ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54421

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N2 A 0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O2' A 0, -0.003, 0.077, 0.157, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.077 std_dev=0.080
O3' B 0, 0.034, 0.157, 0.280, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.157 std_dev=0.123
OP1 A 0, 0.008, 0.135, 0.262, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.135 std_dev=0.127
P B 0, 0.034, 0.173, 0.311, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.173 std_dev=0.139
C2' A 0, -0.032, 0.113, 0.257, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.113 std_dev=0.145
OP2 A 0, 0.005, 0.154, 0.302, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.154 std_dev=0.149
P A 0, -0.004, 0.161, 0.325, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.161 std_dev=0.164
O4' B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.178 std_dev=0.178
O4' A 0, -0.045, 0.152, 0.348, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.152 std_dev=0.197
C1' B 0, -0.015, 0.191, 0.398, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.191 std_dev=0.207
O2 B 0, -0.023, 0.196, 0.415, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.196 std_dev=0.219
C2 B 0, -0.022, 0.203, 0.428, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.203 std_dev=0.225
N1 B 0, -0.022, 0.204, 0.429, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.204 std_dev=0.225
N3 B 0, -0.025, 0.212, 0.449, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.212 std_dev=0.237
C6 B 0, -0.022, 0.226, 0.475, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.226 std_dev=0.248
C4 B 0, -0.026, 0.225, 0.475, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.225 std_dev=0.250
C5 B 0, -0.019, 0.234, 0.487, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.234 std_dev=0.253
O4 B 0, -0.029, 0.237, 0.503, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.237 std_dev=0.266
C3' A 0, -0.065, 0.214, 0.493, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.214 std_dev=0.279
C4' A 0, -0.066, 0.216, 0.498, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.216 std_dev=0.282
C4' B 0, -0.028, 0.257, 0.541, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.257 std_dev=0.285
C3' B 0, -0.019, 0.277, 0.573, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.277 std_dev=0.296
O5' A 0, -0.039, 0.266, 0.570, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.266 std_dev=0.304
OP2 B 0, -0.001, 0.326, 0.653, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.326 std_dev=0.327
O5' B 0, -0.033, 0.330, 0.692, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.330 std_dev=0.362
O3' A 0, -0.086, 0.282, 0.651, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.282 std_dev=0.369
OP1 B 0, -0.070, 0.343, 0.756, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.343 std_dev=0.413
C2' B 0, -0.068, 0.357, 0.782, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.357 std_dev=0.425
C5' A 0, -0.104, 0.346, 0.795, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.346 std_dev=0.449
C5' B 0, -0.076, 0.383, 0.843, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.383 std_dev=0.460
O2' B 0, -0.114, 0.464, 1.043, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.464 std_dev=0.578

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.01
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.09 0.10 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.07 0.14 0.20 0.11
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.15 0.03 0.15 0.15 0.13 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.18 0.17 0.12
C4 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.01
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.05
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01
N1 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03
N2 0.03 0.00 0.10 0.15 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.06 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01
N3 0.02 0.00 0.09 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01
N7 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04 0.03 0.01 0.08 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.15 0.04
O3' 0.03 0.18 0.02 0.01 0.13 0.03 0.13 0.04 0.17 0.03 0.19 0.19 0.16 0.08 0.07 0.04 0.00 0.02 0.05 0.18 0.22 0.17 0.14
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08
O5' 0.03 0.02 0.07 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.03 0.00 0.07 0.16 0.02 0.09 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.18 0.04 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08
OP1 0.02 0.01 0.14 0.18 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.22 0.08 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.08 0.20 0.17 0.10 0.04 0.07 0.03 0.05 0.10 0.06 0.09 0.10 0.08 0.11 0.15 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.14 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.12 0.12 0.09 0.14 0.16 0.18 0.14 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.10 0.10 0.07 0.09 0.31 0.12
C2 0.09 0.07 0.15 0.10 0.19 0.08 0.21 0.09 0.17 0.11 0.11 0.02 0.13 0.05 0.24 0.06 0.02 0.16 0.25 0.14
C2' 0.07 0.12 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.08 0.01 0.06 0.13 0.15 0.11 0.16 0.07 0.02 0.24 0.03 0.17 0.02
C3' 0.17 0.22 0.12 0.10 0.13 0.07 0.05 0.02 0.08 0.16 0.22 0.26 0.25 0.29 0.11 0.11 0.34 0.09 0.13 0.08
C4 0.09 0.07 0.16 0.12 0.15 0.11 0.19 0.13 0.17 0.11 0.08 0.03 0.11 0.04 0.18 0.08 0.03 0.13 0.27 0.13
C4' 0.08 0.12 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.01 0.06 0.11 0.16 0.18 0.21 0.01 0.01 0.22 0.03 0.25 0.02
C5 0.11 0.11 0.20 0.14 0.18 0.11 0.21 0.13 0.19 0.13 0.12 0.07 0.18 0.02 0.21 0.08 0.02 0.16 0.25 0.13
C5' 0.11 0.13 0.08 0.07 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.08 0.11 0.18 0.22 0.26 0.01 0.04 0.25 0.06 0.24 0.01
C6 0.13 0.14 0.22 0.14 0.21 0.10 0.23 0.11 0.20 0.16 0.16 0.10 0.23 0.01 0.24 0.07 0.03 0.18 0.24 0.15
C8 0.11 0.09 0.19 0.15 0.15 0.14 0.20 0.17 0.18 0.12 0.09 0.05 0.14 0.02 0.17 0.10 0.05 0.14 0.28 0.13
N1 0.12 0.13 0.20 0.12 0.22 0.09 0.23 0.09 0.20 0.15 0.16 0.08 0.21 0.02 0.25 0.06 0.04 0.18 0.23 0.15
N2 0.07 0.05 0.11 0.07 0.19 0.06 0.20 0.06 0.16 0.09 0.09 0.01 0.10 0.06 0.24 0.04 0.05 0.16 0.24 0.15
N3 0.07 0.04 0.12 0.09 0.14 0.09 0.18 0.11 0.15 0.08 0.05 0.01 0.07 0.06 0.18 0.06 0.02 0.12 0.27 0.13
N7 0.12 0.11 0.21 0.16 0.18 0.13 0.21 0.15 0.19 0.14 0.12 0.08 0.19 0.01 0.20 0.09 0.03 0.16 0.26 0.14
N9 0.08 0.06 0.15 0.13 0.13 0.12 0.18 0.16 0.16 0.10 0.06 0.02 0.09 0.04 0.15 0.09 0.05 0.11 0.29 0.12
O2' 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.14 0.09 0.19 0.09 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.10 0.14 0.03 0.28 0.07
O3' 0.27 0.31 0.22 0.18 0.23 0.14 0.14 0.04 0.17 0.25 0.31 0.35 0.38 0.38 0.21 0.18 0.45 0.17 0.06 0.17
O4' 0.05 0.02 0.09 0.10 0.10 0.13 0.16 0.18 0.14 0.07 0.02 0.03 0.02 0.07 0.11 0.10 0.06 0.08 0.35 0.14
O5' 0.05 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.09 0.11 0.06 0.02 0.05 0.12 0.10 0.19 0.06 0.01 0.20 0.02 0.25 0.04
O6 0.16 0.18 0.26 0.17 0.24 0.12 0.25 0.12 0.23 0.19 0.20 0.15 0.30 0.02 0.26 0.09 0.05 0.21 0.24 0.16
OP1 0.06 0.03 0.14 0.13 0.09 0.15 0.15 0.23 0.14 0.08 0.03 0.01 0.03 0.07 0.10 0.10 0.15 0.09 0.30 0.10
OP2 0.15 0.13 0.25 0.21 0.21 0.21 0.26 0.28 0.24 0.17 0.14 0.09 0.17 0.02 0.23 0.16 0.05 0.20 0.36 0.18
P 0.03 0.01 0.11 0.09 0.08 0.10 0.14 0.17 0.12 0.05 0.01 0.04 0.02 0.11 0.10 0.06 0.16 0.07 0.27 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.00 0.21 0.17 0.18 0.08
C2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.19 0.07 0.08 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.07 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.53 0.02 0.36 0.30
C3' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.22 0.30 0.15
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.17 0.03 0.03 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.36 0.22 0.03
C5 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.07 0.01 0.06 0.20 0.04 0.01 0.08
C5' 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.40 0.34 0.01
C6 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.07 0.01 0.07 0.24 0.04 0.08 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.22 0.10 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.17 0.02 0.02 0.06
O2 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.12 0.01 0.08 0.18 0.10 0.11 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.04 0.12 0.03 0.01 0.15 0.00 0.03 0.06 0.01 0.56 0.10 0.37 0.36
O3' 0.09 0.10 0.03 0.01 0.09 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.12 0.03 0.00 0.09 0.05 0.19 0.23 0.25 0.08
O4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.16 0.07 0.07 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.00 0.10 0.36 0.09 0.11
O5' 0.21 0.19 0.53 0.32 0.17 0.00 0.20 0.00 0.24 0.22 0.17 0.18 0.56 0.19 0.16 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.17 0.07 0.02 0.22 0.03 0.36 0.04 0.40 0.04 0.10 0.02 0.10 0.10 0.23 0.07 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.08 0.36 0.30 0.03 0.22 0.01 0.34 0.08 0.12 0.02 0.11 0.37 0.25 0.07 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.30 0.15 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.09 0.06 0.08 0.36 0.08 0.06 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00