ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54426

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 11, 22, 12, 5, 2, 7, 2, 3, 0, 1, 5, 2, 0, 1, 2, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.001, 0.021, 0.043, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.002, 0.028, 0.054, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.028 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.002, 0.048, 0.094, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.048 std_dev=0.046
N3 B 0, 0.320, 0.624, 0.927, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.624 std_dev=0.303
O2 B 0, 0.446, 0.770, 1.094, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.770 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.286, 0.613, 0.941, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.613 std_dev=0.328
C2 B 0, 0.377, 0.714, 1.050, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.714 std_dev=0.337
N4 B 0, 0.229, 0.573, 0.917, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.573 std_dev=0.344
C5 B 0, 0.322, 0.710, 1.098, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.710 std_dev=0.388
N1 B 0, 0.386, 0.808, 1.229, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.808 std_dev=0.421
C6 B 0, 0.362, 0.806, 1.249, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.806 std_dev=0.444
C1' B 0, 0.436, 0.953, 1.469, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.953 std_dev=0.516
O4' B 0, 0.455, 1.024, 1.593, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.024 std_dev=0.569
O4' A 0, -0.127, 0.449, 1.025, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.449 std_dev=0.576
C2' B 0, 0.450, 1.044, 1.639, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.044 std_dev=0.595
C2' A 0, -0.169, 0.455, 1.079, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.455 std_dev=0.624
C3' B 0, 0.467, 1.092, 1.717, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.092 std_dev=0.625
C4' B 0, 0.487, 1.120, 1.753, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.120 std_dev=0.633
O2' B 0, 0.479, 1.164, 1.849, 2.892 max_d=2.892 avg_d=1.164 std_dev=0.685
C5' B 0, 0.464, 1.150, 1.836, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.150 std_dev=0.686
O3' B 0, 0.477, 1.219, 1.960, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.219 std_dev=0.742
C3' A 0, -0.175, 0.612, 1.399, 3.245 max_d=3.245 avg_d=0.612 std_dev=0.787
C4' A 0, -0.195, 0.609, 1.413, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.609 std_dev=0.804
O3' A 0, -0.175, 0.694, 1.563, 3.791 max_d=3.791 avg_d=0.694 std_dev=0.869
O2' A 0, -0.191, 0.697, 1.584, 3.187 max_d=3.187 avg_d=0.697 std_dev=0.888
O5' B 0, 0.387, 1.275, 2.163, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.275 std_dev=0.888
OP2 B 0, 0.278, 1.206, 2.133, 3.775 max_d=3.775 avg_d=1.206 std_dev=0.928
P B 0, 0.322, 1.318, 2.313, 4.008 max_d=4.008 avg_d=1.318 std_dev=0.996
OP1 B 0, 0.342, 1.551, 2.760, 4.608 max_d=4.608 avg_d=1.551 std_dev=1.209
C5' A 0, -0.287, 0.968, 2.223, 4.972 max_d=4.972 avg_d=0.968 std_dev=1.255
OP1 A 0, -0.307, 0.994, 2.295, 6.480 max_d=6.480 avg_d=0.994 std_dev=1.301
O5' A 0, -0.290, 1.254, 2.797, 5.858 max_d=5.858 avg_d=1.254 std_dev=1.544
P A 0, -0.387, 1.281, 2.950, 7.078 max_d=7.078 avg_d=1.281 std_dev=1.669
OP2 A 0, -0.687, 1.749, 4.185, 9.140 max_d=9.140 avg_d=1.749 std_dev=2.436

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.15 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.39 0.03 0.34 0.49 0.28
C2 0.06 0.00 0.23 0.17 0.01 0.42 0.01 0.74 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.33 0.42 0.36 0.01 0.58 0.68 0.47
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.23 0.12 0.11 0.19 0.29 0.22 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.30 0.10 0.76 0.38 0.34
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.11 0.01 0.15 0.02 0.14 0.23 0.14 0.22 0.16 0.22 0.11 0.02 0.01 0.02 0.10 0.16 0.51 0.15 0.19
C4 0.03 0.01 0.12 0.11 0.00 0.23 0.01 0.51 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.22 0.44 0.01 0.52 0.63 0.46
C4' 0.01 0.42 0.02 0.01 0.23 0.00 0.15 0.01 0.22 0.15 0.35 0.50 0.39 0.09 0.06 0.19 0.04 0.01 0.01 0.19 0.24 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.15 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.10 0.59 0.01 0.59 0.79 0.60
C5' 0.15 0.74 0.23 0.02 0.51 0.01 0.45 0.00 0.55 0.17 0.69 0.82 0.67 0.26 0.28 0.10 0.16 0.01 0.01 0.51 0.25 0.28 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.14 0.01 0.22 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.18 0.54 0.00 0.64 0.80 0.62
C8 0.02 0.02 0.11 0.23 0.01 0.15 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.33 0.12 0.19 0.83 0.02 0.49 0.94 0.68
N1 0.05 0.01 0.19 0.14 0.01 0.35 0.01 0.69 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.25 0.32 0.42 0.01 0.62 0.73 0.54
N2 0.08 0.00 0.29 0.22 0.02 0.50 0.01 0.82 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.57 0.42 0.49 0.38 0.03 0.58 0.72 0.47
N3 0.06 0.01 0.22 0.16 0.01 0.39 0.01 0.67 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.40 0.33 0.42 0.32 0.01 0.53 0.60 0.40
N7 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.09 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.13 0.10 0.79 0.02 0.59 0.99 0.73
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.10 0.11 0.02 0.55 0.02 0.44 0.65 0.46
O2' 0.02 0.43 0.00 0.02 0.18 0.19 0.13 0.10 0.17 0.33 0.31 0.57 0.40 0.26 0.10 0.00 0.07 0.12 0.26 0.16 0.84 0.46 0.32
O3' 0.23 0.33 0.03 0.01 0.20 0.04 0.13 0.16 0.17 0.12 0.25 0.42 0.33 0.13 0.11 0.07 0.00 0.24 0.14 0.15 0.45 0.25 0.20
O4' 0.01 0.42 0.01 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.18 0.19 0.32 0.49 0.42 0.10 0.02 0.12 0.24 0.00 0.41 0.13 0.19 0.58 0.41
O5' 0.39 0.36 0.30 0.10 0.44 0.01 0.59 0.01 0.54 0.83 0.42 0.38 0.32 0.79 0.55 0.26 0.14 0.41 0.00 0.61 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.16 0.01 0.19 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.16 0.15 0.13 0.61 0.00 0.68 0.89 0.69
OP1 0.34 0.58 0.76 0.51 0.52 0.24 0.59 0.25 0.64 0.49 0.62 0.58 0.53 0.59 0.44 0.84 0.45 0.19 0.02 0.68 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.68 0.38 0.15 0.63 0.23 0.79 0.28 0.80 0.94 0.73 0.72 0.60 0.99 0.65 0.46 0.25 0.58 0.01 0.89 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.47 0.34 0.19 0.46 0.06 0.60 0.01 0.62 0.68 0.54 0.47 0.40 0.73 0.46 0.32 0.20 0.41 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.25 0.27 0.23 0.25 0.26 0.27 0.37 0.26 0.24 0.26 0.27 0.27 0.30 0.22 0.26 0.45 0.34 0.36 0.35
C2 0.18 0.18 0.24 0.19 0.14 0.15 0.14 0.25 0.12 0.14 0.13 0.23 0.26 0.34 0.22 0.14 0.44 0.32 0.30 0.29
C2' 0.43 0.40 0.47 0.47 0.43 0.47 0.48 0.55 0.47 0.43 0.41 0.44 0.39 0.46 0.48 0.45 0.62 0.55 0.55 0.55
C3' 0.35 0.39 0.34 0.30 0.35 0.32 0.31 0.39 0.32 0.35 0.40 0.35 0.43 0.37 0.29 0.34 0.54 0.50 0.51 0.50
C4 0.15 0.17 0.21 0.15 0.15 0.15 0.18 0.29 0.15 0.14 0.16 0.20 0.22 0.28 0.17 0.14 0.42 0.28 0.31 0.28
C4' 0.53 0.61 0.53 0.45 0.52 0.44 0.42 0.44 0.45 0.53 0.62 0.51 0.67 0.58 0.44 0.47 0.54 0.45 0.45 0.45
C5 0.15 0.16 0.22 0.16 0.14 0.14 0.16 0.27 0.13 0.13 0.14 0.20 0.23 0.31 0.19 0.13 0.44 0.30 0.31 0.29
C5' 0.72 0.82 0.73 0.61 0.64 0.58 0.51 0.52 0.56 0.70 0.81 0.59 0.93 0.81 0.61 0.62 0.58 0.48 0.46 0.47
C6 0.18 0.17 0.26 0.20 0.13 0.16 0.14 0.25 0.11 0.14 0.13 0.21 0.26 0.37 0.25 0.13 0.46 0.34 0.32 0.30
C8 0.16 0.18 0.21 0.16 0.18 0.18 0.21 0.33 0.19 0.16 0.17 0.21 0.22 0.27 0.17 0.18 0.43 0.31 0.34 0.32
N1 0.20 0.18 0.28 0.22 0.14 0.18 0.14 0.25 0.12 0.15 0.13 0.23 0.27 0.39 0.27 0.15 0.47 0.35 0.32 0.31
N2 0.21 0.20 0.26 0.21 0.17 0.18 0.16 0.25 0.14 0.17 0.15 0.26 0.29 0.37 0.24 0.17 0.46 0.35 0.31 0.30
N3 0.15 0.17 0.21 0.15 0.14 0.15 0.16 0.28 0.13 0.14 0.15 0.22 0.23 0.29 0.17 0.13 0.41 0.27 0.29 0.27
N7 0.15 0.16 0.21 0.15 0.15 0.15 0.19 0.29 0.15 0.14 0.15 0.20 0.22 0.30 0.18 0.14 0.44 0.31 0.33 0.31
N9 0.17 0.19 0.21 0.17 0.19 0.19 0.22 0.34 0.20 0.17 0.19 0.21 0.22 0.26 0.17 0.19 0.42 0.30 0.33 0.31
O2' 0.94 0.84 0.96 0.98 0.88 1.00 0.98 1.05 0.98 0.93 0.80 0.83 0.78 0.94 0.98 0.98 1.05 0.98 0.96 1.00
O3' 0.61 0.63 0.57 0.54 0.59 0.57 0.56 0.59 0.58 0.61 0.63 0.58 0.65 0.59 0.52 0.61 0.72 0.66 0.65 0.67
O4' 0.54 0.60 0.58 0.54 0.59 0.50 0.51 0.52 0.51 0.55 0.63 0.61 0.62 0.60 0.55 0.49 0.63 0.52 0.54 0.52
O5' 0.60 0.58 0.54 0.47 0.42 0.54 0.42 0.55 0.49 0.56 0.52 0.34 0.65 0.63 0.45 0.60 0.64 0.61 0.58 0.59
O6 0.20 0.18 0.29 0.24 0.14 0.18 0.14 0.25 0.12 0.15 0.13 0.21 0.27 0.41 0.30 0.15 0.48 0.37 0.34 0.33
OP1 0.56 0.59 0.55 0.51 0.50 0.56 0.46 0.63 0.49 0.54 0.59 0.50 0.66 0.61 0.50 0.57 0.68 0.78 0.70 0.72
OP2 0.98 0.95 0.92 0.80 0.74 0.88 0.72 0.84 0.80 0.91 0.87 0.65 1.06 1.06 0.78 0.96 1.01 0.99 0.91 0.96
P 0.59 0.58 0.55 0.48 0.45 0.55 0.44 0.58 0.49 0.55 0.54 0.41 0.66 0.64 0.47 0.59 0.67 0.71 0.66 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.19 0.16 0.20 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.11 0.03 0.34 0.24 0.21 0.19
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.24 0.29 0.15 0.14
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.09 0.07 0.11 0.11 0.12 0.03 0.01 0.01 0.29 0.39 0.12 0.21
C4 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.42 0.28 0.27 0.28
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.10 0.06 0.08 0.12 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.15 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.05 0.41 0.27 0.24 0.27
C5' 0.04 0.14 0.03 0.02 0.24 0.01 0.25 0.00 0.20 0.13 0.20 0.26 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.25 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.05 0.38 0.23 0.18 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.32 0.22 0.18 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.39 0.26 0.25 0.24
N4 0.02 0.02 0.04 0.11 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.13 0.04 0.44 0.30 0.31 0.31
O2 0.05 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.14 0.05 0.31 0.24 0.21 0.17
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.03 0.09 0.07 0.15 0.00 0.04 0.07 0.08 0.16 0.17 0.08
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.10 0.07 0.12 0.13 0.14 0.04 0.00 0.02 0.22 0.43 0.11 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.00 0.12 0.10 0.29 0.14
O5' 0.19 0.34 0.24 0.29 0.42 0.01 0.41 0.01 0.38 0.32 0.39 0.44 0.31 0.08 0.22 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.24 0.29 0.39 0.28 0.15 0.27 0.25 0.23 0.22 0.26 0.30 0.24 0.16 0.43 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.21 0.15 0.12 0.27 0.26 0.24 0.34 0.18 0.18 0.25 0.31 0.21 0.17 0.11 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.14 0.21 0.28 0.06 0.27 0.02 0.20 0.16 0.24 0.31 0.17 0.08 0.20 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00