ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54449

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.008, 0.034, 0.059, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.008, 0.040, 0.071, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.011, 0.047, 0.084, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.047 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.015, 0.059, 0.103, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.059 std_dev=0.044
O2 A 0, 0.017, 0.062, 0.108, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.062 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.027, 0.093, 0.158, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.093 std_dev=0.066
C4' A 0, -0.001, 0.073, 0.148, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.073 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.007, 0.086, 0.165, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.086 std_dev=0.079
C5' A 0, 0.012, 0.138, 0.264, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.138 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.062, 0.215, 0.369, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.215 std_dev=0.153
O4 B 0, 0.111, 0.400, 0.689, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.400 std_dev=0.289
P A 0, 0.038, 0.345, 0.651, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.345 std_dev=0.307
C4 B 0, 0.125, 0.433, 0.741, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.433 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.121, 0.440, 0.758, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.440 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.131, 0.456, 0.782, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.456 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.126, 0.462, 0.798, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.462 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.142, 0.488, 0.833, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.488 std_dev=0.345
N3 B 0, 0.144, 0.497, 0.849, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.497 std_dev=0.352
OP2 A 0, 0.103, 0.465, 0.826, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.465 std_dev=0.361
O3' B 0, 0.105, 0.482, 0.860, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.482 std_dev=0.378
N1 B 0, 0.158, 0.549, 0.940, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.549 std_dev=0.391
P B 0, 0.015, 0.408, 0.801, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.408 std_dev=0.393
C2 B 0, 0.161, 0.565, 0.970, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.565 std_dev=0.404
OP1 A 0, 0.090, 0.514, 0.938, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.514 std_dev=0.424
C1' B 0, 0.160, 0.584, 1.008, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.584 std_dev=0.424
O2' B 0, 0.152, 0.578, 1.005, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.578 std_dev=0.427
O2 B 0, 0.178, 0.656, 1.133, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.656 std_dev=0.477
C4' B 0, 0.157, 0.640, 1.122, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.640 std_dev=0.482
O4' B 0, 0.175, 0.669, 1.163, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.669 std_dev=0.494
O5' B 0, 0.203, 0.702, 1.200, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.702 std_dev=0.498
OP2 B 0, 0.100, 0.622, 1.145, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.622 std_dev=0.522
C5' B 0, 0.166, 0.716, 1.266, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.716 std_dev=0.550
OP1 B 0, 0.233, 0.802, 1.370, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.802 std_dev=0.569

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.14 0.25 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.10 0.12 0.09
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.08 0.08
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.14 0.24 0.34 0.23
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.22 0.31 0.22
C5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.08 0.10 0.13 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.14 0.22 0.16
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.11 0.20 0.13
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.14 0.21 0.32 0.21
N4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.15 0.28 0.38 0.26
O2 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.03 0.02 0.08 0.10 0.21 0.12
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.09 0.06
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.07 0.14 0.09 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01
O5' 0.04 0.10 0.08 0.08 0.14 0.01 0.13 0.00 0.10 0.09 0.14 0.15 0.08 0.05 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.14 0.10 0.11 0.24 0.07 0.22 0.08 0.14 0.11 0.21 0.28 0.10 0.09 0.14 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.25 0.12 0.08 0.34 0.03 0.31 0.01 0.22 0.20 0.32 0.38 0.21 0.09 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.09 0.08 0.23 0.02 0.22 0.00 0.16 0.13 0.21 0.26 0.12 0.06 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.11 0.15 0.12 0.08 0.14 0.10 0.13 0.13 0.15 0.07 0.12 0.20 0.11 0.07 0.16 0.10 0.21 0.56 0.25
C2 0.18 0.19 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.18 0.15 0.21 0.18 0.13 0.11 0.16 0.11 0.17 0.50 0.19
C2' 0.14 0.11 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.17 0.10 0.11 0.12 0.10 0.23 0.58 0.26
C3' 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.04 0.12 0.10 0.11 0.07 0.13 0.25 0.58 0.26
C4 0.14 0.17 0.12 0.14 0.15 0.12 0.13 0.12 0.13 0.16 0.18 0.17 0.13 0.18 0.15 0.12 0.21 0.14 0.42 0.13
C4' 0.07 0.01 0.08 0.08 0.04 0.10 0.03 0.10 0.04 0.04 0.04 0.02 0.13 0.10 0.06 0.08 0.13 0.24 0.53 0.23
C5 0.11 0.13 0.11 0.14 0.15 0.12 0.14 0.12 0.13 0.14 0.14 0.10 0.10 0.18 0.15 0.11 0.17 0.16 0.49 0.17
C5' 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.12 0.06 0.13 0.05 0.06 0.11 0.12 0.08 0.12 0.10 0.10 0.13 0.27 0.46 0.18
C6 0.15 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.15 0.11 0.09 0.13 0.14 0.11 0.13 0.10 0.19 0.55 0.23
N1 0.18 0.16 0.15 0.12 0.11 0.13 0.13 0.13 0.15 0.18 0.12 0.16 0.18 0.13 0.10 0.16 0.10 0.20 0.55 0.23
N3 0.16 0.19 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.13 0.17 0.17 0.21 0.15 0.16 0.12 0.15 0.18 0.15 0.43 0.14
N4 0.13 0.16 0.12 0.16 0.17 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.18 0.16 0.12 0.20 0.18 0.12 0.28 0.13 0.33 0.08
O2 0.21 0.20 0.16 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.15 0.19 0.15 0.23 0.22 0.12 0.09 0.19 0.10 0.18 0.51 0.21
O2' 0.14 0.11 0.12 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09 0.12 0.17 0.09 0.10 0.13 0.11 0.23 0.57 0.25
O3' 0.06 0.06 0.05 0.04 0.10 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.03 0.09 0.09 0.12 0.04 0.16 0.26 0.58 0.27
O4' 0.14 0.04 0.13 0.11 0.04 0.13 0.06 0.12 0.09 0.10 0.03 0.02 0.19 0.10 0.05 0.14 0.13 0.21 0.56 0.25
O5' 0.11 0.13 0.10 0.05 0.12 0.04 0.10 0.02 0.11 0.11 0.13 0.14 0.10 0.00 0.13 0.07 0.23 0.24 0.56 0.29
OP1 0.03 0.09 0.05 0.01 0.11 0.03 0.08 0.09 0.04 0.04 0.11 0.10 0.10 0.00 0.13 0.01 0.27 0.41 0.35 0.24
OP2 0.05 0.15 0.02 0.04 0.18 0.05 0.13 0.07 0.09 0.09 0.19 0.16 0.01 0.00 0.20 0.06 0.23 0.38 0.45 0.31
P 0.02 0.10 0.03 0.00 0.11 0.02 0.07 0.05 0.04 0.05 0.12 0.11 0.06 0.00 0.13 0.00 0.25 0.32 0.45 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.13 0.36 0.13
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.25 0.13 0.37 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.46 0.17
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.07 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.12 0.42 0.18
C4 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.34 0.14 0.30 0.18
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.18 0.27 0.07
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.35 0.15 0.31 0.18
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.24 0.14 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.30 0.13 0.36 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.24 0.13 0.38 0.17
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.30 0.13 0.35 0.18
O2 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.02 0.21 0.14 0.38 0.17
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.42 0.13
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.09 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.25 0.21 0.41 0.21
O4 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.02 0.36 0.15 0.26 0.17
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.21 0.26 0.11
O5' 0.14 0.25 0.02 0.11 0.34 0.01 0.35 0.00 0.30 0.24 0.30 0.21 0.05 0.25 0.36 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.13 0.13 0.07 0.12 0.14 0.18 0.15 0.24 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.21 0.15 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.36 0.37 0.46 0.42 0.30 0.27 0.31 0.14 0.36 0.38 0.35 0.38 0.42 0.41 0.26 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.13 0.17 0.17 0.18 0.18 0.07 0.18 0.00 0.18 0.17 0.18 0.17 0.13 0.21 0.17 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00