ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54450

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 B 0, 0.000, 0.079, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.000, 0.098, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C6 B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C2 B 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C3' A 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.000, 0.164, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.164 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O3' A 0, 0.000, 0.218, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.000, 0.219, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.000, 0.226, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O2 B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C2' B 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.000, 0.265, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.265 std_dev=0.265
O4 B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
O4' B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
O2' B 0, 0.000, 0.512, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.512 std_dev=0.512
OP2 A 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C3' B 0, 0.000, 0.572, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C4' B 0, 0.000, 0.726, 1.451, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.726 std_dev=0.726
O3' B 0, 0.000, 0.794, 1.588, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.794 std_dev=0.794
O5' B 0, 0.000, 0.879, 1.757, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.879 std_dev=0.879
C5' B 0, 0.000, 0.952, 1.904, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.952 std_dev=0.952
OP2 B 0, 0.000, 1.056, 2.112, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.056 std_dev=1.056
P B 0, 0.000, 1.102, 2.204, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.102 std_dev=1.102
O5' A 0, 0.000, 1.143, 2.286, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.143 std_dev=1.143
OP1 B 0, 0.000, 1.365, 2.730, 2.730 max_d=2.730 avg_d=1.365 std_dev=1.365
P A 0, 0.000, 1.396, 2.791, 2.791 max_d=2.791 avg_d=1.396 std_dev=1.396
OP1 A 0, 0.000, 2.386, 4.772, 4.772 max_d=4.772 avg_d=2.386 std_dev=2.386

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.40 0.21 0.09
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.47 0.84 0.21 0.32
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.25 0.39 0.08 0.21
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.30 0.37 0.04 0.32
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.66 1.22 0.19 0.53
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.69 1.23 0.18 0.54
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.61 0.98 0.20 0.42
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.75 0.21 0.29
N3 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.57 1.05 0.20 0.43
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.69 1.34 0.18 0.58
O2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.36 0.68 0.22 0.23
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.13 0.09 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.18 0.22 0.15 0.33
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.17 0.24 0.06
O5' 0.24 0.47 0.25 0.30 0.66 0.01 0.69 0.00 0.61 0.46 0.57 0.69 0.36 0.05 0.18 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.40 0.84 0.39 0.37 1.22 0.02 1.23 0.08 0.98 0.75 1.05 1.34 0.68 0.13 0.22 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.21 0.08 0.04 0.19 0.09 0.18 0.01 0.20 0.21 0.20 0.18 0.22 0.09 0.15 0.24 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.09 0.32 0.21 0.32 0.53 0.00 0.54 0.02 0.42 0.29 0.43 0.58 0.23 0.04 0.33 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.00 0.15 0.00 0.08 0.04 0.13 0.04 0.01 0.03 0.06 0.13 0.19 0.02 0.01 0.16 0.22 0.15 0.16
C2 0.06 0.08 0.00 0.18 0.03 0.10 0.08 0.18 0.06 0.02 0.06 0.13 0.15 0.23 0.02 0.02 0.25 0.32 0.28 0.26
C2' 0.06 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.14 0.16 0.02 0.03 0.12 0.20 0.13 0.14
C3' 0.07 0.06 0.04 0.10 0.07 0.06 0.05 0.11 0.04 0.05 0.07 0.05 0.10 0.18 0.11 0.03 0.10 0.20 0.09 0.12
C4 0.02 0.09 0.04 0.26 0.03 0.20 0.08 0.32 0.08 0.01 0.12 0.14 0.08 0.33 0.09 0.04 0.38 0.48 0.44 0.42
C4' 0.08 0.07 0.04 0.09 0.09 0.05 0.07 0.08 0.05 0.07 0.08 0.05 0.08 0.17 0.11 0.03 0.06 0.15 0.02 0.07
C5 0.01 0.07 0.07 0.30 0.07 0.26 0.06 0.37 0.08 0.01 0.12 0.10 0.02 0.37 0.15 0.09 0.41 0.52 0.45 0.45
C5' 0.08 0.10 0.05 0.10 0.15 0.08 0.13 0.11 0.11 0.10 0.13 0.07 0.02 0.23 0.18 0.03 0.05 0.17 0.00 0.07
C6 0.00 0.06 0.06 0.28 0.06 0.22 0.04 0.31 0.07 0.01 0.11 0.09 0.03 0.34 0.12 0.07 0.34 0.43 0.34 0.36
N1 0.04 0.06 0.02 0.21 0.01 0.14 0.06 0.21 0.06 0.01 0.07 0.10 0.10 0.26 0.04 0.01 0.25 0.32 0.26 0.26
N3 0.06 0.09 0.01 0.21 0.02 0.13 0.09 0.24 0.07 0.02 0.09 0.15 0.13 0.27 0.00 0.01 0.31 0.39 0.37 0.34
N4 0.01 0.09 0.05 0.28 0.03 0.23 0.09 0.36 0.09 0.00 0.12 0.14 0.06 0.35 0.09 0.06 0.43 0.55 0.52 0.48
O2 0.08 0.05 0.02 0.14 0.07 0.04 0.09 0.12 0.06 0.02 0.01 0.12 0.19 0.17 0.08 0.05 0.19 0.25 0.23 0.20
O2' 0.07 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.06 0.02 0.06 0.05 0.11 0.06 0.06
O3' 0.05 0.03 0.03 0.08 0.07 0.05 0.06 0.09 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.14 0.10 0.02 0.07 0.17 0.05 0.09
O4' 0.06 0.07 0.00 0.15 0.07 0.08 0.04 0.12 0.02 0.05 0.08 0.06 0.08 0.21 0.10 0.01 0.11 0.18 0.06 0.10
O5' 0.30 0.06 0.49 0.65 0.44 0.63 0.35 0.57 0.11 0.03 0.29 0.06 0.69 0.98 0.60 0.40 0.30 0.40 0.06 0.21
OP1 0.44 0.18 0.67 0.95 0.80 1.05 0.63 1.01 0.23 0.01 0.55 0.01 1.01 1.53 1.08 0.64 0.54 0.74 0.10 0.40
OP2 0.52 0.37 0.51 0.72 0.23 0.78 0.29 0.82 0.41 0.44 0.28 0.39 0.55 0.81 0.13 0.63 0.68 0.70 0.42 0.62
P 0.68 0.24 0.81 1.08 0.17 1.13 0.04 1.09 0.24 0.38 0.02 0.34 0.99 1.46 0.37 0.85 0.76 0.83 0.27 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.14 0.09
C2 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.12 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.10 0.07 0.10 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.04 0.00 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.00 0.01 0.14 0.13 0.07 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.01 0.01 0.16 0.13 0.05 0.11
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.11 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.15 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.01 0.09 0.06 0.05 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04
N3 0.02 0.00 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.02 0.09 0.07 0.01 0.04
O2 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.09 0.06
O2' 0.03 0.08 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.09 0.10 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.02 0.09 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.05 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
O4 0.02 0.01 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.14 0.00 0.00 0.18 0.17 0.13 0.16
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.16 0.12
O5' 0.05 0.03 0.06 0.04 0.14 0.03 0.16 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.04 0.01 0.18 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.04 0.02 0.02 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.17 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.06 0.12 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.09 0.01 0.09 0.09 0.01 0.13 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.02 0.07 0.04 0.10 0.04 0.11 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.16 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00