ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54459

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 2, 6, 7, 7, 14, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.017, 0.030, 0.044, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.024, 0.041, 0.057, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.026, 0.042, 0.059, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.026, 0.043, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.026, 0.043, 0.060, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.069, 0.111, 0.154, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.111 std_dev=0.042
N4 A 0, 0.078, 0.133, 0.189, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.133 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.034, 0.138, 0.242, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.138 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.073, 0.194, 0.314, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.194 std_dev=0.121
C6 B 0, 0.428, 0.606, 0.783, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.606 std_dev=0.178
C4 B 0, 0.384, 0.566, 0.749, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.566 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.033, 0.216, 0.399, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.216 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.492, 0.688, 0.884, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.688 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.282, 0.484, 0.687, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.484 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.146, 0.360, 0.574, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.360 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.351, 0.577, 0.803, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.577 std_dev=0.226
C3' A 0, 0.017, 0.248, 0.478, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.248 std_dev=0.230
O2' A 0, 0.068, 0.330, 0.592, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.330 std_dev=0.262
N6 B 0, 0.577, 0.841, 1.106, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.841 std_dev=0.264
C2 B 0, 0.272, 0.540, 0.808, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.540 std_dev=0.268
N9 B 0, 0.496, 0.765, 1.035, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.765 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.440, 0.739, 1.038, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.739 std_dev=0.299
N7 B 0, 0.715, 1.026, 1.337, 1.541 max_d=1.541 avg_d=1.026 std_dev=0.311
C8 B 0, 0.695, 1.023, 1.351, 1.454 max_d=1.454 avg_d=1.023 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.558, 0.902, 1.246, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.902 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.602, 0.965, 1.328, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.965 std_dev=0.363
O2' B 0, 0.744, 1.147, 1.549, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.147 std_dev=0.403
O3' A 0, -0.042, 0.375, 0.792, 2.764 max_d=2.764 avg_d=0.375 std_dev=0.417
O3' B 0, 0.404, 0.843, 1.283, 3.214 max_d=3.214 avg_d=0.843 std_dev=0.440
O4' B 0, 0.796, 1.242, 1.689, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.242 std_dev=0.447
O5' A 0, 0.032, 0.482, 0.932, 2.992 max_d=2.992 avg_d=0.482 std_dev=0.450
C4' B 0, 1.109, 1.603, 2.097, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.603 std_dev=0.494
OP1 A 0, 0.067, 0.727, 1.387, 4.626 max_d=4.626 avg_d=0.727 std_dev=0.660
P A 0, -0.031, 0.663, 1.356, 4.840 max_d=4.840 avg_d=0.663 std_dev=0.694
C5' B 0, 1.731, 2.443, 3.154, 3.651 max_d=3.651 avg_d=2.443 std_dev=0.712
O5' B 0, 1.817, 2.666, 3.514, 4.770 max_d=4.770 avg_d=2.666 std_dev=0.849
OP2 A 0, -0.261, 0.836, 1.932, 7.560 max_d=7.560 avg_d=0.836 std_dev=1.096
P B 0, 2.597, 3.882, 5.167, 7.379 max_d=7.379 avg_d=3.882 std_dev=1.285
OP1 B 0, 2.811, 4.297, 5.784, 7.938 max_d=7.938 avg_d=4.297 std_dev=1.486
OP2 B 0, 2.744, 4.335, 5.925, 9.699 max_d=9.699 avg_d=4.335 std_dev=1.590

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.10 0.01 0.17 0.17 0.13 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.04 0.28 0.14 0.33 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.03 0.06 0.07 0.11 0.00 0.02 0.01 0.19 0.22 0.23 0.18
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.02 0.14 0.09 0.13 0.17 0.11 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.12 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.04 0.38 0.20 0.63 0.42
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.12 0.02 0.00 0.02 0.15 0.15 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.15 0.05 0.41 0.22 0.67 0.46
C5' 0.04 0.07 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.05 0.36 0.16 0.50 0.36
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.02 0.28 0.13 0.31 0.23
N3 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.33 0.15 0.48 0.33
N4 0.03 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.16 0.04 0.41 0.24 0.72 0.48
O2 0.04 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.16 0.07 0.22 0.16 0.22 0.17
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.13 0.12 0.13 0.08 0.11 0.08 0.11 0.14 0.08 0.00 0.05 0.09 0.12 0.22 0.33 0.18
O3' 0.10 0.10 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.08 0.12 0.06 0.10 0.16 0.16 0.05 0.00 0.07 0.15 0.24 0.24 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.09 0.07 0.00 0.13 0.19 0.11 0.08
O5' 0.17 0.28 0.19 0.10 0.38 0.02 0.41 0.01 0.36 0.28 0.33 0.41 0.22 0.12 0.15 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.14 0.22 0.16 0.20 0.15 0.22 0.09 0.16 0.13 0.15 0.24 0.16 0.22 0.24 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.33 0.23 0.12 0.63 0.15 0.67 0.04 0.50 0.31 0.48 0.72 0.22 0.33 0.24 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.24 0.18 0.10 0.42 0.07 0.46 0.02 0.36 0.23 0.33 0.48 0.17 0.18 0.17 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.32 0.34 0.35 0.26 0.28 0.26 0.32 0.25 0.32 0.27 0.31 0.27 0.31 0.29 0.40 0.39 0.27 0.52 0.60 0.73 0.57
C2 0.23 0.32 0.22 0.26 0.24 0.23 0.27 0.34 0.27 0.28 0.28 0.29 0.31 0.31 0.24 0.29 0.26 0.21 0.59 0.75 0.95 0.71
C2' 0.28 0.34 0.33 0.37 0.25 0.29 0.26 0.36 0.25 0.32 0.28 0.31 0.28 0.32 0.27 0.39 0.43 0.25 0.56 0.68 0.79 0.63
C3' 0.23 0.30 0.30 0.38 0.21 0.28 0.26 0.38 0.25 0.34 0.26 0.26 0.29 0.34 0.24 0.35 0.45 0.21 0.56 0.69 0.76 0.63
C4 0.21 0.27 0.21 0.24 0.18 0.28 0.21 0.43 0.18 0.27 0.20 0.25 0.26 0.31 0.20 0.27 0.21 0.23 0.68 0.89 1.13 0.86
C4' 0.27 0.28 0.34 0.41 0.21 0.30 0.24 0.35 0.23 0.33 0.24 0.25 0.26 0.31 0.25 0.39 0.50 0.24 0.50 0.58 0.63 0.53
C5 0.22 0.25 0.23 0.26 0.18 0.30 0.21 0.44 0.18 0.31 0.18 0.26 0.25 0.33 0.21 0.29 0.22 0.25 0.68 0.83 1.03 0.81
C5' 0.25 0.30 0.32 0.42 0.22 0.31 0.25 0.37 0.25 0.34 0.26 0.27 0.27 0.33 0.25 0.34 0.53 0.24 0.50 0.58 0.60 0.52
C6 0.24 0.26 0.25 0.30 0.20 0.27 0.24 0.38 0.20 0.32 0.19 0.27 0.25 0.33 0.25 0.30 0.28 0.23 0.61 0.72 0.87 0.69
N1 0.26 0.31 0.26 0.30 0.24 0.25 0.26 0.34 0.24 0.31 0.25 0.30 0.28 0.32 0.26 0.32 0.31 0.23 0.57 0.69 0.85 0.65
N3 0.20 0.29 0.19 0.23 0.20 0.24 0.24 0.38 0.24 0.27 0.24 0.26 0.30 0.31 0.21 0.25 0.21 0.20 0.63 0.84 1.07 0.80
N4 0.23 0.26 0.24 0.26 0.19 0.33 0.18 0.48 0.16 0.27 0.22 0.25 0.24 0.30 0.22 0.28 0.22 0.28 0.71 0.99 1.26 0.95
O2 0.25 0.35 0.25 0.27 0.26 0.22 0.29 0.31 0.31 0.28 0.33 0.31 0.35 0.31 0.25 0.32 0.28 0.22 0.56 0.73 0.92 0.68
O2' 0.33 0.35 0.37 0.39 0.27 0.31 0.26 0.35 0.26 0.32 0.30 0.33 0.28 0.31 0.29 0.44 0.47 0.29 0.53 0.65 0.75 0.59
O3' 0.24 0.33 0.31 0.40 0.22 0.30 0.25 0.41 0.25 0.34 0.27 0.29 0.28 0.34 0.25 0.36 0.50 0.22 0.59 0.73 0.79 0.66
O4' 0.30 0.28 0.36 0.39 0.22 0.31 0.24 0.33 0.23 0.32 0.25 0.25 0.26 0.31 0.27 0.41 0.45 0.28 0.49 0.54 0.61 0.50
O5' 0.39 0.34 0.51 0.67 0.40 0.51 0.49 0.61 0.44 0.59 0.36 0.33 0.50 0.60 0.46 0.35 0.74 0.40 0.78 0.85 0.91 0.82
OP1 0.05 0.32 0.21 0.48 0.11 0.33 0.16 0.51 0.16 0.31 0.23 0.28 0.21 0.31 0.12 0.15 0.70 0.12 0.64 0.85 0.79 0.72
OP2 0.53 0.29 0.64 0.97 0.53 0.82 0.68 1.04 0.59 0.89 0.40 0.32 0.69 0.89 0.66 0.32 1.03 0.64 1.25 1.43 1.46 1.37
P 0.38 0.24 0.52 0.81 0.36 0.64 0.47 0.78 0.41 0.65 0.28 0.24 0.48 0.64 0.47 0.27 0.95 0.46 0.93 1.04 1.05 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.18 0.16 0.30 0.18
C2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.20 0.05 0.39 0.45 0.72 0.47
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.15 0.06 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.18 0.24 0.13
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.09 0.15 0.13 0.16 0.10 0.13 0.06 0.02 0.01 0.02 0.21 0.22 0.22 0.16
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.38 0.38 0.67 0.44
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.22 0.20 0.10
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.45 0.49 0.85 0.56
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.18 0.15 0.17 0.14 0.20 0.17 0.11 0.06 0.05 0.02 0.01 0.21 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.11 0.03 0.47 0.56 0.93 0.60
C8 0.01 0.02 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.17 0.05 0.44 0.38 0.74 0.49
N1 0.03 0.01 0.11 0.13 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.16 0.04 0.44 0.53 0.86 0.56
N3 0.04 0.01 0.15 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.19 0.05 0.35 0.37 0.61 0.39
N6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.12 0.03 0.51 0.64 1.05 0.68
N7 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.48 0.51 0.92 0.60
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.34 0.27 0.55 0.36
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.13 0.14 0.08 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.25 0.22 0.12
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.11 0.17 0.16 0.19 0.12 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.22 0.33 0.28 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.14 0.21 0.29 0.19
O5' 0.18 0.39 0.17 0.21 0.38 0.02 0.45 0.01 0.47 0.44 0.44 0.35 0.51 0.48 0.34 0.09 0.22 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.45 0.18 0.22 0.38 0.22 0.49 0.21 0.56 0.38 0.53 0.37 0.64 0.51 0.27 0.25 0.33 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.72 0.24 0.22 0.67 0.20 0.85 0.23 0.93 0.74 0.86 0.61 1.05 0.92 0.55 0.22 0.28 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.47 0.13 0.16 0.44 0.10 0.56 0.02 0.60 0.49 0.56 0.39 0.68 0.60 0.36 0.12 0.21 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00