ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54445

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.021, 0.042, 0.064, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C4' A 0, 0.039, 0.078, 0.117, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.078 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.030, 0.073, 0.117, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.073 std_dev=0.044
O2 A 0, 0.002, 0.047, 0.093, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.047 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.006, 0.066, 0.126, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.066 std_dev=0.060
N4 A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.030, 0.095, 0.159, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.095 std_dev=0.064
C5' A 0, 0.073, 0.151, 0.228, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.151 std_dev=0.077
C6 B 0, 0.059, 0.160, 0.261, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.160 std_dev=0.101
C5 B 0, 0.071, 0.172, 0.274, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.172 std_dev=0.101
N1 B 0, 0.060, 0.166, 0.273, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.166 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.018, 0.127, 0.235, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.127 std_dev=0.109
C2' B 0, 0.098, 0.212, 0.326, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.212 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.076, 0.191, 0.305, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.191 std_dev=0.114
C1' B 0, 0.087, 0.202, 0.318, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.202 std_dev=0.116
O4' B 0, 0.090, 0.211, 0.331, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.211 std_dev=0.120
C4 B 0, 0.067, 0.188, 0.309, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.188 std_dev=0.121
C3' B 0, 0.093, 0.214, 0.336, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.214 std_dev=0.121
O2' B 0, 0.107, 0.230, 0.353, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.230 std_dev=0.123
C4' B 0, 0.104, 0.227, 0.350, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.227 std_dev=0.123
C2 B 0, 0.102, 0.226, 0.349, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.226 std_dev=0.124
N3 B 0, 0.095, 0.222, 0.349, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.222 std_dev=0.127
P A 0, 0.119, 0.251, 0.382, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.251 std_dev=0.132
O3' B 0, 0.098, 0.237, 0.377, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.237 std_dev=0.140
O4 B 0, 0.126, 0.270, 0.415, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.270 std_dev=0.145
C5' B 0, 0.149, 0.300, 0.451, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.300 std_dev=0.151
O2 B 0, 0.139, 0.314, 0.489, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.314 std_dev=0.175
O5' B 0, 0.097, 0.301, 0.505, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.301 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.137, 0.366, 0.595, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.366 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.160, 0.408, 0.656, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.408 std_dev=0.248
P B 0, 0.092, 0.520, 0.948, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.520 std_dev=0.428
OP1 B 0, 0.144, 0.691, 1.238, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.691 std_dev=0.547
OP2 B 0, -0.035, 0.913, 1.860, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.913 std_dev=0.947

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.14 0.06
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.11 0.13 0.23 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.08 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.15 0.22 0.30 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.15 0.22 0.29 0.19
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.13 0.16 0.23 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.11 0.20 0.11
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.13 0.17 0.27 0.17
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.15 0.25 0.32 0.21
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.10 0.10 0.21 0.11
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.06 0.02
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.13 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.13 0.05
O5' 0.05 0.11 0.04 0.02 0.15 0.01 0.15 0.01 0.13 0.10 0.13 0.15 0.10 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.13 0.09 0.11 0.22 0.10 0.22 0.11 0.16 0.11 0.17 0.25 0.10 0.11 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.23 0.08 0.07 0.30 0.05 0.29 0.02 0.23 0.20 0.27 0.32 0.21 0.06 0.13 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.04 0.05 0.19 0.01 0.19 0.01 0.15 0.11 0.17 0.21 0.11 0.02 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.18 0.11 0.10 0.08 0.11 0.05 0.12 0.02 0.10 0.16 0.24 0.11 0.11 0.11 0.11 0.14 0.22 0.08 0.11
C2 0.07 0.12 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.13 0.06 0.07 0.12 0.15 0.07 0.10 0.09 0.05 0.17 0.37 0.22 0.19
C2' 0.10 0.20 0.10 0.08 0.09 0.08 0.04 0.10 0.02 0.09 0.19 0.28 0.11 0.08 0.13 0.09 0.11 0.22 0.11 0.08
C3' 0.08 0.15 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.14 0.23 0.09 0.06 0.10 0.07 0.08 0.15 0.23 0.06
C4 0.09 0.11 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.12 0.08 0.09 0.12 0.13 0.08 0.11 0.10 0.06 0.14 0.43 0.14 0.16
C4' 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.05 0.11 0.21 0.09 0.10 0.10 0.06 0.10 0.11 0.15 0.05
C5 0.10 0.11 0.10 0.07 0.06 0.06 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.07 0.08 0.11 0.34 0.13 0.08
C5' 0.08 0.08 0.08 0.02 0.08 0.02 0.14 0.06 0.13 0.07 0.07 0.15 0.09 0.08 0.09 0.04 0.08 0.06 0.23 0.05
C6 0.10 0.11 0.10 0.06 0.04 0.05 0.07 0.10 0.09 0.09 0.10 0.15 0.09 0.10 0.06 0.07 0.11 0.27 0.11 0.06
N1 0.08 0.13 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.11 0.05 0.08 0.12 0.17 0.09 0.10 0.08 0.07 0.14 0.29 0.09 0.12
N3 0.08 0.12 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.13 0.07 0.08 0.13 0.14 0.08 0.11 0.11 0.06 0.16 0.43 0.25 0.20
N4 0.09 0.12 0.09 0.07 0.11 0.06 0.08 0.12 0.08 0.09 0.13 0.13 0.08 0.12 0.13 0.07 0.12 0.49 0.15 0.16
O2 0.06 0.11 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.14 0.07 0.06 0.12 0.14 0.06 0.11 0.11 0.05 0.18 0.38 0.28 0.22
O2' 0.16 0.26 0.16 0.13 0.13 0.14 0.06 0.13 0.05 0.15 0.24 0.35 0.18 0.12 0.16 0.15 0.12 0.19 0.09 0.09
O3' 0.07 0.14 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.14 0.22 0.08 0.05 0.11 0.07 0.07 0.12 0.28 0.08
O4' 0.10 0.13 0.11 0.12 0.07 0.12 0.08 0.13 0.04 0.07 0.10 0.20 0.11 0.13 0.09 0.10 0.13 0.15 0.07 0.09
O5' 0.13 0.08 0.14 0.07 0.10 0.04 0.17 0.03 0.18 0.12 0.05 0.12 0.13 0.01 0.08 0.10 0.08 0.08 0.32 0.09
OP1 0.11 0.10 0.15 0.03 0.08 0.03 0.14 0.13 0.13 0.08 0.07 0.18 0.20 0.02 0.07 0.03 0.13 0.10 0.30 0.04
OP2 0.14 0.18 0.06 0.12 0.27 0.20 0.31 0.28 0.29 0.20 0.21 0.15 0.03 0.02 0.27 0.19 0.29 0.21 0.29 0.12
P 0.03 0.02 0.06 0.02 0.11 0.06 0.17 0.12 0.16 0.06 0.05 0.08 0.08 0.01 0.11 0.03 0.13 0.07 0.31 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.10 0.10 0.32 0.18
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.05 0.07 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.11 0.16 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.14 0.25 0.48 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.14 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.02 0.15 0.27 0.50 0.26
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.15 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.02 0.13 0.18 0.39 0.22
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.08 0.29 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.01 0.12 0.18 0.40 0.22
O2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.03 0.08 0.06 0.27 0.15
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.14 0.06 0.01
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.11 0.05 0.08 0.11 0.04 0.00 0.09 0.00 0.04 0.17 0.30 0.12
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.15 0.30 0.52 0.26
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.14 0.08
O5' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.09 0.12 0.08 0.01 0.04 0.15 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.09 0.11 0.25 0.14 0.27 0.15 0.18 0.08 0.18 0.06 0.14 0.17 0.30 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.32 0.06 0.16 0.48 0.04 0.50 0.06 0.39 0.29 0.40 0.27 0.06 0.30 0.52 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.18 0.03 0.05 0.25 0.01 0.26 0.01 0.22 0.17 0.22 0.15 0.01 0.12 0.26 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00