ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54443

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.043, 0.080, 0.117, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.080 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.033, 0.071, 0.109, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.071 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.168, 0.396, 0.624, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.396 std_dev=0.228
O4' A 0, 0.177, 0.411, 0.644, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.411 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.338, 0.572, 0.805, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.572 std_dev=0.234
O2' A 0, 0.179, 0.425, 0.670, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.425 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.385, 0.637, 0.888, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.637 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.424, 0.683, 0.942, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.683 std_dev=0.259
O2 B 0, 0.371, 0.671, 0.971, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.671 std_dev=0.300
C3' B 0, 0.388, 0.711, 1.033, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.711 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.447, 0.777, 1.108, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.777 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.279, 0.620, 0.962, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.620 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.238, 0.582, 0.926, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.582 std_dev=0.344
OP2 A 0, 0.364, 0.711, 1.059, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.711 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.384, 0.736, 1.088, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.736 std_dev=0.352
C1' B 0, 0.201, 0.559, 0.918, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.559 std_dev=0.359
O5' A 0, 0.435, 0.797, 1.158, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.797 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.433, 0.799, 1.165, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.799 std_dev=0.366
C3' A 0, 0.272, 0.648, 1.024, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.648 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.449, 0.829, 1.208, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.829 std_dev=0.380
O3' B 0, 0.489, 0.874, 1.258, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.874 std_dev=0.384
P A 0, 0.333, 0.718, 1.103, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.718 std_dev=0.385
C4 B 0, 0.393, 0.791, 1.189, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.791 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.532, 0.933, 1.334, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.933 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.322, 0.815, 1.308, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.815 std_dev=0.493
O4 B 0, 0.416, 0.930, 1.444, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.930 std_dev=0.514
O3' A 0, 0.424, 0.972, 1.519, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.972 std_dev=0.547
C5' A 0, 0.481, 1.034, 1.587, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.034 std_dev=0.553
C5' B 0, 0.581, 1.141, 1.702, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.141 std_dev=0.560
O5' B 0, 0.229, 1.262, 2.295, 3.605 max_d=3.605 avg_d=1.262 std_dev=1.033
P B 0, 0.200, 1.728, 3.256, 5.183 max_d=5.183 avg_d=1.728 std_dev=1.528
OP1 B 0, 0.278, 1.939, 3.599, 5.478 max_d=5.478 avg_d=1.939 std_dev=1.661
OP2 B 0, -0.032, 2.079, 4.189, 7.332 max_d=7.332 avg_d=2.079 std_dev=2.111

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.19 0.10
C2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.06 0.15 0.04 0.23 0.06
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.13 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.23 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.02 0.11 0.04 0.06 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.26 0.14
C4 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.20 0.06 0.19 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.05
C5 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.13 0.03 0.22 0.07 0.17 0.06
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.09 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.19 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.14 0.05 0.20 0.06 0.18 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.15 0.07 0.21 0.06
N3 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.08 0.05 0.18 0.04 0.21 0.04
N4 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.09 0.03 0.21 0.10 0.18 0.07
O2 0.04 0.01 0.13 0.09 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.13 0.11 0.12 0.06 0.24 0.09
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.07 0.02 0.14 0.00 0.02 0.03 0.05 0.09 0.21 0.07
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.08 0.01 0.13 0.03 0.14 0.04 0.08 0.09 0.13 0.02 0.00 0.01 0.20 0.24 0.31 0.21
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.11 0.03 0.01 0.00 0.15 0.23 0.19 0.18
O5' 0.11 0.15 0.04 0.11 0.20 0.01 0.22 0.01 0.20 0.15 0.18 0.21 0.12 0.05 0.20 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.04 0.08 0.14 0.06 0.15 0.07 0.19 0.06 0.07 0.04 0.10 0.06 0.09 0.24 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.23 0.23 0.26 0.19 0.15 0.17 0.08 0.18 0.21 0.21 0.18 0.24 0.21 0.31 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.06 0.07 0.14 0.05 0.05 0.06 0.02 0.05 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.21 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.24 0.20 0.23 0.32 0.20 0.32 0.21 0.29 0.24 0.28 0.24 0.25 0.29 0.33 0.19 0.25 0.53 0.62 0.40
C2 0.14 0.13 0.19 0.18 0.31 0.16 0.34 0.21 0.27 0.16 0.19 0.24 0.25 0.22 0.35 0.15 0.45 0.64 1.03 0.66
C2' 0.16 0.23 0.14 0.12 0.31 0.12 0.31 0.12 0.27 0.21 0.27 0.24 0.23 0.19 0.34 0.14 0.20 0.55 0.65 0.42
C3' 0.17 0.20 0.16 0.06 0.24 0.10 0.25 0.06 0.22 0.18 0.21 0.24 0.27 0.15 0.26 0.12 0.13 0.56 0.58 0.39
C4 0.13 0.17 0.13 0.17 0.16 0.20 0.31 0.34 0.27 0.13 0.14 0.30 0.15 0.12 0.17 0.19 0.63 0.92 1.36 0.94
C4' 0.21 0.25 0.18 0.08 0.25 0.13 0.24 0.11 0.22 0.22 0.25 0.30 0.30 0.18 0.26 0.15 0.12 0.48 0.43 0.30
C5 0.17 0.14 0.14 0.23 0.15 0.27 0.28 0.39 0.29 0.17 0.12 0.23 0.13 0.15 0.15 0.25 0.58 0.90 1.19 0.86
C5' 0.34 0.32 0.33 0.17 0.27 0.22 0.27 0.16 0.28 0.30 0.29 0.37 0.46 0.15 0.27 0.28 0.19 0.46 0.45 0.32
C6 0.20 0.17 0.18 0.24 0.21 0.24 0.29 0.32 0.30 0.22 0.16 0.21 0.16 0.19 0.21 0.24 0.43 0.72 0.90 0.65
N1 0.17 0.19 0.18 0.21 0.29 0.19 0.32 0.24 0.29 0.21 0.22 0.22 0.21 0.23 0.30 0.19 0.37 0.62 0.85 0.56
N3 0.13 0.15 0.17 0.16 0.25 0.16 0.33 0.26 0.26 0.14 0.11 0.31 0.22 0.16 0.29 0.15 0.57 0.79 1.27 0.84
N4 0.11 0.23 0.11 0.16 0.12 0.22 0.26 0.39 0.22 0.11 0.24 0.34 0.14 0.10 0.15 0.19 0.73 1.07 1.59 1.11
O2 0.15 0.13 0.22 0.19 0.35 0.16 0.34 0.16 0.25 0.15 0.23 0.21 0.31 0.26 0.41 0.14 0.41 0.56 0.97 0.59
O2' 0.21 0.29 0.18 0.17 0.37 0.18 0.34 0.16 0.30 0.26 0.34 0.30 0.26 0.25 0.40 0.18 0.17 0.53 0.57 0.35
O3' 0.20 0.20 0.19 0.11 0.24 0.15 0.24 0.12 0.22 0.19 0.21 0.24 0.30 0.18 0.26 0.16 0.10 0.57 0.56 0.38
O4' 0.17 0.24 0.15 0.21 0.26 0.18 0.25 0.20 0.23 0.20 0.26 0.29 0.22 0.32 0.28 0.14 0.19 0.50 0.44 0.31
O5' 0.21 0.25 0.23 0.12 0.26 0.08 0.26 0.10 0.24 0.23 0.26 0.27 0.28 0.01 0.27 0.15 0.22 0.54 0.50 0.38
OP1 0.05 0.10 0.08 0.07 0.19 0.14 0.23 0.26 0.21 0.12 0.13 0.12 0.14 0.01 0.21 0.10 0.47 0.42 0.76 0.50
OP2 0.21 0.32 0.23 0.10 0.33 0.13 0.32 0.28 0.30 0.29 0.34 0.33 0.21 0.02 0.35 0.15 0.26 0.77 0.41 0.42
P 0.07 0.12 0.11 0.02 0.16 0.07 0.17 0.15 0.16 0.11 0.13 0.14 0.14 0.01 0.17 0.04 0.27 0.48 0.45 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.31 0.23 0.48 0.26
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.03 0.56 0.35 1.00 0.60
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.01 0.02 0.04 0.01 0.13 0.34 0.30 0.17
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.08 0.05 0.08 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.05 0.35 0.23 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.05 0.79 0.71 1.54 1.00
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.28 0.06 0.11
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.02 0.06 0.83 0.77 1.55 1.05
C5' 0.04 0.11 0.02 0.02 0.20 0.01 0.22 0.00 0.18 0.11 0.16 0.07 0.05 0.02 0.23 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.03 0.06 0.74 0.57 1.24 0.85
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.56 0.33 0.93 0.58
N3 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.03 0.68 0.52 1.29 0.81
O2 0.05 0.01 0.09 0.10 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.07 0.43 0.29 0.79 0.43
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.52 0.20 0.22
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.09 0.05 0.08 0.11 0.04 0.00 0.10 0.02 0.28 0.47 0.44 0.36
O4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.09 0.02 0.23 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.00 0.05 0.84 0.82 1.69 1.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.05 0.00 0.29 0.17 0.38 0.22
O5' 0.31 0.56 0.13 0.05 0.79 0.02 0.83 0.01 0.74 0.56 0.68 0.43 0.06 0.28 0.84 0.29 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.23 0.35 0.34 0.35 0.71 0.28 0.77 0.09 0.57 0.33 0.52 0.29 0.52 0.47 0.82 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 1.00 0.30 0.23 1.54 0.06 1.55 0.01 1.24 0.93 1.29 0.79 0.20 0.44 1.69 0.38 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.60 0.17 0.18 1.00 0.11 1.05 0.02 0.85 0.58 0.81 0.43 0.22 0.36 1.10 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00