ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54474

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.032 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.020, 0.070, 0.119, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.070 std_dev=0.050
N4 A 0, 0.032, 0.111, 0.189, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.111 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.020, 0.137, 0.254, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.137 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.022, 0.142, 0.263, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.142 std_dev=0.121
O4' A 0, 0.024, 0.165, 0.306, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.165 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.043, 0.253, 0.462, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.253 std_dev=0.209
C4' A 0, 0.047, 0.263, 0.480, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.263 std_dev=0.217
O5' A 0, 0.011, 0.280, 0.550, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.280 std_dev=0.269
O3' A 0, 0.051, 0.357, 0.662, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.357 std_dev=0.305
C5' A 0, 0.037, 0.356, 0.674, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.356 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.096, 0.428, 0.761, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.428 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.034, 0.376, 0.718, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.376 std_dev=0.342
N3 B 0, 0.099, 0.443, 0.787, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.443 std_dev=0.344
C4 B 0, 0.028, 0.387, 0.747, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.387 std_dev=0.360
C2 B 0, 0.150, 0.514, 0.878, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.514 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.108, 0.473, 0.837, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.473 std_dev=0.365
N6 B 0, 0.096, 0.465, 0.834, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.465 std_dev=0.369
N1 B 0, 0.153, 0.524, 0.895, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.524 std_dev=0.371
OP1 A 0, -0.025, 0.374, 0.773, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.374 std_dev=0.399
P A 0, 0.003, 0.405, 0.807, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.405 std_dev=0.402
N9 B 0, 0.084, 0.487, 0.890, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.487 std_dev=0.403
C8 B 0, 0.150, 0.558, 0.967, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.558 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.090, 0.544, 0.998, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.544 std_dev=0.454
OP2 A 0, 0.042, 0.511, 0.981, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.511 std_dev=0.469
C1' B 0, 0.093, 0.568, 1.044, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.568 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.093, 0.585, 1.077, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.585 std_dev=0.492
O4' B 0, 0.094, 0.663, 1.231, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.663 std_dev=0.568
OP1 B 0, -0.069, 0.507, 1.083, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.507 std_dev=0.576
C3' B 0, 0.083, 0.687, 1.290, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.687 std_dev=0.604
O5' B 0, 0.026, 0.650, 1.274, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.650 std_dev=0.624
O3' B 0, 0.097, 0.742, 1.387, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.742 std_dev=0.645
C4' B 0, 0.078, 0.734, 1.390, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.734 std_dev=0.656
P B 0, -0.011, 0.676, 1.363, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.676 std_dev=0.687
C5' B 0, 0.048, 0.771, 1.495, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.771 std_dev=0.723
OP2 B 0, 0.032, 0.836, 1.641, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.836 std_dev=0.804

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.09 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.13 0.09 0.11
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.15 0.09 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.11 0.07 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.11 0.07 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.15 0.11 0.12
O2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.02 0.08 0.04 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.04 0.05 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.05 0.03 0.13 0.01 0.15 0.01 0.11 0.08 0.11 0.15 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.07 0.11 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.12 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.28 0.14 0.12 0.12 0.07 0.09 0.04 0.16 0.05 0.28 0.20 0.13 0.04 0.06 0.19 0.12 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03
C2 0.03 0.17 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.07 0.11 0.09 0.18 0.11 0.10 0.09 0.05 0.10 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06
C2' 0.06 0.28 0.12 0.11 0.10 0.06 0.07 0.02 0.15 0.07 0.28 0.20 0.13 0.05 0.04 0.17 0.10 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02
C3' 0.05 0.29 0.11 0.11 0.09 0.06 0.05 0.03 0.14 0.09 0.27 0.20 0.11 0.07 0.04 0.16 0.10 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02
C4 0.08 0.16 0.02 0.02 0.10 0.05 0.11 0.07 0.11 0.16 0.15 0.13 0.09 0.16 0.10 0.05 0.05 0.09 0.08 0.06 0.05 0.06
C4' 0.06 0.30 0.12 0.12 0.10 0.06 0.06 0.03 0.14 0.07 0.27 0.21 0.11 0.04 0.04 0.17 0.11 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02
C5 0.04 0.17 0.09 0.09 0.03 0.05 0.01 0.04 0.07 0.13 0.15 0.12 0.04 0.11 0.05 0.13 0.06 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04
C5' 0.04 0.28 0.10 0.10 0.07 0.05 0.03 0.02 0.11 0.09 0.24 0.19 0.08 0.06 0.02 0.14 0.09 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01
C6 0.08 0.24 0.15 0.13 0.10 0.09 0.07 0.07 0.12 0.11 0.21 0.18 0.08 0.09 0.08 0.19 0.11 0.07 0.05 0.05 0.10 0.07
N1 0.04 0.23 0.11 0.10 0.07 0.05 0.04 0.02 0.12 0.07 0.23 0.15 0.09 0.06 0.04 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01
N3 0.08 0.16 0.03 0.03 0.11 0.07 0.13 0.11 0.15 0.15 0.17 0.13 0.14 0.16 0.11 0.06 0.06 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10
N4 0.16 0.17 0.09 0.08 0.17 0.12 0.18 0.13 0.16 0.24 0.17 0.17 0.13 0.24 0.18 0.06 0.11 0.15 0.14 0.11 0.12 0.12
O2 0.04 0.15 0.04 0.03 0.07 0.05 0.08 0.10 0.11 0.09 0.17 0.10 0.12 0.10 0.06 0.10 0.05 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10
O2' 0.07 0.28 0.12 0.11 0.11 0.06 0.09 0.02 0.17 0.05 0.28 0.20 0.15 0.03 0.06 0.17 0.11 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02
O3' 0.05 0.30 0.11 0.10 0.09 0.06 0.05 0.03 0.15 0.10 0.28 0.20 0.12 0.07 0.04 0.15 0.09 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02
O4' 0.09 0.31 0.15 0.14 0.12 0.08 0.09 0.05 0.15 0.05 0.27 0.22 0.11 0.03 0.07 0.21 0.14 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05
O5' 0.06 0.25 0.10 0.10 0.04 0.06 0.01 0.04 0.09 0.13 0.21 0.17 0.07 0.10 0.05 0.14 0.09 0.06 0.02 0.04 0.05 0.02
OP1 0.12 0.18 0.06 0.06 0.09 0.08 0.12 0.07 0.11 0.21 0.16 0.12 0.11 0.19 0.14 0.06 0.05 0.13 0.07 0.11 0.06 0.07
OP2 0.02 0.24 0.08 0.10 0.07 0.05 0.04 0.04 0.10 0.07 0.19 0.18 0.08 0.05 0.01 0.12 0.10 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03
P 0.06 0.22 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.09 0.15 0.18 0.15 0.08 0.12 0.07 0.09 0.06 0.07 0.03 0.07 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.12 0.17 0.15 0.19 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.04 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.06 0.11 0.10 0.08 0.09
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.09 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.11 0.10 0.06 0.08
C5' 0.02 0.17 0.03 0.02 0.10 0.01 0.08 0.00 0.12 0.05 0.16 0.14 0.11 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.06 0.14 0.13 0.13 0.13
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.13 0.07
N1 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.05 0.10 0.17 0.16 0.19 0.17
N3 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.05 0.11 0.14 0.13 0.15 0.13
N6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.04 0.13 0.13 0.13 0.13
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.05 0.06 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.05 0.05 0.02
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.09 0.06 0.14 0.14 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.05 0.06
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03
O4' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.11 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.04
O5' 0.05 0.17 0.06 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.14 0.06 0.17 0.14 0.13 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.15 0.09 0.07 0.10 0.03 0.10 0.02 0.13 0.03 0.16 0.13 0.13 0.05 0.05 0.11 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.19 0.04 0.04 0.08 0.06 0.06 0.03 0.13 0.13 0.19 0.15 0.13 0.06 0.05 0.05 0.05 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.17 0.05 0.04 0.09 0.02 0.08 0.01 0.13 0.07 0.17 0.13 0.13 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00