ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54489

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 7, 20, 12, 6, 4, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.012, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.020, 0.046, 0.071, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.046 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.032, 0.169, 0.306, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.169 std_dev=0.137
C2 B 0, 0.228, 0.387, 0.545, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.387 std_dev=0.158
C2' A 0, 0.014, 0.177, 0.340, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.177 std_dev=0.163
N1 B 0, 0.228, 0.399, 0.570, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.399 std_dev=0.171
N3 B 0, 0.202, 0.373, 0.545, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.373 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.187, 0.378, 0.569, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.378 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.224, 0.421, 0.619, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.421 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.214, 0.416, 0.618, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.416 std_dev=0.202
N2 B 0, 0.246, 0.457, 0.669, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.457 std_dev=0.212
N9 B 0, 0.196, 0.439, 0.681, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.439 std_dev=0.242
N7 B 0, 0.264, 0.513, 0.761, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.513 std_dev=0.249
O6 B 0, 0.245, 0.496, 0.746, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.496 std_dev=0.251
C8 B 0, 0.248, 0.518, 0.787, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.518 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.060, 0.336, 0.612, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.336 std_dev=0.276
C3' A 0, 0.032, 0.319, 0.606, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.319 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.189, 0.477, 0.765, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.477 std_dev=0.288
O4' B 0, 0.246, 0.580, 0.914, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.580 std_dev=0.334
C4' B 0, 0.300, 0.647, 0.994, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.647 std_dev=0.347
C5' A 0, 0.188, 0.546, 0.903, 2.424 max_d=2.424 avg_d=0.546 std_dev=0.358
O2' A 0, -0.091, 0.276, 0.644, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.276 std_dev=0.367
C2' B 0, 0.049, 0.452, 0.855, 2.282 max_d=2.282 avg_d=0.452 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.124, 0.552, 0.979, 2.441 max_d=2.441 avg_d=0.552 std_dev=0.427
O5' A 0, 0.183, 0.625, 1.068, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.625 std_dev=0.442
O2' B 0, 0.121, 0.574, 1.026, 2.574 max_d=2.574 avg_d=0.574 std_dev=0.452
O3' A 0, 0.008, 0.488, 0.968, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.488 std_dev=0.480
C5' B 0, 0.387, 0.891, 1.395, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.891 std_dev=0.504
O3' B 0, 0.108, 0.674, 1.241, 3.228 max_d=3.228 avg_d=0.674 std_dev=0.566
P A 0, 0.113, 0.817, 1.520, 3.900 max_d=3.900 avg_d=0.817 std_dev=0.704
O5' B 0, 0.360, 1.105, 1.850, 3.611 max_d=3.611 avg_d=1.105 std_dev=0.745
OP2 A 0, 0.071, 0.960, 1.850, 5.076 max_d=5.076 avg_d=0.960 std_dev=0.890
OP1 A 0, 0.220, 1.112, 2.004, 4.897 max_d=4.897 avg_d=1.112 std_dev=0.892
P B 0, 0.474, 1.455, 2.436, 5.041 max_d=5.041 avg_d=1.455 std_dev=0.981
OP2 B 0, 0.504, 1.636, 2.768, 4.956 max_d=4.956 avg_d=1.636 std_dev=1.132
OP1 B 0, 0.648, 1.814, 2.981, 6.286 max_d=6.286 avg_d=1.814 std_dev=1.166

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.11 0.17 0.23 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.14 0.04 0.20 0.15 0.43 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.09 0.10 0.03 0.06 0.06 0.15 0.00 0.02 0.02 0.24 0.26 0.33 0.23
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.19 0.00 0.20 0.02 0.18 0.12 0.17 0.21 0.12 0.02 0.01 0.01 0.20 0.16 0.18 0.14
C4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.16 0.03 0.32 0.35 0.66 0.44
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.12 0.06 0.14 0.02 0.00 0.02 0.19 0.11 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.20 0.00 0.14 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.18 0.05 0.34 0.39 0.66 0.47
C5' 0.03 0.08 0.09 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.17 0.09 0.12 0.20 0.06 0.06 0.09 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.06 0.28 0.26 0.49 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.02 0.19 0.13 0.38 0.21
N3 0.02 0.00 0.06 0.17 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.14 0.03 0.26 0.24 0.56 0.34
N4 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.19 0.03 0.35 0.43 0.75 0.51
O2 0.04 0.00 0.15 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.22 0.07 0.16 0.14 0.36 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.22 0.14 0.23 0.06 0.19 0.12 0.18 0.24 0.12 0.00 0.04 0.10 0.15 0.31 0.31 0.19
O3' 0.13 0.14 0.02 0.01 0.16 0.02 0.18 0.09 0.15 0.08 0.14 0.19 0.22 0.04 0.00 0.08 0.23 0.27 0.19 0.19
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.07 0.10 0.08 0.00 0.10 0.19 0.17 0.12
O5' 0.11 0.20 0.24 0.20 0.32 0.02 0.34 0.01 0.28 0.19 0.26 0.35 0.16 0.15 0.23 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.15 0.26 0.16 0.35 0.19 0.39 0.09 0.26 0.13 0.24 0.43 0.14 0.31 0.27 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.43 0.33 0.18 0.66 0.11 0.66 0.13 0.49 0.38 0.56 0.75 0.36 0.31 0.19 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.23 0.14 0.44 0.07 0.47 0.02 0.34 0.21 0.34 0.51 0.17 0.19 0.19 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.20 0.31 0.39 0.22 0.24 0.25 0.30 0.23 0.31 0.20 0.29 0.19 0.31 0.26 0.28 0.46 0.21 0.51 0.25 0.69 0.67 0.55
C2 0.20 0.19 0.20 0.29 0.20 0.20 0.25 0.31 0.25 0.28 0.21 0.29 0.17 0.30 0.23 0.20 0.33 0.19 0.56 0.28 0.79 0.77 0.63
C2' 0.25 0.20 0.34 0.47 0.21 0.31 0.26 0.40 0.24 0.35 0.20 0.31 0.17 0.34 0.27 0.30 0.56 0.24 0.61 0.27 0.82 0.79 0.67
C3' 0.24 0.21 0.35 0.49 0.22 0.34 0.27 0.44 0.25 0.33 0.22 0.27 0.18 0.34 0.26 0.31 0.61 0.23 0.61 0.29 0.85 0.78 0.68
C4 0.22 0.19 0.19 0.26 0.15 0.26 0.21 0.40 0.20 0.28 0.17 0.27 0.17 0.30 0.22 0.26 0.26 0.24 0.66 0.27 0.92 0.89 0.75
C4' 0.27 0.21 0.39 0.49 0.23 0.34 0.26 0.39 0.24 0.33 0.21 0.26 0.20 0.32 0.28 0.35 0.60 0.25 0.53 0.26 0.72 0.65 0.57
C5 0.21 0.20 0.21 0.29 0.14 0.27 0.22 0.41 0.22 0.28 0.20 0.27 0.17 0.31 0.20 0.30 0.29 0.23 0.66 0.28 0.89 0.86 0.74
C5' 0.30 0.25 0.41 0.54 0.26 0.41 0.28 0.48 0.26 0.35 0.24 0.29 0.25 0.34 0.30 0.37 0.66 0.31 0.57 0.28 0.78 0.67 0.62
C6 0.19 0.20 0.20 0.33 0.17 0.24 0.24 0.36 0.23 0.30 0.19 0.28 0.16 0.32 0.21 0.25 0.35 0.19 0.60 0.27 0.80 0.77 0.66
N1 0.20 0.19 0.23 0.33 0.19 0.22 0.25 0.32 0.23 0.30 0.19 0.28 0.16 0.31 0.23 0.22 0.37 0.19 0.56 0.26 0.76 0.73 0.61
N3 0.20 0.18 0.17 0.25 0.18 0.22 0.24 0.35 0.24 0.28 0.18 0.28 0.16 0.30 0.22 0.21 0.27 0.21 0.61 0.29 0.86 0.84 0.69
N4 0.27 0.21 0.25 0.27 0.19 0.31 0.21 0.45 0.19 0.31 0.19 0.27 0.20 0.31 0.25 0.31 0.27 0.29 0.70 0.28 1.00 0.97 0.81
O2 0.22 0.23 0.23 0.30 0.23 0.20 0.27 0.28 0.27 0.28 0.25 0.31 0.20 0.30 0.24 0.22 0.35 0.21 0.54 0.30 0.76 0.74 0.59
O2' 0.26 0.21 0.35 0.45 0.23 0.29 0.29 0.35 0.27 0.36 0.21 0.33 0.20 0.37 0.28 0.34 0.55 0.24 0.56 0.32 0.77 0.76 0.62
O3' 0.25 0.21 0.37 0.53 0.23 0.38 0.28 0.48 0.26 0.35 0.23 0.28 0.19 0.35 0.27 0.35 0.67 0.25 0.64 0.30 0.91 0.82 0.72
O4' 0.27 0.21 0.37 0.43 0.24 0.28 0.26 0.32 0.24 0.33 0.22 0.27 0.20 0.32 0.28 0.32 0.50 0.24 0.49 0.26 0.64 0.60 0.51
O5' 0.22 0.28 0.34 0.49 0.28 0.30 0.35 0.41 0.35 0.39 0.31 0.32 0.25 0.42 0.29 0.29 0.59 0.19 0.63 0.39 0.84 0.77 0.69
OP1 0.30 0.23 0.46 0.78 0.32 0.62 0.42 0.81 0.38 0.55 0.28 0.27 0.21 0.56 0.39 0.24 0.96 0.41 0.93 0.44 1.27 1.08 1.04
OP2 0.37 0.50 0.40 0.67 0.58 0.52 0.72 0.75 0.73 0.75 0.62 0.44 0.45 0.82 0.57 0.14 0.62 0.43 1.01 0.81 1.26 1.24 1.14
P 0.32 0.32 0.45 0.73 0.40 0.54 0.51 0.70 0.49 0.59 0.40 0.30 0.30 0.62 0.44 0.18 0.85 0.38 0.87 0.55 1.11 1.02 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.02 0.32 0.27 0.19
C2 0.04 0.00 0.19 0.18 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.24 0.08 0.35 0.01 0.59 0.49 0.39
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.02 0.09 0.09 0.14 0.22 0.18 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.22 0.07 0.29 0.26 0.20
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.12 0.15 0.15 0.22 0.17 0.13 0.06 0.02 0.01 0.02 0.29 0.11 0.33 0.26 0.25
C4 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.04 0.36 0.01 0.56 0.45 0.38
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.06 0.08 0.06 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.16 0.23 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.45 0.01 0.68 0.57 0.48
C5' 0.04 0.13 0.02 0.03 0.14 0.01 0.20 0.00 0.21 0.22 0.17 0.12 0.11 0.24 0.13 0.05 0.04 0.02 0.01 0.24 0.21 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.46 0.00 0.73 0.63 0.51
C8 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.16 0.06 0.44 0.02 0.60 0.46 0.43
N1 0.03 0.00 0.14 0.15 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.20 0.07 0.41 0.01 0.68 0.58 0.46
N2 0.05 0.01 0.22 0.22 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.30 0.10 0.32 0.02 0.56 0.48 0.36
N3 0.04 0.00 0.18 0.17 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.08 0.31 0.01 0.52 0.42 0.33
N7 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.05 0.49 0.02 0.72 0.59 0.52
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.33 0.02 0.49 0.37 0.33
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.10 0.05 0.07 0.05 0.10 0.06 0.16 0.24 0.18 0.05 0.02 0.00 0.06 0.05 0.07 0.09 0.22 0.21 0.10
O3' 0.02 0.24 0.03 0.01 0.12 0.02 0.11 0.04 0.14 0.16 0.20 0.30 0.21 0.15 0.06 0.06 0.00 0.02 0.27 0.14 0.44 0.29 0.28
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.14 0.04 0.31 0.32 0.20
O5' 0.18 0.35 0.22 0.29 0.36 0.02 0.45 0.01 0.46 0.44 0.41 0.32 0.31 0.49 0.33 0.07 0.27 0.14 0.00 0.50 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.14 0.04 0.50 0.00 0.80 0.70 0.57
OP1 0.32 0.59 0.29 0.33 0.56 0.16 0.68 0.21 0.73 0.60 0.68 0.56 0.52 0.72 0.49 0.22 0.44 0.31 0.02 0.80 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.49 0.26 0.26 0.45 0.23 0.57 0.29 0.63 0.46 0.58 0.48 0.42 0.59 0.37 0.21 0.29 0.32 0.02 0.70 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.39 0.20 0.25 0.38 0.05 0.48 0.01 0.51 0.43 0.46 0.36 0.33 0.52 0.33 0.10 0.28 0.20 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00