ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54427

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 9, 11, 9, 11, 3, 2, 5, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.002, 0.014, 0.031, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.001, 0.024, 0.048, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O6 A 0, -0.002, 0.027, 0.056, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.027 std_dev=0.029
N7 A 0, -0.006, 0.027, 0.061, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.027 std_dev=0.033
C8 A 0, -0.006, 0.035, 0.076, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.035 std_dev=0.041
N3 B 0, 0.246, 0.447, 0.648, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.447 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.397, 0.602, 0.806, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.602 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.245, 0.461, 0.678, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.461 std_dev=0.216
O2 B 0, 0.221, 0.457, 0.694, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.457 std_dev=0.236
O4' A 0, 0.499, 0.768, 1.037, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.768 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.387, 0.663, 0.939, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.663 std_dev=0.276
N4 B 0, 0.368, 0.645, 0.921, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.645 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.530, 0.813, 1.095, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.813 std_dev=0.282
C2' A 0, 0.431, 0.716, 1.001, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.716 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.537, 0.845, 1.152, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.845 std_dev=0.307
C3' A 0, 0.847, 1.165, 1.484, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.165 std_dev=0.318
O3' A 0, 1.198, 1.561, 1.924, 2.510 max_d=2.510 avg_d=1.561 std_dev=0.363
C4' A 0, 0.819, 1.185, 1.552, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.185 std_dev=0.367
C1' B 0, 0.362, 0.755, 1.149, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.755 std_dev=0.394
O5' B 0, 0.582, 1.034, 1.486, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.034 std_dev=0.452
OP2 B 0, 1.060, 1.513, 1.966, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.513 std_dev=0.453
O4' B 0, 0.414, 0.867, 1.320, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.867 std_dev=0.453
P B 0, 0.834, 1.295, 1.756, 3.120 max_d=3.120 avg_d=1.295 std_dev=0.461
C2' B 0, 0.309, 0.808, 1.307, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.808 std_dev=0.499
C4' B 0, 0.444, 0.963, 1.483, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.963 std_dev=0.520
C3' B 0, 0.417, 0.948, 1.479, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.948 std_dev=0.531
C5' B 0, 0.529, 1.066, 1.602, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.066 std_dev=0.536
C5' A 0, 1.357, 1.904, 2.452, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.904 std_dev=0.547
OP1 B 0, 0.722, 1.289, 1.856, 3.308 max_d=3.308 avg_d=1.289 std_dev=0.567
O2' A 0, 0.197, 0.798, 1.399, 2.667 max_d=2.667 avg_d=0.798 std_dev=0.601
O2' B 0, 0.200, 0.823, 1.446, 2.635 max_d=2.635 avg_d=0.823 std_dev=0.623
O3' B 0, 0.404, 1.068, 1.731, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.068 std_dev=0.664
O5' A 0, 0.344, 1.293, 2.243, 4.735 max_d=4.735 avg_d=1.293 std_dev=0.949
OP1 A 0, -0.145, 1.016, 2.177, 4.240 max_d=4.240 avg_d=1.016 std_dev=1.161
P A 0, -0.308, 1.043, 2.394, 4.872 max_d=4.872 avg_d=1.043 std_dev=1.351
OP2 A 0, -0.003, 1.842, 3.687, 6.651 max_d=6.651 avg_d=1.842 std_dev=1.845

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.22 0.00 0.16 0.02 0.31 0.44 0.17
C2 0.03 0.00 0.24 0.12 0.01 0.34 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.22 0.41 0.42 0.01 0.60 0.25 0.27
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.04 0.14 0.09 0.17 0.18 0.30 0.24 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.37 0.06 0.71 0.20 0.30
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.21 0.02 0.20 0.26 0.16 0.12 0.10 0.27 0.16 0.01 0.01 0.01 0.26 0.22 0.45 0.29 0.18
C4 0.01 0.01 0.12 0.14 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.21 0.26 0.01 0.44 0.43 0.22
C4' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.14 0.00 0.07 0.00 0.11 0.28 0.24 0.44 0.33 0.21 0.07 0.21 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.25 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.10 0.08 0.25 0.01 0.38 0.65 0.33
C5' 0.07 0.50 0.14 0.02 0.25 0.00 0.19 0.00 0.24 0.37 0.39 0.63 0.47 0.31 0.13 0.08 0.16 0.01 0.01 0.21 0.15 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.16 0.27 0.00 0.44 0.53 0.29
C8 0.01 0.01 0.17 0.26 0.01 0.28 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.13 0.22 0.36 0.02 0.21 1.04 0.55
N1 0.02 0.00 0.18 0.16 0.01 0.24 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.30 0.35 0.00 0.54 0.31 0.24
N2 0.04 0.00 0.30 0.12 0.01 0.44 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.28 0.49 0.52 0.01 0.68 0.34 0.37
N3 0.03 0.00 0.24 0.10 0.00 0.33 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.23 0.41 0.39 0.01 0.56 0.25 0.24
N7 0.01 0.01 0.11 0.27 0.00 0.21 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.14 0.12 0.33 0.02 0.27 1.02 0.55
N9 0.00 0.01 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.08 0.01 0.22 0.02 0.32 0.61 0.28
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.06 0.21 0.17 0.08 0.12 0.43 0.13 0.41 0.27 0.38 0.16 0.00 0.06 0.15 0.15 0.19 0.64 0.24 0.20
O3' 0.22 0.22 0.03 0.01 0.13 0.01 0.10 0.16 0.11 0.13 0.16 0.28 0.23 0.14 0.08 0.06 0.00 0.16 0.13 0.12 0.31 0.33 0.12
O4' 0.00 0.41 0.01 0.01 0.21 0.00 0.08 0.01 0.16 0.22 0.30 0.49 0.41 0.12 0.01 0.15 0.16 0.00 0.22 0.11 0.13 0.46 0.31
O5' 0.16 0.42 0.37 0.26 0.26 0.01 0.25 0.01 0.27 0.36 0.35 0.52 0.39 0.33 0.22 0.15 0.13 0.22 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.22 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.12 0.11 0.26 0.00 0.41 0.64 0.36
OP1 0.31 0.60 0.71 0.45 0.44 0.16 0.38 0.15 0.44 0.21 0.54 0.68 0.56 0.27 0.32 0.64 0.31 0.13 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.25 0.20 0.29 0.43 0.25 0.65 0.16 0.53 1.04 0.31 0.34 0.25 1.02 0.61 0.24 0.33 0.46 0.01 0.64 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.27 0.30 0.18 0.22 0.06 0.33 0.01 0.29 0.55 0.24 0.37 0.24 0.55 0.28 0.20 0.12 0.31 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.23 0.30 0.31 0.27 0.21 0.25 0.22 0.22 0.22 0.26 0.33 0.23 0.29 0.36 0.17 0.26 0.37 0.43 0.35
C2 0.23 0.21 0.31 0.30 0.14 0.25 0.15 0.24 0.15 0.19 0.16 0.21 0.25 0.35 0.36 0.20 0.27 0.25 0.30 0.23
C2' 0.34 0.29 0.27 0.29 0.30 0.35 0.37 0.37 0.37 0.33 0.27 0.28 0.27 0.28 0.26 0.39 0.33 0.33 0.31 0.29
C3' 0.29 0.32 0.33 0.30 0.31 0.27 0.28 0.26 0.28 0.30 0.32 0.32 0.32 0.34 0.32 0.27 0.28 0.37 0.36 0.34
C4 0.21 0.21 0.31 0.30 0.14 0.22 0.13 0.21 0.14 0.18 0.19 0.12 0.24 0.33 0.36 0.17 0.24 0.26 0.31 0.24
C4' 0.74 0.77 0.78 0.74 0.76 0.70 0.71 0.66 0.71 0.75 0.78 0.77 0.77 0.79 0.76 0.69 0.67 0.75 0.72 0.73
C5 0.22 0.21 0.32 0.31 0.12 0.23 0.12 0.22 0.14 0.18 0.18 0.12 0.25 0.36 0.38 0.18 0.24 0.25 0.29 0.23
C5' 0.95 0.97 0.96 0.89 0.87 0.87 0.81 0.81 0.85 0.93 0.95 0.82 1.01 1.00 0.90 0.89 0.78 0.83 0.76 0.82
C6 0.23 0.20 0.33 0.32 0.13 0.25 0.13 0.24 0.14 0.19 0.16 0.17 0.26 0.38 0.39 0.20 0.26 0.26 0.28 0.22
C8 0.20 0.22 0.31 0.31 0.17 0.21 0.15 0.21 0.16 0.19 0.21 0.16 0.24 0.33 0.37 0.16 0.23 0.30 0.33 0.28
N1 0.24 0.20 0.33 0.32 0.15 0.26 0.15 0.25 0.15 0.19 0.16 0.22 0.26 0.38 0.38 0.21 0.27 0.27 0.29 0.23
N2 0.25 0.20 0.31 0.30 0.20 0.26 0.19 0.26 0.18 0.20 0.17 0.28 0.26 0.35 0.35 0.22 0.29 0.28 0.31 0.24
N3 0.21 0.21 0.30 0.29 0.13 0.22 0.13 0.22 0.15 0.19 0.19 0.13 0.24 0.32 0.34 0.18 0.24 0.25 0.31 0.24
N7 0.21 0.21 0.32 0.31 0.13 0.22 0.13 0.21 0.14 0.18 0.19 0.11 0.25 0.35 0.38 0.17 0.24 0.27 0.30 0.24
N9 0.20 0.22 0.30 0.30 0.19 0.21 0.17 0.20 0.17 0.19 0.22 0.19 0.23 0.31 0.36 0.16 0.24 0.30 0.35 0.28
O2' 0.73 0.61 0.58 0.58 0.59 0.73 0.70 0.73 0.73 0.70 0.55 0.48 0.59 0.61 0.51 0.81 0.64 0.60 0.52 0.59
O3' 0.56 0.58 0.60 0.58 0.59 0.54 0.56 0.53 0.56 0.57 0.59 0.60 0.57 0.60 0.60 0.53 0.56 0.63 0.60 0.60
O4' 0.71 0.76 0.80 0.78 0.79 0.70 0.73 0.68 0.71 0.73 0.80 0.83 0.75 0.78 0.82 0.66 0.71 0.77 0.79 0.77
O5' 0.80 0.82 0.83 0.79 0.77 0.76 0.73 0.73 0.75 0.79 0.81 0.75 0.84 0.85 0.81 0.76 0.73 0.81 0.77 0.79
O6 0.24 0.20 0.34 0.33 0.13 0.26 0.14 0.25 0.15 0.19 0.15 0.19 0.26 0.40 0.41 0.21 0.27 0.27 0.28 0.23
OP1 0.86 0.89 0.91 0.86 0.84 0.82 0.79 0.78 0.81 0.85 0.89 0.83 0.92 0.94 0.88 0.81 0.79 0.86 0.83 0.85
OP2 0.78 0.73 0.75 0.66 0.57 0.71 0.56 0.64 0.63 0.72 0.66 0.49 0.80 0.84 0.66 0.75 0.58 0.63 0.54 0.63
P 0.71 0.70 0.72 0.68 0.64 0.68 0.62 0.66 0.65 0.69 0.68 0.60 0.73 0.76 0.69 0.69 0.65 0.73 0.69 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.25 0.13
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.03 0.11 0.10 0.27 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.20 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.07 0.09 0.11 0.09 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.16 0.10
C4 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02 0.17 0.17 0.28 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.17 0.17 0.27 0.20
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.02 0.14 0.13 0.26 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.08 0.26 0.14
N3 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.14 0.14 0.27 0.17
N4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.14 0.02 0.18 0.20 0.28 0.21
O2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.09 0.05 0.10 0.09 0.26 0.13
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.03 0.05 0.06 0.18 0.19 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.13 0.01 0.14 0.03 0.12 0.07 0.10 0.14 0.09 0.03 0.00 0.01 0.12 0.36 0.21 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.00 0.08 0.13 0.28 0.19
O5' 0.04 0.11 0.07 0.11 0.17 0.01 0.17 0.01 0.14 0.10 0.14 0.18 0.10 0.06 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.15 0.22 0.17 0.07 0.17 0.05 0.13 0.08 0.14 0.20 0.09 0.18 0.36 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.27 0.20 0.16 0.28 0.17 0.27 0.12 0.26 0.26 0.27 0.28 0.26 0.19 0.21 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.14 0.05 0.10 0.19 0.04 0.20 0.01 0.17 0.14 0.17 0.21 0.13 0.05 0.20 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00