ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54464

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 0, 0, 3, 0, 4, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.023, 0.069, 0.114, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.069 std_dev=0.046
N4 A 0, 0.030, 0.088, 0.147, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.088 std_dev=0.059
C2 B 0, 0.251, 0.514, 0.778, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.514 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.222, 0.486, 0.749, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.486 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.241, 0.510, 0.778, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.510 std_dev=0.268
C6 B 0, 0.182, 0.490, 0.798, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.490 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.206, 0.517, 0.829, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.517 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.212, 0.554, 0.896, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.342
O4' A 0, 0.091, 0.442, 0.792, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.442 std_dev=0.350
N6 B 0, 0.269, 0.621, 0.972, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.621 std_dev=0.352
C2' A 0, 0.058, 0.451, 0.844, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.451 std_dev=0.393
N9 B 0, 0.291, 0.690, 1.089, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.690 std_dev=0.399
C1' B 0, 0.340, 0.770, 1.200, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.770 std_dev=0.430
N7 B 0, 0.320, 0.782, 1.244, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.782 std_dev=0.462
C8 B 0, 0.347, 0.839, 1.332, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.839 std_dev=0.493
C2' B 0, 0.380, 0.879, 1.378, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.879 std_dev=0.499
O2' B 0, 0.398, 0.911, 1.424, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.911 std_dev=0.513
C4' A 0, 0.158, 0.680, 1.202, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.680 std_dev=0.522
O4' B 0, 0.396, 0.921, 1.445, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.921 std_dev=0.524
C3' A 0, 0.182, 0.715, 1.247, 2.018 max_d=2.018 avg_d=0.715 std_dev=0.532
O2' A 0, 0.029, 0.607, 1.184, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.607 std_dev=0.578
C3' B 0, 0.474, 1.085, 1.695, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.085 std_dev=0.610
C4' B 0, 0.464, 1.074, 1.684, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.074 std_dev=0.610
P A 0, 0.483, 1.173, 1.863, 2.129 max_d=2.129 avg_d=1.173 std_dev=0.690
O3' A 0, 0.286, 0.977, 1.668, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.977 std_dev=0.691
OP1 A 0, 0.377, 1.078, 1.779, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.078 std_dev=0.701
OP2 A 0, 0.480, 1.190, 1.900, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.190 std_dev=0.710
O3' B 0, 0.561, 1.283, 2.005, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.283 std_dev=0.722
C5' B 0, 0.490, 1.224, 1.959, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.224 std_dev=0.734
O5' A 0, 0.657, 1.436, 2.215, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.436 std_dev=0.779
O5' B 0, 0.507, 1.305, 2.103, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.305 std_dev=0.798
C5' A 0, 0.312, 1.117, 1.922, 3.087 max_d=3.087 avg_d=1.117 std_dev=0.805
OP2 B 0, 0.546, 1.421, 2.296, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.421 std_dev=0.875
P B 0, 0.508, 1.440, 2.372, 2.778 max_d=2.778 avg_d=1.440 std_dev=0.932
OP1 B 0, 0.492, 1.618, 2.744, 3.304 max_d=3.304 avg_d=1.618 std_dev=1.126

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.16 0.00 0.24 0.15 0.27 0.13
C2 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.13 0.07 0.45 0.26 0.17 0.21
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.11 0.16 0.02 0.10 0.07 0.24 0.00 0.01 0.01 0.40 0.41 0.32 0.30
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.20 0.00 0.21 0.02 0.20 0.12 0.19 0.22 0.16 0.02 0.01 0.02 0.37 0.45 0.12 0.23
C4 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.10 0.03 0.63 0.41 0.32 0.39
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.13 0.06 0.06 0.11 0.05 0.18 0.02 0.00 0.01 0.15 0.37 0.10
C5 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.17 0.07 0.67 0.43 0.31 0.41
C5' 0.04 0.07 0.11 0.02 0.14 0.00 0.17 0.00 0.15 0.07 0.10 0.16 0.07 0.08 0.11 0.01 0.01 0.29 0.44 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.20 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.16 0.09 0.59 0.34 0.18 0.30
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01 0.44 0.25 0.17 0.19
N3 0.02 0.00 0.10 0.19 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.11 0.06 0.55 0.34 0.24 0.30
N4 0.02 0.01 0.07 0.22 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.14 0.03 0.67 0.46 0.41 0.45
O2 0.03 0.00 0.24 0.16 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.24 0.12 0.35 0.20 0.16 0.16
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.25 0.18 0.30 0.08 0.28 0.13 0.17 0.27 0.18 0.00 0.04 0.13 0.19 0.26 0.38 0.22
O3' 0.16 0.13 0.01 0.01 0.10 0.02 0.17 0.11 0.16 0.06 0.11 0.14 0.24 0.04 0.00 0.10 0.25 0.48 0.19 0.22
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.06 0.03 0.12 0.13 0.10 0.00 0.10 0.13 0.42 0.22
O5' 0.24 0.45 0.40 0.37 0.63 0.01 0.67 0.01 0.59 0.44 0.55 0.67 0.35 0.19 0.25 0.10 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.15 0.26 0.41 0.45 0.41 0.15 0.43 0.29 0.34 0.25 0.34 0.46 0.20 0.26 0.48 0.13 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.17 0.32 0.12 0.32 0.37 0.31 0.44 0.18 0.17 0.24 0.41 0.16 0.38 0.19 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.21 0.30 0.23 0.39 0.10 0.41 0.01 0.30 0.19 0.30 0.45 0.16 0.22 0.22 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.28 0.23 0.33 0.18 0.28 0.22 0.35 0.18 0.32 0.20 0.25 0.21 0.31 0.22 0.25 0.36 0.23 0.42 0.48 0.50 0.44
C2 0.13 0.26 0.18 0.23 0.13 0.20 0.18 0.26 0.16 0.23 0.18 0.21 0.22 0.27 0.15 0.22 0.26 0.15 0.29 0.34 0.41 0.34
C2' 0.11 0.29 0.14 0.27 0.15 0.23 0.21 0.31 0.20 0.27 0.23 0.24 0.24 0.29 0.16 0.18 0.34 0.15 0.38 0.50 0.48 0.43
C3' 0.11 0.27 0.15 0.18 0.11 0.18 0.17 0.23 0.17 0.24 0.19 0.24 0.23 0.27 0.11 0.31 0.28 0.11 0.31 0.49 0.46 0.39
C4 0.20 0.29 0.28 0.26 0.17 0.22 0.07 0.24 0.11 0.15 0.22 0.27 0.17 0.17 0.15 0.31 0.31 0.19 0.22 0.29 0.37 0.28
C4' 0.13 0.33 0.13 0.17 0.16 0.15 0.17 0.24 0.17 0.24 0.23 0.31 0.20 0.26 0.12 0.34 0.26 0.09 0.37 0.52 0.50 0.43
C5 0.23 0.29 0.31 0.28 0.19 0.24 0.15 0.27 0.17 0.20 0.22 0.29 0.23 0.25 0.17 0.36 0.34 0.21 0.28 0.37 0.45 0.36
C5' 0.35 0.40 0.40 0.21 0.28 0.26 0.22 0.21 0.22 0.27 0.28 0.42 0.24 0.29 0.25 0.65 0.29 0.28 0.34 0.54 0.52 0.43
C6 0.21 0.28 0.27 0.26 0.17 0.25 0.19 0.31 0.16 0.29 0.19 0.28 0.22 0.32 0.18 0.34 0.30 0.22 0.37 0.45 0.51 0.44
N1 0.15 0.26 0.19 0.25 0.13 0.22 0.18 0.30 0.15 0.27 0.18 0.24 0.20 0.30 0.16 0.26 0.28 0.18 0.35 0.42 0.47 0.40
N3 0.16 0.27 0.21 0.22 0.14 0.20 0.13 0.24 0.12 0.19 0.20 0.23 0.18 0.22 0.14 0.25 0.26 0.16 0.24 0.30 0.37 0.29
N4 0.26 0.30 0.32 0.31 0.23 0.28 0.15 0.28 0.17 0.20 0.26 0.29 0.18 0.15 0.23 0.34 0.35 0.25 0.23 0.28 0.34 0.27
O2 0.18 0.25 0.21 0.26 0.19 0.23 0.24 0.28 0.24 0.27 0.23 0.20 0.27 0.29 0.21 0.20 0.29 0.19 0.32 0.35 0.41 0.35
O2' 0.26 0.35 0.28 0.33 0.24 0.29 0.25 0.34 0.24 0.31 0.26 0.33 0.27 0.32 0.25 0.34 0.37 0.25 0.42 0.52 0.51 0.46
O3' 0.11 0.32 0.13 0.17 0.14 0.17 0.17 0.23 0.19 0.23 0.25 0.28 0.23 0.26 0.11 0.27 0.26 0.11 0.32 0.53 0.48 0.41
O4' 0.08 0.34 0.12 0.31 0.13 0.24 0.16 0.35 0.17 0.27 0.25 0.30 0.19 0.27 0.12 0.27 0.38 0.14 0.44 0.53 0.52 0.47
O5' 0.35 0.54 0.38 0.16 0.44 0.11 0.41 0.10 0.44 0.33 0.50 0.53 0.42 0.36 0.37 0.42 0.02 0.22 0.18 0.44 0.40 0.30
OP1 0.05 0.23 0.11 0.05 0.10 0.20 0.13 0.34 0.15 0.19 0.19 0.21 0.18 0.20 0.06 0.19 0.02 0.14 0.37 0.69 0.57 0.52
OP2 0.06 0.18 0.09 0.06 0.14 0.19 0.20 0.33 0.20 0.26 0.18 0.17 0.25 0.29 0.13 0.12 0.03 0.14 0.35 0.60 0.60 0.51
P 0.08 0.23 0.14 0.02 0.14 0.10 0.16 0.21 0.18 0.19 0.20 0.22 0.20 0.21 0.10 0.19 0.01 0.03 0.27 0.53 0.47 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.16 0.12
C2 0.04 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.14 0.04 0.12 0.12 0.27 0.19
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.12 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.12 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.05 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.18 0.14
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.12 0.13 0.26 0.18
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.15 0.19 0.32 0.23
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.13 0.13 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.15 0.21 0.34 0.25
C8 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.13 0.03 0.15 0.18 0.28 0.22
N1 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.14 0.17 0.31 0.22
N3 0.04 0.00 0.12 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.04 0.10 0.10 0.24 0.16
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.03 0.18 0.27 0.39 0.28
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.17 0.24 0.35 0.26
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.11 0.23 0.17
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.12 0.14 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.16 0.10 0.05
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.10 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.05 0.04 0.00 0.02 0.18 0.33 0.29 0.24
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.11 0.12 0.18 0.16
O5' 0.07 0.12 0.06 0.13 0.12 0.01 0.15 0.01 0.15 0.15 0.14 0.10 0.18 0.17 0.10 0.06 0.18 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.12 0.12 0.20 0.13 0.10 0.19 0.08 0.21 0.18 0.17 0.10 0.27 0.24 0.11 0.16 0.33 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.27 0.12 0.18 0.26 0.04 0.32 0.04 0.34 0.28 0.31 0.24 0.39 0.35 0.23 0.10 0.29 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.07 0.14 0.18 0.02 0.23 0.01 0.25 0.22 0.22 0.16 0.28 0.26 0.17 0.05 0.24 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00