ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54477

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.015, 0.054, 0.092, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.054 std_dev=0.039
O2 A 0, 0.013, 0.052, 0.091, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.052 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.022, 0.076, 0.130, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.076 std_dev=0.054
C2' B 0, 0.025, 0.086, 0.147, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.086 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.024, 0.087, 0.150, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.087 std_dev=0.063
O5' B 0, 0.025, 0.091, 0.157, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.091 std_dev=0.066
O5' A 0, 0.023, 0.091, 0.159, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.091 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.025, 0.097, 0.169, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.097 std_dev=0.072
C4' B 0, 0.022, 0.096, 0.171, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.096 std_dev=0.074
C1' B 0, 0.030, 0.106, 0.181, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.106 std_dev=0.076
O4' B 0, 0.024, 0.100, 0.176, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.100 std_dev=0.076
C8 B 0, 0.031, 0.112, 0.192, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.112 std_dev=0.081
N9 B 0, 0.034, 0.117, 0.200, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.117 std_dev=0.083
C5' B 0, 0.028, 0.114, 0.199, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.114 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.036, 0.122, 0.209, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.122 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.036, 0.122, 0.209, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.122 std_dev=0.087
N7 B 0, 0.036, 0.127, 0.217, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.127 std_dev=0.090
C3' B 0, 0.037, 0.129, 0.221, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.129 std_dev=0.092
C4 B 0, 0.038, 0.132, 0.226, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.132 std_dev=0.094
C5 B 0, 0.040, 0.138, 0.236, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.138 std_dev=0.098
N3 B 0, 0.038, 0.144, 0.250, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.144 std_dev=0.106
C6 B 0, 0.046, 0.159, 0.272, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.159 std_dev=0.113
C2 B 0, 0.035, 0.152, 0.269, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.152 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.035, 0.152, 0.270, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.152 std_dev=0.118
N1 B 0, 0.041, 0.159, 0.277, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.159 std_dev=0.118
P A 0, 0.051, 0.175, 0.299, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.175 std_dev=0.124
O3' B 0, 0.051, 0.176, 0.301, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.176 std_dev=0.125
P B 0, -0.010, 0.121, 0.252, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.121 std_dev=0.131
N6 B 0, 0.054, 0.192, 0.329, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.192 std_dev=0.138
O2' B 0, 0.026, 0.164, 0.302, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.164 std_dev=0.138
O3' A 0, 0.057, 0.200, 0.344, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.200 std_dev=0.144
OP2 B 0, -0.003, 0.147, 0.298, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.147 std_dev=0.150
OP1 A 0, 0.063, 0.217, 0.370, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.217 std_dev=0.153
OP1 B 0, 0.008, 0.175, 0.342, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.175 std_dev=0.167
OP2 A 0, 0.069, 0.237, 0.405, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.237 std_dev=0.168

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.09 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
C5' 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02
C6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.10 0.05
O5' 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.06 0.07 0.07 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.07 0.04 0.03 0.08 0.06 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02
C2 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.08 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03
C2' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03
C3' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
C4 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.07 0.05 0.11 0.05 0.02 0.10 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02
C5 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.12 0.04 0.03 0.09 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02
C5' 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02
C6 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.06 0.10 0.03 0.04 0.08 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01
N1 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
N3 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.10 0.05 0.02 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02
N4 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04 0.12 0.05 0.02 0.11 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01
O2 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06
O2' 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.08 0.04 0.04
O3' 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
O4' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01
O5' 0.04 0.08 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04 0.08 0.07 0.12 0.07 0.05 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05
OP1 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.03 0.05 0.03 0.09 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.08
OP2 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07 0.03 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11
P 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.04 0.11 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.03
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01
N6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.09 0.03 0.05
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.08 0.03 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.10 0.10 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
O5' 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.04 0.09 0.08 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00