Doublet Group distance statistics: 54461

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 5, 7, 9, 5, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.006, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.002
N3	A	0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2	A	0, 0.022, 0.052, 0.081, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.052 std_dev=0.030
N4	A	0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.056 std_dev=0.036
C2'	A	0, 0.126, 0.233, 0.340, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.233 std_dev=0.107
O4'	A	0, 0.083, 0.190, 0.296, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.190 std_dev=0.107
O2'	A	0, 0.166, 0.294, 0.421, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.294 std_dev=0.127
C4'	A	0, 0.150, 0.315, 0.480, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.315 std_dev=0.165
C3'	A	0, 0.166, 0.346, 0.527, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.346 std_dev=0.180
C4	B	0, 0.216, 0.443, 0.669, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.443 std_dev=0.226
N3	B	0, 0.162, 0.406, 0.649, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.406 std_dev=0.243
C6	B	0, 0.238, 0.485, 0.732, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.485 std_dev=0.247
C2	B	0, 0.168, 0.416, 0.665, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.416 std_dev=0.249
C5	B	0, 0.252, 0.502, 0.751, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.502 std_dev=0.250
C5'	A	0, 0.250, 0.503, 0.756, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.503 std_dev=0.253
N1	B	0, 0.187, 0.441, 0.695, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.441 std_dev=0.254
O3'	A	0, 0.275, 0.543, 0.811, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.543 std_dev=0.268
N9	B	0, 0.304, 0.594, 0.885, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.594 std_dev=0.290
O3'	B	0, 0.479, 0.781, 1.084, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.781 std_dev=0.302
C3'	B	0, 0.405, 0.710, 1.015, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.710 std_dev=0.305
C2'	B	0, 0.361, 0.668, 0.974, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.668 std_dev=0.306
N6	B	0, 0.335, 0.647, 0.960, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.647 std_dev=0.312
C1'	B	0, 0.332, 0.683, 1.034, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.683 std_dev=0.351
N7	B	0, 0.320, 0.685, 1.051, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.685 std_dev=0.365
C8	B	0, 0.334, 0.719, 1.105, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.719 std_dev=0.385
O5'	A	0, 0.078, 0.498, 0.919, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.498 std_dev=0.420
P	A	0, 0.069, 0.498, 0.926, 2.581 max_d=2.581 avg_d=0.498 std_dev=0.429
OP2	A	0, 0.130, 0.653, 1.177, 2.979 max_d=2.979 avg_d=0.653 std_dev=0.524
O4'	B	0, 0.282, 0.826, 1.370, 2.415 max_d=2.415 avg_d=0.826 std_dev=0.544
C4'	B	0, 0.305, 0.898, 1.491, 2.554 max_d=2.554 avg_d=0.898 std_dev=0.593
O2'	B	0, 0.251, 0.869, 1.487, 3.622 max_d=3.622 avg_d=0.869 std_dev=0.618
OP1	A	0, -0.106, 0.578, 1.262, 4.101 max_d=4.101 avg_d=0.578 std_dev=0.684
C5'	B	0, 0.400, 1.219, 2.037, 3.849 max_d=3.849 avg_d=1.219 std_dev=0.819
O5'	B	0, 1.364, 2.636, 3.908, 5.719 max_d=5.719 avg_d=2.636 std_dev=1.272
P	B	0, 1.413, 3.124, 4.836, 7.111 max_d=7.111 avg_d=3.124 std_dev=1.711
OP2	B	0, 1.305, 3.100, 4.895, 7.713 max_d=7.713 avg_d=3.100 std_dev=1.795
OP1	B	0, 1.556, 3.804, 6.052, 8.246 max_d=8.246 avg_d=3.804 std_dev=2.248

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.00	0.12	0.07	0.13	0.08
C2	0.02	0.00	0.06	0.07	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.08	0.03	0.24	0.16	0.30	0.19
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.07	0.01	0.07	0.02	0.06	0.03	0.06	0.08	0.09	0.00	0.02	0.01	0.14	0.19	0.16	0.10
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.09	0.00	0.09	0.02	0.08	0.04	0.09	0.10	0.09	0.01	0.01	0.01	0.17	0.29	0.17	0.15
C4	0.01	0.01	0.07	0.09	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.11	0.02	0.34	0.26	0.43	0.29
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.04	0.05	0.04	0.05	0.02	0.01	0.01	0.10	0.10	0.04
C5	0.01	0.01	0.07	0.09	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.11	0.02	0.35	0.27	0.41	0.30
C5'	0.03	0.06	0.02	0.02	0.10	0.01	0.11	0.00	0.09	0.06	0.08	0.10	0.05	0.05	0.03	0.02	0.01	0.15	0.15	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.08	0.01	0.05	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.02	0.30	0.20	0.29	0.22
N1	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.23	0.14	0.24	0.16
N3	0.02	0.01	0.06	0.09	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.10	0.02	0.30	0.22	0.38	0.25
N4	0.01	0.01	0.08	0.10	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.13	0.02	0.36	0.31	0.48	0.33
O2	0.03	0.01	0.09	0.09	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.09	0.11	0.05	0.20	0.13	0.26	0.16
O2'	0.02	0.06	0.00	0.01	0.07	0.05	0.05	0.05	0.04	0.03	0.07	0.08	0.09	0.00	0.05	0.05	0.05	0.15	0.12	0.06
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.11	0.02	0.11	0.03	0.09	0.05	0.10	0.13	0.11	0.05	0.00	0.02	0.15	0.38	0.22	0.20
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.05	0.05	0.02	0.00	0.07	0.08	0.12	0.12
O5'	0.12	0.24	0.14	0.17	0.34	0.01	0.35	0.01	0.30	0.23	0.30	0.36	0.20	0.05	0.15	0.07	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.07	0.16	0.19	0.29	0.26	0.10	0.27	0.15	0.20	0.14	0.22	0.31	0.13	0.15	0.38	0.08	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.30	0.16	0.17	0.43	0.10	0.41	0.15	0.29	0.24	0.38	0.48	0.26	0.12	0.22	0.12	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.19	0.10	0.15	0.29	0.04	0.30	0.01	0.22	0.16	0.25	0.33	0.16	0.06	0.20	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.25	0.27	0.22	0.18	0.20	0.24	0.23	0.28	0.25	0.26	0.26	0.23	0.28	0.27	0.21	0.37	0.27	0.32	0.60	0.94	1.02	0.70
C2	0.26	0.22	0.18	0.24	0.19	0.25	0.25	0.42	0.25	0.30	0.20	0.21	0.31	0.32	0.23	0.34	0.26	0.31	0.86	1.21	1.48	1.03
C2'	0.24	0.26	0.22	0.14	0.18	0.16	0.23	0.23	0.24	0.28	0.24	0.23	0.29	0.30	0.20	0.37	0.17	0.26	0.59	0.98	1.06	0.73
C3'	0.22	0.27	0.25	0.15	0.18	0.10	0.23	0.20	0.24	0.28	0.24	0.23	0.28	0.30	0.20	0.36	0.10	0.19	0.54	0.91	0.96	0.67
C4	0.27	0.22	0.18	0.31	0.18	0.33	0.24	0.60	0.19	0.35	0.16	0.20	0.28	0.37	0.26	0.36	0.26	0.30	1.09	1.44	1.85	1.32
C4'	0.22	0.28	0.26	0.12	0.19	0.15	0.22	0.14	0.23	0.24	0.25	0.25	0.26	0.25	0.19	0.39	0.17	0.21	0.40	0.76	0.73	0.50
C5	0.26	0.22	0.18	0.32	0.13	0.32	0.22	0.57	0.20	0.34	0.19	0.17	0.27	0.34	0.24	0.37	0.26	0.27	1.04	1.32	1.65	1.21
C5'	0.22	0.29	0.29	0.14	0.21	0.12	0.22	0.14	0.23	0.25	0.26	0.27	0.25	0.25	0.20	0.38	0.11	0.16	0.32	0.64	0.61	0.40
C6	0.24	0.24	0.17	0.26	0.15	0.23	0.23	0.42	0.22	0.30	0.22	0.19	0.27	0.31	0.22	0.32	0.24	0.24	0.83	1.09	1.32	0.94
N1	0.25	0.24	0.18	0.22	0.18	0.22	0.24	0.36	0.24	0.28	0.23	0.20	0.28	0.30	0.22	0.34	0.25	0.29	0.76	1.07	1.27	0.89
N3	0.27	0.22	0.17	0.28	0.20	0.28	0.26	0.52	0.23	0.33	0.16	0.21	0.32	0.35	0.25	0.34	0.26	0.30	1.00	1.37	1.73	1.21
N4	0.29	0.25	0.20	0.34	0.22	0.39	0.26	0.70	0.19	0.39	0.21	0.23	0.28	0.41	0.29	0.39	0.27	0.34	1.22	1.62	2.10	1.51
O2	0.27	0.24	0.19	0.22	0.21	0.26	0.26	0.39	0.27	0.29	0.23	0.23	0.33	0.32	0.24	0.36	0.27	0.34	0.81	1.20	1.43	0.99
O2'	0.25	0.30	0.23	0.15	0.21	0.24	0.24	0.24	0.26	0.25	0.27	0.26	0.30	0.28	0.21	0.38	0.22	0.32	0.55	0.98	0.99	0.70
O3'	0.23	0.27	0.27	0.17	0.19	0.13	0.23	0.20	0.24	0.29	0.24	0.23	0.29	0.30	0.21	0.37	0.12	0.19	0.50	0.92	0.93	0.66
O4'	0.24	0.28	0.24	0.18	0.20	0.24	0.22	0.23	0.24	0.24	0.26	0.25	0.26	0.24	0.20	0.40	0.29	0.29	0.46	0.80	0.77	0.54
O5'	0.23	0.34	0.35	0.14	0.29	0.07	0.35	0.15	0.38	0.36	0.36	0.29	0.42	0.39	0.27	0.41	0.02	0.14	0.44	0.80	0.75	0.56
OP1	0.15	0.20	0.11	0.12	0.09	0.21	0.17	0.23	0.20	0.20	0.19	0.17	0.26	0.24	0.08	0.18	0.02	0.19	0.42	0.95	0.80	0.63
OP2	0.09	0.37	0.16	0.07	0.29	0.19	0.40	0.43	0.45	0.35	0.43	0.29	0.52	0.44	0.22	0.28	0.02	0.11	0.61	1.07	0.96	0.80
P	0.10	0.24	0.14	0.02	0.15	0.09	0.24	0.20	0.27	0.25	0.26	0.19	0.33	0.29	0.12	0.20	0.01	0.07	0.38	0.81	0.67	0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.05	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.02	0.14	0.01	0.29	0.48	0.36	0.25
C2	0.04	0.00	0.21	0.23	0.00	0.12	0.00	0.26	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.21	0.22	0.17	0.69	0.94	1.06	0.72
C2'	0.00	0.21	0.00	0.00	0.11	0.02	0.07	0.08	0.10	0.13	0.17	0.21	0.09	0.09	0.03	0.00	0.03	0.01	0.27	0.40	0.26	0.19
C3'	0.01	0.23	0.00	0.00	0.17	0.00	0.19	0.05	0.22	0.19	0.23	0.21	0.23	0.20	0.12	0.02	0.01	0.02	0.30	0.40	0.29	0.24
C4	0.02	0.00	0.11	0.17	0.00	0.08	0.00	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.10	0.12	0.09	0.69	0.85	0.97	0.68
C4'	0.02	0.12	0.02	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.12	0.18	0.11	0.11	0.15	0.17	0.08	0.13	0.03	0.01	0.02	0.35	0.29	0.12
C5	0.01	0.00	0.07	0.19	0.00	0.12	0.00	0.34	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.13	0.13	0.04	0.85	1.06	1.30	0.91
C5'	0.05	0.26	0.08	0.05	0.24	0.01	0.34	0.00	0.35	0.35	0.30	0.21	0.40	0.40	0.21	0.08	0.09	0.02	0.01	0.35	0.39	0.02
C6	0.02	0.01	0.10	0.22	0.01	0.12	0.01	0.35	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.15	0.08	0.88	1.15	1.43	0.99
C8	0.02	0.01	0.13	0.19	0.01	0.18	0.00	0.35	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.22	0.16	0.11	0.81	0.95	1.13	0.84
N1	0.03	0.00	0.17	0.23	0.01	0.11	0.01	0.30	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.19	0.13	0.81	1.07	1.30	0.88
N3	0.04	0.00	0.21	0.21	0.00	0.11	0.01	0.21	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.20	0.21	0.17	0.59	0.82	0.85	0.58
N6	0.02	0.01	0.09	0.23	0.01	0.15	0.01	0.40	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.17	0.06	0.96	1.28	1.64	1.13
N7	0.01	0.01	0.09	0.20	0.01	0.17	0.01	0.40	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.21	0.17	0.07	0.91	1.14	1.42	1.02
N9	0.01	0.01	0.03	0.12	0.00	0.08	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.08	0.01	0.61	0.73	0.78	0.57
O2'	0.02	0.21	0.00	0.02	0.10	0.13	0.13	0.08	0.14	0.22	0.16	0.20	0.15	0.21	0.10	0.00	0.06	0.10	0.11	0.29	0.29	0.11
O3'	0.14	0.22	0.03	0.01	0.12	0.03	0.13	0.09	0.15	0.16	0.19	0.21	0.17	0.17	0.08	0.06	0.00	0.10	0.23	0.52	0.41	0.29
O4'	0.01	0.17	0.01	0.02	0.09	0.01	0.04	0.02	0.08	0.11	0.13	0.17	0.06	0.07	0.01	0.10	0.10	0.00	0.17	0.46	0.42	0.28
O5'	0.29	0.69	0.27	0.30	0.69	0.02	0.85	0.01	0.88	0.81	0.81	0.59	0.96	0.91	0.61	0.11	0.23	0.17	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.48	0.94	0.40	0.40	0.85	0.35	1.06	0.35	1.15	0.95	1.07	0.82	1.28	1.14	0.73	0.29	0.52	0.46	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.36	1.06	0.26	0.29	0.97	0.29	1.30	0.39	1.43	1.13	1.30	0.85	1.64	1.42	0.78	0.29	0.41	0.42	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.25	0.72	0.19	0.24	0.68	0.12	0.91	0.02	0.99	0.84	0.88	0.58	1.13	1.02	0.57	0.11	0.29	0.28	0.00	0.01	0.01	0.00