ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54495

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 3, 2, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.041 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.008, 0.046, 0.085, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.046 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.209, 0.337, 0.466, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.337 std_dev=0.129
N9 B 0, 0.222, 0.382, 0.541, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.382 std_dev=0.160
C8 B 0, 0.288, 0.482, 0.675, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.482 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.213, 0.413, 0.612, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.413 std_dev=0.200
N7 B 0, 0.277, 0.519, 0.762, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.519 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.206, 0.450, 0.695, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.450 std_dev=0.245
C1' B 0, 0.225, 0.506, 0.788, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.506 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.241, 0.554, 0.868, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.554 std_dev=0.314
C2 B 0, 0.214, 0.544, 0.875, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.544 std_dev=0.331
O4' A 0, 0.134, 0.490, 0.846, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.490 std_dev=0.356
N1 B 0, 0.208, 0.570, 0.932, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.570 std_dev=0.362
C2' A 0, 0.149, 0.537, 0.925, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.537 std_dev=0.388
O6 B 0, 0.275, 0.734, 1.192, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.734 std_dev=0.458
C2' B 0, 0.769, 1.231, 1.693, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.231 std_dev=0.462
OP2 A 0, 0.465, 0.945, 1.426, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.945 std_dev=0.481
N2 B 0, 0.234, 0.727, 1.221, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.727 std_dev=0.494
C3' A 0, 0.273, 0.834, 1.396, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.834 std_dev=0.562
O4' B 0, 0.510, 1.080, 1.650, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.080 std_dev=0.570
C4' A 0, 0.240, 0.816, 1.392, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.816 std_dev=0.576
C3' B 0, 1.124, 1.737, 2.350, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.737 std_dev=0.613
O2' B 0, 0.999, 1.644, 2.289, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.644 std_dev=0.645
O2' A 0, 0.029, 0.676, 1.324, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.676 std_dev=0.647
O5' A 0, 0.586, 1.266, 1.946, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.266 std_dev=0.680
C4' B 0, 0.988, 1.717, 2.446, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.717 std_dev=0.729
O3' A 0, 0.365, 1.133, 1.902, 2.718 max_d=2.718 avg_d=1.133 std_dev=0.768
C5' A 0, 0.521, 1.307, 2.093, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.307 std_dev=0.786
O5' B 0, 0.839, 1.664, 2.488, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.664 std_dev=0.824
P A 0, 0.838, 1.685, 2.532, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.685 std_dev=0.847
C5' B 0, 1.218, 2.121, 3.024, 3.380 max_d=3.380 avg_d=2.121 std_dev=0.903
O3' B 0, 1.434, 2.338, 3.242, 3.667 max_d=3.667 avg_d=2.338 std_dev=0.904
P B 0, 1.004, 1.933, 2.861, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.933 std_dev=0.928
OP2 B 0, 0.655, 1.747, 2.839, 4.473 max_d=4.473 avg_d=1.747 std_dev=1.092
OP1 A 0, 2.527, 3.761, 4.996, 5.305 max_d=5.305 avg_d=3.761 std_dev=1.234
OP1 B 0, 1.272, 2.700, 4.128, 5.288 max_d=5.288 avg_d=2.700 std_dev=1.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.24 0.01 0.14 0.14 0.21 0.15
C2 0.02 0.00 0.13 0.19 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.08 0.16 0.19 0.22 0.16
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.16 0.14 0.02 0.10 0.04 0.24 0.01 0.03 0.01 0.35 0.39 0.44 0.38
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.27 0.01 0.28 0.02 0.24 0.17 0.24 0.29 0.15 0.02 0.01 0.02 0.06 0.18 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.27 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.11 0.04 0.24 0.31 0.32 0.27
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.13 0.04 0.22 0.02 0.01 0.02 0.11 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.16 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.17 0.08 0.26 0.29 0.28 0.26
C5' 0.06 0.09 0.16 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.08 0.12 0.19 0.09 0.06 0.15 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01
C6 0.02 0.02 0.14 0.24 0.01 0.15 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.28 0.13 0.10 0.20 0.20 0.20 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.08 0.02 0.14 0.16 0.19 0.14
N3 0.02 0.00 0.10 0.24 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.11 0.06 0.20 0.25 0.28 0.22
N4 0.02 0.02 0.04 0.29 0.00 0.13 0.02 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.31 0.15 0.04 0.28 0.37 0.38 0.32
O2 0.04 0.01 0.24 0.15 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.28 0.13 0.14 0.17 0.21 0.14
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.28 0.22 0.33 0.06 0.28 0.16 0.20 0.31 0.10 0.00 0.05 0.16 0.27 0.33 0.51 0.33
O3' 0.24 0.15 0.03 0.01 0.11 0.02 0.17 0.15 0.13 0.08 0.11 0.15 0.28 0.05 0.00 0.17 0.18 0.35 0.32 0.25
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.06 0.04 0.13 0.16 0.17 0.00 0.08 0.10 0.16 0.13
O5' 0.14 0.16 0.35 0.06 0.24 0.02 0.26 0.01 0.20 0.14 0.20 0.28 0.14 0.27 0.18 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.14 0.19 0.39 0.18 0.31 0.11 0.29 0.12 0.20 0.16 0.25 0.37 0.17 0.33 0.35 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.22 0.44 0.14 0.32 0.06 0.28 0.05 0.20 0.19 0.28 0.38 0.21 0.51 0.32 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.16 0.38 0.09 0.27 0.03 0.26 0.01 0.18 0.14 0.22 0.32 0.14 0.33 0.25 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.36 0.14 0.25 0.20 0.19 0.23 0.30 0.28 0.20 0.33 0.48 0.28 0.23 0.15 0.25 0.28 0.13 0.61 0.30 0.87 0.85 0.62
C2 0.13 0.21 0.12 0.24 0.14 0.19 0.24 0.34 0.28 0.24 0.24 0.32 0.13 0.29 0.14 0.24 0.24 0.14 0.78 0.34 1.26 1.05 0.87
C2' 0.18 0.34 0.21 0.33 0.15 0.30 0.20 0.42 0.25 0.25 0.32 0.51 0.23 0.25 0.17 0.28 0.35 0.21 0.61 0.28 0.82 0.88 0.61
C3' 0.17 0.34 0.19 0.16 0.17 0.16 0.20 0.23 0.26 0.19 0.32 0.45 0.26 0.21 0.14 0.34 0.21 0.12 0.63 0.29 0.80 0.80 0.64
C4 0.18 0.22 0.18 0.29 0.12 0.30 0.19 0.46 0.14 0.28 0.15 0.33 0.17 0.30 0.18 0.24 0.29 0.23 0.94 0.20 1.52 1.22 1.08
C4' 0.19 0.25 0.20 0.19 0.12 0.19 0.13 0.23 0.16 0.18 0.21 0.36 0.20 0.17 0.14 0.34 0.23 0.16 0.49 0.18 0.59 0.65 0.45
C5 0.22 0.24 0.24 0.33 0.17 0.34 0.18 0.48 0.15 0.27 0.17 0.30 0.23 0.27 0.21 0.29 0.32 0.28 0.93 0.18 1.36 1.15 1.02
C5' 0.29 0.24 0.30 0.21 0.19 0.23 0.16 0.23 0.14 0.25 0.19 0.33 0.24 0.21 0.23 0.43 0.24 0.24 0.44 0.14 0.46 0.51 0.35
C6 0.19 0.28 0.21 0.30 0.20 0.28 0.20 0.40 0.20 0.23 0.22 0.35 0.27 0.24 0.19 0.29 0.29 0.22 0.79 0.21 1.11 1.01 0.84
N1 0.13 0.30 0.14 0.25 0.18 0.21 0.23 0.34 0.26 0.22 0.27 0.39 0.23 0.25 0.16 0.25 0.26 0.15 0.73 0.28 1.09 0.97 0.78
N3 0.14 0.18 0.14 0.25 0.12 0.23 0.23 0.39 0.23 0.26 0.14 0.33 0.13 0.31 0.16 0.24 0.25 0.17 0.87 0.30 1.45 1.16 1.00
N4 0.20 0.29 0.20 0.31 0.13 0.34 0.16 0.51 0.13 0.30 0.26 0.39 0.21 0.32 0.20 0.24 0.31 0.28 1.01 0.17 1.70 1.33 1.21
O2 0.14 0.20 0.13 0.23 0.14 0.17 0.26 0.30 0.32 0.23 0.29 0.31 0.12 0.29 0.14 0.26 0.23 0.13 0.74 0.40 1.23 1.01 0.82
O2' 0.11 0.37 0.12 0.26 0.19 0.22 0.26 0.38 0.31 0.27 0.35 0.56 0.27 0.31 0.16 0.28 0.27 0.13 0.56 0.36 0.74 0.85 0.55
O3' 0.20 0.28 0.22 0.18 0.13 0.19 0.13 0.25 0.17 0.19 0.24 0.42 0.23 0.17 0.14 0.37 0.24 0.16 0.66 0.19 0.85 0.80 0.68
O4' 0.14 0.26 0.15 0.26 0.15 0.20 0.17 0.27 0.19 0.18 0.23 0.36 0.21 0.19 0.13 0.27 0.31 0.14 0.54 0.21 0.71 0.74 0.52
O5' 0.26 0.30 0.32 0.18 0.21 0.16 0.18 0.21 0.18 0.25 0.24 0.37 0.28 0.21 0.22 0.41 0.21 0.17 0.58 0.16 0.62 0.61 0.51
OP1 0.07 0.25 0.11 0.16 0.13 0.25 0.15 0.36 0.18 0.17 0.22 0.32 0.21 0.18 0.09 0.20 0.27 0.16 0.49 0.20 0.56 0.56 0.39
OP2 0.11 0.29 0.11 0.11 0.20 0.26 0.23 0.42 0.26 0.25 0.28 0.35 0.25 0.26 0.17 0.18 0.12 0.21 0.82 0.27 0.95 0.92 0.81
P 0.09 0.24 0.14 0.18 0.12 0.22 0.12 0.31 0.15 0.17 0.20 0.31 0.21 0.16 0.09 0.20 0.26 0.14 0.57 0.15 0.57 0.60 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.24 0.02 0.84 0.32 0.34
C2 0.07 0.00 0.16 0.21 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.25 0.06 0.56 0.01 1.25 0.66 0.64
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.12 0.19 0.16 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.33 0.06 0.66 0.32 0.34
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.12 0.00 0.10 0.02 0.13 0.11 0.18 0.25 0.20 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.41 0.12 0.48 0.32 0.32
C4 0.03 0.01 0.08 0.12 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.03 0.51 0.01 1.15 0.62 0.59
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.09 0.13 0.10 0.08 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.10 0.42 0.27 0.18
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.57 0.02 1.27 0.74 0.70
C5' 0.03 0.17 0.03 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.19 0.15 0.18 0.18 0.15 0.18 0.10 0.06 0.05 0.01 0.01 0.22 0.29 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.60 0.01 1.37 0.81 0.76
C8 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.11 0.06 0.48 0.03 1.08 0.62 0.60
N1 0.06 0.01 0.12 0.18 0.02 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.21 0.04 0.60 0.01 1.35 0.76 0.72
N2 0.08 0.00 0.19 0.25 0.02 0.13 0.01 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.32 0.08 0.55 0.02 1.25 0.64 0.63
N3 0.07 0.01 0.16 0.20 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.23 0.07 0.51 0.01 1.15 0.58 0.57
N7 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05 0.54 0.03 1.24 0.77 0.72
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.43 0.02 1.01 0.51 0.50
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.11 0.17 0.12 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.14 0.07 0.61 0.24 0.28
O3' 0.04 0.25 0.02 0.01 0.13 0.02 0.10 0.05 0.14 0.11 0.21 0.32 0.23 0.09 0.05 0.04 0.00 0.03 0.35 0.14 0.36 0.28 0.24
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.18 0.04 0.77 0.30 0.32
O5' 0.24 0.56 0.33 0.41 0.51 0.02 0.57 0.01 0.60 0.48 0.60 0.55 0.51 0.54 0.43 0.14 0.35 0.18 0.00 0.61 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.10 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.14 0.04 0.61 0.00 1.43 0.88 0.81
OP1 0.84 1.25 0.66 0.48 1.15 0.42 1.27 0.29 1.37 1.08 1.35 1.25 1.15 1.24 1.01 0.61 0.36 0.77 0.02 1.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.66 0.32 0.32 0.62 0.27 0.74 0.37 0.81 0.62 0.76 0.64 0.58 0.77 0.51 0.24 0.28 0.30 0.03 0.88 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.64 0.34 0.32 0.59 0.18 0.70 0.02 0.76 0.60 0.72 0.63 0.57 0.72 0.50 0.28 0.24 0.32 0.01 0.81 0.01 0.01 0.00