ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54452

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.000, 0.146, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.000, 0.149, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C4' A 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
O2' A 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C5' A 0, 0.000, 0.277, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O5' A 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
OP2 A 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
P A 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C2' B 0, 0.000, 0.512, 1.024, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.512 std_dev=0.512
C3' B 0, 0.000, 0.527, 1.054, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.527 std_dev=0.527
O3' B 0, 0.000, 0.547, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.547 std_dev=0.547
OP1 A 0, 0.000, 0.549, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.549 std_dev=0.549
O2 B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C2 B 0, 0.000, 0.576, 1.153, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.576 std_dev=0.576
N1 B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
C6 B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
C1' B 0, 0.000, 0.588, 1.177, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.588 std_dev=0.588
N3 B 0, 0.000, 0.594, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.594 std_dev=0.594
C5 B 0, 0.000, 0.606, 1.212, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.606 std_dev=0.606
O2' B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
O5' B 0, 0.000, 0.617, 1.234, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.617 std_dev=0.617
C4 B 0, 0.000, 0.617, 1.235, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.617 std_dev=0.617
C4' B 0, 0.000, 0.634, 1.267, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.634 std_dev=0.634
O4 B 0, 0.000, 0.650, 1.300, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.650 std_dev=0.650
O4' B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
C5' B 0, 0.000, 0.679, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.679 std_dev=0.679
OP1 B 0, 0.000, 0.757, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.757 std_dev=0.757
P B 0, 0.000, 0.805, 1.611, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.805 std_dev=0.805
OP2 B 0, 0.000, 0.889, 1.778, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.889 std_dev=0.889

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.10 0.07
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00
C5' 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01
N4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01
O2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.07 0.06 0.16 0.10
O3' 0.07 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06 0.10 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.01
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O5' 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.10 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.14 0.26 0.24 0.10 0.25 0.18 0.24 0.22 0.21 0.07 0.11 0.31 0.23 0.04 0.25 0.23 0.16 0.17 0.21
C2 0.14 0.01 0.17 0.17 0.01 0.17 0.12 0.18 0.16 0.12 0.05 0.05 0.19 0.15 0.05 0.15 0.19 0.15 0.16 0.18
C2' 0.20 0.11 0.21 0.19 0.10 0.20 0.16 0.19 0.20 0.18 0.07 0.09 0.26 0.18 0.05 0.20 0.19 0.11 0.12 0.16
C3' 0.23 0.13 0.26 0.24 0.09 0.25 0.16 0.24 0.21 0.20 0.08 0.12 0.32 0.25 0.04 0.24 0.22 0.15 0.15 0.20
C4 0.02 0.21 0.03 0.07 0.18 0.06 0.04 0.09 0.01 0.07 0.26 0.25 0.03 0.07 0.21 0.02 0.12 0.10 0.08 0.11
C4' 0.25 0.13 0.28 0.27 0.09 0.27 0.16 0.27 0.21 0.20 0.07 0.11 0.35 0.30 0.04 0.26 0.25 0.18 0.18 0.23
C5 0.04 0.14 0.08 0.12 0.12 0.11 0.01 0.13 0.05 0.02 0.18 0.19 0.09 0.12 0.15 0.07 0.15 0.09 0.07 0.12
C5' 0.20 0.07 0.23 0.25 0.04 0.24 0.12 0.24 0.16 0.15 0.01 0.04 0.30 0.29 0.00 0.22 0.23 0.15 0.15 0.20
C6 0.14 0.03 0.18 0.19 0.03 0.18 0.07 0.19 0.13 0.09 0.08 0.08 0.21 0.19 0.08 0.16 0.19 0.12 0.11 0.16
N1 0.18 0.05 0.22 0.21 0.03 0.21 0.13 0.21 0.18 0.15 0.02 0.00 0.25 0.20 0.03 0.19 0.21 0.15 0.14 0.18
N3 0.05 0.13 0.09 0.10 0.12 0.10 0.03 0.12 0.08 0.01 0.20 0.18 0.09 0.09 0.16 0.07 0.14 0.13 0.13 0.14
N4 0.15 0.32 0.10 0.05 0.30 0.04 0.18 0.01 0.14 0.21 0.36 0.33 0.08 0.03 0.30 0.10 0.04 0.06 0.02 0.04
O2 0.17 0.08 0.19 0.18 0.08 0.19 0.17 0.19 0.20 0.16 0.03 0.03 0.21 0.16 0.02 0.18 0.20 0.17 0.18 0.20
O2' 0.20 0.14 0.19 0.15 0.12 0.17 0.17 0.16 0.20 0.18 0.11 0.13 0.23 0.12 0.08 0.19 0.15 0.07 0.08 0.12
O3' 0.21 0.11 0.23 0.20 0.06 0.21 0.12 0.20 0.16 0.17 0.05 0.12 0.31 0.22 0.00 0.21 0.17 0.11 0.10 0.15
O4' 0.26 0.12 0.29 0.28 0.08 0.29 0.16 0.28 0.21 0.21 0.05 0.10 0.36 0.30 0.02 0.27 0.26 0.19 0.19 0.24
O5' 0.11 0.02 0.15 0.17 0.02 0.16 0.06 0.16 0.10 0.07 0.06 0.06 0.20 0.20 0.06 0.13 0.16 0.08 0.07 0.12
OP1 0.05 0.05 0.07 0.11 0.04 0.09 0.03 0.11 0.05 0.02 0.08 0.09 0.11 0.15 0.07 0.07 0.12 0.03 0.03 0.08
OP2 0.10 0.03 0.13 0.17 0.03 0.16 0.06 0.18 0.10 0.06 0.07 0.07 0.16 0.20 0.07 0.13 0.19 0.09 0.07 0.13
P 0.07 0.05 0.10 0.14 0.05 0.12 0.03 0.13 0.06 0.03 0.09 0.09 0.14 0.17 0.08 0.09 0.14 0.05 0.04 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.09 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00
O2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.04 0.04
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.02 0.04 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.02 0.15 0.13 0.09
O4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02
O5' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.07 0.09 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.15 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00