ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54501

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.001, 0.019, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.006, 0.019, 0.044, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.025
C6 A 0, -0.006, 0.022, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.022 std_dev=0.027
C1' A 0, -0.004, 0.027, 0.059, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.027 std_dev=0.031
N1 A 0, -0.008, 0.039, 0.085, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.039 std_dev=0.046
N4 A 0, -0.010, 0.037, 0.085, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.037 std_dev=0.047
O2 A 0, -0.012, 0.044, 0.099, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.044 std_dev=0.056
C5' B 0, 0.289, 0.647, 1.006, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.647 std_dev=0.358
O4' A 0, 0.119, 0.487, 0.854, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.487 std_dev=0.368
C4' B 0, 0.153, 0.547, 0.941, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.547 std_dev=0.394
C2 B 0, 0.280, 0.675, 1.070, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.675 std_dev=0.395
N3 B 0, 0.235, 0.630, 1.025, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.630 std_dev=0.395
C3' B 0, 0.186, 0.593, 1.001, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.593 std_dev=0.407
N2 B 0, 0.343, 0.769, 1.195, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.769 std_dev=0.426
N1 B 0, 0.269, 0.709, 1.149, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.709 std_dev=0.440
C4 B 0, 0.154, 0.598, 1.043, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.598 std_dev=0.445
O4' B 0, 0.223, 0.673, 1.124, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.673 std_dev=0.450
C2' A 0, 0.150, 0.602, 1.054, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.602 std_dev=0.452
N9 B 0, 0.107, 0.599, 1.091, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.599 std_dev=0.492
C1' B 0, 0.162, 0.657, 1.151, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.657 std_dev=0.495
O3' B 0, 0.238, 0.736, 1.234, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.736 std_dev=0.498
C5 B 0, 0.137, 0.654, 1.172, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.654 std_dev=0.518
C6 B 0, 0.194, 0.717, 1.239, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.717 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.219, 0.744, 1.269, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.744 std_dev=0.525
C8 B 0, 0.143, 0.690, 1.237, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.690 std_dev=0.547
N7 B 0, 0.175, 0.745, 1.314, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.745 std_dev=0.569
O6 B 0, 0.224, 0.838, 1.453, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.838 std_dev=0.614
O2' B 0, 0.356, 0.978, 1.601, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.978 std_dev=0.622
P A 0, 0.173, 0.818, 1.462, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.818 std_dev=0.644
C4' A 0, 0.246, 0.908, 1.571, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.908 std_dev=0.663
OP2 A 0, 0.187, 0.852, 1.518, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.852 std_dev=0.666
O5' A 0, 0.177, 0.856, 1.535, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.856 std_dev=0.679
C3' A 0, 0.267, 0.994, 1.720, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.994 std_dev=0.726
OP1 A 0, 0.200, 0.998, 1.795, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.998 std_dev=0.798
C5' A 0, 0.324, 1.129, 1.934, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.129 std_dev=0.805
O2' A 0, 0.266, 1.199, 2.131, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.199 std_dev=0.932
O5' B 0, 0.452, 1.438, 2.425, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.438 std_dev=0.987
P B 0, 0.764, 1.844, 2.923, 3.301 max_d=3.301 avg_d=1.844 std_dev=1.079
OP1 B 0, 0.957, 2.088, 3.218, 3.386 max_d=3.386 avg_d=2.088 std_dev=1.131
OP2 B 0, 0.773, 1.931, 3.090, 3.414 max_d=3.414 avg_d=1.931 std_dev=1.159
O3' A 0, 0.442, 1.664, 2.887, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.664 std_dev=1.222

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.26 0.00 0.14 0.26 0.30 0.20
C2 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.09 0.18 0.16 0.12 0.04
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.11 0.01 0.16 0.17 0.17 0.02 0.09 0.12 0.19 0.00 0.02 0.02 0.38 0.52 0.63 0.49
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.32 0.00 0.39 0.02 0.36 0.21 0.23 0.35 0.11 0.03 0.01 0.02 0.11 0.43 0.22 0.21
C4 0.03 0.01 0.11 0.32 0.00 0.14 0.01 0.19 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.43 0.13 0.02 0.27 0.17 0.16 0.15
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.23 0.09 0.06 0.15 0.13 0.29 0.01 0.01 0.02 0.25 0.08 0.05
C5 0.04 0.01 0.16 0.39 0.01 0.23 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.50 0.28 0.09 0.31 0.20 0.16 0.19
C5' 0.06 0.11 0.17 0.02 0.19 0.01 0.25 0.00 0.22 0.09 0.13 0.21 0.16 0.12 0.18 0.01 0.00 0.14 0.03 0.01
C6 0.04 0.01 0.17 0.36 0.03 0.23 0.01 0.22 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.43 0.24 0.11 0.24 0.15 0.10 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.05 0.02 0.15 0.16 0.16 0.05
N3 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.06 0.01 0.13 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.07 0.07 0.21 0.13 0.11 0.06
N4 0.04 0.01 0.12 0.35 0.00 0.15 0.02 0.21 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.47 0.17 0.02 0.31 0.21 0.23 0.21
O2 0.06 0.01 0.19 0.11 0.02 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.40 0.17 0.20 0.23 0.16 0.11
O2' 0.02 0.19 0.00 0.03 0.43 0.29 0.50 0.12 0.43 0.22 0.30 0.47 0.16 0.00 0.01 0.20 0.26 0.51 0.72 0.44
O3' 0.26 0.19 0.02 0.01 0.13 0.01 0.28 0.18 0.24 0.05 0.07 0.17 0.40 0.01 0.00 0.16 0.24 0.62 0.33 0.34
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.07 0.02 0.17 0.20 0.16 0.00 0.09 0.13 0.21 0.12
O5' 0.14 0.18 0.38 0.11 0.27 0.02 0.31 0.00 0.24 0.15 0.21 0.31 0.20 0.26 0.24 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.26 0.16 0.52 0.43 0.17 0.25 0.20 0.14 0.15 0.16 0.13 0.21 0.23 0.51 0.62 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.12 0.63 0.22 0.16 0.08 0.16 0.03 0.10 0.16 0.11 0.23 0.16 0.72 0.33 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.04 0.49 0.21 0.15 0.05 0.19 0.01 0.09 0.05 0.06 0.21 0.11 0.44 0.34 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.39 0.31 0.30 0.07 0.30 0.09 0.28 0.22 0.20 0.36 0.58 0.24 0.15 0.16 0.46 0.32 0.28 0.62 0.25 0.70 0.54 0.60
C2 0.38 0.21 0.40 0.31 0.22 0.34 0.15 0.25 0.13 0.31 0.23 0.33 0.19 0.22 0.32 0.52 0.29 0.37 0.78 0.17 0.81 0.69 0.75
C2' 0.29 0.36 0.32 0.42 0.17 0.40 0.25 0.47 0.26 0.42 0.34 0.57 0.19 0.39 0.29 0.32 0.44 0.34 0.61 0.30 0.74 0.66 0.65
C3' 0.11 0.48 0.11 0.10 0.26 0.12 0.29 0.13 0.39 0.20 0.48 0.60 0.36 0.24 0.16 0.18 0.13 0.10 0.32 0.40 0.43 0.26 0.33
C4 0.43 0.08 0.45 0.33 0.28 0.36 0.22 0.24 0.09 0.42 0.16 0.16 0.20 0.33 0.41 0.51 0.28 0.44 0.96 0.18 0.97 0.87 0.92
C4' 0.07 0.47 0.07 0.13 0.25 0.16 0.28 0.17 0.37 0.18 0.46 0.57 0.36 0.22 0.14 0.19 0.23 0.09 0.35 0.38 0.49 0.29 0.37
C5 0.40 0.17 0.45 0.34 0.15 0.34 0.12 0.23 0.22 0.36 0.26 0.26 0.13 0.26 0.33 0.50 0.29 0.41 0.93 0.32 0.95 0.82 0.89
C5' 0.26 0.59 0.23 0.09 0.45 0.10 0.45 0.13 0.52 0.34 0.59 0.65 0.53 0.39 0.34 0.17 0.16 0.17 0.23 0.51 0.42 0.20 0.26
C6 0.35 0.26 0.42 0.31 0.09 0.32 0.10 0.23 0.22 0.28 0.30 0.38 0.17 0.21 0.26 0.51 0.27 0.36 0.81 0.30 0.85 0.69 0.77
N1 0.35 0.28 0.40 0.31 0.12 0.33 0.08 0.26 0.17 0.27 0.29 0.43 0.17 0.18 0.27 0.52 0.28 0.35 0.74 0.22 0.78 0.63 0.70
N3 0.43 0.11 0.44 0.32 0.31 0.36 0.24 0.25 0.10 0.40 0.13 0.16 0.25 0.31 0.40 0.53 0.28 0.42 0.89 0.12 0.90 0.80 0.86
N4 0.45 0.14 0.45 0.34 0.34 0.36 0.32 0.23 0.16 0.48 0.16 0.15 0.25 0.43 0.44 0.50 0.29 0.46 1.03 0.19 1.04 0.98 1.01
O2 0.36 0.22 0.38 0.30 0.23 0.34 0.18 0.26 0.18 0.29 0.26 0.35 0.21 0.22 0.31 0.52 0.30 0.36 0.72 0.21 0.75 0.64 0.69
O2' 0.21 0.29 0.22 0.30 0.13 0.26 0.30 0.38 0.26 0.46 0.20 0.58 0.19 0.49 0.26 0.33 0.27 0.24 0.59 0.37 0.74 0.78 0.68
O3' 0.05 0.30 0.06 0.12 0.14 0.12 0.19 0.16 0.26 0.14 0.31 0.38 0.21 0.18 0.08 0.17 0.18 0.06 0.35 0.29 0.46 0.28 0.36
O4' 0.19 0.43 0.28 0.31 0.13 0.32 0.17 0.30 0.30 0.13 0.42 0.57 0.28 0.12 0.07 0.45 0.38 0.24 0.60 0.32 0.70 0.49 0.58
O5' 0.37 0.73 0.35 0.18 0.61 0.14 0.62 0.06 0.68 0.47 0.74 0.76 0.67 0.54 0.48 0.25 0.00 0.26 0.20 0.66 0.46 0.14 0.25
OP1 0.09 0.47 0.16 0.03 0.30 0.15 0.32 0.34 0.39 0.22 0.47 0.55 0.40 0.27 0.18 0.21 0.01 0.08 0.35 0.39 0.65 0.35 0.45
OP2 0.08 0.31 0.07 0.10 0.18 0.14 0.24 0.20 0.30 0.17 0.33 0.35 0.25 0.23 0.09 0.07 0.01 0.15 0.53 0.32 0.72 0.37 0.54
P 0.09 0.42 0.12 0.01 0.30 0.07 0.33 0.16 0.39 0.24 0.44 0.47 0.36 0.30 0.19 0.11 0.00 0.01 0.31 0.39 0.54 0.23 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.01 0.35 0.15 0.28
C2 0.04 0.00 0.15 0.19 0.00 0.08 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.21 0.03 0.52 0.02 0.52 0.45 0.49
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.12 0.18 0.15 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.05 0.31 0.12 0.22
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.15 0.01 0.18 0.02 0.19 0.20 0.20 0.20 0.17 0.21 0.12 0.02 0.00 0.01 0.23 0.20 0.33 0.08 0.19
C4 0.02 0.00 0.07 0.15 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.15 0.02 0.52 0.01 0.50 0.40 0.47
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.19 0.11 0.08 0.07 0.19 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.15 0.17 0.22 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.18 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.20 0.04 0.56 0.01 0.54 0.48 0.53
C5' 0.04 0.17 0.02 0.02 0.20 0.01 0.29 0.00 0.29 0.32 0.24 0.14 0.15 0.35 0.18 0.04 0.04 0.01 0.01 0.33 0.30 0.38 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.19 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.22 0.03 0.58 0.00 0.57 0.53 0.56
C8 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.19 0.01 0.32 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.22 0.05 0.53 0.02 0.49 0.36 0.48
N1 0.04 0.01 0.12 0.20 0.02 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.22 0.03 0.56 0.01 0.55 0.51 0.53
N2 0.05 0.01 0.18 0.20 0.01 0.08 0.02 0.14 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.25 0.04 0.51 0.03 0.52 0.45 0.48
N3 0.05 0.00 0.15 0.17 0.00 0.07 0.02 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.18 0.03 0.48 0.02 0.48 0.38 0.44
N7 0.02 0.02 0.07 0.21 0.00 0.19 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.25 0.05 0.57 0.03 0.54 0.47 0.54
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.02 0.48 0.01 0.46 0.31 0.42
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.07 0.06 0.12 0.22 0.15 0.04 0.01 0.00 0.04 0.08 0.05 0.05 0.08 0.11 0.05
O3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.15 0.02 0.20 0.04 0.22 0.22 0.22 0.25 0.18 0.25 0.11 0.04 0.00 0.02 0.10 0.24 0.17 0.23 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.02 0.00 0.24 0.05 0.29 0.08 0.21
O5' 0.33 0.52 0.26 0.23 0.52 0.02 0.56 0.01 0.58 0.53 0.56 0.51 0.48 0.57 0.48 0.05 0.10 0.24 0.00 0.59 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.05 0.20 0.01 0.15 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.24 0.05 0.59 0.00 0.59 0.57 0.58
OP1 0.35 0.52 0.31 0.33 0.50 0.17 0.54 0.30 0.57 0.49 0.55 0.52 0.48 0.54 0.46 0.08 0.17 0.29 0.01 0.59 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.45 0.12 0.08 0.40 0.22 0.48 0.38 0.53 0.36 0.51 0.45 0.38 0.47 0.31 0.11 0.23 0.08 0.01 0.57 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.49 0.22 0.19 0.47 0.03 0.53 0.01 0.56 0.48 0.53 0.48 0.44 0.54 0.42 0.05 0.10 0.21 0.01 0.58 0.01 0.00 0.00