ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54442

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.020, 0.042, 0.063, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.014, 0.052, 0.089, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.052 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.019, 0.071, 0.122, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.071 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.069, 0.174, 0.280, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.174 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.086, 0.196, 0.306, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.196 std_dev=0.110
C4 B 0, 0.309, 0.490, 0.671, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.490 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.143, 0.356, 0.569, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.356 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.350, 0.567, 0.784, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.567 std_dev=0.217
C4' A 0, 0.255, 0.496, 0.737, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.496 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.378, 0.622, 0.865, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.622 std_dev=0.244
C3' A 0, 0.306, 0.560, 0.814, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.560 std_dev=0.254
C2 B 0, 0.422, 0.720, 1.017, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.720 std_dev=0.297
O4 B 0, 0.247, 0.553, 0.859, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.553 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.416, 0.762, 1.107, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.762 std_dev=0.345
O5' A 0, 0.395, 0.764, 1.134, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.764 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.411, 0.781, 1.151, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.781 std_dev=0.370
C5' A 0, 0.409, 0.780, 1.151, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.780 std_dev=0.371
O2 B 0, 0.518, 0.920, 1.322, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.920 std_dev=0.402
O3' A 0, 0.491, 0.927, 1.363, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.927 std_dev=0.436
C5' B 0, 0.638, 1.137, 1.636, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.137 std_dev=0.499
C1' B 0, 0.489, 0.992, 1.494, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.992 std_dev=0.502
C2' B 0, 0.505, 1.041, 1.576, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.041 std_dev=0.536
C3' B 0, 0.525, 1.066, 1.607, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.066 std_dev=0.541
C4' B 0, 0.487, 1.052, 1.617, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.052 std_dev=0.565
O4' B 0, 0.526, 1.108, 1.690, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.108 std_dev=0.582
P A 0, 0.486, 1.070, 1.654, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.070 std_dev=0.584
O5' B 0, 0.764, 1.379, 1.993, 2.596 max_d=2.596 avg_d=1.379 std_dev=0.615
O2' B 0, 0.523, 1.144, 1.765, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.144 std_dev=0.621
O3' B 0, 0.521, 1.153, 1.785, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.153 std_dev=0.632
OP1 A 0, 0.529, 1.196, 1.862, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.196 std_dev=0.667
OP2 A 0, 0.513, 1.195, 1.877, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.195 std_dev=0.682
P B 0, 0.880, 1.615, 2.350, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.615 std_dev=0.735
OP1 B 0, 0.963, 2.116, 3.269, 4.718 max_d=4.718 avg_d=2.116 std_dev=1.153
OP2 B 0, 0.772, 1.948, 3.125, 4.896 max_d=4.896 avg_d=1.948 std_dev=1.177

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.11 0.10 0.07
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.03 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.15 0.04 0.18 0.19 0.22 0.17
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.15 0.01 0.03 0.01 0.04 0.10 0.09 0.05
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.13 0.02 0.11 0.08 0.14 0.17 0.16 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.10 0.08
C4 0.03 0.03 0.06 0.15 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.18 0.01 0.25 0.28 0.33 0.28
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.11 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.12 0.06 0.03
C5 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.17 0.03 0.25 0.28 0.31 0.28
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.13 0.20 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.14 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.13 0.04 0.21 0.21 0.21 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.01 0.16 0.16 0.17 0.15
N3 0.03 0.01 0.07 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.17 0.03 0.21 0.23 0.29 0.23
N4 0.04 0.04 0.07 0.17 0.01 0.11 0.02 0.20 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.21 0.02 0.27 0.33 0.38 0.32
O2 0.06 0.01 0.15 0.16 0.03 0.08 0.03 0.09 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.15 0.20 0.08 0.17 0.18 0.20 0.15
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04 0.09 0.06 0.15 0.00 0.06 0.06 0.05 0.13 0.09 0.07
O3' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.18 0.03 0.17 0.03 0.13 0.08 0.17 0.21 0.20 0.06 0.00 0.03 0.14 0.17 0.17 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.06 0.03 0.00 0.12 0.15 0.12 0.10
O5' 0.09 0.18 0.04 0.07 0.25 0.02 0.25 0.01 0.21 0.16 0.21 0.27 0.17 0.05 0.14 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.11 0.19 0.10 0.11 0.28 0.12 0.28 0.14 0.21 0.16 0.23 0.33 0.18 0.13 0.17 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.22 0.09 0.10 0.33 0.06 0.31 0.05 0.21 0.17 0.29 0.38 0.20 0.09 0.17 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.17 0.05 0.08 0.28 0.03 0.28 0.02 0.21 0.15 0.23 0.32 0.15 0.07 0.14 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.29 0.15 0.10 0.23 0.10 0.21 0.12 0.16 0.15 0.29 0.43 0.24 0.12 0.27 0.13 0.48 0.63 0.68 0.49
C2 0.14 0.28 0.14 0.13 0.22 0.13 0.26 0.19 0.21 0.14 0.30 0.41 0.20 0.14 0.27 0.14 0.56 0.66 0.94 0.60
C2' 0.13 0.29 0.12 0.05 0.24 0.05 0.21 0.11 0.15 0.14 0.30 0.42 0.21 0.09 0.29 0.08 0.45 0.69 0.64 0.48
C3' 0.11 0.25 0.11 0.06 0.20 0.06 0.19 0.11 0.16 0.12 0.27 0.38 0.18 0.11 0.25 0.06 0.36 0.67 0.48 0.39
C4 0.20 0.30 0.21 0.24 0.25 0.25 0.23 0.32 0.25 0.20 0.36 0.37 0.22 0.25 0.33 0.23 0.66 0.76 1.09 0.71
C4' 0.11 0.23 0.10 0.08 0.19 0.08 0.18 0.11 0.15 0.12 0.24 0.36 0.17 0.12 0.23 0.08 0.30 0.56 0.37 0.31
C5 0.27 0.34 0.28 0.28 0.27 0.29 0.21 0.33 0.27 0.26 0.37 0.39 0.29 0.28 0.31 0.29 0.67 0.80 0.99 0.69
C5' 0.17 0.24 0.17 0.14 0.21 0.14 0.23 0.15 0.22 0.18 0.24 0.32 0.19 0.14 0.24 0.15 0.21 0.53 0.28 0.24
C6 0.27 0.35 0.27 0.23 0.23 0.23 0.20 0.24 0.23 0.25 0.34 0.42 0.29 0.21 0.24 0.25 0.60 0.75 0.83 0.60
N1 0.19 0.31 0.18 0.14 0.22 0.14 0.23 0.18 0.21 0.19 0.32 0.43 0.24 0.14 0.25 0.17 0.55 0.68 0.82 0.57
N3 0.14 0.28 0.15 0.17 0.21 0.18 0.25 0.26 0.22 0.15 0.33 0.39 0.19 0.19 0.27 0.16 0.60 0.70 1.05 0.66
N4 0.21 0.29 0.22 0.28 0.29 0.30 0.23 0.39 0.26 0.21 0.36 0.34 0.23 0.30 0.40 0.27 0.69 0.79 1.21 0.77
O2 0.13 0.25 0.13 0.11 0.23 0.11 0.28 0.16 0.21 0.12 0.26 0.40 0.21 0.12 0.30 0.11 0.53 0.62 0.92 0.57
O2' 0.15 0.28 0.14 0.09 0.25 0.10 0.21 0.10 0.16 0.15 0.30 0.41 0.24 0.13 0.31 0.12 0.41 0.63 0.58 0.43
O3' 0.11 0.25 0.11 0.10 0.21 0.10 0.20 0.14 0.16 0.12 0.27 0.39 0.17 0.15 0.26 0.08 0.30 0.66 0.39 0.33
O4' 0.11 0.25 0.12 0.11 0.18 0.10 0.16 0.12 0.11 0.11 0.24 0.38 0.21 0.15 0.22 0.09 0.41 0.57 0.53 0.41
O5' 0.19 0.33 0.20 0.09 0.26 0.07 0.22 0.08 0.20 0.23 0.32 0.40 0.21 0.02 0.27 0.13 0.36 0.70 0.36 0.36
OP1 0.06 0.19 0.11 0.03 0.13 0.08 0.14 0.19 0.13 0.09 0.18 0.28 0.16 0.02 0.16 0.05 0.08 0.51 0.54 0.22
OP2 0.10 0.13 0.06 0.08 0.16 0.15 0.21 0.23 0.21 0.12 0.14 0.17 0.04 0.02 0.18 0.14 0.29 0.76 0.35 0.34
P 0.05 0.16 0.09 0.03 0.12 0.06 0.14 0.13 0.13 0.08 0.16 0.24 0.11 0.01 0.15 0.04 0.20 0.62 0.31 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.19 0.14 0.32 0.19
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.03 0.36 0.24 0.69 0.37
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.07 0.13 0.01 0.02 0.06 0.01 0.21 0.30 0.23 0.20
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.09 0.04 0.08 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.25 0.42 0.17 0.21
C4 0.03 0.02 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.01 0.03 0.52 0.38 1.06 0.57
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.17 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.04 0.54 0.39 1.06 0.58
C5' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.12 0.07 0.03 0.04 0.17 0.02 0.01 0.24 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.04 0.48 0.32 0.83 0.48
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.36 0.23 0.63 0.36
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.09 0.03 0.03 0.44 0.31 0.89 0.47
O2 0.04 0.01 0.13 0.13 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.16 0.04 0.05 0.29 0.20 0.57 0.30
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.08 0.13 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05 0.20 0.09 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.04 0.10 0.04 0.09 0.16 0.03 0.00 0.09 0.02 0.15 0.50 0.20 0.16
O4 0.04 0.03 0.06 0.08 0.01 0.07 0.02 0.17 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.09 0.00 0.04 0.54 0.42 1.16 0.62
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.00 0.10 0.11 0.22 0.16
O5' 0.19 0.36 0.21 0.25 0.52 0.02 0.54 0.01 0.48 0.36 0.44 0.29 0.05 0.15 0.54 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.24 0.30 0.42 0.38 0.17 0.39 0.24 0.32 0.23 0.31 0.20 0.20 0.50 0.42 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.69 0.23 0.17 1.06 0.09 1.06 0.16 0.83 0.63 0.89 0.57 0.09 0.20 1.16 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.37 0.20 0.21 0.57 0.03 0.58 0.01 0.48 0.36 0.47 0.30 0.05 0.16 0.62 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00