ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54415

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N7 B 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C8 B 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C5 B 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O3' B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C6 B 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
N9 B 0, 0.000, 0.108, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.108 std_dev=0.108
N6 B 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C3' B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C4 B 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C2' B 0, 0.000, 0.124, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N1 B 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O2' B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
N3 B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C4' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O4' B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O4' A 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C4' A 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
OP2 B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
P B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O3' A 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
OP1 B 0, 0.000, 0.308, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.308 std_dev=0.308
O5' B 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
C3' A 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C2' A 0, 0.000, 0.346, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O5' A 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C5' A 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
P A 0, 0.000, 0.488, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.488 std_dev=0.488
OP1 A 0, 0.000, 0.488, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.488 std_dev=0.488
OP2 A 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
O2' A 0, 0.000, 0.605, 1.210, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.605 std_dev=0.605

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04
C2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.10 0.00 0.05 0.17 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.12 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02
C5' 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01 0.04 0.03 0.08 0.01 0.05
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.07 0.03 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01
O2 0.04 0.00 0.17 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.08 0.14 0.04 0.15 0.02 0.05 0.25 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.14 0.07
O3' 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
O4 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.08 0.11 0.09 0.10
O5' 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.12 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.14 0.01 0.02 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.10 0.04 0.02 0.03
C2 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.04 0.04
C3' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.12 0.03 0.03 0.03
C4 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.04 0.00 0.01
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.01
C5 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.12 0.01 0.01 0.04
C5' 0.08 0.03 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.05 0.06 0.11 0.02 0.05 0.06 0.11 0.08 0.06 0.06 0.09 0.01 0.16 0.08 0.08
C6 0.04 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04 0.01 0.08 0.06 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.11 0.03 0.00 0.03
N1 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.06 0.00 0.01
N3 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.00 0.00
O2 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.11 0.03 0.03
O2' 0.07 0.11 0.08 0.05 0.10 0.03 0.11 0.04 0.12 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10 0.08 0.09 0.06 0.05 0.07 0.00 0.03 0.03
O3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.09 0.02 0.02
O4 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.00 0.02
O4' 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.09 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.10 0.02 0.02
O5' 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.11 0.06 0.00 0.01
OP1 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.00 0.07 0.05 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03 0.13 0.04 0.02 0.03
OP2 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01
P 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.11 0.06 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.04 0.01 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03
C4 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.03 0.03 0.01
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01
C5 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.13 0.03 0.02 0.03
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.07 0.06 0.11 0.09 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.14 0.04 0.00 0.04
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.13 0.03 0.05 0.01
N1 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.01 0.04
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.03 0.02
N6 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.16 0.05 0.03 0.07
N7 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.14 0.02 0.03 0.03
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.05 0.00
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03
O5' 0.06 0.13 0.02 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.13 0.11 0.16 0.14 0.10 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.01 0.07 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00