ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54410

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 2, 2, 0, 1, 1, 3, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.026, 0.048, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.048 std_dev=0.022
N1 A 0, -0.004, 0.019, 0.042, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.019 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.022, 0.065, 0.107, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.065 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.055, 0.160, 0.264, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.160 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.045, 0.153, 0.262, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.153 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.140, 0.301, 0.462, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.301 std_dev=0.161
O2' A 0, 0.035, 0.208, 0.382, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.208 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.098, 0.273, 0.447, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.273 std_dev=0.175
O3' A 0, 0.131, 0.349, 0.567, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.349 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.185, 0.444, 0.702, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.444 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.295, 0.566, 0.837, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.566 std_dev=0.271
N4 B 0, 0.188, 0.463, 0.737, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.463 std_dev=0.275
C4 B 0, 0.220, 0.496, 0.772, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.496 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.275, 0.556, 0.837, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.556 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.200, 0.505, 0.810, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.505 std_dev=0.305
P B 0, 0.328, 0.654, 0.979, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.654 std_dev=0.326
N3 B 0, 0.284, 0.610, 0.937, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.610 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.240, 0.606, 0.973, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.606 std_dev=0.366
C2 B 0, 0.305, 0.673, 1.040, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.673 std_dev=0.367
OP1 B 0, 0.403, 0.810, 1.217, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.810 std_dev=0.407
C3' B 0, 0.284, 0.697, 1.110, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.697 std_dev=0.413
O2 B 0, 0.391, 0.808, 1.225, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.808 std_dev=0.417
C1' B 0, 0.267, 0.688, 1.108, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.688 std_dev=0.421
C2' B 0, 0.287, 0.708, 1.129, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.708 std_dev=0.421
O5' B 0, 0.302, 0.723, 1.145, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.723 std_dev=0.421
O4' B 0, 0.284, 0.718, 1.153, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.718 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.291, 0.734, 1.177, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.734 std_dev=0.443
O3' B 0, 0.282, 0.732, 1.182, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.732 std_dev=0.450
O2' B 0, 0.363, 0.818, 1.272, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.818 std_dev=0.454
C5' B 0, 0.307, 0.765, 1.223, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.765 std_dev=0.458
O5' A 0, 0.915, 1.521, 2.128, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.521 std_dev=0.606
P A 0, 0.741, 1.393, 2.046, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.393 std_dev=0.652
OP2 A 0, 0.850, 1.520, 2.190, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.520 std_dev=0.670
OP1 A 0, 0.959, 1.646, 2.334, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.646 std_dev=0.687

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.17 0.37 0.29 0.13
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.03 0.29 0.30 0.59 0.29
C2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.11 0.01 0.02 0.01 0.24 0.38 0.30 0.12
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.09 0.09 0.12 0.05 0.01 0.02 0.32 0.31 0.31 0.17
C4 0.03 0.02 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05 0.40 0.40 0.88 0.51
C4' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.01 0.05 0.43 0.17 0.16
C5 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.08 0.42 0.45 0.91 0.56
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.19 0.13 0.17 0.24 0.10 0.10 0.08 0.01 0.01 0.16 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.08 0.38 0.34 0.73 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.29 0.29 0.54 0.28
N3 0.04 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.17 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.10 0.10 0.03 0.34 0.33 0.74 0.40
N4 0.03 0.03 0.04 0.09 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.09 0.10 0.05 0.43 0.47 0.98 0.58
O2 0.05 0.01 0.11 0.12 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.15 0.13 0.06 0.23 0.34 0.48 0.21
O2' 0.03 0.09 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.05 0.10 0.09 0.15 0.00 0.06 0.05 0.16 0.53 0.16 0.16
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.04 0.11 0.08 0.10 0.05 0.10 0.10 0.13 0.06 0.00 0.01 0.29 0.35 0.26 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.11 0.39 0.20 0.14
O5' 0.17 0.29 0.24 0.32 0.40 0.05 0.42 0.01 0.38 0.29 0.34 0.43 0.23 0.16 0.29 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.30 0.38 0.31 0.40 0.43 0.45 0.16 0.34 0.29 0.33 0.47 0.34 0.53 0.35 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.59 0.30 0.31 0.88 0.17 0.91 0.23 0.73 0.54 0.74 0.98 0.48 0.16 0.26 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.29 0.12 0.17 0.51 0.16 0.56 0.02 0.44 0.28 0.40 0.58 0.21 0.16 0.11 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.19 0.17 0.16 0.20 0.18 0.19 0.20 0.19 0.18 0.21 0.23 0.20 0.18 0.19 0.19 0.19 0.24 0.22 0.21
C2 0.15 0.17 0.14 0.12 0.20 0.17 0.18 0.20 0.17 0.15 0.19 0.24 0.17 0.14 0.15 0.18 0.20 0.25 0.24 0.23
C2' 0.18 0.19 0.17 0.17 0.19 0.17 0.19 0.18 0.19 0.18 0.20 0.21 0.20 0.18 0.20 0.19 0.17 0.21 0.21 0.19
C3' 0.21 0.22 0.20 0.18 0.22 0.18 0.21 0.18 0.21 0.21 0.23 0.23 0.23 0.21 0.21 0.20 0.17 0.22 0.20 0.20
C4 0.18 0.20 0.15 0.12 0.22 0.15 0.21 0.15 0.19 0.19 0.21 0.25 0.20 0.15 0.16 0.19 0.13 0.21 0.17 0.18
C4' 0.18 0.19 0.17 0.16 0.20 0.18 0.19 0.19 0.19 0.18 0.20 0.21 0.20 0.17 0.18 0.19 0.19 0.25 0.23 0.22
C5 0.17 0.18 0.15 0.11 0.21 0.15 0.19 0.16 0.18 0.17 0.20 0.25 0.18 0.14 0.15 0.18 0.14 0.21 0.17 0.18
C5' 0.26 0.24 0.22 0.21 0.25 0.23 0.27 0.23 0.28 0.26 0.24 0.25 0.24 0.23 0.23 0.28 0.22 0.29 0.25 0.27
C6 0.15 0.16 0.13 0.10 0.19 0.14 0.16 0.16 0.15 0.15 0.19 0.24 0.17 0.12 0.14 0.16 0.15 0.22 0.19 0.19
N1 0.15 0.16 0.14 0.12 0.19 0.16 0.16 0.18 0.16 0.15 0.19 0.23 0.17 0.14 0.15 0.17 0.17 0.23 0.21 0.20
N3 0.16 0.19 0.13 0.09 0.22 0.15 0.20 0.18 0.17 0.17 0.22 0.26 0.19 0.12 0.13 0.18 0.17 0.24 0.23 0.21
N4 0.25 0.25 0.21 0.20 0.24 0.18 0.24 0.16 0.25 0.25 0.24 0.25 0.25 0.21 0.24 0.24 0.14 0.18 0.13 0.16
O2 0.20 0.20 0.18 0.18 0.23 0.23 0.23 0.26 0.22 0.20 0.22 0.26 0.21 0.19 0.19 0.24 0.26 0.30 0.29 0.27
O2' 0.28 0.28 0.26 0.26 0.29 0.25 0.29 0.23 0.29 0.29 0.29 0.30 0.28 0.27 0.28 0.28 0.23 0.23 0.24 0.22
O3' 0.22 0.22 0.21 0.21 0.22 0.18 0.21 0.17 0.21 0.22 0.23 0.22 0.23 0.23 0.24 0.20 0.17 0.20 0.19 0.18
O4' 0.17 0.18 0.17 0.16 0.19 0.18 0.18 0.21 0.17 0.17 0.20 0.22 0.20 0.17 0.19 0.18 0.20 0.27 0.24 0.23
O5' 0.33 0.33 0.31 0.32 0.35 0.39 0.34 0.43 0.34 0.33 0.34 0.36 0.34 0.31 0.31 0.38 0.42 0.50 0.47 0.47
OP1 0.39 0.41 0.40 0.37 0.42 0.39 0.39 0.41 0.39 0.40 0.43 0.43 0.43 0.42 0.40 0.40 0.40 0.50 0.45 0.46
OP2 0.64 0.56 0.62 0.68 0.56 0.78 0.62 0.87 0.64 0.61 0.54 0.53 0.55 0.62 0.66 0.73 0.85 0.95 0.90 0.93
P 0.32 0.27 0.30 0.33 0.28 0.42 0.32 0.48 0.33 0.30 0.27 0.28 0.27 0.30 0.34 0.39 0.47 0.58 0.54 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04 0.00 0.07 0.07 0.09 0.10
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.09 0.02 0.07 0.08 0.12 0.10
C2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.12 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.07 0.07
C3' 0.06 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.07 0.06 0.12 0.03 0.01 0.05 0.08 0.11 0.10 0.10
C4 0.04 0.03 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.09 0.04 0.13 0.15 0.19 0.15
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.09 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05
C5 0.03 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.07 0.11 0.05 0.14 0.15 0.18 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.07 0.13 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.11 0.05 0.11 0.10 0.11 0.10
N1 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.08 0.07 0.10 0.09
N3 0.04 0.01 0.06 0.07 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.08 0.02 0.10 0.12 0.17 0.12
N4 0.04 0.03 0.06 0.06 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.09 0.05 0.15 0.20 0.24 0.19
O2 0.07 0.01 0.12 0.12 0.02 0.09 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.12 0.06 0.09 0.09 0.11 0.11
O2' 0.06 0.11 0.01 0.03 0.10 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.11 0.10 0.18 0.00 0.11 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09
O3' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.09 0.03 0.11 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09 0.12 0.11 0.00 0.04 0.14 0.22 0.19 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.06 0.08 0.04 0.00 0.06 0.09 0.08 0.11
O5' 0.07 0.07 0.06 0.08 0.13 0.03 0.14 0.01 0.11 0.08 0.10 0.15 0.09 0.09 0.14 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.07 0.08 0.08 0.11 0.15 0.04 0.15 0.04 0.10 0.07 0.12 0.20 0.09 0.11 0.22 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.09 0.12 0.07 0.10 0.19 0.02 0.18 0.02 0.11 0.10 0.17 0.24 0.11 0.08 0.19 0.08 0.03 0.04 0.00 0.02
P 0.10 0.10 0.07 0.10 0.15 0.05 0.15 0.02 0.10 0.09 0.12 0.19 0.11 0.09 0.19 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00