ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54475

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.017, 0.064, 0.110, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.064 std_dev=0.046
N4 A 0, 0.021, 0.084, 0.147, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.084 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.015, 0.100, 0.185, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.100 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.046, 0.181, 0.316, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.181 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.016, 0.151, 0.286, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.151 std_dev=0.135
C3' A 0, 0.042, 0.231, 0.421, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.231 std_dev=0.189
O2' A 0, 0.074, 0.288, 0.502, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.288 std_dev=0.214
C5' A 0, 0.064, 0.312, 0.560, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.312 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.093, 0.363, 0.633, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.363 std_dev=0.270
O3' A 0, 0.065, 0.348, 0.630, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.348 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.105, 0.391, 0.677, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.391 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.098, 0.388, 0.677, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.388 std_dev=0.290
O5' A 0, 0.094, 0.414, 0.734, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.414 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.128, 0.449, 0.770, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.449 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.128, 0.457, 0.786, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.457 std_dev=0.329
N6 B 0, 0.135, 0.476, 0.817, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.476 std_dev=0.341
O2' B 0, 0.130, 0.478, 0.826, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.478 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.142, 0.491, 0.840, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.491 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.133, 0.489, 0.845, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.489 std_dev=0.356
N9 B 0, 0.147, 0.519, 0.890, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.519 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.136, 0.515, 0.895, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.515 std_dev=0.379
C3' B 0, 0.133, 0.531, 0.929, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.531 std_dev=0.398
P A 0, 0.127, 0.529, 0.930, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.529 std_dev=0.401
O3' B 0, 0.138, 0.543, 0.948, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.543 std_dev=0.405
N7 B 0, 0.168, 0.575, 0.982, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.575 std_dev=0.407
C8 B 0, 0.173, 0.590, 1.007, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.590 std_dev=0.417
O4' B 0, 0.131, 0.558, 0.985, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.558 std_dev=0.427
OP1 A 0, 0.112, 0.541, 0.971, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.541 std_dev=0.429
C4' B 0, 0.132, 0.572, 1.013, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.572 std_dev=0.440
OP2 A 0, 0.149, 0.592, 1.034, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.592 std_dev=0.442
C5' B 0, 0.139, 0.627, 1.115, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.627 std_dev=0.488
O5' B 0, 0.167, 0.693, 1.219, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.693 std_dev=0.526
P B 0, 0.238, 0.876, 1.515, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.876 std_dev=0.639
OP2 B 0, 0.257, 0.915, 1.573, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.915 std_dev=0.658
OP1 B 0, 0.258, 0.942, 1.627, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.942 std_dev=0.685

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.13 0.13 0.13 0.13
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.16 0.15 0.15 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.05 0.06 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.11 0.08 0.10
N1 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.08 0.08 0.09 0.08
N4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.15 0.16 0.17 0.17
O2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.11 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.09 0.07
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.13 0.02 0.16 0.01 0.12 0.05 0.08 0.15 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.03 0.04 0.04 0.04 0.13 0.02 0.15 0.01 0.11 0.05 0.08 0.16 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.04 0.04 0.04 0.13 0.03 0.15 0.01 0.08 0.03 0.09 0.17 0.02 0.04 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.04 0.13 0.02 0.15 0.01 0.10 0.04 0.08 0.17 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.14 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.14 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.08 0.08 0.06 0.10 0.08
C2 0.07 0.08 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.10 0.05 0.06 0.03 0.09 0.07 0.09 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.03
C2' 0.08 0.15 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.11 0.14 0.04 0.05 0.07 0.09 0.04 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06
C3' 0.06 0.12 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.08 0.12 0.01 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04
C4 0.14 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.09 0.10 0.17 0.10 0.10 0.08 0.17 0.14 0.14 0.11 0.12 0.08 0.09 0.04 0.06
C4' 0.07 0.12 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.09 0.12 0.03 0.05 0.06 0.09 0.03 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06
C5 0.12 0.14 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.07 0.10 0.14 0.14 0.12 0.08 0.12 0.13 0.14 0.12 0.10 0.05 0.07 0.03 0.04
C5' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.04 0.03 0.10 0.05 0.05
C6 0.09 0.16 0.08 0.05 0.11 0.05 0.09 0.03 0.10 0.09 0.14 0.14 0.08 0.08 0.09 0.12 0.07 0.07 0.03 0.04 0.07 0.04
N1 0.07 0.13 0.06 0.02 0.07 0.04 0.05 0.03 0.06 0.07 0.10 0.12 0.04 0.06 0.07 0.09 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.11 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.06 0.08 0.15 0.05 0.06 0.08 0.15 0.12 0.12 0.07 0.09 0.05 0.08 0.03 0.05
N4 0.18 0.13 0.16 0.15 0.18 0.15 0.21 0.14 0.17 0.23 0.14 0.13 0.16 0.24 0.19 0.17 0.15 0.16 0.13 0.14 0.09 0.11
O2 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.08 0.03 0.04 0.05 0.09 0.05 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03
O2' 0.10 0.18 0.08 0.05 0.11 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.15 0.16 0.07 0.06 0.09 0.10 0.03 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07
O3' 0.06 0.13 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.09 0.12 0.02 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04
O4' 0.10 0.13 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.11 0.13 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11
O5' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.11 0.02 0.05 0.05 0.11 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.10 0.05 0.05
OP1 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.11 0.01 0.04 0.06 0.11 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.16 0.10 0.10
OP2 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.05 0.13 0.02 0.03 0.07 0.13 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.07 0.06
P 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.06 0.11 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.12 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03
C8 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00