ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54414

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.056 std_dev=0.036
O3' A 0, 0.032, 0.092, 0.152, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.092 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.031, 0.108, 0.185, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.108 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.010, 0.101, 0.193, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.101 std_dev=0.092
O4' A 0, -0.002, 0.096, 0.194, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.096 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.017, 0.125, 0.234, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.125 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.017, 0.174, 0.331, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.174 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.030, 0.198, 0.367, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.198 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.045, 0.218, 0.390, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.218 std_dev=0.172
P A 0, 0.071, 0.253, 0.436, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.253 std_dev=0.183
OP2 A 0, 0.120, 0.327, 0.534, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.327 std_dev=0.207
N6 B 0, 0.059, 0.267, 0.475, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.267 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.051, 0.289, 0.527, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.289 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.061, 0.310, 0.559, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.310 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.036, 0.306, 0.577, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.306 std_dev=0.270
N7 B 0, 0.032, 0.315, 0.598, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.315 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.045, 0.330, 0.615, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.330 std_dev=0.285
OP1 A 0, 0.149, 0.443, 0.738, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.443 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.025, 0.332, 0.639, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.332 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.025, 0.340, 0.656, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.340 std_dev=0.316
OP2 B 0, 0.035, 0.358, 0.681, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.358 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.002, 0.329, 0.655, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.329 std_dev=0.326
C8 B 0, 0.020, 0.348, 0.677, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.348 std_dev=0.329
N9 B 0, 0.014, 0.357, 0.701, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.357 std_dev=0.344
P B 0, 0.010, 0.357, 0.703, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.357 std_dev=0.346
C5' B 0, 0.005, 0.387, 0.769, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.387 std_dev=0.382
OP1 B 0, 0.030, 0.415, 0.799, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.415 std_dev=0.385
C1' B 0, 0.002, 0.391, 0.780, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.391 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.005, 0.395, 0.786, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.395 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.002, 0.393, 0.785, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.393 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.024, 0.425, 0.825, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.425 std_dev=0.400
C4' B 0, -0.004, 0.397, 0.798, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.397 std_dev=0.401
C2' B 0, -0.001, 0.404, 0.809, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.404 std_dev=0.405
O2' B 0, 0.015, 0.476, 0.937, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.476 std_dev=0.461

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.18 0.02 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.19 0.04 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.15 0.08 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.10 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.18 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.11 0.19 0.08 0.07
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.09 0.19 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.19 0.04 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.07 0.19 0.06 0.07
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.19 0.03 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.16 0.10 0.10
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.11 0.07 0.04
O4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.18 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.17 0.06 0.08
O5' 0.00 0.04 0.06 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.04 0.07 0.01 0.07 0.04 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.19 0.15 0.10 0.18 0.09 0.19 0.04 0.19 0.19 0.19 0.19 0.16 0.11 0.18 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.08 0.07 0.08 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.10 0.07 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.08 0.04 0.07 0.02 0.07 0.00 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.04 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09
C2 0.11 0.08 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.09 0.07 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09
C2' 0.10 0.07 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10
C3' 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.07 0.06 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09
C4 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.07 0.05 0.04 0.05
C4' 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08
C5 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.05 0.05 0.06
C5' 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06
C6 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.05 0.06
N1 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07
N3 0.11 0.08 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.12 0.07 0.09 0.07 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07
O2 0.13 0.08 0.14 0.14 0.11 0.13 0.10 0.12 0.08 0.14 0.07 0.10 0.07 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12
O2' 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.08 0.07 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10
O3' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10
O4 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.07 0.05 0.03 0.06
O4' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08
O5' 0.07 0.02 0.08 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.03 0.09 0.02 0.03 0.04 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07
OP1 0.19 0.15 0.20 0.22 0.18 0.20 0.20 0.20 0.18 0.22 0.15 0.16 0.19 0.22 0.20 0.20 0.23 0.20 0.20 0.21 0.21 0.21
OP2 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.15 0.12 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.14 0.11 0.10 0.09 0.10
P 0.11 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
N6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00