ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54493

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 9, 4, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.010 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.025 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.008, 0.047, 0.086, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.047 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.009, 0.060, 0.110, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.060 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.042, 0.157, 0.273, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.157 std_dev=0.115
O4' A 0, 0.015, 0.142, 0.268, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.142 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.085, 0.224, 0.362, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.224 std_dev=0.139
C4 B 0, 0.099, 0.274, 0.449, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.274 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.170, 0.349, 0.528, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.349 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.220, 0.409, 0.598, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.409 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.034, 0.224, 0.414, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.224 std_dev=0.190
C3' A 0, 0.061, 0.253, 0.445, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.253 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.145, 0.339, 0.532, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.339 std_dev=0.194
N9 B 0, 0.183, 0.377, 0.572, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.377 std_dev=0.194
C8 B 0, 0.291, 0.496, 0.700, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.496 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.296, 0.501, 0.706, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.501 std_dev=0.205
C6 B 0, 0.196, 0.413, 0.629, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.413 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.198, 0.415, 0.632, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.415 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.234, 0.496, 0.758, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.496 std_dev=0.262
N2 B 0, 0.289, 0.570, 0.851, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.570 std_dev=0.281
O6 B 0, 0.265, 0.555, 0.845, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.555 std_dev=0.290
C5' A 0, 0.056, 0.349, 0.642, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.349 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.168, 0.474, 0.779, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.474 std_dev=0.305
O3' A 0, 0.103, 0.415, 0.728, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.415 std_dev=0.313
O3' B 0, 0.150, 0.480, 0.809, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.480 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.140, 0.484, 0.828, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.484 std_dev=0.344
O4' B 0, 0.215, 0.699, 1.183, 2.454 max_d=2.454 avg_d=0.699 std_dev=0.484
C4' B 0, 0.199, 0.689, 1.179, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.689 std_dev=0.490
O5' A 0, -0.084, 0.538, 1.160, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.538 std_dev=0.622
P A 0, -0.110, 0.527, 1.165, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.527 std_dev=0.638
O2' B 0, -0.051, 0.713, 1.477, 3.897 max_d=3.897 avg_d=0.713 std_dev=0.764
C5' B 0, 0.032, 0.866, 1.699, 4.226 max_d=4.226 avg_d=0.866 std_dev=0.833
OP1 A 0, -0.181, 0.783, 1.748, 4.106 max_d=4.106 avg_d=0.783 std_dev=0.964
OP2 A 0, -0.315, 0.716, 1.748, 4.154 max_d=4.154 avg_d=0.716 std_dev=1.032
O5' B 0, -0.024, 1.056, 2.137, 4.962 max_d=4.962 avg_d=1.056 std_dev=1.081
P B 0, -0.139, 1.425, 2.989, 7.429 max_d=7.429 avg_d=1.425 std_dev=1.564
OP2 B 0, -0.230, 1.642, 3.514, 8.612 max_d=8.612 avg_d=1.642 std_dev=1.872
OP1 B 0, -0.138, 1.793, 3.723, 9.127 max_d=9.127 avg_d=1.793 std_dev=1.931

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.16 0.10 0.19 0.04
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.35 0.12 0.50 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.10 0.09 0.14 0.01 0.03 0.01 0.20 0.17 0.22 0.11
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.11 0.06 0.13 0.14 0.13 0.02 0.02 0.02 0.26 0.35 0.20 0.18
C4 0.03 0.01 0.08 0.12 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.17 0.04 0.54 0.27 0.78 0.39
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.10 0.08 0.04
C5 0.03 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.05 0.58 0.29 0.79 0.42
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.14 0.08 0.08 0.13 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.25 0.19 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.13 0.05 0.51 0.21 0.59 0.30
N1 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.35 0.12 0.44 0.18
N3 0.03 0.00 0.10 0.13 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.17 0.04 0.44 0.19 0.65 0.29
N4 0.03 0.01 0.09 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.21 0.05 0.58 0.33 0.88 0.45
O2 0.04 0.01 0.14 0.13 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.16 0.04 0.24 0.11 0.39 0.12
O2' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.10 0.09 0.15 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.08 0.06
O3' 0.02 0.13 0.03 0.02 0.17 0.03 0.15 0.03 0.13 0.07 0.17 0.21 0.16 0.07 0.00 0.03 0.22 0.48 0.17 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.06 0.17 0.07 0.12
O5' 0.16 0.35 0.20 0.26 0.54 0.02 0.58 0.01 0.51 0.35 0.44 0.58 0.24 0.06 0.22 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.12 0.17 0.35 0.27 0.10 0.29 0.25 0.21 0.12 0.19 0.33 0.11 0.08 0.48 0.17 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.19 0.50 0.22 0.20 0.78 0.08 0.79 0.19 0.59 0.44 0.65 0.88 0.39 0.08 0.17 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00
P 0.04 0.20 0.11 0.18 0.39 0.04 0.42 0.01 0.30 0.18 0.29 0.45 0.12 0.06 0.21 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.21 0.37 0.24 0.19 0.43 0.14 0.41 0.16 0.20 0.18 0.30 0.25 0.17 0.23 0.48 0.27 0.55 0.25 0.20 0.53 0.41 0.28
C2 0.32 0.26 0.29 0.20 0.22 0.30 0.17 0.29 0.16 0.21 0.16 0.34 0.31 0.20 0.24 0.31 0.22 0.46 0.32 0.23 0.64 0.70 0.41
C2' 0.31 0.24 0.36 0.20 0.19 0.37 0.16 0.33 0.17 0.20 0.18 0.34 0.27 0.19 0.22 0.47 0.22 0.51 0.22 0.21 0.53 0.48 0.29
C3' 0.24 0.20 0.34 0.19 0.12 0.26 0.14 0.21 0.16 0.17 0.16 0.30 0.21 0.19 0.14 0.43 0.18 0.39 0.21 0.21 0.47 0.51 0.30
C4 0.28 0.23 0.17 0.20 0.20 0.16 0.17 0.21 0.16 0.23 0.18 0.28 0.24 0.24 0.22 0.30 0.15 0.28 0.59 0.23 0.93 1.09 0.76
C4' 0.21 0.23 0.33 0.15 0.12 0.31 0.12 0.28 0.17 0.11 0.21 0.31 0.21 0.13 0.11 0.50 0.21 0.41 0.25 0.20 0.47 0.40 0.30
C5 0.32 0.19 0.19 0.23 0.21 0.18 0.19 0.25 0.18 0.27 0.17 0.22 0.23 0.26 0.26 0.32 0.15 0.29 0.58 0.22 0.88 1.02 0.73
C5' 0.18 0.28 0.31 0.11 0.19 0.17 0.19 0.13 0.23 0.13 0.26 0.33 0.26 0.17 0.14 0.44 0.13 0.26 0.22 0.25 0.40 0.41 0.27
C6 0.36 0.18 0.29 0.24 0.22 0.26 0.18 0.25 0.16 0.26 0.15 0.22 0.24 0.23 0.28 0.28 0.19 0.39 0.38 0.19 0.65 0.74 0.48
N1 0.35 0.21 0.32 0.22 0.21 0.32 0.16 0.30 0.16 0.22 0.15 0.28 0.28 0.20 0.26 0.34 0.23 0.48 0.27 0.20 0.56 0.60 0.35
N3 0.29 0.27 0.22 0.19 0.21 0.22 0.17 0.21 0.16 0.21 0.17 0.34 0.29 0.22 0.23 0.26 0.18 0.36 0.46 0.23 0.79 0.93 0.60
N4 0.23 0.22 0.13 0.21 0.16 0.14 0.14 0.26 0.17 0.22 0.20 0.27 0.21 0.23 0.19 0.37 0.13 0.21 0.75 0.24 1.13 1.32 0.96
O2 0.32 0.28 0.31 0.20 0.22 0.37 0.17 0.37 0.18 0.20 0.18 0.40 0.32 0.19 0.24 0.38 0.25 0.51 0.27 0.25 0.62 0.60 0.33
O2' 0.32 0.28 0.36 0.21 0.22 0.46 0.18 0.46 0.19 0.19 0.22 0.39 0.30 0.18 0.23 0.54 0.25 0.58 0.31 0.23 0.62 0.42 0.36
O3' 0.22 0.22 0.33 0.18 0.13 0.25 0.14 0.21 0.16 0.16 0.17 0.34 0.22 0.19 0.13 0.44 0.18 0.38 0.22 0.22 0.48 0.53 0.31
O4' 0.27 0.24 0.37 0.24 0.13 0.42 0.13 0.41 0.18 0.15 0.22 0.31 0.21 0.13 0.16 0.52 0.30 0.51 0.28 0.21 0.50 0.36 0.30
O5' 0.16 0.35 0.35 0.13 0.34 0.18 0.45 0.10 0.49 0.39 0.44 0.34 0.30 0.48 0.29 0.44 0.02 0.21 0.22 0.55 0.48 0.42 0.31
OP1 0.42 0.26 0.26 0.27 0.21 0.54 0.14 0.46 0.14 0.18 0.18 0.33 0.30 0.17 0.24 0.40 0.03 0.53 0.72 0.17 0.69 0.78 0.70
OP2 0.22 0.50 0.22 0.23 0.53 0.16 0.70 0.36 0.75 0.64 0.65 0.43 0.42 0.77 0.47 0.12 0.03 0.18 0.41 0.84 0.71 0.62 0.53
P 0.12 0.21 0.13 0.02 0.18 0.18 0.29 0.14 0.33 0.26 0.27 0.23 0.17 0.35 0.13 0.23 0.01 0.17 0.30 0.39 0.47 0.46 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.24 0.03 0.44 0.35 0.28
C2 0.04 0.00 0.23 0.12 0.02 0.22 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.17 0.30 0.37 0.01 0.68 0.59 0.42
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.12 0.11 0.12 0.18 0.27 0.22 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.17 0.09 0.36 0.18 0.19
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.12 0.00 0.17 0.02 0.17 0.19 0.15 0.13 0.10 0.21 0.11 0.02 0.01 0.01 0.13 0.19 0.32 0.19 0.15
C4 0.01 0.02 0.12 0.12 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.15 0.44 0.02 0.67 0.67 0.49
C4' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.06 0.20 0.14 0.30 0.21 0.16 0.06 0.15 0.03 0.01 0.02 0.06 0.17 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.06 0.61 0.02 0.84 0.95 0.68
C5' 0.05 0.31 0.12 0.02 0.14 0.01 0.12 0.00 0.14 0.25 0.23 0.41 0.29 0.22 0.09 0.06 0.11 0.02 0.02 0.14 0.22 0.25 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.13 0.59 0.01 0.85 0.98 0.68
C8 0.01 0.02 0.12 0.19 0.01 0.20 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.09 0.17 0.73 0.03 0.92 0.97 0.80
N1 0.03 0.00 0.18 0.15 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.23 0.47 0.01 0.75 0.79 0.53
N2 0.06 0.01 0.27 0.13 0.02 0.30 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.37 0.22 0.38 0.34 0.02 0.70 0.48 0.39
N3 0.03 0.01 0.22 0.10 0.01 0.21 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.26 0.18 0.30 0.32 0.02 0.62 0.49 0.37
N7 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.09 0.09 0.77 0.03 1.00 1.15 0.87
N9 0.01 0.03 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.47 0.02 0.66 0.64 0.50
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.08 0.15 0.13 0.06 0.10 0.34 0.16 0.37 0.26 0.29 0.12 0.00 0.07 0.11 0.11 0.14 0.25 0.22 0.13
O3' 0.19 0.17 0.03 0.01 0.10 0.03 0.07 0.11 0.09 0.09 0.12 0.22 0.18 0.09 0.09 0.07 0.00 0.12 0.16 0.09 0.38 0.35 0.23
O4' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.15 0.01 0.06 0.02 0.13 0.17 0.23 0.38 0.30 0.09 0.02 0.11 0.12 0.00 0.24 0.10 0.39 0.42 0.31
O5' 0.24 0.37 0.17 0.13 0.44 0.02 0.61 0.02 0.59 0.73 0.47 0.34 0.32 0.77 0.47 0.11 0.16 0.24 0.00 0.67 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.19 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.14 0.09 0.10 0.67 0.00 0.94 1.14 0.79
OP1 0.44 0.68 0.36 0.32 0.67 0.17 0.84 0.22 0.85 0.92 0.75 0.70 0.62 1.00 0.66 0.25 0.38 0.39 0.03 0.94 0.00 0.03 0.01
OP2 0.35 0.59 0.18 0.19 0.67 0.22 0.95 0.25 0.98 0.97 0.79 0.48 0.49 1.15 0.64 0.22 0.35 0.42 0.02 1.14 0.03 0.00 0.01
P 0.28 0.42 0.19 0.15 0.49 0.08 0.68 0.03 0.68 0.80 0.53 0.39 0.37 0.87 0.50 0.13 0.23 0.31 0.01 0.79 0.01 0.01 0.00