Doublet Group distance statistics: 54497

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 2, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.045 std_dev=0.035
N4	A	0, 0.008, 0.054, 0.100, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.054 std_dev=0.046
O2'	A	0, 0.148, 0.258, 0.369, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.258 std_dev=0.111
C2'	A	0, 0.087, 0.220, 0.353, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.220 std_dev=0.133
C2	B	0, 0.229, 0.397, 0.565, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.397 std_dev=0.168
O4'	A	0, 0.060, 0.231, 0.401, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.231 std_dev=0.171
N1	B	0, 0.264, 0.445, 0.627, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.445 std_dev=0.182
N3	B	0, 0.209, 0.402, 0.596, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.402 std_dev=0.193
C6	B	0, 0.265, 0.478, 0.692, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.478 std_dev=0.213
C3'	A	0, 0.175, 0.391, 0.606, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.391 std_dev=0.216
N2	B	0, 0.250, 0.470, 0.690, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.470 std_dev=0.220
C4'	A	0, 0.105, 0.339, 0.573, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.339 std_dev=0.234
C4	B	0, 0.269, 0.504, 0.740, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.504 std_dev=0.235
C5	B	0, 0.300, 0.538, 0.776, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.538 std_dev=0.238
O6	B	0, 0.286, 0.547, 0.808, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.547 std_dev=0.261
O5'	A	0, 0.282, 0.588, 0.893, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.588 std_dev=0.305
N7	B	0, 0.391, 0.704, 1.016, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.704 std_dev=0.313
N9	B	0, 0.364, 0.684, 1.004, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.684 std_dev=0.320
O3'	A	0, 0.243, 0.578, 0.913, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.578 std_dev=0.335
P	A	0, 0.450, 0.790, 1.130, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.790 std_dev=0.340
C5'	A	0, 0.192, 0.536, 0.879, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.536 std_dev=0.344
C8	B	0, 0.425, 0.787, 1.148, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.787 std_dev=0.362
C1'	B	0, 0.448, 0.812, 1.177, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.812 std_dev=0.365
OP1	A	0, 0.501, 0.870, 1.240, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.870 std_dev=0.369
C3'	B	0, 0.421, 0.796, 1.171, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.796 std_dev=0.375
C2'	B	0, 0.368, 0.743, 1.118, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.743 std_dev=0.375
O3'	B	0, 0.460, 0.841, 1.223, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.841 std_dev=0.382
OP2	A	0, 0.505, 0.892, 1.278, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.892 std_dev=0.387
O2'	B	0, 0.539, 0.934, 1.329, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.934 std_dev=0.395
O4'	B	0, 0.548, 0.953, 1.357, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.953 std_dev=0.404
C4'	B	0, 0.529, 0.976, 1.424, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.976 std_dev=0.448
C5'	B	0, 0.491, 1.073, 1.655, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.073 std_dev=0.582
O5'	B	0, 0.703, 1.402, 2.100, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.402 std_dev=0.699
P	B	0, 0.807, 1.950, 3.094, 5.103 max_d=5.103 avg_d=1.950 std_dev=1.144
OP1	B	0, 1.305, 2.818, 4.330, 6.520 max_d=6.520 avg_d=2.818 std_dev=1.513
OP2	B	0, 0.897, 2.454, 4.011, 6.473 max_d=6.473 avg_d=2.454 std_dev=1.557

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.07	0.10	0.12	0.07
C2	0.02	0.00	0.08	0.11	0.01	0.05	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.05	0.14	0.02	0.10	0.12	0.20	0.14
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.06	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.09	0.07	0.10	0.00	0.02	0.01	0.07	0.13	0.14	0.09
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.12	0.00	0.08	0.03	0.06	0.06	0.13	0.13	0.12	0.01	0.00	0.01	0.07	0.14	0.12	0.08
C4	0.02	0.01	0.06	0.12	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.15	0.03	0.14	0.17	0.25	0.19
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.06	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.06	0.06	0.05	0.07	0.02	0.00	0.01	0.10	0.04	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.03	0.15	0.18	0.25	0.19
C5'	0.02	0.07	0.02	0.03	0.10	0.01	0.11	0.00	0.10	0.07	0.08	0.11	0.05	0.07	0.05	0.01	0.01	0.10	0.02	0.02
C6	0.01	0.00	0.02	0.06	0.01	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.03	0.15	0.16	0.21	0.16
N1	0.01	0.00	0.03	0.06	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.02	0.11	0.12	0.18	0.12
N3	0.02	0.00	0.09	0.13	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.17	0.03	0.12	0.15	0.23	0.17
N4	0.02	0.01	0.07	0.13	0.00	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.18	0.03	0.14	0.19	0.27	0.21
O2	0.02	0.00	0.10	0.12	0.01	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.07	0.15	0.03	0.09	0.11	0.18	0.11
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.05	0.07	0.02	0.07	0.01	0.02	0.06	0.05	0.07	0.00	0.04	0.04	0.05	0.14	0.10	0.06
O3'	0.01	0.14	0.02	0.00	0.15	0.02	0.10	0.05	0.07	0.07	0.17	0.18	0.15	0.04	0.00	0.02	0.12	0.20	0.15	0.13
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.03	0.03	0.04	0.02	0.00	0.07	0.09	0.08	0.06
O5'	0.07	0.10	0.07	0.07	0.14	0.01	0.15	0.01	0.15	0.11	0.12	0.14	0.09	0.05	0.12	0.07	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.10	0.12	0.13	0.14	0.17	0.10	0.18	0.10	0.16	0.12	0.15	0.19	0.11	0.14	0.20	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.20	0.14	0.12	0.25	0.04	0.25	0.02	0.21	0.18	0.23	0.27	0.18	0.10	0.15	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.14	0.09	0.08	0.19	0.02	0.19	0.02	0.16	0.12	0.17	0.21	0.11	0.06	0.13	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.21	0.18	0.18	0.14	0.12	0.15	0.13	0.16	0.17	0.16	0.21	0.26	0.11	0.14	0.16	0.34	0.14	0.17	0.72	0.20	1.36	1.03	0.89
C2	0.15	0.13	0.15	0.14	0.13	0.13	0.19	0.23	0.23	0.19	0.22	0.17	0.08	0.21	0.15	0.28	0.14	0.13	0.93	0.28	1.57	1.41	1.14
C2'	0.19	0.17	0.17	0.11	0.11	0.12	0.13	0.15	0.16	0.15	0.19	0.24	0.11	0.14	0.14	0.33	0.13	0.15	0.73	0.19	1.34	1.05	0.90
C3'	0.17	0.21	0.17	0.11	0.13	0.11	0.14	0.14	0.16	0.17	0.20	0.28	0.15	0.15	0.15	0.30	0.12	0.13	0.67	0.17	1.25	0.94	0.82
C4	0.19	0.12	0.18	0.20	0.18	0.23	0.23	0.35	0.22	0.27	0.17	0.16	0.12	0.28	0.22	0.24	0.19	0.22	1.07	0.25	1.74	1.67	1.33
C4'	0.19	0.25	0.18	0.15	0.14	0.17	0.14	0.16	0.18	0.17	0.24	0.35	0.19	0.15	0.15	0.32	0.16	0.18	0.54	0.18	1.16	0.72	0.69
C5	0.20	0.12	0.19	0.20	0.16	0.22	0.17	0.33	0.14	0.24	0.14	0.16	0.12	0.22	0.21	0.24	0.19	0.22	1.03	0.16	1.66	1.54	1.26
C5'	0.17	0.29	0.17	0.15	0.17	0.16	0.17	0.16	0.20	0.17	0.26	0.37	0.24	0.16	0.16	0.25	0.16	0.16	0.46	0.20	1.05	0.57	0.59
C6	0.19	0.14	0.18	0.15	0.14	0.15	0.14	0.24	0.14	0.19	0.16	0.18	0.11	0.17	0.18	0.27	0.16	0.16	0.91	0.16	1.51	1.30	1.09
N1	0.17	0.15	0.16	0.13	0.13	0.12	0.15	0.20	0.18	0.17	0.20	0.21	0.09	0.17	0.16	0.30	0.14	0.14	0.86	0.21	1.48	1.25	1.04
N3	0.16	0.12	0.15	0.17	0.16	0.17	0.23	0.30	0.26	0.24	0.21	0.16	0.10	0.27	0.18	0.25	0.16	0.17	1.02	0.31	1.69	1.59	1.27
N4	0.24	0.12	0.20	0.23	0.22	0.29	0.27	0.42	0.23	0.34	0.15	0.16	0.14	0.36	0.27	0.23	0.21	0.29	1.14	0.28	1.85	1.84	1.45
O2	0.15	0.13	0.15	0.12	0.13	0.11	0.19	0.20	0.25	0.18	0.23	0.16	0.08	0.21	0.14	0.30	0.13	0.12	0.89	0.31	1.54	1.36	1.10
O2'	0.25	0.18	0.22	0.16	0.13	0.19	0.13	0.16	0.18	0.17	0.21	0.25	0.13	0.14	0.17	0.39	0.16	0.22	0.64	0.21	1.30	0.90	0.82
O3'	0.19	0.22	0.19	0.14	0.14	0.16	0.15	0.16	0.16	0.18	0.21	0.30	0.17	0.16	0.16	0.30	0.15	0.17	0.60	0.17	1.17	0.86	0.75
O4'	0.22	0.24	0.20	0.17	0.13	0.19	0.14	0.18	0.18	0.17	0.24	0.34	0.15	0.14	0.16	0.35	0.18	0.20	0.62	0.19	1.26	0.83	0.78
O5'	0.18	0.30	0.21	0.07	0.18	0.06	0.14	0.09	0.18	0.14	0.25	0.37	0.27	0.11	0.16	0.27	0.02	0.12	0.65	0.16	1.17	0.79	0.77
OP1	0.06	0.26	0.11	0.02	0.12	0.09	0.10	0.18	0.15	0.09	0.22	0.34	0.22	0.10	0.04	0.17	0.02	0.05	0.51	0.17	0.87	0.59	0.52
OP2	0.09	0.26	0.09	0.07	0.18	0.16	0.20	0.26	0.24	0.18	0.26	0.30	0.22	0.21	0.13	0.11	0.02	0.13	0.82	0.27	1.33	0.89	0.96
P	0.05	0.25	0.10	0.02	0.12	0.07	0.11	0.15	0.16	0.08	0.21	0.31	0.21	0.09	0.04	0.14	0.01	0.04	0.61	0.17	1.04	0.64	0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.04	0.04	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.25	0.03	0.79	0.64	0.41
C2	0.04	0.00	0.13	0.20	0.01	0.10	0.00	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.23	0.03	0.63	0.01	1.31	1.12	0.84
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.06	0.02	0.04	0.01	0.07	0.05	0.10	0.15	0.13	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.32	0.06	0.93	0.52	0.49
C3'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.12	0.00	0.10	0.01	0.13	0.06	0.17	0.23	0.18	0.07	0.05	0.01	0.01	0.01	0.44	0.13	0.87	0.45	0.52
C4	0.02	0.01	0.06	0.12	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.12	0.02	0.62	0.01	1.25	1.09	0.82
C4'	0.01	0.10	0.02	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.09	0.06	0.10	0.12	0.10	0.07	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.09	0.53	0.34	0.22
C5	0.02	0.00	0.04	0.10	0.00	0.07	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.10	0.01	0.73	0.01	1.47	1.32	1.00
C5'	0.02	0.14	0.01	0.01	0.12	0.00	0.14	0.00	0.16	0.11	0.16	0.15	0.12	0.14	0.08	0.04	0.03	0.01	0.01	0.17	0.31	0.37	0.02
C6	0.03	0.01	0.07	0.13	0.01	0.09	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.15	0.02	0.77	0.00	1.57	1.40	1.07
C8	0.01	0.01	0.05	0.06	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.02	0.64	0.01	1.25	1.20	0.90
N1	0.04	0.00	0.10	0.17	0.01	0.10	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.20	0.02	0.72	0.01	1.48	1.30	0.98
N2	0.04	0.00	0.15	0.23	0.01	0.12	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.14	0.28	0.04	0.60	0.01	1.27	1.06	0.79
N3	0.04	0.00	0.13	0.18	0.00	0.10	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.11	0.20	0.03	0.56	0.01	1.18	0.99	0.73
N7	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.07	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.07	0.02	0.74	0.01	1.50	1.39	1.07
N9	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.04	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.01	0.52	0.02	1.08	0.97	0.70
O2'	0.02	0.12	0.00	0.01	0.06	0.04	0.05	0.04	0.08	0.03	0.10	0.14	0.11	0.04	0.02	0.00	0.06	0.04	0.09	0.07	0.89	0.35	0.40
O3'	0.02	0.23	0.02	0.01	0.12	0.02	0.10	0.03	0.15	0.07	0.20	0.28	0.20	0.07	0.04	0.06	0.00	0.02	0.41	0.15	0.88	0.41	0.48
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.16	0.02	0.52	0.58	0.28
O5'	0.25	0.63	0.32	0.44	0.62	0.01	0.73	0.01	0.77	0.64	0.72	0.60	0.56	0.74	0.52	0.09	0.41	0.16	0.00	0.81	0.02	0.02	0.01
O6	0.03	0.01	0.06	0.13	0.01	0.09	0.01	0.17	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.15	0.02	0.81	0.00	1.69	1.52	1.17
OP1	0.79	1.31	0.93	0.87	1.25	0.53	1.47	0.31	1.57	1.25	1.48	1.27	1.18	1.50	1.08	0.89	0.88	0.52	0.02	1.69	0.00	0.01	0.01
OP2	0.64	1.12	0.52	0.45	1.09	0.34	1.32	0.37	1.40	1.20	1.30	1.06	0.99	1.39	0.97	0.35	0.41	0.58	0.02	1.52	0.01	0.00	0.01
P	0.41	0.84	0.49	0.52	0.82	0.22	1.00	0.02	1.07	0.90	0.98	0.79	0.73	1.07	0.70	0.40	0.48	0.28	0.01	1.17	0.01	0.01	0.00