Doublet Group distance statistics: 54457

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 5, 7, 12, 7, 12, 9, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.009
O2	A	0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.040 std_dev=0.019
N4	A	0, 0.022, 0.046, 0.071, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.046 std_dev=0.024
O4'	A	0, 0.078, 0.157, 0.237, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.157 std_dev=0.080
C2'	A	0, 0.089, 0.183, 0.278, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.183 std_dev=0.095
C4'	A	0, 0.148, 0.252, 0.357, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.252 std_dev=0.105
O2'	A	0, 0.114, 0.243, 0.373, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.243 std_dev=0.130
C3'	A	0, 0.152, 0.287, 0.423, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.287 std_dev=0.136
C4	B	0, 0.260, 0.442, 0.624, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.442 std_dev=0.182
C5	B	0, 0.247, 0.431, 0.614, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.431 std_dev=0.184
N9	B	0, 0.294, 0.480, 0.667, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.480 std_dev=0.186
C5'	A	0, 0.236, 0.424, 0.612, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.424 std_dev=0.188
O3'	A	0, 0.254, 0.447, 0.641, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.447 std_dev=0.194
C6	B	0, 0.248, 0.466, 0.684, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.466 std_dev=0.218
O5'	A	0, 0.206, 0.429, 0.651, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.429 std_dev=0.223
N7	B	0, 0.290, 0.521, 0.752, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.521 std_dev=0.231
C2'	B	0, 0.266, 0.500, 0.735, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.500 std_dev=0.234
C1'	B	0, 0.326, 0.565, 0.804, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.565 std_dev=0.239
C8	B	0, 0.297, 0.539, 0.780, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.539 std_dev=0.241
N6	B	0, 0.288, 0.533, 0.779, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.533 std_dev=0.245
N3	B	0, 0.301, 0.547, 0.793, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.547 std_dev=0.246
N1	B	0, 0.323, 0.569, 0.815, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.569 std_dev=0.246
C2	B	0, 0.347, 0.615, 0.884, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.615 std_dev=0.268
C3'	B	0, 0.298, 0.570, 0.841, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.570 std_dev=0.271
P	A	0, 0.257, 0.560, 0.862, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.560 std_dev=0.303
O2'	B	0, 0.328, 0.637, 0.946, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.637 std_dev=0.309
O3'	B	0, 0.291, 0.611, 0.930, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.611 std_dev=0.320
O4'	B	0, 0.367, 0.698, 1.028, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.698 std_dev=0.330
OP2	A	0, 0.272, 0.627, 0.982, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.627 std_dev=0.355
C4'	B	0, 0.373, 0.742, 1.112, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.742 std_dev=0.369
OP1	A	0, 0.291, 0.662, 1.033, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.662 std_dev=0.371
C5'	B	0, 0.446, 0.920, 1.394, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.920 std_dev=0.474
O5'	B	0, 0.372, 1.038, 1.705, 3.391 max_d=3.391 avg_d=1.038 std_dev=0.666
P	B	0, 0.569, 1.402, 2.236, 3.849 max_d=3.849 avg_d=1.402 std_dev=0.834
OP1	B	0, 0.582, 1.672, 2.763, 4.194 max_d=4.194 avg_d=1.672 std_dev=1.090
OP2	B	0, 0.563, 1.713, 2.863, 5.119 max_d=5.119 avg_d=1.713 std_dev=1.150

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.06	0.07	0.13	0.09
C2	0.02	0.00	0.06	0.07	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.08	0.03	0.13	0.14	0.22	0.15
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.06	0.06	0.10	0.00	0.02	0.01	0.07	0.10	0.10	0.05
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.07	0.00	0.09	0.02	0.09	0.04	0.07	0.08	0.10	0.02	0.01	0.01	0.10	0.14	0.12	0.09
C4	0.02	0.01	0.05	0.07	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.10	0.04	0.17	0.21	0.28	0.21
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.04	0.05	0.05	0.06	0.02	0.00	0.01	0.06	0.07	0.03
C5	0.01	0.01	0.05	0.09	0.00	0.06	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.11	0.04	0.17	0.20	0.26	0.21
C5'	0.02	0.06	0.01	0.02	0.10	0.01	0.12	0.00	0.10	0.06	0.08	0.11	0.06	0.06	0.03	0.01	0.01	0.06	0.06	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.09	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.10	0.04	0.14	0.15	0.20	0.16
N1	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.04	0.02	0.11	0.11	0.18	0.13
N3	0.02	0.00	0.06	0.07	0.00	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.09	0.03	0.15	0.18	0.26	0.19
N4	0.02	0.01	0.06	0.08	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.07	0.11	0.04	0.18	0.24	0.31	0.24
O2	0.03	0.00	0.10	0.10	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.11	0.12	0.04	0.12	0.12	0.21	0.14
O2'	0.02	0.07	0.00	0.02	0.06	0.06	0.04	0.06	0.03	0.03	0.08	0.07	0.11	0.00	0.05	0.05	0.05	0.10	0.09	0.04
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.10	0.02	0.11	0.03	0.10	0.04	0.09	0.11	0.12	0.05	0.00	0.02	0.14	0.23	0.20	0.15
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.03	0.04	0.04	0.05	0.02	0.00	0.09	0.10	0.16	0.13
O5'	0.06	0.13	0.07	0.10	0.17	0.01	0.17	0.01	0.14	0.11	0.15	0.18	0.12	0.05	0.14	0.09	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.07	0.14	0.10	0.14	0.21	0.06	0.20	0.06	0.15	0.11	0.18	0.24	0.12	0.10	0.23	0.10	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.22	0.10	0.12	0.28	0.07	0.26	0.06	0.20	0.18	0.26	0.31	0.21	0.09	0.20	0.16	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.09	0.15	0.05	0.09	0.21	0.03	0.21	0.02	0.16	0.13	0.19	0.24	0.14	0.04	0.15	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.38	0.18	0.19	0.20	0.17	0.22	0.22	0.25	0.22	0.32	0.33	0.28	0.25	0.17	0.30	0.21	0.16	0.40	0.42	0.65	0.40
C2	0.18	0.37	0.19	0.19	0.18	0.18	0.20	0.27	0.21	0.24	0.28	0.31	0.27	0.28	0.17	0.27	0.19	0.16	0.51	0.65	0.84	0.55
C2'	0.18	0.40	0.16	0.13	0.19	0.13	0.20	0.20	0.24	0.24	0.33	0.33	0.27	0.26	0.16	0.29	0.15	0.14	0.44	0.46	0.72	0.45
C3'	0.19	0.36	0.18	0.12	0.18	0.12	0.20	0.18	0.21	0.27	0.29	0.30	0.24	0.28	0.18	0.30	0.12	0.14	0.46	0.46	0.71	0.46
C4	0.21	0.33	0.21	0.23	0.19	0.26	0.18	0.38	0.15	0.30	0.28	0.28	0.18	0.32	0.21	0.24	0.21	0.24	0.63	0.81	0.99	0.70
C4'	0.21	0.35	0.19	0.13	0.21	0.14	0.22	0.17	0.24	0.25	0.29	0.31	0.25	0.25	0.20	0.31	0.16	0.16	0.35	0.34	0.54	0.33
C5	0.23	0.30	0.23	0.25	0.18	0.28	0.17	0.38	0.15	0.31	0.24	0.27	0.18	0.30	0.22	0.26	0.22	0.25	0.62	0.72	0.93	0.66
C5'	0.26	0.32	0.26	0.15	0.24	0.16	0.23	0.15	0.23	0.29	0.27	0.30	0.23	0.27	0.25	0.35	0.13	0.20	0.34	0.36	0.46	0.31
C6	0.19	0.31	0.21	0.21	0.17	0.22	0.17	0.30	0.17	0.26	0.24	0.28	0.19	0.27	0.18	0.26	0.20	0.19	0.53	0.57	0.79	0.53
N1	0.18	0.36	0.18	0.18	0.18	0.18	0.19	0.26	0.21	0.24	0.27	0.31	0.25	0.27	0.16	0.27	0.19	0.16	0.48	0.55	0.76	0.49
N3	0.19	0.36	0.19	0.20	0.19	0.21	0.19	0.33	0.17	0.27	0.28	0.30	0.22	0.30	0.19	0.25	0.19	0.19	0.58	0.76	0.94	0.64
N4	0.23	0.34	0.22	0.25	0.22	0.30	0.21	0.43	0.22	0.32	0.32	0.28	0.22	0.33	0.24	0.24	0.23	0.28	0.68	0.93	1.09	0.79
O2	0.19	0.38	0.19	0.18	0.19	0.17	0.21	0.25	0.24	0.23	0.30	0.32	0.32	0.27	0.18	0.29	0.20	0.17	0.48	0.62	0.82	0.52
O2'	0.21	0.43	0.18	0.16	0.23	0.17	0.23	0.19	0.28	0.22	0.37	0.37	0.31	0.25	0.18	0.32	0.18	0.18	0.39	0.40	0.66	0.40
O3'	0.20	0.37	0.19	0.14	0.19	0.14	0.20	0.19	0.22	0.28	0.30	0.31	0.24	0.28	0.19	0.31	0.14	0.16	0.47	0.50	0.72	0.49
O4'	0.19	0.35	0.18	0.19	0.21	0.18	0.23	0.22	0.25	0.23	0.30	0.31	0.27	0.25	0.18	0.30	0.24	0.17	0.34	0.33	0.54	0.32
O5'	0.21	0.30	0.23	0.08	0.20	0.06	0.19	0.14	0.19	0.27	0.24	0.28	0.18	0.25	0.21	0.29	0.02	0.12	0.40	0.42	0.54	0.38
OP1	0.05	0.25	0.10	0.03	0.12	0.12	0.12	0.22	0.15	0.18	0.21	0.22	0.16	0.18	0.08	0.15	0.03	0.08	0.25	0.58	0.43	0.33
OP2	0.10	0.32	0.12	0.07	0.20	0.18	0.21	0.33	0.25	0.22	0.30	0.28	0.25	0.24	0.14	0.13	0.03	0.13	0.42	0.60	0.65	0.47
P	0.06	0.25	0.11	0.01	0.12	0.09	0.13	0.19	0.15	0.19	0.21	0.22	0.16	0.18	0.09	0.15	0.01	0.04	0.32	0.48	0.47	0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.13	0.39	0.25	0.16
C2	0.03	0.00	0.15	0.18	0.01	0.08	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.16	0.22	0.04	0.29	0.61	0.50	0.30
C2'	0.00	0.15	0.00	0.00	0.09	0.01	0.06	0.02	0.08	0.08	0.12	0.16	0.07	0.06	0.03	0.00	0.03	0.01	0.20	0.27	0.22	0.15
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.10	0.00	0.09	0.03	0.11	0.13	0.15	0.17	0.11	0.11	0.05	0.02	0.01	0.01	0.27	0.25	0.24	0.20
C4	0.01	0.01	0.09	0.10	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.11	0.02	0.30	0.60	0.46	0.29
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.08	0.07	0.07	0.08	0.08	0.04	0.05	0.03	0.00	0.02	0.15	0.22	0.06
C5	0.01	0.01	0.06	0.09	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.09	0.02	0.38	0.70	0.60	0.37
C5'	0.03	0.11	0.02	0.03	0.10	0.01	0.13	0.00	0.14	0.14	0.13	0.10	0.16	0.15	0.08	0.05	0.05	0.02	0.01	0.19	0.29	0.02
C6	0.01	0.01	0.08	0.11	0.01	0.07	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.13	0.02	0.39	0.73	0.66	0.39
C8	0.01	0.01	0.08	0.13	0.00	0.08	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.14	0.03	0.39	0.66	0.50	0.33
N1	0.02	0.00	0.12	0.15	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.18	0.03	0.35	0.69	0.60	0.36
N3	0.03	0.00	0.16	0.17	0.00	0.07	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.20	0.04	0.25	0.55	0.42	0.26
N6	0.02	0.01	0.07	0.11	0.01	0.08	0.01	0.16	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.08	0.12	0.03	0.43	0.79	0.74	0.44
N7	0.01	0.01	0.06	0.11	0.00	0.08	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.05	0.13	0.03	0.43	0.75	0.65	0.41
N9	0.00	0.01	0.03	0.05	0.00	0.04	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.05	0.01	0.28	0.54	0.38	0.25
O2'	0.02	0.16	0.00	0.02	0.08	0.05	0.06	0.05	0.09	0.05	0.13	0.15	0.08	0.05	0.03	0.00	0.06	0.04	0.08	0.20	0.16	0.09
O3'	0.02	0.22	0.03	0.01	0.11	0.03	0.09	0.05	0.13	0.14	0.18	0.20	0.12	0.13	0.05	0.06	0.00	0.02	0.24	0.35	0.25	0.22
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.01	0.04	0.02	0.00	0.10	0.36	0.30	0.18
O5'	0.13	0.29	0.20	0.27	0.30	0.02	0.38	0.01	0.39	0.39	0.35	0.25	0.43	0.43	0.28	0.08	0.24	0.10	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.39	0.61	0.27	0.25	0.60	0.15	0.70	0.19	0.73	0.66	0.69	0.55	0.79	0.75	0.54	0.20	0.35	0.36	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.25	0.50	0.22	0.24	0.46	0.22	0.60	0.29	0.66	0.50	0.60	0.42	0.74	0.65	0.38	0.16	0.25	0.30	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.16	0.30	0.15	0.20	0.29	0.06	0.37	0.02	0.39	0.33	0.36	0.26	0.44	0.41	0.25	0.09	0.22	0.18	0.01	0.01	0.01	0.00