ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54429

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.018, 0.037, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.059, 0.145, 0.231, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.145 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.052, 0.148, 0.243, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.097, 0.200, 0.303, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.200 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.131, 0.254, 0.378, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.254 std_dev=0.123
O5' A 0, 0.122, 0.252, 0.382, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.252 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.123, 0.260, 0.398, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.260 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.176, 0.368, 0.559, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.368 std_dev=0.192
O3' A 0, 0.176, 0.376, 0.576, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.376 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.219, 0.428, 0.636, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.428 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.202, 0.420, 0.638, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.420 std_dev=0.218
P A 0, 0.294, 0.513, 0.731, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.513 std_dev=0.219
O2 B 0, 0.228, 0.452, 0.675, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.452 std_dev=0.223
C6 B 0, 0.207, 0.434, 0.661, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.434 std_dev=0.227
C5 B 0, 0.187, 0.424, 0.660, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.424 std_dev=0.236
O4' B 0, 0.237, 0.489, 0.741, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.489 std_dev=0.252
OP1 A 0, 0.364, 0.622, 0.880, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.622 std_dev=0.258
OP2 A 0, 0.332, 0.604, 0.876, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.604 std_dev=0.272
C1' B 0, 0.305, 0.582, 0.858, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.582 std_dev=0.276
N3 B 0, 0.179, 0.461, 0.743, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.461 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.168, 0.452, 0.735, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.452 std_dev=0.283
O3' B 0, 0.369, 0.684, 0.999, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.684 std_dev=0.315
C4' B 0, 0.388, 0.740, 1.092, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.740 std_dev=0.352
N4 B 0, 0.193, 0.546, 0.898, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.546 std_dev=0.353
C3' B 0, 0.319, 0.686, 1.054, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.686 std_dev=0.367
C5' B 0, 0.555, 0.995, 1.434, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.995 std_dev=0.440
O5' B 0, 0.560, 1.110, 1.660, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.110 std_dev=0.550
C2' B 0, 0.650, 1.206, 1.761, 1.695 max_d=1.695 avg_d=1.206 std_dev=0.556
P B 0, 0.791, 1.377, 1.963, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.377 std_dev=0.586
O2' B 0, 1.044, 1.978, 2.912, 2.778 max_d=2.778 avg_d=1.978 std_dev=0.934
OP1 B 0, 1.103, 2.156, 3.208, 3.353 max_d=3.353 avg_d=2.156 std_dev=1.052
OP2 B 0, 0.725, 1.809, 2.892, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.809 std_dev=1.084

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.07 0.09 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.10 0.05 0.06
C4 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.05
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.00 0.07 0.09 0.05
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.06 0.11 0.05
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.07 0.09 0.04
N2 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.04 0.03 0.01 0.07 0.09 0.04
N3 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.07 0.10 0.04
N7 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.10 0.05
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.11 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.10 0.04 0.04
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.04 0.00 0.02 0.12 0.06 0.15 0.09 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.03 0.08 0.12 0.08
O5' 0.06 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04 0.12 0.09 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.00 0.08 0.10 0.06
OP1 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.15 0.08 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.09 0.04 0.05 0.10 0.04 0.10 0.02 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.04 0.09 0.12 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.11 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.20 0.32 0.13 0.16 0.14 0.18 0.20 0.17 0.17 0.19 0.15 0.24 0.56 0.19 0.18 0.33 0.68 0.99 0.71
C2 0.19 0.16 0.27 0.17 0.18 0.18 0.21 0.20 0.19 0.17 0.13 0.23 0.21 0.49 0.28 0.20 0.31 0.59 0.84 0.67
C2' 0.16 0.17 0.32 0.16 0.11 0.12 0.12 0.19 0.10 0.13 0.15 0.13 0.22 0.59 0.23 0.12 0.24 0.53 0.90 0.61
C3' 0.16 0.18 0.33 0.17 0.11 0.12 0.11 0.19 0.10 0.13 0.16 0.12 0.24 0.60 0.24 0.13 0.25 0.56 0.92 0.62
C4 0.18 0.17 0.28 0.15 0.16 0.16 0.20 0.20 0.18 0.16 0.16 0.19 0.22 0.52 0.24 0.19 0.34 0.68 0.94 0.73
C4' 0.17 0.19 0.33 0.13 0.13 0.11 0.14 0.20 0.13 0.15 0.18 0.13 0.23 0.58 0.19 0.15 0.31 0.65 0.99 0.68
C5 0.18 0.17 0.27 0.16 0.15 0.18 0.20 0.22 0.18 0.17 0.14 0.18 0.22 0.49 0.26 0.20 0.36 0.72 0.94 0.75
C5' 0.17 0.19 0.33 0.13 0.15 0.12 0.15 0.20 0.15 0.16 0.19 0.14 0.24 0.57 0.19 0.17 0.34 0.71 1.03 0.72
C6 0.18 0.15 0.26 0.17 0.16 0.19 0.20 0.22 0.19 0.17 0.12 0.18 0.20 0.46 0.29 0.21 0.35 0.70 0.89 0.74
C8 0.18 0.18 0.29 0.14 0.15 0.16 0.19 0.22 0.18 0.17 0.17 0.16 0.23 0.52 0.22 0.19 0.37 0.77 1.00 0.77
N1 0.19 0.15 0.26 0.18 0.17 0.19 0.21 0.21 0.19 0.17 0.12 0.21 0.20 0.46 0.30 0.21 0.33 0.63 0.84 0.70
N2 0.20 0.17 0.27 0.20 0.20 0.20 0.21 0.21 0.19 0.18 0.14 0.24 0.22 0.49 0.31 0.21 0.27 0.51 0.76 0.62
N3 0.18 0.17 0.28 0.15 0.17 0.16 0.20 0.20 0.18 0.16 0.15 0.23 0.22 0.52 0.24 0.19 0.31 0.62 0.89 0.69
N7 0.18 0.17 0.28 0.15 0.15 0.17 0.20 0.22 0.18 0.17 0.16 0.16 0.22 0.50 0.24 0.20 0.38 0.77 0.98 0.78
N9 0.18 0.19 0.30 0.13 0.16 0.15 0.19 0.20 0.17 0.17 0.17 0.17 0.23 0.53 0.21 0.19 0.35 0.71 0.98 0.74
O2' 0.11 0.13 0.29 0.14 0.07 0.10 0.08 0.22 0.06 0.09 0.12 0.10 0.18 0.55 0.19 0.07 0.25 0.47 0.89 0.56
O3' 0.14 0.15 0.33 0.19 0.08 0.12 0.08 0.21 0.05 0.10 0.13 0.11 0.22 0.61 0.26 0.09 0.24 0.46 0.88 0.55
O4' 0.20 0.21 0.33 0.13 0.18 0.16 0.19 0.21 0.19 0.19 0.21 0.17 0.24 0.56 0.18 0.21 0.36 0.75 1.03 0.75
O5' 0.18 0.19 0.32 0.15 0.15 0.14 0.16 0.23 0.15 0.16 0.18 0.14 0.24 0.57 0.22 0.17 0.34 0.73 1.02 0.74
O6 0.18 0.14 0.24 0.18 0.15 0.19 0.20 0.22 0.19 0.16 0.11 0.17 0.19 0.44 0.30 0.21 0.37 0.72 0.88 0.74
OP1 0.20 0.21 0.32 0.17 0.18 0.17 0.19 0.25 0.18 0.19 0.20 0.18 0.26 0.58 0.22 0.19 0.35 0.74 1.04 0.75
OP2 0.21 0.22 0.34 0.21 0.16 0.17 0.15 0.24 0.16 0.19 0.21 0.14 0.28 0.57 0.28 0.17 0.31 0.72 0.99 0.72
P 0.18 0.20 0.32 0.15 0.15 0.14 0.15 0.22 0.15 0.17 0.19 0.14 0.25 0.58 0.23 0.17 0.33 0.73 1.02 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.06 0.27 0.19
C2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.08 0.03 0.11 0.14 0.46 0.30
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.11 0.07 0.11 0.13 0.09 0.00 0.03 0.02 0.03 0.19 0.21 0.11
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.03 0.11 0.06 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.29 0.16 0.05
C4 0.02 0.00 0.12 0.08 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.05 0.04 0.20 0.31 0.68 0.43
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.06 0.14 0.02 0.00 0.02 0.22 0.13 0.04
C5 0.02 0.00 0.12 0.11 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.10 0.04 0.23 0.33 0.72 0.45
C5' 0.03 0.09 0.06 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.12 0.18 0.06 0.09 0.06 0.01 0.01 0.24 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.04 0.19 0.25 0.60 0.38
N1 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.02 0.03 0.12 0.14 0.45 0.30
N3 0.02 0.00 0.11 0.07 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.07 0.03 0.15 0.23 0.58 0.37
N4 0.02 0.00 0.13 0.09 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.07 0.04 0.22 0.37 0.75 0.47
O2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.16 0.04 0.07 0.08 0.37 0.24
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.26 0.14 0.20 0.09 0.14 0.14 0.28 0.28 0.26 0.00 0.09 0.12 0.17 0.31 0.19 0.14
O3' 0.07 0.08 0.03 0.01 0.05 0.02 0.10 0.06 0.09 0.02 0.07 0.07 0.16 0.09 0.00 0.03 0.08 0.45 0.24 0.10
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.12 0.03 0.00 0.08 0.06 0.23 0.18
O5' 0.07 0.11 0.03 0.04 0.20 0.02 0.23 0.01 0.19 0.12 0.15 0.22 0.07 0.17 0.08 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.14 0.19 0.29 0.31 0.22 0.33 0.24 0.25 0.14 0.23 0.37 0.08 0.31 0.45 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.46 0.21 0.16 0.68 0.13 0.72 0.11 0.60 0.45 0.58 0.75 0.37 0.19 0.24 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.30 0.11 0.05 0.43 0.04 0.45 0.02 0.38 0.30 0.37 0.47 0.24 0.14 0.10 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00