ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54479

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C3' B 0, 0.000, 0.171, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O2' B 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C2' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4' A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C3' A 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C4' B 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O3' B 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.000, 0.233, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O5' A 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C5' B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
O2' A 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
P B 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
N9 B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C5' A 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
P A 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
O3' A 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C5 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
OP2 A 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C2 B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C6 B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.000, 0.391, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.391 std_dev=0.391
N1 B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C8 B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
OP1 A 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
N7 B 0, 0.000, 0.511, 1.022, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.511 std_dev=0.511
N6 B 0, 0.000, 0.585, 1.169, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.585 std_dev=0.585
OP1 B 0, 0.000, 1.009, 2.018, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.009 std_dev=1.009

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.05 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.03
C4 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.06 0.10 0.16 0.11
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.03 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01
C5 0.01 0.02 0.03 0.11 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.04 0.07 0.11 0.15 0.12
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.11 0.03 0.06 0.12 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.12 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.05 0.11 0.07
N4 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.09 0.16 0.20 0.15
O2 0.06 0.00 0.09 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.14 0.06 0.05 0.07 0.08 0.01 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.06 0.11 0.06 0.02 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.11 0.12 0.04 0.07
O5' 0.07 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.07 0.02 0.12 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.02 0.05 0.04 0.10 0.08 0.11 0.10 0.02 0.04 0.05 0.16 0.08 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.03 0.16 0.00 0.15 0.00 0.05 0.01 0.11 0.20 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.15 0.04 0.01 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.27 0.13 0.04 0.03 0.04 0.12 0.06 0.03 0.32 0.23 0.16 0.02 0.31 0.17 0.14 0.02 0.11 0.10 0.58 0.20 0.05
C2 0.13 0.26 0.11 0.05 0.01 0.03 0.07 0.07 0.11 0.31 0.27 0.15 0.10 0.31 0.15 0.11 0.04 0.11 0.10 0.62 0.24 0.06
C2' 0.16 0.28 0.15 0.07 0.03 0.06 0.12 0.04 0.02 0.33 0.23 0.16 0.03 0.31 0.17 0.17 0.06 0.12 0.15 0.59 0.24 0.04
C3' 0.18 0.26 0.18 0.11 0.04 0.09 0.12 0.01 0.02 0.36 0.21 0.16 0.03 0.32 0.19 0.18 0.09 0.15 0.23 0.50 0.31 0.02
C4 0.12 0.24 0.13 0.10 0.04 0.06 0.05 0.04 0.22 0.24 0.29 0.13 0.28 0.15 0.11 0.12 0.11 0.11 0.14 0.59 0.27 0.05
C4' 0.18 0.25 0.18 0.10 0.03 0.10 0.11 0.03 0.02 0.32 0.18 0.16 0.02 0.28 0.18 0.19 0.07 0.15 0.20 0.44 0.27 0.04
C5 0.11 0.24 0.13 0.11 0.06 0.05 0.08 0.05 0.22 0.23 0.27 0.14 0.27 0.11 0.10 0.12 0.12 0.09 0.14 0.62 0.23 0.08
C5' 0.19 0.21 0.19 0.13 0.02 0.13 0.08 0.07 0.03 0.31 0.16 0.14 0.01 0.25 0.17 0.20 0.10 0.16 0.26 0.33 0.30 0.08
C6 0.12 0.25 0.13 0.07 0.05 0.02 0.03 0.08 0.17 0.28 0.26 0.16 0.18 0.19 0.12 0.12 0.07 0.09 0.11 0.61 0.20 0.08
N1 0.13 0.26 0.12 0.05 0.00 0.02 0.07 0.08 0.10 0.32 0.25 0.15 0.09 0.30 0.15 0.12 0.03 0.10 0.09 0.61 0.21 0.07
N3 0.13 0.25 0.12 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.17 0.29 0.28 0.13 0.21 0.24 0.14 0.12 0.08 0.12 0.12 0.59 0.27 0.05
N4 0.11 0.22 0.13 0.12 0.04 0.07 0.08 0.01 0.23 0.19 0.28 0.12 0.33 0.08 0.09 0.12 0.14 0.11 0.15 0.52 0.29 0.03
O2 0.12 0.27 0.08 0.02 0.02 0.01 0.11 0.08 0.05 0.31 0.26 0.16 0.01 0.33 0.14 0.08 0.00 0.10 0.08 0.62 0.23 0.06
O2' 0.17 0.28 0.17 0.08 0.03 0.07 0.12 0.02 0.01 0.30 0.23 0.16 0.06 0.28 0.16 0.20 0.08 0.13 0.13 0.58 0.20 0.04
O3' 0.19 0.27 0.19 0.13 0.03 0.11 0.12 0.04 0.02 0.36 0.21 0.17 0.04 0.32 0.19 0.20 0.12 0.16 0.27 0.46 0.34 0.05
O4' 0.17 0.24 0.14 0.05 0.03 0.06 0.11 0.03 0.02 0.31 0.18 0.15 0.02 0.28 0.18 0.15 0.01 0.13 0.12 0.49 0.20 0.01
O5' 0.02 0.36 0.00 0.03 0.17 0.05 0.10 0.08 0.20 0.14 0.31 0.30 0.17 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.16 0.43 0.21 0.03
OP1 0.02 0.32 0.03 0.02 0.15 0.01 0.09 0.03 0.18 0.12 0.28 0.27 0.17 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.26 0.16 0.28 0.08
OP2 0.02 0.22 0.02 0.01 0.08 0.03 0.05 0.02 0.14 0.17 0.21 0.17 0.14 0.10 0.04 0.01 0.01 0.02 0.31 0.23 0.33 0.08
P 0.01 0.28 0.01 0.01 0.13 0.02 0.08 0.01 0.16 0.14 0.25 0.23 0.15 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.25 0.27 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.14 0.02 0.03
C2 0.06 0.00 0.07 0.14 0.00 0.04 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.06 0.16 0.49 0.07 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.18 0.10 0.04
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.11 0.07 0.13 0.13 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.18 0.15 0.05
C4 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.15 0.40 0.03 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.10 0.04 0.07 0.02 0.15 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03
C5 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.20 0.52 0.10 0.17
C5' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.21 0.11 0.17 0.08 0.27 0.17 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.12 0.02 0.23 0.62 0.15 0.23
C8 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.09 0.07 0.15 0.32 0.02 0.08
N1 0.04 0.00 0.04 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.16 0.03 0.20 0.59 0.12 0.19
N3 0.06 0.00 0.07 0.13 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.07 0.12 0.39 0.02 0.06
N6 0.03 0.01 0.04 0.12 0.02 0.15 0.03 0.27 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.12 0.08 0.30 0.74 0.24 0.33
N7 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.08 0.01 0.17 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.20 0.48 0.10 0.18
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.27 0.01 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.07 0.04
O3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.12 0.09 0.16 0.16 0.12 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.15 0.19 0.06
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.03 0.00 0.05
O5' 0.07 0.16 0.03 0.11 0.15 0.00 0.20 0.00 0.23 0.15 0.20 0.12 0.30 0.20 0.11 0.02 0.18 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.14 0.49 0.18 0.18 0.40 0.06 0.52 0.01 0.62 0.32 0.59 0.39 0.74 0.48 0.27 0.11 0.15 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.07 0.10 0.15 0.03 0.04 0.10 0.00 0.15 0.02 0.12 0.02 0.24 0.10 0.01 0.07 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.12 0.04 0.05 0.09 0.03 0.17 0.00 0.23 0.08 0.19 0.06 0.33 0.18 0.02 0.04 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00