Doublet Group distance statistics: 54504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6	A	0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C2	A	0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N1	A	0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N4	A	0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.029
O2	A	0, 0.023, 0.080, 0.136, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.080 std_dev=0.057
O4'	A	0, -0.001, 0.113, 0.227, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.113 std_dev=0.114
O2'	A	0, 0.053, 0.180, 0.307, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.180 std_dev=0.127
C2'	A	0, 0.002, 0.133, 0.265, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.133 std_dev=0.132
C4'	A	0, 0.016, 0.208, 0.401, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.208 std_dev=0.193
C3'	A	0, 0.050, 0.247, 0.444, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.247 std_dev=0.197
OP2	A	0, 0.044, 0.265, 0.486, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.265 std_dev=0.221
P	A	0, 0.069, 0.300, 0.532, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.300 std_dev=0.232
O5'	A	0, 0.064, 0.308, 0.551, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.308 std_dev=0.244
C5'	A	0, 0.045, 0.294, 0.542, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.294 std_dev=0.248
C3'	B	0, 0.093, 0.358, 0.624, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.358 std_dev=0.265
O3'	B	0, 0.024, 0.314, 0.605, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.314 std_dev=0.290
OP1	A	0, 0.123, 0.462, 0.802, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.462 std_dev=0.339
O3'	A	0, 0.109, 0.452, 0.795, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.452 std_dev=0.343
C8	B	0, 0.142, 0.492, 0.841, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.492 std_dev=0.349
C4'	B	0, 0.156, 0.539, 0.922, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.539 std_dev=0.383
N7	B	0, 0.150, 0.547, 0.944, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.547 std_dev=0.397
O5'	B	0, 0.112, 0.510, 0.907, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.510 std_dev=0.397
N9	B	0, 0.171, 0.597, 1.022, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.597 std_dev=0.425
O4'	B	0, 0.177, 0.609, 1.042, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.609 std_dev=0.433
C2'	B	0, 0.160, 0.604, 1.049, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.604 std_dev=0.445
C1'	B	0, 0.181, 0.654, 1.127, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.654 std_dev=0.473
C5'	B	0, 0.184, 0.662, 1.140, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.662 std_dev=0.478
C5	B	0, 0.204, 0.705, 1.206, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.705 std_dev=0.501
C4	B	0, 0.227, 0.779, 1.331, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.779 std_dev=0.552
O2'	B	0, 0.198, 0.805, 1.412, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.805 std_dev=0.607
C6	B	0, 0.253, 0.885, 1.517, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.885 std_dev=0.632
P	B	0, 0.253, 0.895, 1.537, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.895 std_dev=0.642
O6	B	0, 0.245, 0.896, 1.548, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.896 std_dev=0.651
N3	B	0, 0.307, 1.054, 1.802, 1.644 max_d=1.644 avg_d=1.054 std_dev=0.747
N1	B	0, 0.325, 1.115, 1.906, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.115 std_dev=0.790
C2	B	0, 0.350, 1.195, 2.040, 1.796 max_d=1.796 avg_d=1.195 std_dev=0.845
N2	B	0, 0.428, 1.463, 2.497, 2.201 max_d=2.201 avg_d=1.463 std_dev=1.034
OP1	B	0, 0.330, 1.667, 3.003, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.667 std_dev=1.336
OP2	B	0, 0.243, 1.835, 3.428, 3.883 max_d=3.883 avg_d=1.835 std_dev=1.593

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.04	0.05	0.04	0.03
C2	0.01	0.00	0.08	0.07	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.08	0.02	0.07	0.07	0.08	0.04
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.07	0.05	0.12	0.00	0.01	0.00	0.02	0.08	0.06	0.03
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.04	0.06	0.05	0.11	0.02	0.00	0.00	0.01	0.09	0.05	0.03
C4	0.00	0.00	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.08	0.03	0.13	0.13	0.15	0.11
C4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.06	0.02	0.02	0.04	0.05	0.04	0.01	0.00	0.02	0.03	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.01	0.06	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.03	0.16	0.14	0.16	0.13
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.09	0.00	0.11	0.00	0.10	0.05	0.06	0.10	0.04	0.03	0.02	0.01	0.01	0.04	0.02	0.02
C6	0.01	0.00	0.02	0.07	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.02	0.14	0.11	0.11	0.09
N1	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.04	0.01	0.08	0.07	0.07	0.04
N3	0.00	0.00	0.07	0.06	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.09	0.03	0.10	0.10	0.11	0.08
N4	0.00	0.00	0.05	0.05	0.00	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.09	0.04	0.15	0.15	0.18	0.14
O2	0.04	0.00	0.12	0.11	0.00	0.05	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.15	0.13	0.03	0.04	0.04	0.05	0.02
O2'	0.00	0.09	0.00	0.02	0.06	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.09	0.06	0.15	0.00	0.02	0.04	0.02	0.09	0.06	0.03
O3'	0.00	0.08	0.01	0.00	0.08	0.01	0.08	0.02	0.08	0.04	0.09	0.09	0.13	0.02	0.00	0.01	0.04	0.11	0.04	0.04
O4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.04	0.01	0.00	0.03	0.06	0.05	0.06
O5'	0.04	0.07	0.02	0.01	0.13	0.02	0.16	0.01	0.14	0.08	0.10	0.15	0.04	0.02	0.04	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.05	0.07	0.08	0.09	0.13	0.03	0.14	0.04	0.11	0.07	0.10	0.15	0.04	0.09	0.11	0.06	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.04	0.08	0.06	0.05	0.15	0.03	0.16	0.02	0.11	0.07	0.11	0.18	0.05	0.06	0.04	0.05	0.02	0.00	0.00	0.01
P	0.03	0.04	0.03	0.03	0.11	0.02	0.13	0.02	0.09	0.04	0.08	0.14	0.02	0.03	0.04	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.32	0.27	0.32	0.20	0.25	0.23	0.20	0.19	0.15	0.24	0.14	0.34	0.33	0.24	0.27	0.40	0.12	0.28	0.22	0.20	0.39	0.57	0.27
C2	0.27	0.36	0.27	0.14	0.27	0.16	0.19	0.16	0.15	0.22	0.27	0.43	0.36	0.21	0.25	0.32	0.07	0.22	0.20	0.07	0.55	0.87	0.30
C2'	0.29	0.30	0.29	0.16	0.24	0.18	0.21	0.15	0.19	0.23	0.20	0.38	0.33	0.25	0.24	0.38	0.08	0.23	0.21	0.23	0.29	0.61	0.27
C3'	0.20	0.20	0.23	0.10	0.13	0.10	0.12	0.11	0.11	0.14	0.10	0.28	0.23	0.18	0.14	0.33	0.04	0.15	0.18	0.18	0.27	0.53	0.25
C4	0.21	0.31	0.22	0.10	0.23	0.10	0.15	0.12	0.18	0.14	0.27	0.35	0.30	0.09	0.18	0.24	0.06	0.15	0.17	0.12	0.56	1.01	0.30
C4'	0.20	0.12	0.22	0.12	0.09	0.13	0.09	0.10	0.11	0.11	0.03	0.21	0.18	0.15	0.11	0.34	0.08	0.16	0.15	0.17	0.18	0.37	0.19
C5	0.20	0.22	0.21	0.11	0.15	0.12	0.06	0.16	0.08	0.15	0.17	0.27	0.22	0.11	0.15	0.22	0.05	0.17	0.21	0.06	0.46	0.83	0.31
C5'	0.10	0.08	0.12	0.02	0.06	0.04	0.13	0.04	0.15	0.11	0.10	0.13	0.10	0.17	0.04	0.26	0.03	0.07	0.10	0.20	0.29	0.26	0.14
C6	0.26	0.19	0.26	0.15	0.16	0.18	0.09	0.19	0.02	0.22	0.10	0.25	0.22	0.19	0.21	0.28	0.06	0.23	0.24	0.08	0.40	0.66	0.30
N1	0.29	0.27	0.29	0.17	0.24	0.19	0.16	0.18	0.09	0.24	0.15	0.34	0.31	0.23	0.25	0.33	0.08	0.25	0.23	0.11	0.46	0.71	0.29
N3	0.25	0.37	0.25	0.12	0.27	0.13	0.19	0.13	0.21	0.19	0.32	0.42	0.35	0.16	0.23	0.29	0.05	0.19	0.17	0.10	0.59	0.99	0.29
N4	0.18	0.33	0.20	0.10	0.24	0.04	0.21	0.11	0.26	0.10	0.32	0.36	0.30	0.09	0.17	0.21	0.09	0.11	0.15	0.23	0.59	1.16	0.29
O2	0.28	0.40	0.27	0.14	0.28	0.17	0.22	0.16	0.19	0.22	0.31	0.48	0.38	0.22	0.25	0.33	0.08	0.23	0.20	0.13	0.57	0.87	0.29
O2'	0.28	0.35	0.26	0.14	0.28	0.16	0.26	0.14	0.27	0.24	0.28	0.43	0.36	0.27	0.26	0.36	0.06	0.24	0.20	0.30	0.30	0.58	0.26
O3'	0.18	0.22	0.20	0.07	0.14	0.07	0.13	0.11	0.13	0.14	0.13	0.32	0.24	0.18	0.12	0.32	0.02	0.12	0.18	0.19	0.37	0.52	0.27
O4'	0.29	0.14	0.31	0.20	0.14	0.23	0.11	0.18	0.11	0.17	0.01	0.22	0.22	0.17	0.19	0.40	0.15	0.26	0.19	0.18	0.30	0.39	0.22
O5'	0.12	0.16	0.15	0.03	0.14	0.02	0.17	0.09	0.18	0.15	0.16	0.19	0.17	0.20	0.12	0.22	0.01	0.06	0.11	0.21	0.41	0.32	0.18
OP1	0.05	0.08	0.08	0.02	0.09	0.01	0.14	0.06	0.15	0.14	0.11	0.09	0.08	0.17	0.07	0.14	0.01	0.02	0.05	0.18	0.74	0.14	0.12
OP2	0.05	0.15	0.05	0.03	0.15	0.13	0.20	0.23	0.21	0.21	0.19	0.15	0.13	0.24	0.13	0.07	0.01	0.10	0.17	0.24	0.77	0.23	0.25
P	0.05	0.11	0.08	0.01	0.11	0.03	0.16	0.10	0.17	0.16	0.14	0.11	0.10	0.19	0.09	0.12	0.00	0.02	0.07	0.19	0.60	0.11	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.02	0.41	0.16	0.02
C2	0.03	0.00	0.05	0.07	0.01	0.03	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.08	0.07	0.02	0.14	0.01	0.60	0.65	0.10
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.03	0.05	0.04	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.14	0.10	0.02
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.08	0.01	0.10	0.02	0.10	0.09	0.09	0.06	0.06	0.11	0.06	0.01	0.00	0.01	0.03	0.11	0.11	0.02	0.02
C4	0.01	0.01	0.04	0.08	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.08	0.01	0.14	0.01	0.62	0.62	0.09
C4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.06	0.07	0.05	0.02	0.03	0.08	0.04	0.03	0.02	0.00	0.01	0.07	0.01	0.23	0.01
C5	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.11	0.01	0.19	0.01	0.72	0.84	0.13
C5'	0.01	0.07	0.01	0.02	0.08	0.00	0.11	0.00	0.11	0.13	0.09	0.05	0.06	0.14	0.07	0.04	0.03	0.01	0.01	0.13	0.19	0.42	0.01
C6	0.02	0.01	0.05	0.10	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.12	0.02	0.20	0.00	0.74	0.93	0.15
C8	0.01	0.00	0.03	0.09	0.01	0.07	0.01	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.10	0.03	0.20	0.01	0.71	0.71	0.12
N1	0.02	0.01	0.05	0.09	0.01	0.05	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.10	0.01	0.17	0.01	0.68	0.82	0.13
N2	0.03	0.00	0.04	0.06	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.09	0.05	0.03	0.12	0.02	0.56	0.59	0.08
N3	0.03	0.00	0.04	0.06	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.06	0.02	0.12	0.01	0.55	0.52	0.07
N7	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.08	0.00	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.13	0.02	0.22	0.01	0.79	0.93	0.16
N9	0.00	0.01	0.02	0.06	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.06	0.01	0.13	0.01	0.58	0.48	0.07
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.05	0.03	0.04	0.04	0.06	0.02	0.07	0.09	0.07	0.03	0.02	0.00	0.03	0.02	0.02	0.05	0.05	0.05	0.02
O3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.08	0.02	0.11	0.03	0.12	0.10	0.10	0.05	0.06	0.13	0.06	0.03	0.00	0.01	0.05	0.14	0.41	0.15	0.04
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.02	0.38	0.05	0.03
O5'	0.04	0.14	0.01	0.03	0.14	0.01	0.19	0.01	0.20	0.20	0.17	0.12	0.12	0.22	0.13	0.02	0.05	0.04	0.00	0.22	0.02	0.01	0.00
O6	0.02	0.01	0.05	0.11	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.14	0.02	0.22	0.00	0.78	1.06	0.17
OP1	0.41	0.60	0.14	0.11	0.62	0.01	0.72	0.19	0.74	0.71	0.68	0.56	0.55	0.79	0.58	0.05	0.41	0.38	0.02	0.78	0.00	0.00	0.00
OP2	0.16	0.65	0.10	0.02	0.62	0.23	0.84	0.42	0.93	0.71	0.82	0.59	0.52	0.93	0.48	0.05	0.15	0.05	0.01	1.06	0.00	0.00	0.00
P	0.02	0.10	0.02	0.02	0.09	0.01	0.13	0.01	0.15	0.12	0.13	0.08	0.07	0.16	0.07	0.02	0.04	0.03	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00