Doublet Group distance statistics: 54502

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.009
O2	A	0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N4	A	0, 0.024, 0.051, 0.077, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.051 std_dev=0.027
C2'	A	0, 0.121, 0.269, 0.416, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.269 std_dev=0.147
O4'	A	0, 0.145, 0.315, 0.485, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.315 std_dev=0.170
O2'	A	0, 0.106, 0.279, 0.452, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.279 std_dev=0.173
C4	B	0, 0.202, 0.405, 0.609, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.405 std_dev=0.204
C5	B	0, 0.239, 0.502, 0.765, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.502 std_dev=0.263
C2'	B	0, 0.213, 0.477, 0.742, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.477 std_dev=0.264
C3'	A	0, 0.226, 0.507, 0.788, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.507 std_dev=0.281
N9	B	0, 0.145, 0.434, 0.722, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.434 std_dev=0.288
C1'	B	0, 0.233, 0.523, 0.813, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.523 std_dev=0.290
O3'	A	0, 0.284, 0.599, 0.914, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.599 std_dev=0.315
C4'	A	0, 0.238, 0.571, 0.903, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.571 std_dev=0.333
N3	B	0, 0.171, 0.506, 0.841, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.506 std_dev=0.335
N7	B	0, 0.335, 0.681, 1.028, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.681 std_dev=0.346
O5'	A	0, 0.223, 0.582, 0.941, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.582 std_dev=0.359
C8	B	0, 0.279, 0.642, 1.004, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.642 std_dev=0.363
C3'	B	0, 0.361, 0.755, 1.149, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.755 std_dev=0.394
O4'	B	0, 0.282, 0.685, 1.089, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.685 std_dev=0.403
C6	B	0, 0.113, 0.543, 0.973, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.543 std_dev=0.430
P	A	0, 0.383, 0.820, 1.257, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.820 std_dev=0.437
O2'	B	0, 0.161, 0.604, 1.047, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.604 std_dev=0.443
O3'	B	0, 0.417, 0.874, 1.331, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.874 std_dev=0.457
C2	B	0, 0.100, 0.595, 1.090, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.595 std_dev=0.495
N1	B	0, 0.019, 0.554, 1.090, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.554 std_dev=0.536
OP2	A	0, 0.468, 1.036, 1.604, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.036 std_dev=0.568
C4'	B	0, 0.405, 0.986, 1.566, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.986 std_dev=0.581
O6	B	0, 0.082, 0.666, 1.251, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.666 std_dev=0.585
OP1	A	0, 0.287, 0.951, 1.616, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.951 std_dev=0.665
N2	B	0, 0.181, 0.853, 1.525, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.853 std_dev=0.672
C5'	A	0, 0.394, 1.113, 1.832, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.113 std_dev=0.719
O5'	B	0, 0.642, 1.410, 2.178, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.410 std_dev=0.768
C5'	B	0, 0.602, 1.391, 2.180, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.391 std_dev=0.789
P	B	0, 0.861, 1.929, 2.997, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.929 std_dev=1.068
OP1	B	0, 1.065, 2.280, 3.495, 3.400 max_d=3.400 avg_d=2.280 std_dev=1.215
OP2	B	0, 0.921, 2.138, 3.354, 3.155 max_d=3.155 avg_d=2.138 std_dev=1.217

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.18	0.18	0.15	0.16
C2	0.01	0.00	0.02	0.08	0.00	0.04	0.00	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.06	0.01	0.35	0.34	0.39	0.35
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.04	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.02	0.01	0.23	0.24	0.17	0.21
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.08	0.00	0.07	0.04	0.05	0.05	0.09	0.09	0.08	0.01	0.01	0.02	0.31	0.32	0.15	0.26
C4	0.00	0.00	0.02	0.08	0.00	0.12	0.00	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.06	0.04	0.48	0.51	0.58	0.52
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.12	0.00	0.15	0.00	0.14	0.06	0.08	0.14	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.08	0.24	0.02
C5	0.01	0.00	0.03	0.07	0.00	0.15	0.00	0.39	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.05	0.06	0.51	0.52	0.57	0.54
C5'	0.05	0.18	0.02	0.04	0.34	0.00	0.39	0.00	0.33	0.19	0.26	0.38	0.09	0.06	0.01	0.02	0.01	0.21	0.41	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.14	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.06	0.45	0.44	0.43	0.44
N1	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.34	0.33	0.32	0.33
N3	0.01	0.00	0.01	0.09	0.00	0.08	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.07	0.02	0.42	0.43	0.50	0.44
N4	0.00	0.01	0.02	0.09	0.00	0.14	0.00	0.38	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.07	0.07	0.04	0.51	0.56	0.66	0.58
O2	0.02	0.00	0.05	0.08	0.00	0.01	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.06	0.03	0.28	0.27	0.32	0.28
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.06	0.06	0.04	0.06	0.03	0.03	0.07	0.07	0.05	0.00	0.03	0.03	0.06	0.09	0.12	0.05
O3'	0.01	0.06	0.02	0.01	0.06	0.01	0.05	0.01	0.04	0.03	0.07	0.07	0.06	0.03	0.00	0.00	0.20	0.28	0.18	0.20
O4'	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.06	0.02	0.06	0.02	0.02	0.04	0.03	0.03	0.00	0.00	0.07	0.10	0.13	0.08
O5'	0.18	0.35	0.23	0.31	0.48	0.01	0.51	0.01	0.45	0.34	0.42	0.51	0.28	0.06	0.20	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.18	0.34	0.24	0.32	0.51	0.08	0.52	0.21	0.44	0.33	0.43	0.56	0.27	0.09	0.28	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.15	0.39	0.17	0.15	0.58	0.24	0.57	0.41	0.43	0.32	0.50	0.66	0.32	0.12	0.18	0.13	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.16	0.35	0.21	0.26	0.52	0.02	0.54	0.01	0.44	0.33	0.44	0.58	0.28	0.05	0.20	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.31	0.16	0.23	0.15	0.17	0.19	0.32	0.25	0.11	0.29	0.39	0.25	0.18	0.07	0.29	0.22	0.12	0.23	0.29	0.37	0.75	0.43
C2	0.18	0.37	0.20	0.36	0.22	0.31	0.27	0.59	0.33	0.21	0.32	0.53	0.32	0.29	0.17	0.27	0.34	0.18	0.37	0.41	0.69	1.06	0.70
C2'	0.11	0.30	0.14	0.24	0.15	0.19	0.16	0.32	0.22	0.12	0.27	0.40	0.25	0.17	0.08	0.24	0.24	0.12	0.28	0.25	0.48	0.80	0.51
C3'	0.15	0.28	0.19	0.28	0.15	0.25	0.13	0.33	0.16	0.15	0.22	0.37	0.26	0.17	0.11	0.23	0.31	0.18	0.33	0.17	0.50	0.75	0.52
C4	0.21	0.41	0.22	0.50	0.23	0.51	0.28	0.88	0.25	0.34	0.31	0.59	0.32	0.39	0.24	0.14	0.50	0.28	0.53	0.30	1.00	1.30	0.96
C4'	0.09	0.26	0.10	0.11	0.13	0.11	0.18	0.12	0.19	0.21	0.21	0.35	0.22	0.24	0.11	0.21	0.14	0.09	0.10	0.22	0.16	0.48	0.24
C5	0.23	0.36	0.24	0.53	0.22	0.55	0.22	0.88	0.14	0.32	0.27	0.48	0.29	0.33	0.25	0.12	0.53	0.31	0.55	0.12	0.96	1.24	0.93
C5'	0.17	0.24	0.20	0.16	0.21	0.19	0.30	0.14	0.30	0.35	0.24	0.31	0.24	0.40	0.21	0.36	0.24	0.17	0.13	0.35	0.14	0.43	0.22
C6	0.19	0.30	0.21	0.45	0.20	0.42	0.19	0.68	0.15	0.23	0.20	0.39	0.28	0.25	0.19	0.12	0.44	0.23	0.43	0.15	0.74	1.04	0.74
N1	0.15	0.33	0.19	0.35	0.20	0.30	0.22	0.53	0.25	0.18	0.26	0.43	0.30	0.24	0.14	0.23	0.33	0.17	0.34	0.29	0.60	0.96	0.63
N3	0.19	0.40	0.21	0.43	0.23	0.40	0.30	0.75	0.33	0.28	0.31	0.61	0.33	0.36	0.21	0.22	0.41	0.22	0.45	0.43	0.87	1.21	0.85
N4	0.23	0.43	0.23	0.55	0.23	0.59	0.28	1.01	0.22	0.39	0.35	0.63	0.31	0.44	0.26	0.12	0.55	0.32	0.61	0.28	1.16	1.43	1.09
O2	0.19	0.35	0.22	0.31	0.20	0.26	0.27	0.50	0.37	0.18	0.36	0.50	0.31	0.27	0.15	0.35	0.29	0.19	0.33	0.47	0.59	1.00	0.63
O2'	0.07	0.31	0.10	0.12	0.14	0.10	0.18	0.15	0.26	0.11	0.31	0.41	0.23	0.17	0.06	0.29	0.13	0.08	0.16	0.29	0.29	0.68	0.36
O3'	0.12	0.28	0.14	0.21	0.14	0.19	0.13	0.23	0.16	0.17	0.22	0.38	0.24	0.18	0.11	0.17	0.23	0.14	0.32	0.16	0.48	0.70	0.49
O4'	0.09	0.27	0.14	0.18	0.12	0.15	0.15	0.21	0.19	0.12	0.23	0.35	0.23	0.16	0.04	0.26	0.20	0.11	0.17	0.21	0.19	0.55	0.27
O5'	0.14	0.25	0.16	0.06	0.17	0.07	0.18	0.07	0.23	0.13	0.26	0.27	0.21	0.14	0.13	0.25	0.02	0.12	0.19	0.25	0.23	0.59	0.34
OP1	0.03	0.24	0.05	0.01	0.15	0.06	0.16	0.16	0.22	0.04	0.25	0.26	0.19	0.10	0.06	0.07	0.02	0.02	0.30	0.23	0.20	0.43	0.29
OP2	0.12	0.21	0.16	0.06	0.13	0.08	0.15	0.16	0.22	0.07	0.24	0.23	0.16	0.09	0.08	0.15	0.01	0.10	0.33	0.24	0.48	0.57	0.47
P	0.06	0.22	0.09	0.01	0.13	0.02	0.15	0.06	0.21	0.04	0.24	0.23	0.17	0.09	0.05	0.12	0.00	0.04	0.27	0.23	0.24	0.50	0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.11	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.30	0.01	0.31	0.19	0.18
C2	0.02	0.00	0.08	0.19	0.00	0.07	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.18	0.04	0.27	0.01	0.19	0.64	0.29
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.02	0.03	0.03	0.04	0.04	0.06	0.09	0.08	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.14	0.04	0.20	0.22	0.04
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.17	0.01	0.19	0.01	0.22	0.11	0.21	0.18	0.16	0.16	0.11	0.01	0.00	0.03	0.03	0.23	0.16	0.28	0.06
C4	0.01	0.00	0.04	0.17	0.00	0.12	0.00	0.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.15	0.02	0.30	0.01	0.21	0.56	0.28
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.12	0.00	0.20	0.01	0.19	0.24	0.13	0.05	0.06	0.25	0.13	0.04	0.02	0.00	0.01	0.23	0.27	0.24	0.01
C5	0.00	0.00	0.03	0.19	0.00	0.20	0.00	0.51	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.07	0.17	0.01	0.34	0.00	0.36	0.71	0.41
C5'	0.11	0.31	0.03	0.01	0.37	0.01	0.51	0.00	0.52	0.55	0.42	0.25	0.26	0.60	0.35	0.05	0.09	0.03	0.00	0.58	0.42	0.30	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.22	0.00	0.19	0.00	0.52	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.21	0.01	0.34	0.01	0.42	0.81	0.47
C8	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.24	0.00	0.55	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.10	0.05	0.38	0.01	0.32	0.52	0.36
N1	0.02	0.00	0.06	0.21	0.00	0.13	0.00	0.42	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.11	0.21	0.03	0.30	0.01	0.32	0.76	0.40
N2	0.03	0.00	0.09	0.18	0.00	0.05	0.01	0.25	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.17	0.06	0.24	0.00	0.14	0.62	0.25
N3	0.02	0.00	0.08	0.16	0.00	0.06	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.15	0.04	0.26	0.01	0.14	0.53	0.22
N7	0.01	0.00	0.03	0.16	0.00	0.25	0.00	0.60	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.15	0.04	0.38	0.01	0.43	0.71	0.47
N9	0.00	0.01	0.01	0.11	0.00	0.13	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.09	0.01	0.31	0.01	0.22	0.41	0.24
O2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.08	0.04	0.07	0.05	0.09	0.03	0.11	0.13	0.10	0.05	0.04	0.00	0.04	0.09	0.04	0.09	0.21	0.23	0.02
O3'	0.01	0.18	0.01	0.00	0.15	0.02	0.17	0.09	0.21	0.10	0.21	0.17	0.15	0.15	0.09	0.04	0.00	0.01	0.22	0.23	0.15	0.40	0.23
O4'	0.00	0.04	0.02	0.03	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.05	0.03	0.06	0.04	0.04	0.01	0.09	0.01	0.00	0.37	0.01	0.45	0.08	0.29
O5'	0.30	0.27	0.14	0.03	0.30	0.01	0.34	0.00	0.34	0.38	0.30	0.24	0.26	0.38	0.31	0.04	0.22	0.37	0.00	0.37	0.02	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.04	0.23	0.01	0.23	0.00	0.58	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.23	0.01	0.37	0.00	0.53	0.89	0.55
OP1	0.31	0.19	0.20	0.16	0.21	0.27	0.36	0.42	0.42	0.32	0.32	0.14	0.14	0.43	0.22	0.21	0.15	0.45	0.02	0.53	0.00	0.00	0.00
OP2	0.19	0.64	0.22	0.28	0.56	0.24	0.71	0.30	0.81	0.52	0.76	0.62	0.53	0.71	0.41	0.23	0.40	0.08	0.02	0.89	0.00	0.00	0.00
P	0.18	0.29	0.04	0.06	0.28	0.01	0.41	0.01	0.47	0.36	0.40	0.25	0.22	0.47	0.24	0.02	0.23	0.29	0.00	0.55	0.00	0.00	0.00