ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54418

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 28, 12, 3, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.021, 0.038, 0.054, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.015, 0.038, 0.062, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.038 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.018, 0.045, 0.072, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.034, 0.069, 0.104, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.069 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.025, 0.065, 0.105, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.065 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.040, 0.088, 0.137, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.088 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.059, 0.116, 0.173, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.116 std_dev=0.057
P A 0, 0.069, 0.128, 0.186, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.128 std_dev=0.059
C5' A 0, 0.040, 0.101, 0.162, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.101 std_dev=0.061
O5' A 0, 0.050, 0.115, 0.179, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.115 std_dev=0.065
O3' A 0, 0.056, 0.131, 0.207, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.131 std_dev=0.075
OP1 A 0, 0.064, 0.146, 0.228, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.146 std_dev=0.082
OP2 A 0, 0.062, 0.147, 0.232, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.147 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.068, 0.175, 0.282, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.175 std_dev=0.107
C2 B 0, 0.056, 0.168, 0.280, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.168 std_dev=0.112
O2 B 0, 0.056, 0.170, 0.284, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.170 std_dev=0.114
O4 B 0, 0.097, 0.225, 0.352, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.225 std_dev=0.127
N1 B 0, 0.070, 0.198, 0.326, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.198 std_dev=0.128
C4 B 0, 0.080, 0.209, 0.338, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.209 std_dev=0.129
C1' B 0, 0.080, 0.215, 0.349, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.215 std_dev=0.134
O4' B 0, 0.102, 0.249, 0.395, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.249 std_dev=0.146
C2' B 0, 0.100, 0.251, 0.402, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.251 std_dev=0.151
C6 B 0, 0.075, 0.231, 0.387, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.231 std_dev=0.156
O2' B 0, 0.124, 0.284, 0.445, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.284 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.077, 0.238, 0.399, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.238 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.119, 0.287, 0.456, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.287 std_dev=0.168
C3' B 0, 0.117, 0.290, 0.462, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.290 std_dev=0.172
C5' B 0, 0.141, 0.326, 0.510, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.326 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.137, 0.323, 0.509, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.323 std_dev=0.186
O3' B 0, 0.136, 0.332, 0.527, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.332 std_dev=0.195
P B 0, 0.145, 0.368, 0.592, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.368 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.148, 0.383, 0.618, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.383 std_dev=0.235
OP1 B 0, 0.150, 0.428, 0.707, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.428 std_dev=0.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08
C2 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.13 0.09
C2' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07
C3' 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07
C4 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.13 0.09
C4' 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.07
C5 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.14 0.10
C5' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.12 0.08
C6 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.14 0.10
C8 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.14 0.10
N1 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10
N2 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10
N3 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09
N7 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.15 0.10
N9 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.13 0.09
O2' 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07
O3' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.11 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07
O4' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.13 0.09
O5' 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.13 0.09
O6 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.15 0.11
OP1 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.14 0.10
OP2 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.12 0.08
P 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.05 0.10 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.08 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.07 0.11 0.07
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.08 0.06 0.10 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.06 0.11 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.10 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.09 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.09 0.08 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.09 0.06
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.09 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.04 0.11 0.02 0.10 0.10 0.11 0.10 0.07 0.06 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00