ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54428

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.064, 0.154, 0.243, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.154 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.070, 0.186, 0.302, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.186 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.056, 0.200, 0.343, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.200 std_dev=0.144
N4 B 0, 0.064, 0.208, 0.352, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.208 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.106, 0.255, 0.403, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.255 std_dev=0.148
C4 B 0, 0.085, 0.257, 0.428, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.257 std_dev=0.171
C3' A 0, 0.116, 0.289, 0.462, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.289 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.100, 0.301, 0.502, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.301 std_dev=0.201
O5' A 0, 0.056, 0.262, 0.468, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.262 std_dev=0.206
C2' B 0, 0.081, 0.309, 0.536, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.309 std_dev=0.227
C3' B 0, 0.130, 0.361, 0.591, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.361 std_dev=0.230
O3' A 0, 0.163, 0.396, 0.628, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.396 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.098, 0.338, 0.578, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.338 std_dev=0.240
O3' B 0, 0.139, 0.385, 0.632, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.385 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.130, 0.377, 0.624, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.377 std_dev=0.247
C5' A 0, 0.186, 0.451, 0.717, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.451 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.175, 0.449, 0.723, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.449 std_dev=0.274
P A 0, 0.181, 0.470, 0.759, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.470 std_dev=0.289
C1' B 0, 0.159, 0.450, 0.741, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.450 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.116, 0.413, 0.709, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.413 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.196, 0.496, 0.796, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.496 std_dev=0.300
C4' B 0, 0.213, 0.529, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.529 std_dev=0.315
O2 B 0, 0.164, 0.490, 0.816, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.490 std_dev=0.326
O4' B 0, 0.231, 0.580, 0.928, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.580 std_dev=0.348
OP2 A 0, 0.251, 0.609, 0.967, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.609 std_dev=0.358
OP1 A 0, 0.164, 0.531, 0.898, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.531 std_dev=0.367
C5' B 0, 0.264, 0.636, 1.007, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.636 std_dev=0.371
OP2 B 0, 0.319, 0.749, 1.179, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.749 std_dev=0.430
O5' B 0, 0.328, 0.783, 1.237, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.783 std_dev=0.455
P B 0, 0.375, 0.883, 1.392, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.883 std_dev=0.509
OP1 B 0, 0.470, 1.106, 1.742, 1.563 max_d=1.563 avg_d=1.106 std_dev=0.636

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.07 0.00 0.07 0.13 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.06 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.00 0.08 0.12 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.07 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.13 0.17 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.02 0.02 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.11 0.00 0.14 0.20 0.14
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.09 0.00 0.10 0.18 0.11
N2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.03 0.07 0.01 0.05 0.12 0.07
N3 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.02 0.07 0.00 0.05 0.10 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.17 0.19 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.08 0.08
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.08 0.11 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.05 0.03
O5' 0.04 0.07 0.05 0.10 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.13 0.09 0.07 0.07 0.14 0.08 0.04 0.12 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.13 0.00 0.17 0.24 0.16
OP1 0.04 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.13 0.05 0.14 0.13 0.10 0.05 0.05 0.17 0.07 0.04 0.08 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.13 0.06 0.08 0.12 0.07 0.17 0.08 0.20 0.13 0.18 0.12 0.10 0.19 0.08 0.06 0.11 0.05 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.05 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.13 0.11 0.07 0.06 0.16 0.08 0.03 0.06 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.13 0.08 0.09 0.11 0.07 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.13 0.15 0.13
C2 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.15 0.18 0.20 0.17
C2' 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.07 0.08 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09
C3' 0.11 0.11 0.13 0.13 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.05 0.13 0.12 0.15 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09
C4 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.14 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.15 0.16 0.18 0.16
C4' 0.13 0.14 0.15 0.15 0.09 0.14 0.08 0.16 0.10 0.12 0.13 0.06 0.17 0.15 0.16 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12
C5 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.15 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.16 0.17 0.19 0.17
C5' 0.14 0.14 0.16 0.17 0.08 0.15 0.07 0.16 0.10 0.13 0.12 0.05 0.18 0.18 0.18 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12
C6 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.11 0.17 0.19 0.21 0.18
C8 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.15 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.15 0.16 0.17 0.15
N1 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.14 0.11 0.10 0.07 0.06 0.07 0.09 0.09 0.11 0.16 0.20 0.21 0.18
N2 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.15 0.20 0.21 0.18
N3 0.08 0.06 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.09 0.14 0.16 0.18 0.16
N7 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.15 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.16 0.17 0.18 0.16
N9 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.14 0.15 0.17 0.15
O2' 0.12 0.13 0.10 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.10 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11
O3' 0.17 0.17 0.19 0.19 0.12 0.18 0.12 0.17 0.14 0.16 0.14 0.08 0.18 0.19 0.21 0.17 0.15 0.13 0.13 0.13
O4' 0.11 0.12 0.11 0.12 0.08 0.12 0.07 0.15 0.08 0.10 0.12 0.06 0.14 0.11 0.12 0.11 0.14 0.14 0.15 0.14
O5' 0.09 0.09 0.11 0.14 0.06 0.12 0.07 0.14 0.07 0.08 0.08 0.06 0.11 0.12 0.16 0.09 0.11 0.14 0.17 0.13
O6 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.12 0.11 0.15 0.11 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.11 0.17 0.20 0.22 0.19
OP1 0.14 0.14 0.19 0.21 0.08 0.18 0.08 0.19 0.10 0.13 0.11 0.07 0.17 0.20 0.25 0.14 0.15 0.15 0.17 0.15
OP2 0.12 0.13 0.15 0.15 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10 0.16 0.16 0.17 0.11 0.12 0.15 0.19 0.15
P 0.09 0.10 0.12 0.13 0.06 0.11 0.07 0.13 0.07 0.08 0.08 0.07 0.13 0.13 0.16 0.09 0.11 0.12 0.16 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.08 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.03
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.08 0.05
O2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00