3' B 0, 0.259, 0.563, 0.867, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.563 std_dev=0.304
C6 B 0, 0.192, 0.500, 0.808, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.500 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.194, 0.510, 0.825, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.510 std_dev=0.316
P A 0, 0.202, 0.522, 0.842, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.522 std_dev=0.320
O2' B 0, 0.159, 0.493, 0.828, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.493 std_dev=0.335
C4' B 0, 0.334, 0.675, 1.016, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.675 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.233, 0.624, 1.016, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.624 std_dev=0.391
C5' B 0, 0.478, 0.952, 1.427, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.952 std_dev=0.474
OP1 B 0, 0.870, 1.491, 2.111, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.491 std_dev=0.621
P B 0, 0.680, 1.327, 1.975, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.327 std_dev=0.647
O5' B 0, 0.983, 1.637, 2.291, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.637 std_dev=0.654
OP2 B 0, 0.785, 1.452, 2.119, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.452 std_dev=0.667

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04 0.00 0.07 0.07 0.09 0.10
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.09 0.02 0.07 0.08 0.12 0.10
C2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.12 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.07 0.07
C3' 0.06 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.07 0.06 0.12 0.03 0.01 0.05 0.08 0.11 0.10 0.10
C4 0.04 0.03 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.09 0.04 0.13 0.15 0.19 0.15
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.09 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05
C5 0.03 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.07 0.11 0.05 0.14 0.15 0.18 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.07 0.13 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.11 0.05 0.11 0.10 0.11 0.10
N1 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.08 0.07 0.10 0.09
N3 0.04 0.01 0.06 0.07 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.08 0.02 0.10 0.12 0.17 0.12
N4 0.04 0.03 0.06 0.06 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.09 0.05 0.15 0.20 0.24 0.19
O2 0.07 0.01 0.12 0.12 0.02 0.09 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.12 0.06 0.09 0.09 0.11 0.11
O2' 0.06 0.11 0.01 0.03 0.10 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.11 0.10 0.18 0.00 0.11 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09
O3' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.09 0.03 0.11 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09 0.12 0.11 0.00 0.04 0.14 0.22 0.19 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.06 0.08 0.04 0.00 0.06 0.09 0.08 0.11
O5' 0.07 0.07 0.06 0.08 0.13 0.03 0.14 0.01 0.11 0.08 0.10 0.15 0.09 0.09 0.14 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.07 0.08 0.08 0.11 0.15 0.04 0.15 0.04 0.10 0.07 0.12 0.20 0.09 0.11 0.22 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.09 0.12 0.07 0.10 0.19 0.02 0.18 0.02 0.11 0.10 0.17 0.24 0.11 0.08 0.19 0.08 0.03 0.04 0.00 0.02
P 0.10 0.10 0.07 0.10 0.15 0.05 0.15 0.02 0.10 0.09 0.12 0.19 0.11 0.09 0.19 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.15 0.18 0.21 0.18 0.18 0.17 0.26 0.15 0.15 0.16 0.25 0.20 0.28 0.22 0.17 0.33 0.39 0.64 0.32
C2 0.19 0.17 0.19 0.22 0.20 0.19 0.18 0.24 0.16 0.16 0.19 0.25 0.20 0.28 0.22 0.18 0.33 0.41 0.56 0.27
C2' 0.17 0.14 0.17 0.20 0.15 0.17 0.15 0.22 0.13 0.14 0.13 0.21 0.18 0.26 0.21 0.17 0.31 0.40 0.62 0.30
C3' 0.16 0.12 0.17 0.18 0.12 0.16 0.11 0.21 0.10 0.12 0.09 0.20 0.18 0.26 0.21 0.16 0.32 0.37 0.68 0.33
C4 0.20 0.20 0.19 0.22 0.22 0.20 0.21 0.25 0.19 0.19 0.22 0.24 0.23 0.29 0.22 0.19 0.35 0.42 0.56 0.28
C4' 0.18 0.17 0.17 0.18 0.15 0.18 0.15 0.23 0.14 0.16 0.15 0.18 0.23 0.25 0.18 0.18 0.39 0.39 0.78 0.42
C5 0.19 0.18 0.19 0.21 0.21 0.19 0.19 0.27 0.16 0.16 0.20 0.24 0.23 0.29 0.21 0.18 0.34 0.39 0.62 0.32
C5' 0.20 0.20 0.18 0.18 0.15 0.19 0.16 0.23 0.16 0.18 0.18 0.16 0.26 0.23 0.17 0.21 0.43 0.41 0.87 0.48
C6 0.19 0.17 0.19 0.21 0.19 0.19 0.18 0.28 0.15 0.16 0.17 0.25 0.22 0.29 0.21 0.17 0.34 0.39 0.64 0.33
N1 0.18 0.15 0.18 0.21 0.19 0.18 0.17 0.26 0.15 0.15 0.17 0.25 0.20 0.29 0.22 0.17 0.33 0.40 0.61 0.30
N3 0.21 0.19 0.20 0.23 0.21 0.20 0.20 0.24 0.19 0.19 0.22 0.24 0.22 0.29 0.23 0.20 0.34 0.43 0.54 0.27
N4 0.23 0.24 0.21 0.23 0.25 0.21 0.25 0.25 0.24 0.23 0.26 0.25 0.26 0.30 0.22 0.22 0.36 0.43 0.53 0.28
O2 0.20 0.17 0.20 0.23 0.20 0.20 0.18 0.24 0.17 0.17 0.19 0.25 0.21 0.28 0.23 0.20 0.34 0.43 0.55 0.27
O2' 0.18 0.14 0.18 0.21 0.15 0.17 0.14 0.23 0.12 0.14 0.12 0.21 0.19 0.27 0.23 0.17 0.31 0.42 0.62 0.30
O3' 0.19 0.15 0.20 0.21 0.16 0.18 0.15 0.23 0.14 0.15 0.13 0.24 0.19 0.28 0.24 0.19 0.31 0.40 0.66 0.34
O4' 0.19 0.18 0.19 0.20 0.19 0.19 0.18 0.28 0.16 0.17 0.18 0.24 0.24 0.28 0.20 0.18 0.38 0.40 0.73 0.39
O5' 0.19 0.20 0.17 0.17 0.13 0.19 0.14 0.22 0.15 0.17 0.17 0.14 0.26 0.23 0.17 0.20 0.42 0.40 0.85 0.47
OP1 0.24 0.25 0.21 0.22 0.21 0.25 0.21 0.29 0.22 0.23 0.24 0.18 0.30 0.23 0.20 0.27 0.50 0.50 0.95 0.58
OP2 0.22 0.24 0.21 0.20 0.17 0.23 0.17 0.25 0.19 0.21 0.23 0.13 0.29 0.24 0.19 0.24 0.47 0.45 0.90 0.54
P 0.21 0.23 0.19 0.20 0.18 0.22 0.18 0.27 0.19 0.20 0.21 0.16 0.27 0.22 0.18 0.23 0.47 0.46 0.93 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.17 0.37 0.29 0.13
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.03 0.29 0.30 0.59 0.29
C2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.11 0.01 0.02 0.01 0.24 0.38 0.30 0.12
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.09 0.09 0.12 0.05 0.01 0.02 0.32 0.31 0.31 0.17
C4 0.03 0.02 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05 0.40 0.40 0.88 0.51
C4' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.01 0.05 0.43 0.17 0.16
C5 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.08 0.42 0.45 0.91 0.56
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.19 0.13 0.17 0.24 0.10 0.10 0.08 0.01 0.01 0.16 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.08 0.38 0.34 0.73 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.29 0.29 0.54 0.28
N3 0.04 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.17 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.10 0.10 0.03 0.34 0.33 0.74 0.40
N4 0.03 0.03 0.04 0.09 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.09 0.10 0.05 0.43 0.47 0.98 0.58
O2 0.05 0.01 0.11 0.12 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.15 0.13 0.06 0.23 0.34 0.48 0.21
O2' 0.03 0.09 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.05 0.10 0.09 0.15 0.00 0.06 0.05 0.16 0.53 0.16 0.16
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.04 0.11 0.08 0.10 0.05 0.10 0.10 0.13 0.06 0.00 0.01 0.29 0.35 0.26 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.11 0.39 0.20 0.14
O5' 0.17 0.29 0.24 0.32 0.40 0.05 0.42 0.01 0.38 0.29 0.34 0.43 0.23 0.16 0.29 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.30 0.38 0.31 0.40 0.43 0.45 0.16 0.34 0.29 0.33 0.47 0.34 0.53 0.35 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.59 0.30 0.31 0.88 0.17 0.91 0.23 0.73 0.54 0.74 0.98 0.48 0.16 0.26 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.29 0.12 0.17 0.51 0.16 0.56 0.02 0.44 0.28 0.40 0.58 0.21 0.16 0.11 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00