ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54436

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 6, 5, 10, 19, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.032 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.032, 0.059, 0.085, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.059 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.031, 0.066, 0.101, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.066 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.059, 0.137, 0.215, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.137 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.080, 0.170, 0.260, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.170 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.101, 0.254, 0.406, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.254 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.098, 0.257, 0.416, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.257 std_dev=0.159
C3' A 0, 0.102, 0.262, 0.421, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.262 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.301, 0.471, 0.641, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.471 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.408, 0.609, 0.811, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.609 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.272, 0.479, 0.687, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.479 std_dev=0.207
C5 B 0, 0.331, 0.544, 0.757, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.544 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.303, 0.532, 0.762, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.532 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.360, 0.591, 0.822, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.591 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.145, 0.387, 0.630, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.387 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.326, 0.585, 0.843, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.585 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.315, 0.577, 0.839, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.577 std_dev=0.262
O4 B 0, 0.514, 0.794, 1.074, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.794 std_dev=0.280
O2 B 0, 0.349, 0.680, 1.012, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.680 std_dev=0.332
C5' A 0, 0.151, 0.488, 0.824, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.488 std_dev=0.336
C3' B 0, 0.278, 0.633, 0.988, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.633 std_dev=0.355
O4' B 0, 0.317, 0.683, 1.050, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.683 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.435, 0.809, 1.183, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.809 std_dev=0.374
C4' B 0, 0.356, 0.804, 1.251, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.804 std_dev=0.447
O3' B 0, 0.306, 0.767, 1.228, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.767 std_dev=0.461
O5' A 0, 0.150, 0.641, 1.133, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.641 std_dev=0.491
P A 0, 0.211, 0.743, 1.275, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.743 std_dev=0.532
OP2 A 0, 0.250, 0.836, 1.423, 2.709 max_d=2.709 avg_d=0.836 std_dev=0.586
C5' B 0, 0.396, 0.989, 1.582, 2.777 max_d=2.777 avg_d=0.989 std_dev=0.593
OP1 A 0, 0.254, 0.920, 1.586, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.920 std_dev=0.666
O5' B 0, 0.311, 0.998, 1.685, 4.003 max_d=4.003 avg_d=0.998 std_dev=0.687
P B 0, 0.340, 1.359, 2.377, 6.672 max_d=6.672 avg_d=1.359 std_dev=1.019
OP2 B 0, 0.314, 1.431, 2.547, 7.533 max_d=7.533 avg_d=1.431 std_dev=1.117
OP1 B 0, 0.404, 1.621, 2.838, 8.075 max_d=8.075 avg_d=1.621 std_dev=1.217

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.18 0.20 0.23 0.14
C2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.10 0.04 0.34 0.31 0.40 0.30
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.03 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.09 0.09 0.00 0.02 0.02 0.24 0.27 0.20 0.18
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.04 0.11 0.08 0.11 0.14 0.10 0.03 0.01 0.02 0.31 0.34 0.18 0.24
C4 0.03 0.01 0.08 0.13 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.06 0.45 0.45 0.56 0.45
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.13 0.05 0.07 0.02 0.00 0.03 0.17 0.25 0.07
C5 0.03 0.01 0.08 0.13 0.00 0.14 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.06 0.47 0.46 0.56 0.46
C5' 0.06 0.19 0.04 0.04 0.31 0.01 0.33 0.00 0.28 0.18 0.25 0.34 0.13 0.07 0.04 0.02 0.01 0.20 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.13 0.06 0.42 0.37 0.43 0.37
N1 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.33 0.29 0.35 0.28
N3 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.04 0.40 0.38 0.50 0.38
N4 0.04 0.02 0.09 0.14 0.01 0.13 0.01 0.34 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.10 0.18 0.06 0.48 0.51 0.62 0.50
O2 0.05 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.13 0.11 0.06 0.29 0.26 0.35 0.25
O2' 0.03 0.09 0.00 0.03 0.09 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.10 0.10 0.13 0.00 0.06 0.07 0.12 0.22 0.20 0.09
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.04 0.13 0.07 0.13 0.18 0.11 0.06 0.00 0.02 0.24 0.34 0.18 0.21
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.06 0.07 0.02 0.00 0.12 0.17 0.23 0.10
O5' 0.18 0.34 0.24 0.31 0.45 0.03 0.47 0.01 0.42 0.33 0.40 0.48 0.29 0.12 0.24 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.20 0.31 0.27 0.34 0.45 0.17 0.46 0.20 0.37 0.29 0.38 0.51 0.26 0.22 0.34 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.40 0.20 0.18 0.56 0.25 0.56 0.36 0.43 0.35 0.50 0.62 0.35 0.20 0.18 0.23 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.30 0.18 0.24 0.45 0.07 0.46 0.02 0.37 0.28 0.38 0.50 0.25 0.09 0.21 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.20 0.21 0.21 0.28 0.20 0.25 0.21 0.22 0.18 0.26 0.25 0.29 0.27 0.32 0.21 0.24 0.35 0.38 0.30
C2 0.25 0.22 0.26 0.27 0.26 0.25 0.26 0.28 0.23 0.21 0.22 0.30 0.30 0.32 0.33 0.23 0.31 0.41 0.46 0.37
C2' 0.20 0.20 0.19 0.21 0.28 0.19 0.26 0.22 0.22 0.17 0.25 0.26 0.28 0.28 0.33 0.19 0.26 0.39 0.42 0.32
C3' 0.19 0.18 0.21 0.24 0.25 0.22 0.24 0.26 0.21 0.16 0.23 0.23 0.30 0.33 0.30 0.19 0.30 0.44 0.47 0.35
C4 0.27 0.24 0.30 0.34 0.22 0.31 0.28 0.36 0.27 0.24 0.21 0.30 0.32 0.39 0.27 0.26 0.41 0.54 0.60 0.49
C4' 0.18 0.19 0.16 0.16 0.25 0.16 0.23 0.18 0.20 0.16 0.24 0.23 0.29 0.23 0.28 0.16 0.22 0.37 0.40 0.29
C5 0.27 0.20 0.32 0.35 0.22 0.32 0.27 0.37 0.27 0.23 0.18 0.26 0.33 0.41 0.28 0.26 0.42 0.54 0.61 0.49
C5' 0.23 0.19 0.26 0.20 0.26 0.24 0.25 0.21 0.21 0.17 0.23 0.24 0.46 0.29 0.30 0.22 0.25 0.41 0.47 0.33
C6 0.25 0.18 0.29 0.31 0.25 0.28 0.27 0.31 0.25 0.20 0.20 0.24 0.33 0.37 0.30 0.24 0.35 0.46 0.51 0.40
N1 0.24 0.19 0.26 0.27 0.26 0.24 0.26 0.26 0.23 0.20 0.22 0.26 0.31 0.32 0.32 0.22 0.30 0.40 0.44 0.35
N3 0.26 0.25 0.28 0.30 0.25 0.27 0.27 0.32 0.25 0.23 0.22 0.32 0.31 0.35 0.31 0.25 0.36 0.47 0.53 0.42
N4 0.28 0.27 0.32 0.36 0.22 0.34 0.29 0.41 0.29 0.26 0.24 0.31 0.32 0.42 0.25 0.28 0.47 0.61 0.68 0.56
O2 0.25 0.22 0.25 0.25 0.28 0.24 0.26 0.26 0.23 0.21 0.24 0.31 0.30 0.30 0.34 0.24 0.29 0.39 0.43 0.35
O2' 0.24 0.23 0.20 0.19 0.29 0.20 0.26 0.20 0.22 0.20 0.28 0.29 0.29 0.23 0.35 0.24 0.23 0.36 0.37 0.30
O3' 0.18 0.18 0.17 0.20 0.25 0.19 0.24 0.24 0.20 0.15 0.23 0.24 0.28 0.29 0.30 0.16 0.30 0.46 0.49 0.36
O4' 0.18 0.19 0.18 0.19 0.27 0.18 0.25 0.19 0.21 0.16 0.26 0.23 0.29 0.25 0.31 0.17 0.22 0.33 0.35 0.27
O5' 0.24 0.25 0.27 0.12 0.25 0.11 0.23 0.11 0.21 0.21 0.26 0.31 0.40 0.03 0.28 0.17 0.22 0.37 0.42 0.28
OP1 0.07 0.15 0.13 0.04 0.23 0.11 0.26 0.26 0.21 0.11 0.19 0.21 0.25 0.03 0.27 0.09 0.33 0.61 0.58 0.49
OP2 0.16 0.32 0.16 0.09 0.40 0.16 0.38 0.30 0.32 0.26 0.38 0.31 0.18 0.02 0.43 0.16 0.39 0.60 0.66 0.52
P 0.07 0.16 0.13 0.03 0.22 0.07 0.22 0.18 0.18 0.11 0.20 0.19 0.22 0.01 0.25 0.05 0.26 0.46 0.49 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.15 0.22 0.22 0.20
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.05 0.21 0.26 0.31 0.26
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.08 0.13 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.18 0.20 0.13
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.11 0.13 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.20 0.22 0.14
C4 0.03 0.01 0.07 0.11 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.06 0.24 0.28 0.35 0.27
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.10 0.00 0.03 0.15 0.10 0.08
C5 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.07 0.24 0.28 0.35 0.27
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.13 0.07 0.06 0.04 0.18 0.02 0.01 0.13 0.10 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.22 0.24 0.29 0.23
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.20 0.23 0.27 0.22
N3 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.01 0.05 0.23 0.27 0.33 0.27
O2 0.04 0.01 0.13 0.13 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.16 0.03 0.06 0.19 0.28 0.32 0.27
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.13 0.00 0.08 0.08 0.06 0.07 0.18 0.18 0.14
O3' 0.03 0.12 0.03 0.01 0.14 0.03 0.15 0.04 0.13 0.07 0.14 0.16 0.08 0.00 0.16 0.03 0.19 0.27 0.30 0.21
O4 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.16 0.00 0.06 0.25 0.30 0.36 0.28
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.17 0.24 0.20 0.22
O5' 0.15 0.21 0.11 0.13 0.24 0.03 0.24 0.01 0.22 0.20 0.23 0.19 0.07 0.19 0.25 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.26 0.18 0.20 0.28 0.15 0.28 0.13 0.24 0.23 0.27 0.28 0.18 0.27 0.30 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.31 0.20 0.22 0.35 0.10 0.35 0.10 0.29 0.27 0.33 0.32 0.18 0.30 0.36 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.26 0.13 0.14 0.27 0.08 0.27 0.02 0.23 0.22 0.27 0.27 0.14 0.21 0.28 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00