ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54422

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.046, 0.156, 0.266, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.156 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.049, 0.166, 0.283, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.166 std_dev=0.117
P B 0, 0.071, 0.242, 0.413, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.242 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.073, 0.251, 0.428, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.251 std_dev=0.177
C3' A 0, 0.074, 0.251, 0.429, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.251 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.078, 0.268, 0.457, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.268 std_dev=0.189
O3' A 0, 0.114, 0.389, 0.663, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.389 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.119, 0.406, 0.692, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.406 std_dev=0.287
O2 B 0, 0.139, 0.476, 0.812, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.476 std_dev=0.336
O2' B 0, 0.148, 0.505, 0.863, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.505 std_dev=0.357
C1' B 0, 0.152, 0.518, 0.884, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.518 std_dev=0.366
O4' B 0, 0.156, 0.534, 0.912, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.534 std_dev=0.378
C2' B 0, 0.159, 0.542, 0.926, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.542 std_dev=0.384
OP2 B 0, 0.162, 0.555, 0.947, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.555 std_dev=0.392
C2 B 0, 0.163, 0.556, 0.949, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.556 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.165, 0.562, 0.960, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.562 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.165, 0.563, 0.961, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.563 std_dev=0.398
O5' B 0, 0.174, 0.595, 1.016, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.595 std_dev=0.421
C3' B 0, 0.175, 0.596, 1.017, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.596 std_dev=0.421
O5' A 0, 0.178, 0.608, 1.038, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.608 std_dev=0.430
C6 B 0, 0.184, 0.629, 1.074, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.629 std_dev=0.445
OP1 B 0, 0.186, 0.636, 1.086, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.636 std_dev=0.450
C5' B 0, 0.192, 0.656, 1.120, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.656 std_dev=0.464
N3 B 0, 0.195, 0.665, 1.136, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.665 std_dev=0.470
C5 B 0, 0.213, 0.727, 1.241, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.727 std_dev=0.514
C4 B 0, 0.224, 0.766, 1.308, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.766 std_dev=0.542
OP2 A 0, 0.232, 0.791, 1.351, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.791 std_dev=0.560
O3' B 0, 0.234, 0.798, 1.363, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.798 std_dev=0.564
P A 0, 0.241, 0.822, 1.403, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.822 std_dev=0.581
O4 B 0, 0.268, 0.915, 1.562, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.915 std_dev=0.647
OP1 A 0, 0.295, 1.008, 1.721, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.008 std_dev=0.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.08
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.08
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.10 0.07 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.06
N2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04
N7 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.06
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03
O5' 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.05 0.02 0.03 0.10 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.09
OP1 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.06 0.10 0.04 0.01 0.02 0.10 0.06 0.01 0.05 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.04 0.10 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.17 0.16 0.12 0.14 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.16 0.05 0.09 0.13 0.08 0.20 0.06 0.05
C2 0.05 0.01 0.10 0.08 0.07 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.10 0.12 0.04 0.01 0.15 0.02 0.08
C2' 0.21 0.19 0.24 0.24 0.17 0.21 0.18 0.18 0.20 0.20 0.18 0.19 0.23 0.05 0.11 0.19 0.15 0.17 0.12 0.00
C3' 0.24 0.21 0.27 0.27 0.21 0.24 0.23 0.23 0.24 0.23 0.20 0.20 0.24 0.09 0.17 0.22 0.20 0.11 0.19 0.05
C4 0.09 0.05 0.12 0.11 0.01 0.09 0.03 0.06 0.06 0.07 0.01 0.06 0.12 0.08 0.06 0.07 0.02 0.18 0.01 0.07
C4' 0.22 0.20 0.25 0.24 0.23 0.22 0.25 0.22 0.24 0.22 0.21 0.18 0.22 0.04 0.22 0.21 0.19 0.13 0.17 0.04
C5 0.07 0.03 0.10 0.09 0.03 0.07 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.10 0.08 0.09 0.06 0.00 0.16 0.01 0.08
C5' 0.21 0.19 0.24 0.24 0.23 0.23 0.26 0.22 0.25 0.22 0.20 0.17 0.21 0.04 0.23 0.21 0.20 0.10 0.21 0.07
C6 0.04 0.01 0.08 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.13 0.03 0.02 0.13 0.01 0.08
C8 0.10 0.07 0.13 0.12 0.03 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.04 0.08 0.12 0.07 0.02 0.09 0.03 0.19 0.03 0.07
N1 0.03 0.03 0.07 0.06 0.09 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.07 0.10 0.15 0.02 0.03 0.12 0.02 0.08
N2 0.04 0.03 0.09 0.07 0.09 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.12 0.13 0.03 0.02 0.14 0.04 0.08
N3 0.09 0.05 0.13 0.11 0.01 0.09 0.02 0.06 0.06 0.07 0.01 0.07 0.13 0.09 0.07 0.07 0.02 0.18 0.00 0.07
N7 0.08 0.04 0.11 0.10 0.01 0.08 0.02 0.05 0.05 0.06 0.01 0.05 0.10 0.07 0.06 0.07 0.01 0.16 0.02 0.08
N9 0.11 0.09 0.14 0.13 0.05 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.06 0.09 0.13 0.07 0.01 0.10 0.04 0.19 0.03 0.07
O2' 0.27 0.27 0.30 0.29 0.27 0.26 0.26 0.24 0.27 0.27 0.28 0.26 0.28 0.09 0.25 0.25 0.20 0.16 0.15 0.03
O3' 0.30 0.26 0.33 0.34 0.27 0.31 0.30 0.30 0.31 0.29 0.25 0.24 0.30 0.18 0.23 0.29 0.27 0.06 0.26 0.12
O4' 0.15 0.15 0.18 0.17 0.17 0.15 0.17 0.14 0.17 0.16 0.15 0.13 0.16 0.05 0.16 0.14 0.11 0.18 0.09 0.02
O5' 0.19 0.16 0.22 0.22 0.19 0.20 0.23 0.20 0.22 0.19 0.16 0.13 0.18 0.02 0.17 0.19 0.19 0.06 0.21 0.07
O6 0.03 0.03 0.06 0.05 0.09 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.09 0.15 0.02 0.04 0.11 0.02 0.08
OP1 0.23 0.19 0.27 0.27 0.24 0.26 0.29 0.27 0.28 0.23 0.19 0.15 0.22 0.08 0.22 0.24 0.26 0.02 0.31 0.16
OP2 0.16 0.13 0.20 0.19 0.16 0.18 0.20 0.18 0.20 0.16 0.12 0.10 0.15 0.01 0.13 0.16 0.17 0.03 0.21 0.08
P 0.18 0.15 0.21 0.21 0.19 0.20 0.23 0.20 0.22 0.18 0.15 0.11 0.17 0.01 0.17 0.18 0.19 0.04 0.23 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.00 0.06 0.14 0.09 0.09
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.00 0.01 0.07 0.28 0.10 0.16
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.01 0.09 0.44 0.10 0.24
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.01 0.08 0.46 0.10 0.25
C5' 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.00 0.08 0.36 0.10 0.20
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.01 0.07 0.26 0.09 0.16
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.00 0.01 0.08 0.37 0.10 0.20
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.00 0.07 0.22 0.09 0.13
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04
O3' 0.18 0.21 0.07 0.00 0.15 0.04 0.11 0.07 0.10 0.16 0.19 0.25 0.08 0.00 0.16 0.14 0.11 0.29 0.10 0.23
O4 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.16 0.00 0.02 0.09 0.49 0.10 0.26
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.00 0.04 0.15 0.11 0.09
O5' 0.06 0.07 0.06 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.28 0.01 0.13 0.44 0.00 0.46 0.01 0.36 0.26 0.37 0.22 0.01 0.29 0.49 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.10 0.06 0.01 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.06 0.10 0.10 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.04 0.07 0.24 0.00 0.25 0.01 0.20 0.16 0.20 0.13 0.04 0.23 0.26 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00