ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54444

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.016, 0.026, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.033, 0.055, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.055 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.028, 0.057, 0.085, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.057 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.044, 0.133, 0.222, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.133 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.065, 0.189, 0.312, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.189 std_dev=0.124
N1 B 0, 0.139, 0.319, 0.500, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.319 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.095, 0.305, 0.514, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.305 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.183, 0.393, 0.603, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.393 std_dev=0.210
C6 B 0, 0.167, 0.402, 0.636, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.402 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.136, 0.375, 0.615, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.375 std_dev=0.239
C4' A 0, 0.108, 0.351, 0.594, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.351 std_dev=0.243
C2' B 0, 0.162, 0.447, 0.731, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.447 std_dev=0.285
O5' A 0, 0.295, 0.581, 0.867, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.581 std_dev=0.286
O4' B 0, 0.230, 0.520, 0.811, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.520 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.203, 0.498, 0.794, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.498 std_dev=0.296
O3' A 0, 0.268, 0.576, 0.885, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.576 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.225, 0.554, 0.884, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.554 std_dev=0.330
N3 B 0, 0.270, 0.634, 0.999, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.634 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.222, 0.590, 0.958, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.590 std_dev=0.368
C4 B 0, 0.265, 0.649, 1.033, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.649 std_dev=0.384
O2 B 0, 0.287, 0.675, 1.063, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.675 std_dev=0.388
O2' B 0, 0.456, 0.891, 1.326, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.891 std_dev=0.435
P A 0, 0.375, 0.820, 1.265, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.820 std_dev=0.445
O3' B 0, 0.401, 0.855, 1.308, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.855 std_dev=0.454
C4' B 0, 0.349, 0.805, 1.262, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.805 std_dev=0.456
C5' A 0, 0.167, 0.649, 1.131, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.649 std_dev=0.482
O4 B 0, 0.369, 0.870, 1.371, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.870 std_dev=0.501
OP2 A 0, 0.461, 1.053, 1.645, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.053 std_dev=0.592
OP1 A 0, 0.512, 1.125, 1.738, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.125 std_dev=0.613
C5' B 0, 0.562, 1.211, 1.861, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.211 std_dev=0.650
O5' B 0, 0.566, 1.233, 1.900, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.233 std_dev=0.667
OP2 B 0, 0.418, 1.309, 2.201, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.309 std_dev=0.892
P B 0, 0.611, 1.567, 2.522, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.567 std_dev=0.956
OP1 B 0, 0.594, 2.205, 3.816, 5.412 max_d=5.412 avg_d=2.205 std_dev=1.611

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.47 0.19
C2 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.29 0.21 0.48 0.24
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.11 0.00 0.02 0.01 0.19 0.21 0.45 0.24
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.08 0.06 0.11 0.10 0.15 0.01 0.01 0.01 0.25 0.27 0.38 0.25
C4 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.38 0.28 0.43 0.26
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.06 0.09 0.11 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.15 0.35 0.10
C5 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.38 0.27 0.42 0.25
C5' 0.05 0.19 0.04 0.05 0.27 0.01 0.26 0.00 0.21 0.16 0.25 0.30 0.16 0.05 0.06 0.02 0.02 0.23 0.32 0.02
C6 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.35 0.22 0.46 0.23
N1 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.28 0.18 0.48 0.22
N3 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.34 0.25 0.46 0.26
N4 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.39 0.32 0.40 0.27
O2 0.01 0.00 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.02 0.25 0.19 0.49 0.24
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.04 0.04 0.07 0.16 0.42 0.17
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.09 0.03 0.10 0.06 0.09 0.05 0.10 0.11 0.14 0.04 0.00 0.02 0.24 0.29 0.34 0.23
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.13 0.08 0.44 0.17
O5' 0.16 0.29 0.19 0.25 0.38 0.02 0.38 0.02 0.35 0.28 0.34 0.39 0.25 0.07 0.24 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.21 0.21 0.27 0.28 0.15 0.27 0.23 0.22 0.18 0.25 0.32 0.19 0.16 0.29 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.48 0.45 0.38 0.43 0.35 0.42 0.32 0.46 0.48 0.46 0.40 0.49 0.42 0.34 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.24 0.24 0.25 0.26 0.10 0.25 0.02 0.23 0.22 0.26 0.27 0.24 0.17 0.23 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.26 0.19 0.24 0.27 0.22 0.18 0.32 0.13 0.14 0.32 0.36 0.30 0.26 0.34 0.17 0.63 0.77 0.43 0.60
C2 0.20 0.22 0.24 0.26 0.20 0.28 0.18 0.41 0.18 0.17 0.23 0.30 0.31 0.27 0.29 0.22 0.81 1.09 0.65 0.82
C2' 0.15 0.25 0.20 0.23 0.26 0.21 0.16 0.30 0.11 0.12 0.32 0.37 0.33 0.28 0.35 0.15 0.65 0.72 0.46 0.61
C3' 0.19 0.20 0.25 0.23 0.22 0.22 0.15 0.25 0.13 0.10 0.26 0.33 0.41 0.31 0.31 0.17 0.61 0.57 0.38 0.53
C4 0.24 0.20 0.29 0.30 0.08 0.35 0.16 0.50 0.22 0.21 0.18 0.25 0.32 0.28 0.14 0.28 0.92 1.21 0.78 0.95
C4' 0.17 0.18 0.20 0.16 0.21 0.14 0.16 0.18 0.13 0.08 0.23 0.31 0.40 0.21 0.28 0.13 0.44 0.40 0.24 0.36
C5 0.26 0.19 0.31 0.31 0.09 0.36 0.12 0.50 0.21 0.20 0.16 0.24 0.33 0.28 0.18 0.29 0.90 1.05 0.67 0.87
C5' 0.28 0.14 0.34 0.16 0.21 0.19 0.23 0.10 0.21 0.15 0.18 0.28 0.58 0.25 0.29 0.22 0.38 0.32 0.18 0.28
C6 0.24 0.20 0.29 0.29 0.15 0.32 0.12 0.43 0.16 0.18 0.20 0.28 0.33 0.28 0.23 0.25 0.79 0.89 0.53 0.73
N1 0.20 0.23 0.25 0.26 0.21 0.27 0.16 0.39 0.15 0.16 0.25 0.31 0.31 0.27 0.29 0.21 0.75 0.93 0.54 0.72
N3 0.22 0.21 0.27 0.28 0.14 0.31 0.18 0.45 0.20 0.19 0.20 0.28 0.31 0.27 0.20 0.24 0.88 1.21 0.75 0.91
N4 0.25 0.20 0.30 0.30 0.11 0.37 0.18 0.54 0.24 0.22 0.19 0.24 0.31 0.29 0.15 0.30 0.97 1.32 0.88 1.03
O2 0.19 0.22 0.22 0.25 0.24 0.25 0.20 0.38 0.17 0.17 0.25 0.31 0.30 0.27 0.33 0.19 0.78 1.09 0.64 0.80
O2' 0.13 0.31 0.12 0.20 0.31 0.16 0.19 0.26 0.13 0.16 0.37 0.43 0.26 0.23 0.38 0.13 0.55 0.67 0.40 0.53
O3' 0.18 0.20 0.22 0.19 0.22 0.19 0.16 0.23 0.15 0.09 0.26 0.32 0.39 0.27 0.31 0.16 0.53 0.49 0.33 0.46
O4' 0.16 0.20 0.18 0.23 0.21 0.19 0.14 0.27 0.09 0.09 0.24 0.32 0.32 0.26 0.27 0.14 0.52 0.59 0.31 0.47
O5' 0.30 0.22 0.31 0.16 0.31 0.13 0.41 0.09 0.43 0.31 0.24 0.21 0.30 0.03 0.30 0.22 0.35 0.50 0.42 0.37
OP1 0.05 0.15 0.13 0.04 0.15 0.15 0.11 0.30 0.10 0.06 0.19 0.21 0.23 0.02 0.17 0.09 0.30 0.37 0.26 0.23
OP2 0.13 0.41 0.08 0.10 0.32 0.14 0.16 0.20 0.11 0.22 0.43 0.50 0.07 0.02 0.34 0.15 0.46 0.56 0.34 0.41
P 0.05 0.19 0.10 0.01 0.14 0.05 0.12 0.14 0.14 0.06 0.21 0.28 0.16 0.00 0.16 0.02 0.29 0.45 0.17 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.48 0.12 0.21
C2 0.01 0.00 0.12 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.02 0.44 0.87 0.39 0.48
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.21 0.00 0.02 0.03 0.01 0.21 0.27 0.11 0.18
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.09 0.05 0.16 0.25 0.02 0.01 0.09 0.01 0.26 0.27 0.09 0.21
C4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.03 0.62 1.19 0.67 0.69
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.09 0.10 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.26 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.62 1.19 0.66 0.69
C5' 0.02 0.12 0.02 0.03 0.16 0.01 0.14 0.00 0.11 0.08 0.15 0.12 0.03 0.05 0.17 0.01 0.01 0.23 0.41 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.53 0.99 0.45 0.55
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.41 0.79 0.31 0.42
N3 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.01 0.02 0.55 1.05 0.55 0.60
O2 0.01 0.01 0.21 0.25 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.29 0.02 0.04 0.37 0.75 0.32 0.40
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.04 0.11 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.11 0.11 0.03
O3' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.08 0.05 0.11 0.05 0.19 0.29 0.05 0.00 0.12 0.02 0.15 0.40 0.09 0.17
O4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.00 0.03 0.65 1.26 0.77 0.75
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.37 0.23 0.13
O5' 0.19 0.44 0.21 0.26 0.62 0.02 0.62 0.01 0.53 0.41 0.55 0.37 0.03 0.15 0.65 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.48 0.87 0.27 0.27 1.19 0.07 1.19 0.23 0.99 0.79 1.05 0.75 0.11 0.40 1.26 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.39 0.11 0.09 0.67 0.26 0.66 0.41 0.45 0.31 0.55 0.32 0.11 0.09 0.77 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.48 0.18 0.21 0.69 0.02 0.69 0.01 0.55 0.42 0.60 0.40 0.03 0.17 0.75 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00