ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54437

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 7, 13, 4, 4, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.012, 0.037, 0.063, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.093, 0.211, 0.328, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.211 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.109, 0.239, 0.369, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.239 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.097, 0.228, 0.359, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.228 std_dev=0.131
N3 B 0, 0.267, 0.434, 0.602, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.434 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.288, 0.491, 0.694, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.491 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.215, 0.419, 0.623, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.419 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.228, 0.436, 0.644, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.436 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.200, 0.416, 0.631, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.416 std_dev=0.215
C4' A 0, 0.190, 0.412, 0.635, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.412 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.174, 0.403, 0.631, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.403 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.346, 0.579, 0.813, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.579 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.200, 0.438, 0.676, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.438 std_dev=0.238
O4 B 0, 0.313, 0.572, 0.831, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.572 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.319, 0.611, 0.903, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.611 std_dev=0.292
O2 B 0, 0.402, 0.702, 1.003, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.702 std_dev=0.300
O3' A 0, 0.297, 0.608, 0.918, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.608 std_dev=0.311
O2' B 0, 0.399, 0.727, 1.056, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.727 std_dev=0.328
O5' A 0, 0.286, 0.633, 0.980, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.633 std_dev=0.347
C5' A 0, 0.327, 0.676, 1.024, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.676 std_dev=0.349
C3' B 0, 0.292, 0.658, 1.024, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.658 std_dev=0.366
P A 0, 0.335, 0.758, 1.180, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.758 std_dev=0.423
OP2 A 0, 0.442, 0.880, 1.317, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.880 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.321, 0.764, 1.206, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.764 std_dev=0.442
O3' B 0, 0.311, 0.770, 1.229, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.770 std_dev=0.459
C4' B 0, 0.329, 0.809, 1.288, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.809 std_dev=0.479
OP1 A 0, 0.464, 0.945, 1.426, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.945 std_dev=0.481
O5' B 0, 0.350, 0.940, 1.530, 2.532 max_d=2.532 avg_d=0.940 std_dev=0.590
C5' B 0, 0.354, 0.979, 1.603, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.979 std_dev=0.625
P B 0, 0.459, 1.152, 1.846, 3.068 max_d=3.068 avg_d=1.152 std_dev=0.693
OP1 B 0, 0.582, 1.463, 2.344, 3.641 max_d=3.641 avg_d=1.463 std_dev=0.881
OP2 B 0, 0.368, 1.364, 2.360, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.364 std_dev=0.996

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.10 0.12 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.04 0.13 0.16 0.28 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.12 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.15 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.10 0.07 0.12 0.13 0.12 0.02 0.01 0.01 0.13 0.13 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.12 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.04 0.21 0.27 0.41 0.27
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.05 0.23 0.28 0.40 0.29
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.12 0.18 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.05 0.18 0.21 0.29 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.12 0.14 0.23 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.12 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.04 0.18 0.22 0.36 0.22
N4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.04 0.23 0.32 0.47 0.31
O2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.06 0.11 0.13 0.25 0.12
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.04 0.06 0.05 0.11 0.09 0.05
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.15 0.02 0.15 0.03 0.12 0.07 0.14 0.17 0.13 0.04 0.00 0.02 0.15 0.20 0.19 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.08 0.16 0.09 0.09
O5' 0.05 0.13 0.08 0.13 0.21 0.02 0.23 0.01 0.18 0.12 0.18 0.23 0.11 0.05 0.15 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.16 0.08 0.13 0.27 0.09 0.28 0.06 0.21 0.14 0.22 0.32 0.13 0.11 0.20 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.28 0.15 0.16 0.41 0.04 0.40 0.08 0.29 0.23 0.36 0.47 0.25 0.09 0.19 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.16 0.08 0.12 0.27 0.02 0.29 0.01 0.21 0.14 0.22 0.31 0.12 0.05 0.15 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.23 0.18 0.15 0.32 0.15 0.28 0.19 0.22 0.17 0.30 0.28 0.32 0.15 0.38 0.15 0.44 0.56 0.59 0.44
C2 0.15 0.17 0.18 0.17 0.31 0.16 0.30 0.26 0.20 0.12 0.23 0.28 0.29 0.18 0.39 0.12 0.54 0.70 0.75 0.55
C2' 0.16 0.22 0.15 0.13 0.31 0.12 0.28 0.19 0.21 0.16 0.29 0.29 0.30 0.11 0.37 0.13 0.48 0.60 0.67 0.48
C3' 0.15 0.21 0.15 0.14 0.26 0.13 0.25 0.19 0.21 0.16 0.26 0.28 0.28 0.13 0.31 0.13 0.47 0.57 0.65 0.47
C4 0.20 0.22 0.23 0.28 0.22 0.30 0.29 0.43 0.24 0.18 0.20 0.30 0.26 0.30 0.25 0.27 0.62 0.81 0.88 0.64
C4' 0.17 0.23 0.15 0.10 0.27 0.11 0.25 0.11 0.22 0.18 0.28 0.29 0.29 0.12 0.30 0.14 0.38 0.46 0.51 0.37
C5 0.26 0.25 0.28 0.34 0.21 0.37 0.27 0.47 0.26 0.23 0.21 0.31 0.29 0.33 0.21 0.35 0.61 0.76 0.84 0.61
C5' 0.22 0.25 0.21 0.13 0.24 0.14 0.25 0.11 0.25 0.21 0.26 0.32 0.32 0.16 0.25 0.18 0.37 0.45 0.47 0.34
C6 0.22 0.24 0.25 0.28 0.25 0.29 0.27 0.37 0.23 0.20 0.23 0.31 0.29 0.27 0.26 0.26 0.54 0.66 0.72 0.53
N1 0.16 0.21 0.19 0.19 0.30 0.18 0.29 0.26 0.21 0.15 0.26 0.28 0.29 0.18 0.35 0.15 0.51 0.64 0.69 0.50
N3 0.14 0.18 0.20 0.21 0.27 0.20 0.30 0.33 0.20 0.12 0.18 0.30 0.27 0.23 0.35 0.16 0.58 0.78 0.83 0.60
N4 0.24 0.25 0.25 0.31 0.19 0.35 0.29 0.49 0.27 0.22 0.24 0.32 0.26 0.33 0.20 0.34 0.66 0.89 0.97 0.69
O2 0.19 0.18 0.19 0.14 0.34 0.13 0.30 0.21 0.20 0.15 0.25 0.29 0.33 0.15 0.44 0.13 0.52 0.68 0.72 0.53
O2' 0.20 0.25 0.17 0.14 0.35 0.15 0.29 0.17 0.22 0.18 0.33 0.30 0.34 0.14 0.42 0.18 0.41 0.54 0.60 0.42
O3' 0.16 0.22 0.15 0.14 0.26 0.14 0.25 0.19 0.21 0.16 0.26 0.28 0.28 0.14 0.31 0.14 0.46 0.57 0.65 0.46
O4' 0.17 0.23 0.15 0.13 0.30 0.13 0.26 0.15 0.22 0.17 0.30 0.29 0.31 0.16 0.33 0.15 0.39 0.48 0.49 0.37
O5' 0.14 0.17 0.16 0.07 0.20 0.08 0.25 0.13 0.24 0.16 0.19 0.23 0.25 0.01 0.22 0.10 0.38 0.49 0.50 0.39
OP1 0.26 0.21 0.24 0.12 0.22 0.24 0.29 0.18 0.28 0.22 0.19 0.28 0.36 0.02 0.23 0.28 0.29 0.54 0.46 0.33
OP2 0.17 0.30 0.15 0.15 0.42 0.15 0.45 0.30 0.39 0.29 0.36 0.29 0.12 0.02 0.45 0.16 0.56 0.66 0.68 0.58
P 0.07 0.13 0.10 0.02 0.20 0.08 0.26 0.14 0.23 0.11 0.15 0.19 0.18 0.01 0.22 0.06 0.35 0.50 0.47 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.22 0.34 0.33 0.24
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.42 0.57 0.54 0.44
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.07 0.17 0.00 0.04 0.05 0.01 0.25 0.30 0.30 0.23
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.01 0.17 0.02 0.17 0.07 0.09 0.15 0.02 0.01 0.13 0.01 0.32 0.32 0.30 0.26
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.03 0.60 0.82 0.79 0.65
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.11 0.00 0.02 0.17 0.26 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.14 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.03 0.64 0.83 0.79 0.67
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.23 0.01 0.27 0.00 0.23 0.13 0.17 0.08 0.05 0.06 0.25 0.01 0.01 0.24 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.04 0.56 0.69 0.63 0.55
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.41 0.53 0.50 0.41
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.51 0.70 0.68 0.55
O2 0.04 0.00 0.17 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.20 0.02 0.05 0.34 0.48 0.47 0.36
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.17 0.00 0.08 0.05 0.05 0.09 0.18 0.23 0.09
O3' 0.03 0.10 0.04 0.01 0.15 0.03 0.21 0.06 0.19 0.06 0.10 0.20 0.08 0.00 0.17 0.03 0.25 0.38 0.32 0.24
O4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.00 0.03 0.64 0.89 0.86 0.70
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.17 0.30 0.37 0.22
O5' 0.22 0.42 0.25 0.32 0.60 0.02 0.64 0.01 0.56 0.41 0.51 0.34 0.09 0.25 0.64 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.57 0.30 0.32 0.82 0.17 0.83 0.24 0.69 0.53 0.70 0.48 0.18 0.38 0.89 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.54 0.30 0.30 0.79 0.26 0.79 0.33 0.63 0.50 0.68 0.47 0.23 0.32 0.86 0.37 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.44 0.23 0.26 0.65 0.05 0.67 0.02 0.55 0.41 0.55 0.36 0.09 0.24 0.70 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00