Doublet Group distance statistics: 54417

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 15, 17, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N2	A	0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.013
O6	A	0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C8	A	0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N7	A	0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.033 std_dev=0.022
O4'	A	0, 0.020, 0.051, 0.083, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.051 std_dev=0.032
C2'	A	0, 0.029, 0.065, 0.100, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.065 std_dev=0.036
C4'	A	0, 0.038, 0.086, 0.134, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.086 std_dev=0.048
C3'	A	0, 0.036, 0.090, 0.143, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.090 std_dev=0.053
O2'	A	0, 0.074, 0.150, 0.226, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.150 std_dev=0.076
O3'	A	0, 0.048, 0.131, 0.214, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.131 std_dev=0.083
C5'	A	0, 0.068, 0.157, 0.246, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.157 std_dev=0.089
C2	B	0, 0.113, 0.259, 0.406, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.259 std_dev=0.146
O2	B	0, 0.130, 0.290, 0.450, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.290 std_dev=0.160
N3	B	0, 0.104, 0.264, 0.425, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.264 std_dev=0.160
O3'	B	0, 0.136, 0.356, 0.576, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.356 std_dev=0.220
N1	B	0, 0.060, 0.298, 0.535, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.298 std_dev=0.238
C4	B	0, 0.073, 0.317, 0.560, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.317 std_dev=0.244
C3'	B	0, 0.095, 0.354, 0.613, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.354 std_dev=0.259
C2'	B	0, 0.053, 0.321, 0.590, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.321 std_dev=0.269
C1'	B	0, 0.046, 0.335, 0.625, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.335 std_dev=0.289
O5'	A	0, -0.060, 0.236, 0.531, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.236 std_dev=0.295
O4	B	0, 0.086, 0.385, 0.684, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.385 std_dev=0.299
C6	B	0, 0.051, 0.364, 0.678, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.364 std_dev=0.314
C5	B	0, 0.058, 0.376, 0.693, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.376 std_dev=0.318
OP1	A	0, -0.027, 0.311, 0.649, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.311 std_dev=0.338
P	A	0, -0.068, 0.272, 0.612, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.272 std_dev=0.340
OP2	A	0, -0.101, 0.313, 0.727, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.313 std_dev=0.414
O2'	B	0, -0.085, 0.406, 0.897, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.406 std_dev=0.491
O4'	B	0, -0.118, 0.428, 0.975, 3.629 max_d=3.629 avg_d=0.428 std_dev=0.546
C4'	B	0, -0.113, 0.456, 1.025, 3.575 max_d=3.575 avg_d=0.456 std_dev=0.569
C5'	B	0, -0.406, 0.590, 1.586, 6.195 max_d=6.195 avg_d=0.590 std_dev=0.996
O5'	B	0, -0.463, 0.579, 1.620, 6.962 max_d=6.962 avg_d=0.579 std_dev=1.042
P	B	0, -0.792, 0.763, 2.317, 9.853 max_d=9.853 avg_d=0.763 std_dev=1.554
OP2	B	0, -0.920, 0.805, 2.530, 11.235 max_d=11.235 avg_d=0.805 std_dev=1.725
OP1	B	0, -0.859, 0.926, 2.710, 11.048 max_d=11.048 avg_d=0.926 std_dev=1.785

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.02	0.06	0.15	0.04
C2	0.02	0.00	0.04	0.06	0.00	0.04	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.06	0.02	0.15	0.01	0.10	0.14	0.09
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.04	0.02	0.04	0.05	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.04	0.10	0.11	0.05
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.05	0.03	0.06	0.06	0.05	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.12	0.05	0.14	0.10	0.09
C4	0.01	0.00	0.02	0.04	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.04	0.01	0.16	0.01	0.09	0.14	0.09
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.04	0.04	0.03	0.03	0.02	0.03	0.02	0.00	0.01	0.04	0.08	0.13	0.03
C5	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.04	0.01	0.19	0.01	0.11	0.16	0.13
C5'	0.02	0.06	0.01	0.01	0.05	0.01	0.06	0.00	0.07	0.06	0.07	0.05	0.05	0.07	0.04	0.03	0.02	0.01	0.01	0.07	0.08	0.12	0.01
C6	0.02	0.00	0.04	0.05	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.05	0.01	0.21	0.00	0.13	0.17	0.15
C8	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.02	0.18	0.01	0.09	0.14	0.11
N1	0.02	0.00	0.04	0.06	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.06	0.02	0.18	0.01	0.12	0.16	0.13
N2	0.03	0.00	0.05	0.06	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.07	0.02	0.14	0.01	0.10	0.14	0.08
N3	0.02	0.00	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.05	0.02	0.13	0.01	0.08	0.13	0.07
N7	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.04	0.02	0.21	0.01	0.11	0.16	0.15
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.14	0.01	0.07	0.13	0.07
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.05	0.02	0.06	0.07	0.05	0.02	0.01	0.00	0.03	0.03	0.03	0.05	0.09	0.13	0.05
O3'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.05	0.04	0.06	0.07	0.05	0.04	0.02	0.03	0.00	0.01	0.10	0.06	0.16	0.10	0.09
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.06	0.02	0.06	0.18	0.07
O5'	0.07	0.15	0.09	0.12	0.16	0.01	0.19	0.01	0.21	0.18	0.18	0.14	0.13	0.21	0.14	0.03	0.10	0.06	0.00	0.23	0.02	0.01	0.01
O6	0.02	0.01	0.04	0.05	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.06	0.02	0.23	0.00	0.15	0.20	0.18
OP1	0.06	0.10	0.10	0.14	0.09	0.08	0.11	0.08	0.13	0.09	0.12	0.10	0.08	0.11	0.07	0.09	0.16	0.06	0.02	0.15	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.14	0.11	0.10	0.14	0.13	0.16	0.12	0.17	0.14	0.16	0.14	0.13	0.16	0.13	0.13	0.10	0.18	0.01	0.20	0.01	0.00	0.01
P	0.04	0.09	0.05	0.09	0.09	0.03	0.13	0.01	0.15	0.11	0.13	0.08	0.07	0.15	0.07	0.05	0.09	0.07	0.01	0.18	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.08	0.07	0.10	0.19	0.14	0.18	0.36	0.11	0.07	0.11	0.12	0.13	0.19	0.28	0.09	0.46	0.79	0.51	0.52
C2	0.10	0.06	0.11	0.17	0.15	0.22	0.12	0.51	0.08	0.07	0.12	0.06	0.21	0.19	0.21	0.14	0.70	1.15	0.88	0.87
C2'	0.08	0.09	0.07	0.09	0.21	0.18	0.21	0.42	0.16	0.11	0.13	0.10	0.17	0.19	0.28	0.15	0.43	0.73	0.48	0.47
C3'	0.10	0.11	0.09	0.11	0.22	0.23	0.23	0.49	0.19	0.13	0.15	0.09	0.20	0.19	0.27	0.20	0.46	0.77	0.54	0.50
C4	0.08	0.06	0.09	0.15	0.19	0.20	0.16	0.48	0.10	0.06	0.13	0.07	0.17	0.19	0.26	0.13	0.64	1.06	0.80	0.78
C4'	0.08	0.08	0.07	0.09	0.19	0.16	0.20	0.40	0.15	0.10	0.11	0.10	0.16	0.19	0.26	0.13	0.41	0.71	0.45	0.44
C5	0.09	0.06	0.09	0.17	0.18	0.24	0.15	0.54	0.10	0.07	0.13	0.06	0.20	0.19	0.26	0.15	0.72	1.20	0.96	0.91
C5'	0.08	0.09	0.09	0.10	0.20	0.19	0.21	0.44	0.16	0.11	0.12	0.10	0.18	0.20	0.26	0.15	0.45	0.77	0.52	0.49
C6	0.10	0.07	0.11	0.19	0.17	0.26	0.13	0.58	0.09	0.07	0.13	0.06	0.25	0.19	0.23	0.17	0.78	1.31	1.09	1.02
C8	0.08	0.07	0.08	0.15	0.20	0.20	0.18	0.49	0.11	0.07	0.13	0.08	0.16	0.19	0.28	0.13	0.63	1.06	0.80	0.77
N1	0.11	0.07	0.11	0.19	0.15	0.25	0.12	0.57	0.09	0.08	0.13	0.06	0.25	0.19	0.21	0.17	0.78	1.30	1.07	1.02
N2	0.12	0.07	0.12	0.17	0.13	0.22	0.10	0.49	0.08	0.08	0.12	0.07	0.22	0.19	0.18	0.14	0.70	1.12	0.84	0.86
N3	0.09	0.06	0.09	0.15	0.17	0.19	0.14	0.45	0.09	0.06	0.13	0.08	0.16	0.19	0.24	0.12	0.62	1.01	0.73	0.73
N7	0.08	0.06	0.09	0.17	0.19	0.23	0.17	0.54	0.11	0.07	0.13	0.07	0.19	0.19	0.27	0.15	0.70	1.18	0.94	0.88
N9	0.08	0.06	0.08	0.14	0.19	0.18	0.17	0.45	0.11	0.07	0.12	0.09	0.14	0.19	0.28	0.12	0.58	0.97	0.70	0.68
O2'	0.09	0.09	0.07	0.07	0.16	0.11	0.17	0.30	0.12	0.09	0.09	0.14	0.14	0.17	0.24	0.10	0.29	0.52	0.28	0.27
O3'	0.12	0.12	0.11	0.10	0.21	0.25	0.24	0.51	0.21	0.15	0.14	0.10	0.23	0.18	0.25	0.24	0.42	0.68	0.48	0.43
O4'	0.09	0.08	0.07	0.10	0.19	0.13	0.18	0.36	0.12	0.08	0.11	0.12	0.13	0.20	0.27	0.09	0.44	0.77	0.48	0.49
O5'	0.08	0.07	0.09	0.13	0.18	0.20	0.18	0.45	0.12	0.07	0.10	0.11	0.12	0.14	0.26	0.15	0.53	0.89	0.62	0.61
O6	0.11	0.07	0.11	0.19	0.16	0.27	0.13	0.62	0.10	0.08	0.13	0.06	0.28	0.19	0.22	0.18	0.82	1.39	1.20	1.10
OP1	0.10	0.10	0.10	0.14	0.20	0.22	0.21	0.47	0.16	0.11	0.13	0.11	0.13	0.16	0.25	0.19	0.52	0.88	0.62	0.60
OP2	0.13	0.14	0.15	0.17	0.24	0.25	0.23	0.55	0.19	0.14	0.18	0.14	0.21	0.18	0.30	0.18	0.63	1.03	0.79	0.74
P	0.06	0.07	0.07	0.12	0.20	0.20	0.20	0.48	0.14	0.08	0.12	0.08	0.13	0.15	0.27	0.15	0.55	0.93	0.67	0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.09	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.16	0.02	0.00	0.09	0.10	0.23	0.06
C2	0.01	0.00	0.07	0.08	0.01	0.12	0.01	0.25	0.01	0.01	0.00	0.00	0.09	0.15	0.02	0.10	0.29	0.37	0.22	0.23
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.06	0.15	0.07	0.01	0.06	0.12	0.00	0.02	0.04	0.01	0.12	0.35	0.39	0.27
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.10	0.00	0.17	0.02	0.18	0.07	0.07	0.18	0.01	0.01	0.11	0.01	0.10	0.20	0.21	0.15
C4	0.01	0.01	0.03	0.10	0.00	0.05	0.01	0.19	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.06	0.00	0.04	0.21	0.14	0.32	0.20
C4'	0.00	0.12	0.01	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.14	0.03	0.09	0.22	0.12	0.02	0.05	0.00	0.02	0.09	0.20	0.07
C5	0.02	0.01	0.06	0.17	0.01	0.12	0.00	0.24	0.00	0.01	0.01	0.02	0.16	0.07	0.01	0.07	0.34	0.23	0.55	0.41
C5'	0.09	0.25	0.15	0.02	0.19	0.01	0.24	0.00	0.26	0.14	0.23	0.41	0.06	0.10	0.20	0.02	0.01	0.17	0.22	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.18	0.01	0.14	0.00	0.26	0.00	0.01	0.01	0.01	0.14	0.07	0.01	0.10	0.35	0.25	0.51	0.40
N1	0.00	0.01	0.01	0.07	0.01	0.03	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.09	0.01	0.01	0.16	0.09	0.24	0.11
N3	0.01	0.00	0.06	0.07	0.01	0.09	0.01	0.23	0.01	0.01	0.00	0.01	0.11	0.11	0.02	0.08	0.26	0.34	0.18	0.18
O2	0.02	0.00	0.12	0.18	0.02	0.22	0.02	0.41	0.01	0.01	0.01	0.00	0.11	0.23	0.03	0.17	0.51	0.64	0.46	0.49
O2'	0.02	0.09	0.00	0.01	0.14	0.12	0.16	0.06	0.14	0.08	0.11	0.11	0.00	0.04	0.15	0.08	0.11	0.38	0.44	0.29
O3'	0.16	0.15	0.02	0.01	0.06	0.02	0.07	0.10	0.07	0.09	0.11	0.23	0.04	0.00	0.06	0.13	0.12	0.10	0.15	0.09
O4	0.02	0.02	0.04	0.11	0.00	0.05	0.01	0.20	0.01	0.01	0.02	0.03	0.15	0.06	0.00	0.05	0.21	0.18	0.32	0.19
O4'	0.00	0.10	0.01	0.01	0.04	0.00	0.07	0.02	0.10	0.01	0.08	0.17	0.08	0.13	0.05	0.00	0.11	0.10	0.14	0.10
O5'	0.09	0.29	0.12	0.10	0.21	0.02	0.34	0.01	0.35	0.16	0.26	0.51	0.11	0.12	0.21	0.11	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.10	0.37	0.35	0.20	0.14	0.09	0.23	0.17	0.25	0.09	0.34	0.64	0.38	0.10	0.18	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.23	0.22	0.39	0.21	0.32	0.20	0.55	0.22	0.51	0.24	0.18	0.46	0.44	0.15	0.32	0.14	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.23	0.27	0.15	0.20	0.07	0.41	0.02	0.40	0.11	0.18	0.49	0.29	0.09	0.19	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00