ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54424

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.012, 0.046, 0.081, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.046 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.019, 0.055, 0.090, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.055 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.087, 0.244, 0.401, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.244 std_dev=0.157
O4' A 0, 0.059, 0.224, 0.388, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.224 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.103, 0.316, 0.529, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.316 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.124, 0.368, 0.613, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.368 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.255, 0.502, 0.750, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.502 std_dev=0.248
O6 B 0, 0.214, 0.464, 0.715, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.464 std_dev=0.250
C3' A 0, 0.128, 0.381, 0.635, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.381 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.259, 0.528, 0.797, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.528 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.264, 0.550, 0.837, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.550 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.282, 0.573, 0.864, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.573 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.232, 0.580, 0.929, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.580 std_dev=0.348
C8 B 0, 0.273, 0.625, 0.977, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.625 std_dev=0.352
C4 B 0, 0.233, 0.596, 0.959, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.596 std_dev=0.363
O3' A 0, 0.194, 0.571, 0.949, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.571 std_dev=0.378
N2 B 0, 0.232, 0.618, 1.004, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.618 std_dev=0.386
C5' A 0, 0.185, 0.580, 0.975, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.580 std_dev=0.395
N9 B 0, 0.237, 0.640, 1.043, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.640 std_dev=0.403
N3 B 0, 0.206, 0.614, 1.022, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.614 std_dev=0.408
O5' A 0, 0.273, 0.696, 1.119, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.696 std_dev=0.423
P A 0, 0.310, 0.766, 1.222, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.766 std_dev=0.456
C1' B 0, 0.206, 0.675, 1.144, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.675 std_dev=0.469
OP1 A 0, 0.323, 0.796, 1.270, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.796 std_dev=0.474
O4' B 0, 0.271, 0.745, 1.219, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.745 std_dev=0.474
C2' B 0, 0.184, 0.676, 1.168, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.676 std_dev=0.492
OP2 A 0, 0.309, 0.811, 1.312, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.811 std_dev=0.501
C3' B 0, 0.221, 0.727, 1.232, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.727 std_dev=0.505
C4' B 0, 0.254, 0.762, 1.270, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.762 std_dev=0.508
O2' B 0, 0.148, 0.668, 1.189, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.668 std_dev=0.521
C5' B 0, 0.303, 0.849, 1.395, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.849 std_dev=0.546
O3' B 0, 0.190, 0.751, 1.312, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.751 std_dev=0.561
O5' B 0, 0.362, 0.948, 1.534, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.948 std_dev=0.586
P B 0, 0.350, 0.974, 1.598, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.974 std_dev=0.624
OP2 B 0, 0.399, 1.057, 1.715, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.057 std_dev=0.658
OP1 B 0, 0.333, 1.173, 2.013, 3.334 max_d=3.334 avg_d=1.173 std_dev=0.840

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04
C2 0.05 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.14 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.14 0.11 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.15 0.16 0.09
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.09 0.09 0.13 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.09 0.17 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.06 0.02 0.08 0.09 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.10 0.02 0.10 0.10 0.09
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.05 0.04 0.10 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.10 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.10 0.03 0.10 0.00 0.10 0.11 0.10
C8 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.13 0.04 0.12 0.13 0.09
N1 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.04 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07
N2 0.06 0.01 0.14 0.13 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.19 0.18 0.08 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04
N3 0.05 0.01 0.11 0.09 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.12 0.06 0.04 0.01 0.08 0.08 0.04
N7 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.13 0.04 0.13 0.14 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.09 0.10 0.05
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.03 0.12 0.19 0.14 0.01 0.02 0.00 0.08 0.07 0.05 0.07 0.12 0.13 0.06
O3' 0.03 0.14 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.05 0.10 0.11 0.12 0.18 0.12 0.10 0.04 0.08 0.00 0.03 0.10 0.12 0.20 0.16 0.13
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.07 0.07
O5' 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.07 0.04 0.04 0.13 0.07 0.05 0.10 0.05 0.00 0.14 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.05 0.09 0.02 0.07 0.02 0.10 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.12 0.05 0.14 0.00 0.14 0.15 0.14
OP1 0.08 0.07 0.15 0.17 0.08 0.07 0.10 0.04 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.13 0.09 0.12 0.20 0.04 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.07 0.16 0.15 0.09 0.05 0.10 0.02 0.11 0.13 0.08 0.07 0.08 0.14 0.10 0.13 0.16 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.09 0.10 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.07 0.04 0.04 0.11 0.05 0.06 0.13 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.19 0.10 0.12 0.16 0.20 0.15 0.29 0.17 0.14 0.19 0.20 0.17 0.14 0.15 0.11 0.10 0.19 0.45 0.18 0.55 0.27 0.34
C2 0.14 0.18 0.11 0.14 0.14 0.20 0.12 0.30 0.12 0.11 0.17 0.21 0.17 0.11 0.12 0.09 0.14 0.19 0.48 0.11 0.53 0.30 0.32
C2' 0.15 0.15 0.10 0.11 0.15 0.18 0.16 0.25 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.17 0.15 0.11 0.10 0.19 0.38 0.18 0.56 0.23 0.32
C3' 0.16 0.16 0.13 0.13 0.16 0.19 0.17 0.27 0.17 0.18 0.17 0.17 0.15 0.19 0.16 0.14 0.11 0.20 0.40 0.18 0.57 0.25 0.35
C4 0.12 0.18 0.08 0.11 0.13 0.18 0.11 0.29 0.13 0.10 0.17 0.21 0.15 0.11 0.11 0.07 0.11 0.17 0.45 0.12 0.54 0.28 0.33
C4' 0.17 0.18 0.12 0.14 0.17 0.22 0.17 0.32 0.18 0.17 0.19 0.19 0.17 0.17 0.17 0.12 0.11 0.22 0.47 0.18 0.58 0.29 0.39
C5 0.12 0.18 0.09 0.12 0.13 0.19 0.11 0.29 0.12 0.10 0.17 0.22 0.16 0.10 0.11 0.08 0.12 0.17 0.47 0.11 0.55 0.28 0.33
C5' 0.17 0.19 0.12 0.14 0.17 0.23 0.17 0.33 0.18 0.18 0.19 0.20 0.17 0.17 0.17 0.13 0.11 0.22 0.49 0.18 0.59 0.31 0.40
C6 0.14 0.19 0.12 0.15 0.14 0.20 0.12 0.31 0.12 0.11 0.17 0.24 0.18 0.11 0.13 0.11 0.14 0.19 0.48 0.11 0.54 0.30 0.33
C8 0.12 0.18 0.09 0.11 0.13 0.19 0.12 0.29 0.14 0.12 0.17 0.21 0.15 0.12 0.12 0.08 0.10 0.17 0.45 0.14 0.56 0.27 0.34
N1 0.15 0.20 0.13 0.16 0.15 0.21 0.13 0.31 0.13 0.12 0.17 0.23 0.18 0.12 0.14 0.12 0.16 0.20 0.49 0.11 0.53 0.31 0.33
N2 0.15 0.19 0.13 0.17 0.15 0.21 0.13 0.31 0.13 0.13 0.17 0.21 0.17 0.13 0.14 0.10 0.16 0.20 0.49 0.13 0.51 0.32 0.32
N3 0.12 0.18 0.08 0.12 0.13 0.19 0.11 0.29 0.13 0.10 0.17 0.20 0.16 0.10 0.11 0.07 0.11 0.17 0.46 0.12 0.53 0.28 0.32
N7 0.12 0.18 0.09 0.11 0.13 0.19 0.11 0.29 0.13 0.10 0.17 0.22 0.16 0.11 0.11 0.07 0.11 0.17 0.46 0.12 0.56 0.28 0.34
N9 0.13 0.18 0.09 0.11 0.14 0.19 0.13 0.29 0.15 0.12 0.18 0.20 0.16 0.12 0.12 0.08 0.10 0.18 0.45 0.15 0.55 0.27 0.33
O2' 0.21 0.19 0.16 0.15 0.20 0.22 0.21 0.28 0.21 0.22 0.19 0.18 0.19 0.23 0.21 0.17 0.11 0.24 0.38 0.22 0.58 0.23 0.35
O3' 0.20 0.16 0.19 0.17 0.18 0.20 0.19 0.26 0.18 0.22 0.16 0.16 0.16 0.22 0.20 0.21 0.15 0.21 0.36 0.19 0.56 0.21 0.33
O4' 0.19 0.22 0.14 0.16 0.19 0.24 0.19 0.34 0.21 0.17 0.22 0.23 0.20 0.17 0.18 0.14 0.13 0.23 0.51 0.21 0.57 0.32 0.39
O5' 0.16 0.19 0.11 0.13 0.16 0.22 0.16 0.32 0.17 0.16 0.19 0.21 0.18 0.16 0.16 0.11 0.10 0.21 0.49 0.17 0.57 0.32 0.39
O6 0.16 0.21 0.14 0.17 0.16 0.22 0.13 0.32 0.13 0.12 0.18 0.25 0.20 0.12 0.14 0.14 0.16 0.20 0.50 0.11 0.55 0.31 0.34
OP1 0.21 0.22 0.16 0.18 0.21 0.25 0.21 0.35 0.21 0.22 0.22 0.24 0.21 0.22 0.21 0.16 0.15 0.24 0.51 0.20 0.58 0.33 0.40
OP2 0.19 0.23 0.14 0.16 0.19 0.24 0.19 0.34 0.19 0.19 0.22 0.26 0.21 0.19 0.19 0.15 0.14 0.23 0.51 0.19 0.57 0.33 0.39
P 0.16 0.19 0.11 0.13 0.16 0.22 0.16 0.32 0.17 0.16 0.19 0.22 0.18 0.16 0.16 0.11 0.11 0.20 0.48 0.17 0.57 0.30 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.43 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.08 0.03 0.17 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.04 0.09 0.30 0.02 0.52 0.19 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.34 0.23 0.08
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.23 0.30 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.06 0.25 0.01 0.45 0.17 0.16
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.10 0.27 0.21 0.07
C5 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.32 0.01 0.42 0.24 0.17
C5' 0.04 0.17 0.03 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.20 0.13 0.19 0.17 0.14 0.17 0.09 0.02 0.06 0.02 0.00 0.23 0.12 0.21 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.07 0.37 0.01 0.45 0.25 0.21
C8 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.24 0.01 0.36 0.28 0.12
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.08 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.08 0.35 0.01 0.50 0.22 0.23
N2 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.09 0.03 0.17 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.06 0.10 0.29 0.03 0.56 0.21 0.25
N3 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.04 0.09 0.24 0.02 0.50 0.16 0.20
N7 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.31 0.02 0.36 0.30 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.20 0.02 0.42 0.19 0.13
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.04 0.09 0.12 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.08 0.38 0.21 0.11
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.10 0.06 0.21 0.34 0.06
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.10 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.07 0.41 0.13 0.15
O5' 0.10 0.30 0.04 0.02 0.25 0.02 0.32 0.00 0.37 0.24 0.35 0.29 0.24 0.31 0.20 0.06 0.10 0.11 0.00 0.41 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.07 0.41 0.00 0.45 0.29 0.24
OP1 0.43 0.52 0.34 0.23 0.45 0.27 0.42 0.12 0.45 0.36 0.50 0.56 0.50 0.36 0.42 0.38 0.21 0.41 0.02 0.45 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.19 0.23 0.30 0.17 0.21 0.24 0.21 0.25 0.28 0.22 0.21 0.16 0.30 0.19 0.21 0.34 0.13 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.22 0.08 0.04 0.16 0.07 0.17 0.02 0.21 0.12 0.23 0.25 0.20 0.15 0.13 0.11 0.06 0.15 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00