ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54446

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.020, 0.056, 0.091, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.056 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.023, 0.060, 0.097, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.060 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.039, 0.084, 0.130, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.084 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.025, 0.099, 0.172, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.099 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.060, 0.139, 0.219, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.139 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.040, 0.122, 0.205, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.059, 0.178, 0.296, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.178 std_dev=0.118
O5' A 0, 0.084, 0.206, 0.329, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.206 std_dev=0.122
N3 B 0, 0.123, 0.304, 0.485, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.304 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.125, 0.308, 0.491, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.308 std_dev=0.183
O4 B 0, 0.146, 0.330, 0.514, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.330 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.131, 0.328, 0.524, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.328 std_dev=0.196
C5 B 0, 0.133, 0.339, 0.544, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.339 std_dev=0.205
O2 B 0, 0.166, 0.375, 0.585, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.375 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.136, 0.346, 0.556, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.346 std_dev=0.210
OP1 A 0, 0.180, 0.394, 0.608, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.394 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.138, 0.353, 0.568, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.353 std_dev=0.215
P A 0, 0.153, 0.371, 0.589, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.371 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.151, 0.376, 0.601, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.376 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.168, 0.412, 0.655, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.412 std_dev=0.243
C3' B 0, 0.129, 0.383, 0.637, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.383 std_dev=0.254
OP2 A 0, 0.208, 0.474, 0.740, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.474 std_dev=0.266
O3' B 0, 0.155, 0.425, 0.696, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.425 std_dev=0.271
O2' B 0, 0.209, 0.487, 0.766, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.487 std_dev=0.278
O4' B 0, 0.189, 0.483, 0.776, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.483 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.172, 0.494, 0.816, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.494 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.163, 0.515, 0.867, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.515 std_dev=0.352
C5' B 0, 0.170, 0.552, 0.933, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.552 std_dev=0.382
P B 0, 0.188, 0.596, 1.005, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.596 std_dev=0.409
OP2 B 0, 0.202, 0.624, 1.046, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.624 std_dev=0.422
OP1 B 0, 0.239, 0.763, 1.287, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.763 std_dev=0.524

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.15 0.19 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.14 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.19 0.24 0.19
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.15 0.19 0.23 0.19
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.13 0.16 0.17 0.16
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.15 0.12
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.18 0.22 0.17
N4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.21 0.26 0.21
O2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.08 0.14 0.20 0.13
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.13 0.17 0.11
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
O5' 0.04 0.10 0.04 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.13 0.10 0.12 0.15 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.15 0.11 0.10 0.19 0.06 0.19 0.03 0.16 0.13 0.18 0.21 0.14 0.13 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.19 0.14 0.12 0.24 0.06 0.23 0.01 0.17 0.15 0.22 0.26 0.20 0.17 0.13 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.09 0.07 0.19 0.03 0.19 0.00 0.16 0.12 0.17 0.21 0.13 0.11 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.11 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.09 0.11 0.09
C2 0.04 0.07 0.04 0.07 0.02 0.06 0.05 0.09 0.05 0.03 0.07 0.11 0.05 0.09 0.04 0.03 0.10 0.11 0.12 0.11
C2' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.12 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.08 0.10 0.09
C3' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.13 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.10 0.08
C4 0.06 0.04 0.09 0.13 0.06 0.12 0.06 0.14 0.07 0.03 0.06 0.07 0.09 0.15 0.08 0.08 0.12 0.11 0.11 0.11
C4' 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.09 0.14 0.09 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07
C5 0.06 0.06 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08 0.11 0.11 0.13 0.11
C5' 0.07 0.11 0.05 0.04 0.09 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.11 0.16 0.08 0.04 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06
C6 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.09 0.10 0.06 0.08 0.08 0.06 0.10 0.11 0.12 0.11
N1 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.10 0.05 0.07 0.06 0.04 0.09 0.09 0.11 0.10
N3 0.05 0.06 0.07 0.11 0.03 0.10 0.05 0.13 0.07 0.04 0.07 0.09 0.06 0.13 0.06 0.06 0.13 0.13 0.12 0.12
N4 0.09 0.03 0.12 0.18 0.06 0.17 0.06 0.19 0.07 0.05 0.05 0.06 0.13 0.21 0.10 0.12 0.16 0.14 0.10 0.12
O2 0.06 0.09 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.08 0.14 0.06 0.08 0.03 0.04 0.10 0.12 0.14 0.12
O2' 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.10 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.09 0.11 0.09
O3' 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.12 0.09 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.11 0.09
O4' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.09 0.13 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08
O5' 0.06 0.12 0.05 0.05 0.11 0.04 0.09 0.05 0.07 0.08 0.13 0.16 0.06 0.05 0.13 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06
OP1 0.08 0.12 0.08 0.08 0.13 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.13 0.16 0.10 0.09 0.15 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09
OP2 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.16 0.16 0.17 0.21 0.20 0.19 0.18 0.18 0.16 0.16 0.15 0.15
P 0.11 0.14 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.14 0.19 0.13 0.09 0.14 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.06 0.11 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.11 0.15 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.11 0.14 0.11
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.08 0.10 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.09 0.14 0.10
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.04 0.05 0.10 0.08
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.11 0.07 0.06
O4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.13 0.16 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04
O5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.04 0.07 0.11 0.03 0.11 0.03 0.08 0.05 0.09 0.05 0.05 0.11 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.03 0.04 0.15 0.01 0.14 0.01 0.10 0.09 0.14 0.10 0.03 0.07 0.16 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.01 0.03 0.12 0.01 0.11 0.01 0.09 0.07 0.10 0.08 0.01 0.06 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00