ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54433

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 13, 16, 15, 6, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.030, 0.057, 0.085, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.057 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.019, 0.050, 0.080, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.050 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.071, 0.160, 0.250, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.160 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.085, 0.178, 0.270, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.178 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.058, 0.158, 0.258, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.158 std_dev=0.100
N1 B 0, 0.206, 0.355, 0.503, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.355 std_dev=0.148
C4' A 0, 0.087, 0.255, 0.422, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.255 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.291, 0.459, 0.627, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.459 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.095, 0.264, 0.432, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.264 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.202, 0.379, 0.556, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.379 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.221, 0.408, 0.595, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.408 std_dev=0.187
C2' B 0, 0.239, 0.438, 0.637, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.438 std_dev=0.199
O2 B 0, 0.260, 0.465, 0.670, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.465 std_dev=0.205
C3' B 0, 0.228, 0.452, 0.675, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.452 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.314, 0.542, 0.769, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.542 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.205, 0.441, 0.678, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.441 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.319, 0.561, 0.803, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.561 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.265, 0.518, 0.772, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.518 std_dev=0.253
O4' B 0, 0.263, 0.521, 0.778, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.521 std_dev=0.257
O3' A 0, 0.160, 0.418, 0.677, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.418 std_dev=0.259
C5' A 0, 0.158, 0.423, 0.688, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.423 std_dev=0.265
O3' B 0, 0.222, 0.494, 0.766, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.494 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.308, 0.586, 0.864, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.586 std_dev=0.278
O4 B 0, 0.315, 0.652, 0.989, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.652 std_dev=0.337
O5' A 0, 0.023, 0.385, 0.747, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.385 std_dev=0.362
P A 0, 0.063, 0.434, 0.804, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.434 std_dev=0.370
C5' B 0, 0.397, 0.780, 1.163, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.780 std_dev=0.383
O5' B 0, 0.488, 0.903, 1.318, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.903 std_dev=0.415
OP2 A 0, 0.123, 0.566, 1.008, 3.099 max_d=3.099 avg_d=0.566 std_dev=0.443
OP1 A 0, 0.009, 0.559, 1.109, 3.544 max_d=3.544 avg_d=0.559 std_dev=0.550
P B 0, 0.630, 1.185, 1.740, 2.875 max_d=2.875 avg_d=1.185 std_dev=0.555
OP2 B 0, 0.694, 1.253, 1.811, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.253 std_dev=0.558
OP1 B 0, 0.627, 1.500, 2.372, 4.533 max_d=4.533 avg_d=1.500 std_dev=0.873

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.09 0.09 0.16 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.21 0.19 0.30 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.11 0.00 0.02 0.01 0.12 0.17 0.13 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.07 0.06 0.11 0.11 0.12 0.02 0.01 0.02 0.16 0.24 0.12 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.05 0.30 0.30 0.43 0.31
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.11 0.12 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.05 0.32 0.31 0.42 0.32
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.14 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.15 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.27 0.23 0.31 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.20 0.17 0.25 0.18
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.04 0.26 0.25 0.38 0.26
N4 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.14 0.05 0.32 0.34 0.48 0.34
O2 0.04 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.14 0.05 0.17 0.15 0.26 0.16
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.07 0.07 0.10 0.00 0.05 0.06 0.05 0.12 0.11 0.06
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.12 0.03 0.11 0.04 0.09 0.06 0.13 0.14 0.14 0.05 0.00 0.02 0.15 0.30 0.16 0.16
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.00 0.07 0.09 0.16 0.10
O5' 0.09 0.21 0.12 0.16 0.30 0.02 0.32 0.01 0.27 0.20 0.26 0.32 0.17 0.05 0.15 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.19 0.17 0.24 0.30 0.11 0.31 0.15 0.23 0.17 0.25 0.34 0.15 0.12 0.30 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.30 0.13 0.12 0.43 0.12 0.42 0.16 0.31 0.25 0.38 0.48 0.26 0.11 0.16 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.10 0.13 0.31 0.03 0.32 0.02 0.24 0.18 0.26 0.34 0.16 0.06 0.16 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.27 0.21 0.18 0.31 0.18 0.28 0.21 0.24 0.23 0.31 0.33 0.33 0.19 0.35 0.20 0.43 0.56 0.50 0.41
C2 0.20 0.22 0.20 0.19 0.32 0.17 0.30 0.26 0.24 0.20 0.27 0.29 0.30 0.20 0.38 0.17 0.52 0.64 0.61 0.52
C2' 0.21 0.26 0.18 0.13 0.31 0.13 0.28 0.17 0.24 0.21 0.30 0.33 0.32 0.13 0.35 0.16 0.43 0.63 0.54 0.44
C3' 0.18 0.22 0.18 0.11 0.26 0.11 0.26 0.15 0.23 0.18 0.25 0.30 0.32 0.12 0.30 0.13 0.41 0.66 0.52 0.43
C4 0.19 0.19 0.23 0.22 0.23 0.21 0.27 0.33 0.22 0.16 0.18 0.29 0.30 0.24 0.29 0.18 0.61 0.76 0.70 0.63
C4' 0.19 0.24 0.17 0.10 0.26 0.11 0.24 0.11 0.21 0.19 0.26 0.31 0.31 0.12 0.29 0.15 0.34 0.56 0.44 0.34
C5 0.20 0.19 0.25 0.23 0.22 0.22 0.27 0.33 0.23 0.17 0.17 0.28 0.31 0.26 0.27 0.19 0.61 0.76 0.66 0.61
C5' 0.23 0.24 0.23 0.12 0.24 0.13 0.24 0.10 0.23 0.21 0.24 0.31 0.36 0.11 0.26 0.18 0.30 0.57 0.42 0.33
C6 0.21 0.20 0.24 0.21 0.25 0.20 0.27 0.28 0.24 0.19 0.21 0.28 0.33 0.23 0.28 0.18 0.54 0.68 0.58 0.52
N1 0.21 0.23 0.21 0.19 0.30 0.18 0.29 0.25 0.24 0.21 0.27 0.30 0.32 0.20 0.34 0.18 0.50 0.63 0.56 0.48
N3 0.18 0.19 0.20 0.20 0.29 0.19 0.29 0.30 0.22 0.17 0.21 0.28 0.29 0.21 0.36 0.16 0.57 0.71 0.67 0.59
N4 0.20 0.21 0.24 0.23 0.19 0.23 0.25 0.37 0.21 0.17 0.20 0.30 0.29 0.26 0.26 0.20 0.65 0.82 0.77 0.70
O2 0.21 0.24 0.19 0.18 0.35 0.17 0.31 0.25 0.25 0.21 0.31 0.29 0.30 0.19 0.41 0.19 0.49 0.61 0.59 0.49
O2' 0.24 0.29 0.21 0.16 0.33 0.18 0.29 0.18 0.24 0.23 0.33 0.36 0.33 0.17 0.38 0.21 0.39 0.57 0.50 0.39
O3' 0.19 0.23 0.18 0.12 0.26 0.12 0.27 0.15 0.23 0.18 0.25 0.31 0.31 0.13 0.31 0.14 0.40 0.70 0.52 0.44
O4' 0.20 0.25 0.18 0.17 0.28 0.16 0.26 0.17 0.22 0.20 0.28 0.31 0.32 0.19 0.31 0.18 0.37 0.51 0.44 0.35
O5' 0.20 0.23 0.22 0.09 0.23 0.09 0.25 0.12 0.23 0.20 0.23 0.29 0.32 0.02 0.24 0.14 0.36 0.64 0.41 0.38
OP1 0.18 0.15 0.17 0.08 0.19 0.19 0.23 0.20 0.21 0.14 0.15 0.22 0.28 0.02 0.22 0.21 0.36 0.73 0.44 0.43
OP2 0.14 0.28 0.14 0.13 0.38 0.17 0.39 0.33 0.33 0.24 0.34 0.28 0.14 0.03 0.41 0.15 0.48 0.83 0.54 0.55
P 0.07 0.13 0.11 0.02 0.19 0.08 0.22 0.16 0.19 0.10 0.16 0.19 0.19 0.01 0.22 0.05 0.34 0.68 0.39 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.23 0.26 0.20
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.03 0.37 0.37 0.36 0.32
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.13 0.01 0.03 0.05 0.01 0.21 0.28 0.20 0.14
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.03 0.13 0.06 0.09 0.13 0.02 0.01 0.11 0.02 0.25 0.38 0.20 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.12 0.01 0.03 0.49 0.51 0.50 0.46
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.06 0.06 0.02 0.10 0.00 0.02 0.17 0.25 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.04 0.50 0.50 0.48 0.46
C5' 0.04 0.13 0.02 0.03 0.23 0.01 0.25 0.00 0.21 0.13 0.18 0.10 0.06 0.04 0.25 0.01 0.01 0.26 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.04 0.44 0.41 0.38 0.36
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.35 0.33 0.32 0.29
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.01 0.03 0.44 0.45 0.44 0.40
O2 0.04 0.01 0.13 0.13 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.16 0.02 0.05 0.32 0.33 0.34 0.29
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.10 0.16 0.00 0.07 0.07 0.06 0.09 0.21 0.21 0.10
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.12 0.02 0.16 0.04 0.15 0.06 0.10 0.16 0.07 0.00 0.14 0.02 0.23 0.48 0.28 0.23
O4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.14 0.00 0.04 0.52 0.56 0.55 0.51
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.15 0.22 0.33 0.24
O5' 0.20 0.37 0.21 0.25 0.49 0.02 0.50 0.01 0.44 0.35 0.44 0.32 0.09 0.23 0.52 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.37 0.28 0.38 0.51 0.17 0.50 0.26 0.41 0.33 0.45 0.33 0.21 0.48 0.56 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.36 0.20 0.20 0.50 0.25 0.48 0.29 0.38 0.32 0.44 0.34 0.21 0.28 0.55 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.14 0.18 0.46 0.09 0.46 0.02 0.36 0.29 0.40 0.29 0.10 0.23 0.51 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00