ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54441

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 3, 1, 2, 2, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.019, 0.042, 0.064, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.034, 0.061, 0.087, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.061 std_dev=0.027
C6 A 0, 0.029, 0.056, 0.083, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.056 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.032, 0.060, 0.088, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.060 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.031, 0.060, 0.088, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.060 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.085, 0.158, 0.230, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.158 std_dev=0.072
N4 A 0, 0.089, 0.181, 0.273, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.181 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.070, 0.166, 0.261, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.166 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.178, 0.281, 0.384, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.281 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.254, 0.403, 0.553, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.403 std_dev=0.150
C4' A 0, 0.167, 0.322, 0.477, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.322 std_dev=0.155
O2' A 0, 0.234, 0.392, 0.549, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.392 std_dev=0.157
N1 B 0, 0.232, 0.417, 0.601, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.417 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.225, 0.412, 0.599, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.412 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.249, 0.453, 0.656, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.453 std_dev=0.204
O3' A 0, 0.339, 0.559, 0.778, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.559 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.260, 0.502, 0.745, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.502 std_dev=0.243
O5' A 0, 0.225, 0.493, 0.762, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.493 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.266, 0.560, 0.853, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.560 std_dev=0.293
O4' B 0, 0.256, 0.560, 0.863, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.560 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.291, 0.618, 0.945, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.618 std_dev=0.327
C5 B 0, 0.255, 0.602, 0.948, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.602 std_dev=0.346
C3' B 0, 0.174, 0.545, 0.916, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.545 std_dev=0.371
C4' B 0, 0.283, 0.669, 1.056, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.669 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.313, 0.732, 1.151, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.732 std_dev=0.419
O2 B 0, 0.362, 0.800, 1.239, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.800 std_dev=0.438
C4 B 0, 0.292, 0.745, 1.197, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.745 std_dev=0.452
O2' B 0, 0.310, 0.792, 1.275, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.792 std_dev=0.482
C5' B 0, 0.314, 0.804, 1.294, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.804 std_dev=0.490
O3' B 0, 0.171, 0.702, 1.233, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.702 std_dev=0.531
O4 B 0, 0.351, 0.984, 1.617, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.984 std_dev=0.633
P A 0, 0.054, 0.690, 1.325, 2.852 max_d=2.852 avg_d=0.690 std_dev=0.636
OP1 A 0, -0.034, 0.829, 1.691, 3.829 max_d=3.829 avg_d=0.829 std_dev=0.863
OP2 A 0, -0.071, 0.872, 1.815, 4.259 max_d=4.259 avg_d=0.872 std_dev=0.943
O5' B 0, -0.013, 0.938, 1.889, 4.227 max_d=4.227 avg_d=0.938 std_dev=0.951
P B 0, -0.046, 1.161, 2.367, 5.169 max_d=5.169 avg_d=1.161 std_dev=1.206
OP2 B 0, -0.010, 1.240, 2.490, 5.305 max_d=5.305 avg_d=1.240 std_dev=1.250
OP1 B 0, -0.025, 1.260, 2.545, 5.463 max_d=5.463 avg_d=1.260 std_dev=1.285

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.07 0.31 0.21 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.16 0.13 0.52 0.20
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.08 0.08 0.10 0.01 0.02 0.01 0.15 0.27 0.21 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.07 0.05 0.10 0.12 0.10 0.02 0.01 0.02 0.21 0.15 0.21 0.12
C4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.12 0.03 0.18 0.20 0.74 0.36
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.32 0.09 0.13
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.11 0.05 0.18 0.23 0.74 0.38
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.09 0.05 0.09 0.14 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.05 0.17 0.12 0.58 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.15 0.12 0.45 0.18
N3 0.03 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.18 0.12 0.64 0.29
N4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.15 0.04 0.19 0.27 0.81 0.41
O2 0.06 0.01 0.10 0.10 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.11 0.06 0.16 0.21 0.44 0.15
O2' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.07 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.08 0.11 0.00 0.03 0.06 0.09 0.50 0.10 0.18
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.12 0.03 0.11 0.06 0.09 0.05 0.11 0.15 0.11 0.03 0.00 0.02 0.22 0.22 0.22 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.06 0.36 0.11 0.14
O5' 0.07 0.16 0.15 0.21 0.18 0.02 0.18 0.01 0.17 0.15 0.18 0.19 0.16 0.09 0.22 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.13 0.27 0.15 0.20 0.32 0.23 0.08 0.12 0.12 0.12 0.27 0.21 0.50 0.22 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.52 0.21 0.21 0.74 0.09 0.74 0.11 0.58 0.45 0.64 0.81 0.44 0.10 0.22 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.20 0.06 0.12 0.36 0.13 0.38 0.02 0.29 0.18 0.29 0.41 0.15 0.18 0.15 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.18 0.20 0.11 0.29 0.10 0.23 0.15 0.14 0.12 0.26 0.22 0.34 0.13 0.34 0.10 0.48 0.51 0.63 0.54
C2 0.12 0.18 0.20 0.13 0.11 0.10 0.19 0.21 0.13 0.09 0.17 0.27 0.28 0.17 0.13 0.08 0.73 0.80 0.92 0.84
C2' 0.14 0.19 0.19 0.08 0.27 0.08 0.22 0.15 0.14 0.12 0.26 0.25 0.35 0.11 0.33 0.09 0.50 0.56 0.72 0.59
C3' 0.16 0.22 0.21 0.12 0.25 0.10 0.20 0.17 0.15 0.14 0.27 0.25 0.39 0.16 0.29 0.11 0.49 0.53 0.68 0.56
C4 0.13 0.24 0.21 0.21 0.28 0.20 0.16 0.31 0.14 0.14 0.31 0.26 0.23 0.28 0.37 0.15 0.87 0.98 1.10 1.02
C4' 0.18 0.28 0.22 0.09 0.27 0.09 0.18 0.15 0.13 0.17 0.33 0.33 0.43 0.12 0.31 0.11 0.29 0.30 0.44 0.32
C5 0.16 0.18 0.23 0.25 0.21 0.23 0.12 0.32 0.12 0.13 0.23 0.19 0.25 0.31 0.27 0.21 0.84 0.90 0.99 0.94
C5' 0.25 0.31 0.33 0.13 0.21 0.11 0.12 0.12 0.12 0.20 0.30 0.40 0.53 0.20 0.23 0.15 0.21 0.24 0.32 0.22
C6 0.16 0.18 0.23 0.20 0.15 0.18 0.12 0.25 0.13 0.15 0.19 0.20 0.28 0.25 0.16 0.19 0.71 0.73 0.80 0.76
N1 0.12 0.15 0.20 0.13 0.17 0.11 0.18 0.19 0.13 0.09 0.16 0.20 0.29 0.17 0.19 0.10 0.65 0.69 0.79 0.72
N3 0.13 0.25 0.20 0.16 0.20 0.14 0.15 0.26 0.14 0.14 0.30 0.31 0.25 0.21 0.24 0.11 0.82 0.92 1.04 0.96
N4 0.14 0.28 0.21 0.24 0.41 0.23 0.26 0.35 0.18 0.18 0.40 0.30 0.22 0.31 0.54 0.18 0.92 1.09 1.19 1.11
O2 0.14 0.17 0.21 0.12 0.19 0.09 0.25 0.18 0.15 0.09 0.12 0.30 0.31 0.15 0.28 0.07 0.69 0.76 0.89 0.80
O2' 0.18 0.26 0.21 0.16 0.35 0.15 0.27 0.19 0.17 0.17 0.34 0.31 0.37 0.17 0.44 0.15 0.39 0.44 0.63 0.48
O3' 0.17 0.24 0.21 0.12 0.26 0.11 0.20 0.18 0.15 0.15 0.29 0.30 0.41 0.15 0.30 0.12 0.44 0.50 0.68 0.52
O4' 0.16 0.25 0.21 0.13 0.29 0.12 0.21 0.17 0.15 0.15 0.32 0.26 0.36 0.15 0.32 0.11 0.35 0.36 0.45 0.38
O5' 0.11 0.22 0.13 0.09 0.14 0.13 0.08 0.24 0.08 0.12 0.21 0.28 0.22 0.02 0.15 0.13 0.23 0.25 0.37 0.25
OP1 0.15 0.30 0.20 0.07 0.13 0.05 0.12 0.14 0.12 0.15 0.26 0.45 0.22 0.02 0.14 0.07 0.22 0.55 0.40 0.35
OP2 0.20 0.26 0.16 0.15 0.47 0.17 0.56 0.25 0.50 0.32 0.34 0.18 0.08 0.01 0.50 0.20 0.35 0.55 0.61 0.48
P 0.04 0.12 0.07 0.01 0.15 0.05 0.22 0.11 0.20 0.07 0.12 0.22 0.10 0.01 0.16 0.03 0.22 0.41 0.38 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.20 0.21 0.13 0.13
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.03 0.39 0.36 0.28 0.33
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.06 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.17 0.24 0.09 0.13
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.05 0.07 0.13 0.02 0.01 0.09 0.01 0.19 0.29 0.14 0.17
C4 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.11 0.00 0.03 0.55 0.51 0.49 0.52
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.15 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.04 0.58 0.53 0.49 0.54
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.07 0.09 0.04 0.04 0.03 0.13 0.01 0.01 0.21 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.52 0.45 0.34 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.39 0.35 0.23 0.31
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.02 0.47 0.44 0.39 0.43
O2 0.04 0.00 0.14 0.13 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.17 0.02 0.05 0.32 0.31 0.23 0.27
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.16 0.00 0.04 0.09 0.03 0.03 0.15 0.11 0.04
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.03 0.15 0.06 0.09 0.17 0.04 0.00 0.11 0.02 0.14 0.28 0.21 0.16
O4 0.03 0.02 0.07 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.11 0.00 0.03 0.58 0.56 0.56 0.57
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.15 0.17 0.23 0.10
O5' 0.20 0.39 0.17 0.19 0.55 0.01 0.58 0.01 0.52 0.39 0.47 0.32 0.03 0.14 0.58 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.36 0.24 0.29 0.51 0.15 0.53 0.21 0.45 0.35 0.44 0.31 0.15 0.28 0.56 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.28 0.09 0.14 0.49 0.20 0.49 0.25 0.34 0.23 0.39 0.23 0.11 0.21 0.56 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.33 0.13 0.17 0.52 0.04 0.54 0.01 0.44 0.31 0.43 0.27 0.04 0.16 0.57 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00