ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54413

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 19, 12, 12, 9, 17, 16, 15, 5, 0, 1, 1, 6, 8, 9, 2, 4, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.011, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.028, 0.054, 0.081, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.054 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.025, 0.096, 0.167, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.096 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.057, 0.235, 0.413, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.235 std_dev=0.178
O4' A 0, 0.050, 0.242, 0.434, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.242 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.241, 0.478, 0.716, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.478 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.192, 0.437, 0.683, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.437 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.167, 0.466, 0.764, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.466 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.243, 0.594, 0.945, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.594 std_dev=0.351
C2' B 0, 0.315, 0.673, 1.031, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.673 std_dev=0.358
N6 B 0, 0.181, 0.542, 0.902, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.542 std_dev=0.361
C5 B 0, 0.178, 0.554, 0.931, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.554 std_dev=0.377
C4 B 0, 0.189, 0.615, 1.040, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.615 std_dev=0.426
C3' B 0, 0.363, 0.806, 1.250, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.806 std_dev=0.443
O3' B 0, 0.421, 0.872, 1.323, 2.381 max_d=2.381 avg_d=0.872 std_dev=0.451
O2' A 0, 0.016, 0.484, 0.953, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.484 std_dev=0.468
N7 B 0, 0.182, 0.682, 1.183, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.682 std_dev=0.501
C4' A 0, -0.066, 0.466, 0.997, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.466 std_dev=0.532
C5' A 0, 0.064, 0.617, 1.170, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.617 std_dev=0.553
O5' A 0, 0.102, 0.684, 1.266, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.684 std_dev=0.582
P A 0, 0.017, 0.618, 1.219, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.618 std_dev=0.601
OP1 A 0, 0.184, 0.786, 1.388, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.786 std_dev=0.602
N9 B 0, 0.161, 0.771, 1.381, 2.282 max_d=2.282 avg_d=0.771 std_dev=0.610
C8 B 0, 0.169, 0.798, 1.427, 2.514 max_d=2.514 avg_d=0.798 std_dev=0.629
C3' A 0, -0.161, 0.575, 1.311, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.575 std_dev=0.736
C1' B 0, 0.156, 0.931, 1.705, 2.669 max_d=2.669 avg_d=0.931 std_dev=0.774
O2' B 0, 0.189, 1.157, 2.126, 3.906 max_d=3.906 avg_d=1.157 std_dev=0.969
OP2 A 0, -0.168, 1.013, 2.193, 3.937 max_d=3.937 avg_d=1.013 std_dev=1.181
C4' B 0, 0.111, 1.335, 2.560, 4.323 max_d=4.323 avg_d=1.335 std_dev=1.225
O3' A 0, -0.447, 0.911, 2.269, 3.695 max_d=3.695 avg_d=0.911 std_dev=1.358
O4' B 0, -0.079, 1.372, 2.824, 4.664 max_d=4.664 avg_d=1.372 std_dev=1.452
C5' B 0, -0.226, 1.959, 4.144, 6.853 max_d=6.853 avg_d=1.959 std_dev=2.185
O5' B 0, -0.441, 2.163, 4.767, 7.773 max_d=7.773 avg_d=2.163 std_dev=2.604
P B 0, -0.888, 2.832, 6.551, 10.515 max_d=10.515 avg_d=2.832 std_dev=3.719
OP1 B 0, -0.851, 2.904, 6.659, 10.595 max_d=10.595 avg_d=2.904 std_dev=3.755
OP2 B 0, -0.928, 3.248, 7.424, 11.759 max_d=11.759 avg_d=3.248 std_dev=4.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.32 0.02 0.01 0.12 0.59 0.10 0.21
C2 0.01 0.00 0.13 0.23 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.18 0.01 0.06 0.17 0.61 0.30 0.13
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.18 0.07 0.03 0.12 0.19 0.00 0.03 0.09 0.02 0.40 0.64 0.20 0.38
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.44 0.00 0.46 0.02 0.39 0.25 0.34 0.10 0.01 0.01 0.48 0.02 0.09 0.13 0.46 0.16
C4 0.01 0.01 0.07 0.44 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.18 0.00 0.03 0.40 0.56 0.49 0.27
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.21 0.10 0.12 0.03 0.29 0.02 0.20 0.00 0.01 0.20 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.46 0.00 0.23 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.27 0.01 0.04 0.45 0.56 0.43 0.27
C5' 0.06 0.09 0.18 0.02 0.24 0.01 0.28 0.00 0.23 0.10 0.16 0.05 0.10 0.21 0.27 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.39 0.01 0.21 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.18 0.01 0.06 0.33 0.61 0.29 0.16
N1 0.00 0.01 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.01 0.01 0.16 0.62 0.23 0.12
N3 0.01 0.00 0.12 0.34 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.06 0.01 0.05 0.28 0.59 0.42 0.19
O2 0.02 0.00 0.19 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.40 0.02 0.09 0.09 0.61 0.26 0.12
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.32 0.29 0.29 0.10 0.24 0.20 0.31 0.25 0.00 0.06 0.33 0.20 0.30 0.51 0.25 0.31
O3' 0.32 0.18 0.03 0.01 0.18 0.02 0.27 0.21 0.18 0.08 0.06 0.40 0.06 0.00 0.24 0.21 0.24 0.30 0.91 0.48
O4 0.02 0.01 0.09 0.48 0.00 0.20 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.24 0.00 0.04 0.46 0.51 0.57 0.35
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.09 0.20 0.21 0.04 0.00 0.05 0.50 0.11 0.20
O5' 0.12 0.17 0.40 0.09 0.40 0.01 0.45 0.01 0.33 0.16 0.28 0.09 0.30 0.24 0.46 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.59 0.61 0.64 0.13 0.56 0.20 0.56 0.08 0.61 0.62 0.59 0.61 0.51 0.30 0.51 0.50 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.30 0.20 0.46 0.49 0.15 0.43 0.09 0.29 0.23 0.42 0.26 0.25 0.91 0.57 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.13 0.38 0.16 0.27 0.04 0.27 0.01 0.16 0.12 0.19 0.12 0.31 0.48 0.35 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.14 0.29 0.33 0.23 0.30 0.24 0.56 0.16 0.38 0.14 0.17 0.15 0.34 0.32 0.81 0.23 0.27 1.04 1.66 1.91 1.61
C2 0.34 0.13 0.29 0.38 0.22 0.37 0.20 0.74 0.13 0.36 0.13 0.17 0.13 0.31 0.30 0.85 0.24 0.26 1.28 1.95 2.29 1.93
C2' 0.47 0.14 0.34 0.29 0.31 0.28 0.31 0.47 0.17 0.51 0.11 0.22 0.13 0.45 0.43 0.85 0.26 0.40 0.89 1.57 1.82 1.48
C3' 0.88 0.61 0.76 0.36 0.77 0.62 0.76 0.47 0.65 0.91 0.58 0.70 0.61 0.86 0.85 1.21 0.62 0.84 0.41 0.92 1.13 0.87
C4 0.36 0.12 0.28 0.31 0.24 0.27 0.23 0.48 0.12 0.40 0.12 0.17 0.13 0.36 0.33 0.77 0.21 0.29 0.97 1.46 1.78 1.47
C4' 0.53 0.33 0.48 0.22 0.45 0.37 0.47 0.38 0.40 0.58 0.33 0.39 0.40 0.56 0.52 0.91 0.36 0.51 0.57 1.05 1.22 1.01
C5 0.36 0.14 0.28 0.26 0.27 0.25 0.28 0.34 0.17 0.42 0.13 0.19 0.14 0.40 0.35 0.71 0.20 0.35 0.69 1.09 1.33 1.09
C5' 0.64 0.45 0.58 0.30 0.58 0.56 0.60 0.56 0.52 0.70 0.44 0.51 0.53 0.68 0.64 0.95 0.46 0.70 0.41 0.62 0.78 0.67
C6 0.35 0.15 0.29 0.27 0.26 0.26 0.28 0.37 0.18 0.41 0.14 0.19 0.17 0.39 0.34 0.74 0.21 0.33 0.75 1.21 1.44 1.19
N1 0.34 0.13 0.29 0.33 0.24 0.29 0.24 0.53 0.15 0.39 0.13 0.18 0.14 0.35 0.32 0.80 0.23 0.28 1.02 1.60 1.88 1.57
N3 0.35 0.13 0.29 0.38 0.22 0.36 0.20 0.72 0.13 0.36 0.14 0.17 0.15 0.30 0.31 0.84 0.23 0.27 1.27 1.89 2.27 1.90
O2 0.33 0.13 0.30 0.43 0.20 0.46 0.18 0.92 0.13 0.33 0.14 0.16 0.15 0.27 0.29 0.90 0.26 0.29 1.50 2.26 2.63 2.23
O2' 0.19 0.27 0.23 0.75 0.19 0.59 0.19 0.99 0.25 0.21 0.30 0.21 0.28 0.19 0.18 0.45 0.46 0.32 1.51 2.32 2.55 2.18
O3' 0.67 0.50 0.55 0.21 0.58 0.41 0.57 0.36 0.50 0.67 0.47 0.55 0.46 0.62 0.64 0.99 0.43 0.62 0.54 1.20 1.37 1.09
O4 0.36 0.12 0.27 0.31 0.23 0.27 0.21 0.46 0.12 0.41 0.14 0.17 0.20 0.36 0.34 0.75 0.20 0.30 0.96 1.40 1.73 1.42
O4' 0.30 0.16 0.28 0.30 0.23 0.28 0.25 0.46 0.20 0.36 0.17 0.18 0.21 0.34 0.29 0.75 0.22 0.28 0.86 1.37 1.57 1.35
O5' 0.91 0.71 0.80 0.48 0.84 0.83 0.85 0.83 0.77 0.95 0.69 0.78 0.76 0.93 0.91 1.16 0.64 1.01 0.50 0.32 0.56 0.51
OP1 0.20 0.24 0.21 0.32 0.20 0.24 0.20 0.37 0.21 0.20 0.24 0.22 0.20 0.20 0.20 0.35 0.25 0.34 0.20 0.42 0.39 0.32
OP2 1.05 0.70 0.88 0.65 0.91 1.14 0.91 1.23 0.76 1.09 0.66 0.82 0.71 1.04 1.03 1.13 0.79 1.31 0.93 0.54 0.66 0.78
P 0.82 0.61 0.69 0.41 0.74 0.86 0.74 0.95 0.65 0.85 0.58 0.68 0.61 0.81 0.81 0.96 0.54 1.03 0.61 0.21 0.42 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.19 0.14 0.20 0.19
C2 0.03 0.00 0.11 0.17 0.00 0.52 0.00 1.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.44 0.74 0.93 1.10 0.91
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.19 0.04 0.08 0.08 0.12 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.16 0.12 0.11
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.29 0.01 0.21 0.51 0.06 0.20 0.31 0.49 0.24 0.01 0.01 0.02 0.35 0.25 0.32 0.30
C4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.18 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.07 0.23 0.10 0.18 0.15 0.11
C4' 0.01 0.52 0.01 0.00 0.18 0.00 0.05 0.00 0.12 0.44 0.35 0.52 0.05 0.34 0.10 0.28 0.02 0.00 0.01 0.11 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.29 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.10 0.09 0.41 0.51 0.57 0.51
C5' 0.06 1.07 0.19 0.01 0.41 0.00 0.11 0.00 0.34 0.67 0.78 1.02 0.16 0.51 0.09 0.08 0.19 0.01 0.01 0.12 0.21 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.21 0.01 0.12 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.12 0.19 0.17 0.28 0.26 0.24
C8 0.01 0.01 0.08 0.51 0.00 0.44 0.00 0.67 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.11 0.26 1.16 1.24 1.45 1.33
N1 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.35 0.00 0.78 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.34 0.41 0.51 0.63 0.50
N3 0.03 0.00 0.12 0.20 0.00 0.52 0.00 1.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.16 0.44 0.68 0.83 0.94 0.79
N6 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.18 0.12 0.38 0.56 0.60 0.52
N7 0.01 0.01 0.07 0.49 0.00 0.34 0.00 0.51 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.36 0.17 0.14 1.04 1.22 1.44 1.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.07 0.01 0.45 0.45 0.52 0.50
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.17 0.28 0.28 0.08 0.26 0.33 0.17 0.09 0.32 0.36 0.19 0.00 0.04 0.20 0.30 0.20 0.15 0.23
O3' 0.30 0.11 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.19 0.12 0.11 0.08 0.16 0.18 0.17 0.07 0.04 0.00 0.20 0.37 0.45 0.46 0.40
O4' 0.00 0.44 0.02 0.02 0.23 0.00 0.09 0.01 0.19 0.26 0.34 0.44 0.12 0.14 0.01 0.20 0.20 0.00 0.07 0.05 0.13 0.07
O5' 0.19 0.74 0.16 0.35 0.10 0.01 0.41 0.01 0.17 1.16 0.41 0.68 0.38 1.04 0.45 0.30 0.37 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.93 0.16 0.25 0.18 0.11 0.51 0.12 0.28 1.24 0.51 0.83 0.56 1.22 0.45 0.20 0.45 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 1.10 0.12 0.32 0.15 0.09 0.57 0.21 0.26 1.45 0.63 0.94 0.60 1.44 0.52 0.15 0.46 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.91 0.11 0.30 0.11 0.02 0.51 0.01 0.24 1.33 0.50 0.79 0.52 1.27 0.50 0.23 0.40 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00