Doublet Group distance statistics: 54476

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N4	A	0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.043 std_dev=0.031
O2	A	0, 0.012, 0.045, 0.079, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.033
C2'	A	0, 0.027, 0.139, 0.250, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.139 std_dev=0.112
O4'	A	0, 0.035, 0.163, 0.290, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.163 std_dev=0.128
O2'	A	0, 0.032, 0.192, 0.352, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.192 std_dev=0.160
OP2	A	0, 0.071, 0.254, 0.437, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.254 std_dev=0.183
C2	B	0, 0.078, 0.269, 0.461, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.269 std_dev=0.192
C4'	A	0, 0.055, 0.250, 0.446, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.250 std_dev=0.195
C3'	A	0, 0.080, 0.288, 0.495, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.288 std_dev=0.207
C6	B	0, 0.043, 0.264, 0.485, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.264 std_dev=0.221
N1	B	0, -0.029, 0.193, 0.414, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.193 std_dev=0.222
C5	B	0, 0.104, 0.355, 0.606, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.355 std_dev=0.251
N6	B	0, 0.097, 0.350, 0.604, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.350 std_dev=0.254
N3	B	0, 0.091, 0.347, 0.603, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.347 std_dev=0.256
P	A	0, 0.110, 0.374, 0.639, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.374 std_dev=0.265
C4	B	0, 0.104, 0.377, 0.649, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.377 std_dev=0.273
C5'	A	0, 0.105, 0.382, 0.658, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.382 std_dev=0.276
O5'	A	0, 0.115, 0.405, 0.695, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.405 std_dev=0.290
O3'	A	0, 0.121, 0.417, 0.712, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.417 std_dev=0.296
O3'	B	0, 0.130, 0.447, 0.764, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.447 std_dev=0.317
C3'	B	0, 0.121, 0.443, 0.765, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.443 std_dev=0.322
OP1	A	0, 0.125, 0.461, 0.797, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.461 std_dev=0.336
N7	B	0, 0.128, 0.478, 0.827, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.478 std_dev=0.349
N9	B	0, 0.118, 0.503, 0.889, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.503 std_dev=0.386
C8	B	0, 0.127, 0.544, 0.961, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.544 std_dev=0.417
C4'	B	0, 0.173, 0.592, 1.012, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.592 std_dev=0.420
C2'	B	0, 0.115, 0.552, 0.989, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.552 std_dev=0.437
C1'	B	0, 0.128, 0.616, 1.105, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.616 std_dev=0.488
C5'	B	0, 0.172, 0.668, 1.163, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.668 std_dev=0.496
O4'	B	0, 0.155, 0.700, 1.245, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.700 std_dev=0.545
O5'	B	0, 0.151, 0.707, 1.262, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.707 std_dev=0.555
O2'	B	0, 0.131, 0.702, 1.274, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.702 std_dev=0.572
P	B	0, 0.122, 0.868, 1.614, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.868 std_dev=0.746
OP2	B	0, -0.178, 0.994, 2.166, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.994 std_dev=1.172
OP1	B	0, 0.445, 2.114, 3.782, 4.079 max_d=4.079 avg_d=2.114 std_dev=1.669

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.07	0.08	0.09	0.04
C2	0.01	0.00	0.07	0.12	0.00	0.05	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.14	0.00	0.05	0.07	0.11	0.06
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.02	0.03	0.03	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.13	0.00	0.02	0.02	0.06	0.13	0.17	0.09
C3'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.09	0.00	0.05	0.01	0.04	0.05	0.12	0.10	0.17	0.01	0.00	0.01	0.03	0.14	0.15	0.08
C4	0.01	0.00	0.02	0.09	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.10	0.03	0.10	0.11	0.15	0.12
C4'	0.01	0.05	0.03	0.00	0.04	0.00	0.03	0.00	0.03	0.02	0.05	0.05	0.08	0.09	0.02	0.00	0.01	0.06	0.03	0.00
C5	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.06	0.04	0.15	0.16	0.17	0.16
C5'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.00	0.07	0.00	0.08	0.03	0.02	0.04	0.05	0.09	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03
C6	0.01	0.00	0.04	0.04	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.04	0.16	0.16	0.16	0.14
N1	0.00	0.01	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.09	0.11	0.12	0.09
N3	0.01	0.00	0.05	0.12	0.00	0.05	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.15	0.01	0.06	0.08	0.13	0.08
N4	0.01	0.01	0.02	0.10	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.12	0.03	0.09	0.12	0.15	0.13
O2	0.01	0.00	0.13	0.17	0.00	0.08	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.21	0.01	0.00	0.03	0.09	0.02
O2'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.09	0.02	0.09	0.02	0.02	0.03	0.03	0.05	0.00	0.03	0.04	0.02	0.06	0.10	0.02
O3'	0.02	0.14	0.02	0.00	0.10	0.02	0.06	0.02	0.05	0.05	0.15	0.12	0.21	0.03	0.00	0.02	0.01	0.15	0.17	0.09
O4'	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.00	0.01	0.02	0.04	0.04
O5'	0.07	0.05	0.06	0.03	0.10	0.01	0.15	0.01	0.16	0.09	0.06	0.09	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.08	0.07	0.13	0.14	0.11	0.06	0.16	0.03	0.16	0.11	0.08	0.12	0.03	0.06	0.15	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.09	0.11	0.17	0.15	0.15	0.03	0.17	0.01	0.16	0.12	0.13	0.15	0.09	0.10	0.17	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.04	0.06	0.09	0.08	0.12	0.00	0.16	0.03	0.14	0.09	0.08	0.13	0.02	0.02	0.09	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.38	0.08	0.35	0.18	0.24	0.20	0.18	0.07	0.08	0.30	0.02	0.21	0.03	0.22	0.32	0.40	0.11	0.29	0.12	0.67	0.48	0.36
C2	0.16	0.05	0.15	0.05	0.09	0.06	0.06	0.20	0.06	0.10	0.08	0.10	0.11	0.06	0.13	0.19	0.01	0.07	0.29	0.93	0.73	0.58
C2'	0.33	0.09	0.32	0.13	0.20	0.13	0.15	0.08	0.06	0.24	0.03	0.18	0.01	0.18	0.27	0.40	0.08	0.22	0.14	0.73	0.59	0.45
C3'	0.26	0.01	0.26	0.10	0.14	0.08	0.13	0.08	0.06	0.24	0.03	0.08	0.06	0.19	0.22	0.32	0.05	0.15	0.07	0.60	0.49	0.37
C4	0.06	0.07	0.05	0.12	0.08	0.19	0.09	0.36	0.09	0.09	0.07	0.07	0.08	0.09	0.07	0.03	0.10	0.16	0.43	1.06	0.86	0.71
C4'	0.33	0.06	0.33	0.19	0.15	0.21	0.14	0.08	0.03	0.29	0.06	0.06	0.03	0.22	0.27	0.39	0.15	0.27	0.08	0.40	0.31	0.21
C5	0.03	0.03	0.03	0.11	0.04	0.16	0.07	0.32	0.05	0.08	0.01	0.03	0.07	0.09	0.05	0.03	0.12	0.11	0.37	0.97	0.71	0.62
C5'	0.21	0.19	0.22	0.14	0.04	0.16	0.05	0.07	0.04	0.23	0.15	0.10	0.04	0.16	0.16	0.27	0.13	0.18	0.10	0.26	0.21	0.14
C6	0.18	0.02	0.13	0.04	0.15	0.06	0.15	0.18	0.09	0.21	0.03	0.07	0.08	0.19	0.19	0.14	0.05	0.08	0.23	0.81	0.56	0.48
N1	0.24	0.04	0.21	0.07	0.16	0.08	0.12	0.14	0.04	0.20	0.01	0.13	0.00	0.15	0.21	0.23	0.02	0.14	0.21	0.81	0.60	0.48
N3	0.06	0.07	0.06	0.07	0.07	0.12	0.09	0.30	0.12	0.07	0.10	0.07	0.15	0.09	0.06	0.09	0.05	0.08	0.38	1.03	0.84	0.68
N4	0.15	0.09	0.12	0.18	0.15	0.28	0.17	0.45	0.14	0.20	0.09	0.12	0.13	0.20	0.17	0.10	0.15	0.27	0.52	1.13	0.97	0.80
O2	0.21	0.06	0.20	0.07	0.10	0.07	0.05	0.16	0.09	0.10	0.09	0.12	0.15	0.05	0.14	0.26	0.06	0.11	0.26	0.90	0.73	0.56
O2'	0.46	0.14	0.45	0.24	0.28	0.27	0.19	0.07	0.08	0.32	0.05	0.27	0.02	0.23	0.36	0.57	0.20	0.37	0.06	0.64	0.53	0.36
O3'	0.25	0.01	0.26	0.09	0.14	0.07	0.13	0.10	0.06	0.23	0.02	0.08	0.06	0.18	0.22	0.34	0.06	0.15	0.06	0.59	0.50	0.37
O4'	0.42	0.04	0.40	0.26	0.22	0.29	0.18	0.16	0.06	0.35	0.05	0.12	0.03	0.27	0.35	0.42	0.19	0.36	0.14	0.46	0.28	0.21
O5'	0.03	0.28	0.05	0.00	0.09	0.01	0.05	0.08	0.12	0.11	0.23	0.23	0.10	0.07	0.02	0.08	0.01	0.01	0.02	0.35	0.29	0.22
OP1	0.01	0.26	0.02	0.00	0.08	0.01	0.02	0.06	0.09	0.14	0.20	0.22	0.05	0.11	0.03	0.05	0.01	0.01	0.15	0.28	0.05	0.04
OP2	0.03	0.20	0.03	0.02	0.05	0.06	0.03	0.13	0.04	0.18	0.14	0.17	0.02	0.16	0.06	0.04	0.01	0.06	0.11	0.34	0.14	0.14
P	0.01	0.24	0.02	0.00	0.08	0.03	0.01	0.07	0.08	0.14	0.18	0.21	0.05	0.11	0.03	0.05	0.00	0.02	0.09	0.26	0.13	0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.12	0.25	0.13	0.09
C2	0.01	0.00	0.12	0.16	0.00	0.09	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.20	0.01	0.30	0.75	0.50	0.38
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.02	0.03	0.01	0.06	0.04	0.09	0.12	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.24	0.15	0.11
C3'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.06	0.00	0.01	0.02	0.05	0.12	0.11	0.15	0.02	0.09	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.08	0.08
C4	0.01	0.00	0.07	0.06	0.00	0.04	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.07	0.01	0.24	0.61	0.34	0.27
C4'	0.01	0.09	0.02	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.11	0.07	0.08	0.05	0.09	0.04	0.07	0.01	0.00	0.02	0.14	0.07	0.02
C5	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.05	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.01	0.01	0.24	0.71	0.35	0.27
C5'	0.03	0.17	0.01	0.02	0.12	0.01	0.13	0.00	0.14	0.15	0.16	0.15	0.15	0.15	0.08	0.06	0.03	0.02	0.00	0.22	0.18	0.02
C6	0.01	0.00	0.06	0.05	0.00	0.05	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.06	0.01	0.27	0.81	0.44	0.34
C8	0.01	0.00	0.04	0.12	0.00	0.11	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.02	0.18	0.49	0.13	0.13
N1	0.01	0.00	0.09	0.11	0.00	0.07	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.15	0.01	0.29	0.82	0.51	0.39
N3	0.01	0.00	0.12	0.15	0.00	0.08	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.18	0.01	0.27	0.64	0.42	0.33
N6	0.00	0.00	0.04	0.02	0.00	0.05	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.03	0.02	0.26	0.86	0.43	0.34
N7	0.01	0.00	0.02	0.09	0.00	0.09	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.02	0.21	0.67	0.20	0.19
N9	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.03	0.01	0.18	0.43	0.20	0.15
O2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.07	0.07	0.05	0.06	0.07	0.01	0.10	0.11	0.06	0.01	0.03	0.00	0.03	0.04	0.01	0.11	0.08	0.04
O3'	0.01	0.20	0.01	0.00	0.07	0.01	0.01	0.03	0.06	0.13	0.15	0.18	0.03	0.09	0.03	0.03	0.00	0.00	0.09	0.17	0.04	0.06
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.04	0.00	0.00	0.12	0.12	0.04	0.07
O5'	0.12	0.30	0.07	0.01	0.24	0.02	0.24	0.00	0.27	0.18	0.29	0.27	0.26	0.21	0.18	0.01	0.09	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.25	0.75	0.24	0.17	0.61	0.14	0.71	0.22	0.81	0.49	0.82	0.64	0.86	0.67	0.43	0.11	0.17	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.13	0.50	0.15	0.08	0.34	0.07	0.35	0.18	0.44	0.13	0.51	0.42	0.43	0.20	0.20	0.08	0.04	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.09	0.38	0.11	0.08	0.27	0.02	0.27	0.02	0.34	0.13	0.39	0.33	0.34	0.19	0.15	0.04	0.06	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00