Doublet Group distance statistics: 54503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.015
O2	A	0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N4	A	0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.019
O4'	A	0, 0.062, 0.330, 0.597, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.330 std_dev=0.267
C2'	A	0, 0.110, 0.416, 0.722, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.416 std_dev=0.306
C4'	A	0, 0.192, 0.601, 1.010, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.601 std_dev=0.409
O2'	A	0, 0.231, 0.681, 1.131, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.681 std_dev=0.450
N3	B	0, 0.230, 0.687, 1.144, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.687 std_dev=0.457
C3'	A	0, 0.221, 0.690, 1.160, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.690 std_dev=0.469
C4	B	0, 0.252, 0.734, 1.216, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.734 std_dev=0.482
O2'	B	0, 0.355, 0.847, 1.340, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.847 std_dev=0.492
C5	B	0, 0.312, 0.851, 1.390, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.851 std_dev=0.539
C2	B	0, 0.295, 0.837, 1.379, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.837 std_dev=0.542
C6	B	0, 0.315, 0.860, 1.405, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.860 std_dev=0.545
N9	B	0, 0.303, 0.857, 1.411, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.857 std_dev=0.554
C1'	B	0, 0.312, 0.868, 1.423, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.868 std_dev=0.555
N1	B	0, 0.308, 0.878, 1.449, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.878 std_dev=0.570
O6	B	0, 0.366, 0.955, 1.543, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.955 std_dev=0.589
N7	B	0, 0.409, 1.079, 1.749, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.079 std_dev=0.670
N2	B	0, 0.421, 1.099, 1.777, 1.762 max_d=1.762 avg_d=1.099 std_dev=0.678
O5'	A	0, 0.353, 1.036, 1.718, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.036 std_dev=0.683
O3'	A	0, 0.312, 1.003, 1.693, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.003 std_dev=0.691
C8	B	0, 0.413, 1.112, 1.811, 1.932 max_d=1.932 avg_d=1.112 std_dev=0.699
C5'	A	0, 0.356, 1.091, 1.827, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.091 std_dev=0.736
P	A	0, 0.461, 1.233, 2.004, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.233 std_dev=0.772
C2'	B	0, 0.399, 1.193, 1.987, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.193 std_dev=0.794
OP1	A	0, 0.574, 1.563, 2.553, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.563 std_dev=0.989
O4'	B	0, 0.367, 1.357, 2.347, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.357 std_dev=0.990
C4'	B	0, 0.445, 1.800, 3.156, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.800 std_dev=1.356
O5'	B	0, 0.767, 2.143, 3.518, 3.659 max_d=3.659 avg_d=2.143 std_dev=1.375
C3'	B	0, 0.374, 1.812, 3.251, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.812 std_dev=1.438
C5'	B	0, 0.565, 2.058, 3.552, 3.853 max_d=3.853 avg_d=2.058 std_dev=1.494
OP2	A	0, 0.547, 2.211, 3.875, 3.917 max_d=3.917 avg_d=2.211 std_dev=1.664
OP2	B	0, 1.183, 2.869, 4.555, 4.332 max_d=4.332 avg_d=2.869 std_dev=1.686
P	B	0, 1.121, 2.824, 4.527, 4.560 max_d=4.560 avg_d=2.824 std_dev=1.703
O3'	B	0, 0.474, 2.408, 4.342, 4.585 max_d=4.585 avg_d=2.408 std_dev=1.934
OP1	B	0, 1.286, 3.306, 5.326, 5.471 max_d=5.471 avg_d=3.306 std_dev=2.020

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.15	0.63	0.43	0.16
C2	0.02	0.00	0.10	0.09	0.01	0.03	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.10	0.12	0.01	0.13	0.49	0.69	0.15
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.08	0.04	0.18	0.00	0.01	0.00	0.08	0.60	0.21	0.18
C3'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.07	0.01	0.13	0.02	0.14	0.04	0.08	0.08	0.17	0.01	0.00	0.02	0.15	0.40	0.22	0.14
C4	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.07	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.07	0.00	0.13	0.17	1.08	0.33
C4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.07	0.00	0.12	0.01	0.12	0.04	0.03	0.07	0.08	0.05	0.01	0.00	0.01	0.55	0.19	0.16
C5	0.00	0.00	0.05	0.13	0.00	0.12	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.14	0.01	0.18	0.09	1.18	0.41
C5'	0.02	0.07	0.01	0.02	0.19	0.01	0.25	0.00	0.23	0.11	0.12	0.21	0.03	0.06	0.04	0.01	0.01	0.26	0.41	0.01
C6	0.00	0.01	0.07	0.14	0.00	0.12	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.15	0.01	0.19	0.19	1.01	0.32
N1	0.01	0.01	0.01	0.04	0.00	0.04	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.14	0.43	0.72	0.17
N3	0.02	0.00	0.08	0.08	0.00	0.03	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.11	0.01	0.12	0.35	0.87	0.21
N4	0.01	0.01	0.04	0.08	0.00	0.07	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.09	0.00	0.12	0.10	1.18	0.39
O2	0.03	0.00	0.18	0.17	0.01	0.08	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.17	0.21	0.01	0.15	0.65	0.49	0.17
O2'	0.02	0.10	0.00	0.01	0.04	0.05	0.02	0.06	0.03	0.03	0.09	0.05	0.17	0.00	0.02	0.04	0.12	0.86	0.12	0.38
O3'	0.01	0.12	0.01	0.00	0.07	0.01	0.14	0.04	0.15	0.04	0.11	0.09	0.21	0.02	0.00	0.01	0.30	0.39	0.20	0.30
O4'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.00	0.22	0.63	0.44	0.19
O5'	0.15	0.13	0.08	0.15	0.13	0.01	0.18	0.01	0.19	0.14	0.12	0.12	0.15	0.12	0.30	0.22	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.63	0.49	0.60	0.40	0.17	0.55	0.09	0.26	0.19	0.43	0.35	0.10	0.65	0.86	0.39	0.63	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.43	0.69	0.21	0.22	1.08	0.19	1.18	0.41	1.01	0.72	0.87	1.18	0.49	0.12	0.20	0.44	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.15	0.18	0.14	0.33	0.16	0.41	0.01	0.32	0.17	0.21	0.39	0.17	0.38	0.30	0.19	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.11	0.47	0.60	0.11	0.36	0.17	0.34	0.23	0.16	0.21	0.13	0.04	0.18	0.14	0.27	0.34	0.16	0.24	0.27	0.21	0.10	0.10
C2	0.16	0.04	0.41	0.66	0.10	0.35	0.13	0.36	0.18	0.13	0.13	0.06	0.09	0.14	0.12	0.30	0.39	0.13	0.33	0.26	0.22	0.15	0.21
C2'	0.15	0.14	0.56	0.73	0.07	0.49	0.13	0.51	0.22	0.09	0.24	0.16	0.04	0.11	0.08	0.16	0.53	0.18	0.36	0.28	0.29	0.08	0.23
C3'	0.28	0.12	0.68	0.98	0.12	0.78	0.07	0.80	0.14	0.15	0.16	0.15	0.13	0.07	0.19	0.07	0.90	0.41	0.57	0.20	0.44	0.20	0.41
C4	0.20	0.19	0.37	0.82	0.18	0.53	0.14	0.57	0.11	0.15	0.13	0.20	0.20	0.13	0.18	0.33	0.64	0.23	0.54	0.12	0.37	0.28	0.37
C4'	0.30	0.20	0.69	0.90	0.19	0.73	0.13	0.71	0.15	0.17	0.18	0.22	0.23	0.11	0.23	0.07	0.77	0.43	0.48	0.17	0.37	0.14	0.34
C5	0.24	0.19	0.39	0.89	0.22	0.62	0.19	0.65	0.14	0.21	0.13	0.20	0.23	0.19	0.23	0.35	0.74	0.31	0.58	0.13	0.39	0.23	0.38
C5'	0.51	0.36	0.78	1.18	0.42	1.04	0.36	1.02	0.32	0.41	0.32	0.34	0.42	0.35	0.46	0.05	1.17	0.72	0.72	0.29	0.53	0.31	0.54
C6	0.23	0.12	0.43	0.84	0.17	0.57	0.15	0.58	0.11	0.19	0.04	0.14	0.17	0.18	0.20	0.35	0.67	0.28	0.47	0.17	0.31	0.11	0.27
N1	0.18	0.01	0.43	0.70	0.11	0.42	0.13	0.42	0.18	0.15	0.12	0.07	0.09	0.16	0.14	0.31	0.46	0.17	0.34	0.24	0.24	0.10	0.19
N3	0.16	0.11	0.39	0.73	0.12	0.41	0.09	0.44	0.10	0.11	0.06	0.14	0.14	0.11	0.13	0.31	0.48	0.14	0.43	0.19	0.29	0.23	0.29
N4	0.21	0.23	0.35	0.85	0.21	0.56	0.18	0.62	0.17	0.17	0.20	0.24	0.23	0.15	0.20	0.34	0.69	0.25	0.62	0.14	0.44	0.37	0.45
O2	0.15	0.11	0.40	0.55	0.12	0.25	0.17	0.25	0.24	0.14	0.22	0.08	0.09	0.17	0.13	0.28	0.25	0.15	0.24	0.31	0.15	0.15	0.15
O2'	0.14	0.26	0.48	0.50	0.18	0.30	0.23	0.31	0.30	0.15	0.32	0.28	0.17	0.20	0.14	0.16	0.24	0.13	0.18	0.34	0.19	0.13	0.08
O3'	0.33	0.12	0.76	1.04	0.14	0.88	0.08	0.91	0.14	0.20	0.17	0.16	0.14	0.11	0.23	0.14	1.02	0.49	0.65	0.20	0.53	0.26	0.48
O4'	0.15	0.22	0.51	0.65	0.07	0.45	0.07	0.41	0.15	0.07	0.19	0.29	0.18	0.07	0.07	0.22	0.41	0.20	0.26	0.18	0.23	0.09	0.13
O5'	0.97	0.44	1.27	1.64	0.66	1.58	0.54	1.52	0.38	0.76	0.34	0.37	0.62	0.61	0.82	0.60	1.78	1.25	1.12	0.29	0.96	0.63	0.94
OP1	0.13	0.55	0.39	0.86	0.18	1.00	0.13	1.18	0.28	0.25	0.48	0.74	0.42	0.15	0.08	0.16	1.17	0.55	0.82	0.25	1.00	0.58	0.81
OP2	1.22	0.78	1.25	1.87	1.16	1.97	1.28	2.19	1.14	1.54	0.90	0.54	0.88	1.50	1.33	0.39	1.99	1.63	1.94	1.18	1.80	1.69	1.84
P	0.81	0.24	0.98	1.54	0.56	1.61	0.58	1.69	0.42	0.86	0.27	0.10	0.38	0.75	0.76	0.27	1.86	1.22	1.31	0.41	1.25	0.94	1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.35	0.00	0.18	0.01	0.16	0.29	0.19
C2	0.02	0.00	0.28	0.23	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.29	0.19	0.20	0.01	0.23	0.28	0.26
C2'	0.00	0.28	0.00	0.00	0.15	0.01	0.08	0.23	0.13	0.14	0.22	0.34	0.28	0.07	0.02	0.00	0.04	0.01	0.48	0.10	0.52	0.63	0.48
C3'	0.01	0.23	0.00	0.00	0.27	0.00	0.37	0.01	0.39	0.35	0.32	0.18	0.19	0.41	0.24	0.01	0.00	0.01	0.08	0.43	0.19	0.11	0.08
C4	0.01	0.01	0.15	0.27	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.19	0.15	0.10	0.21	0.00	0.24	0.27	0.26
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.12	0.23	0.05	0.09	0.04	0.23	0.11	0.28	0.02	0.00	0.01	0.16	0.11	0.05	0.06
C5	0.01	0.00	0.08	0.37	0.00	0.14	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.30	0.03	0.04	0.31	0.00	0.30	0.31	0.33
C5'	0.08	0.07	0.23	0.01	0.09	0.01	0.18	0.00	0.18	0.23	0.11	0.10	0.07	0.26	0.09	0.05	0.19	0.02	0.01	0.23	0.10	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.13	0.39	0.00	0.12	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.29	0.01	0.08	0.33	0.00	0.32	0.34	0.35
C8	0.01	0.00	0.14	0.35	0.00	0.23	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.34	0.14	0.11	0.30	0.01	0.28	0.26	0.30
N1	0.02	0.00	0.22	0.32	0.01	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.20	0.14	0.14	0.26	0.01	0.28	0.31	0.31
N2	0.03	0.01	0.34	0.18	0.01	0.09	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.40	0.23	0.19	0.01	0.22	0.28	0.25
N3	0.02	0.00	0.28	0.19	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.33	0.18	0.17	0.01	0.20	0.26	0.23
N7	0.01	0.00	0.07	0.41	0.00	0.23	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.38	0.17	0.06	0.38	0.01	0.34	0.33	0.37
N9	0.00	0.01	0.02	0.24	0.00	0.11	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.21	0.11	0.00	0.18	0.01	0.22	0.26	0.23
O2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.19	0.28	0.30	0.05	0.29	0.34	0.20	0.06	0.05	0.38	0.21	0.00	0.05	0.21	0.36	0.34	0.38	0.65	0.36
O3'	0.35	0.29	0.04	0.00	0.15	0.02	0.03	0.19	0.01	0.14	0.14	0.40	0.33	0.17	0.11	0.05	0.00	0.25	0.18	0.09	0.34	0.23	0.23
O4'	0.00	0.19	0.01	0.01	0.10	0.00	0.04	0.02	0.08	0.11	0.14	0.23	0.18	0.06	0.00	0.21	0.25	0.00	0.08	0.05	0.25	0.15	0.20
O5'	0.18	0.20	0.48	0.08	0.21	0.01	0.31	0.01	0.33	0.30	0.26	0.19	0.17	0.38	0.18	0.36	0.18	0.08	0.00	0.38	0.02	0.01	0.01
O6	0.01	0.01	0.10	0.43	0.00	0.16	0.00	0.23	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.34	0.09	0.05	0.38	0.00	0.37	0.40	0.40
OP1	0.16	0.23	0.52	0.19	0.24	0.11	0.30	0.10	0.32	0.28	0.28	0.22	0.20	0.34	0.22	0.38	0.34	0.25	0.02	0.37	0.00	0.00	0.00
OP2	0.29	0.28	0.63	0.11	0.27	0.05	0.31	0.02	0.34	0.26	0.31	0.28	0.26	0.33	0.26	0.65	0.23	0.15	0.01	0.40	0.00	0.00	0.00
P	0.19	0.26	0.48	0.08	0.26	0.06	0.33	0.01	0.35	0.30	0.31	0.25	0.23	0.37	0.23	0.36	0.23	0.20	0.01	0.40	0.00	0.00	0.00