ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54447

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.013, 0.050, 0.088, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.050 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.017, 0.075, 0.133, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.075 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.025, 0.086, 0.147, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.086 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.031, 0.106, 0.180, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.106 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.028, 0.106, 0.184, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.106 std_dev=0.078
C5' A 0, 0.043, 0.156, 0.270, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.156 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.049, 0.175, 0.300, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.175 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.053, 0.196, 0.339, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.196 std_dev=0.143
OP2 A 0, 0.039, 0.257, 0.475, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.257 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.042, 0.269, 0.496, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.269 std_dev=0.227
O2' B 0, 0.035, 0.269, 0.503, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.269 std_dev=0.234
P A 0, 0.024, 0.261, 0.497, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.261 std_dev=0.236
O2 B 0, 0.061, 0.316, 0.570, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.316 std_dev=0.254
C2 B 0, 0.059, 0.318, 0.578, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.031, 0.291, 0.551, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.291 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.047, 0.310, 0.572, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.310 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.033, 0.295, 0.558, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.295 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.073, 0.336, 0.600, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.336 std_dev=0.264
C6 B 0, 0.056, 0.323, 0.590, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.323 std_dev=0.267
C5 B 0, 0.067, 0.338, 0.609, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.338 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.075, 0.347, 0.618, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.347 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.025, 0.303, 0.581, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.303 std_dev=0.278
O4 B 0, 0.089, 0.369, 0.649, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.369 std_dev=0.280
O4' B 0, 0.010, 0.331, 0.653, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.331 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.009, 0.336, 0.663, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.336 std_dev=0.327
OP1 A 0, -0.039, 0.302, 0.642, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.302 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.004, 0.363, 0.721, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.363 std_dev=0.358
O5' B 0, -0.008, 0.381, 0.771, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.381 std_dev=0.390
C5' B 0, -0.009, 0.387, 0.784, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.387 std_dev=0.397
P B 0, -0.014, 0.396, 0.806, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.396 std_dev=0.410
OP1 B 0, -0.029, 0.411, 0.852, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.411 std_dev=0.440

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.08 0.10 0.10
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.09 0.08 0.09 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.09 0.10
N4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.10 0.10 0.12 0.12
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.06 0.08 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
O5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.06 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.03 0.03 0.10 0.03 0.09 0.01 0.07 0.06 0.09 0.12 0.08 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.01 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.07 0.06 0.10 0.12 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.02 0.12 0.05 0.14 0.05 0.11 0.04 0.06 0.03 0.09 0.06 0.20 0.04 0.18 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04
C2 0.19 0.16 0.20 0.13 0.05 0.14 0.09 0.12 0.13 0.16 0.11 0.18 0.24 0.11 0.03 0.15 0.12 0.11 0.11 0.11
C2' 0.06 0.04 0.08 0.03 0.14 0.03 0.11 0.03 0.06 0.03 0.11 0.03 0.17 0.02 0.17 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03
C3' 0.05 0.06 0.07 0.01 0.13 0.02 0.09 0.02 0.04 0.02 0.11 0.05 0.16 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01
C4 0.17 0.15 0.20 0.14 0.09 0.12 0.09 0.10 0.13 0.15 0.12 0.16 0.23 0.13 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10
C4' 0.03 0.08 0.06 0.02 0.15 0.01 0.11 0.02 0.07 0.04 0.14 0.07 0.16 0.01 0.17 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
C5 0.13 0.10 0.17 0.11 0.05 0.08 0.02 0.05 0.07 0.10 0.08 0.12 0.21 0.10 0.08 0.08 0.04 0.05 0.05 0.04
C5' 0.03 0.07 0.05 0.00 0.12 0.00 0.08 0.02 0.04 0.03 0.11 0.07 0.14 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
C6 0.11 0.07 0.16 0.08 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.06 0.10 0.21 0.08 0.12 0.06 0.03 0.04 0.04 0.04
N1 0.14 0.08 0.17 0.09 0.06 0.09 0.05 0.07 0.07 0.09 0.04 0.12 0.22 0.08 0.12 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06
N3 0.19 0.18 0.21 0.15 0.11 0.14 0.12 0.13 0.16 0.18 0.15 0.19 0.24 0.13 0.07 0.16 0.13 0.12 0.13 0.13
N4 0.17 0.16 0.20 0.15 0.12 0.13 0.12 0.11 0.15 0.16 0.14 0.17 0.23 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11
O2 0.21 0.19 0.20 0.14 0.09 0.16 0.12 0.15 0.16 0.19 0.13 0.21 0.25 0.12 0.04 0.18 0.15 0.13 0.13 0.14
O2' 0.04 0.10 0.04 0.03 0.18 0.03 0.15 0.04 0.10 0.07 0.17 0.07 0.13 0.02 0.21 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.15 0.01 0.10 0.02 0.06 0.05 0.14 0.09 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O4' 0.08 0.04 0.12 0.04 0.15 0.04 0.12 0.03 0.06 0.01 0.11 0.06 0.21 0.04 0.17 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04
O5' 0.02 0.08 0.04 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.04 0.04 0.10 0.08 0.12 0.00 0.11 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02
OP1 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03
OP2 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01 0.07 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01
P 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.09 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.05 0.07 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
O2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.06 0.08 0.05
O4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O5' 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.09 0.07 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00